基于SLAF-seq技术的古茶树SNP位点开发

为给古茶树遗传图谱构建、分子辅助育种和物种进化等研究提供参考,以48份贵州古茶树种质为研究对象,利用SLAF-seq技术,获取大量多态性SLAF标签,进而开发一批特异性强、稳定性高的单核苷酸多态性(SNP)位点。结果表明,利用猕猴桃参考基因组进行电子酶切预测,选择HaeIII酶进行酶切,得到237773个SLAF标签,其双端比对效率为91.40%,酶切效率为96.41%,说明SLAF建库正常。测序后各样品所获得的读长数为1279534~8460233,测序质量值Q30范围为92.61%~94.88%,均值为93.84%,测序获得的GC比例为43.52%~47.18%。共开发1656258个古茶树SLAF标签,样品的平均测序深度为24.21×,其中多态性SLAF标签有462897个,根据所获得的多态性SLAF标签来统计SNP位点信息,共得到2690638个群体SNP标记,根据完整度大于0.8且次要基因频率(MAF)大于0.05的标准进行过滤,得到283376个高一致性的群体SNP标记。     

SLAF-seq技术在鉴别桉树品种中的应用

本文尝试采用一种简化基因组测序技术(SLAF-seq)对2个尾巨桉无性系品种进行分子鉴定。实验共获得32.69 M reads的测序数据,测序质量值分布检查结果 Q30为95.28%,碱基分布检查结果 GC含量为40.61%;通过生物信息学分析共开发SLAF标签857589个。样品间SNP多态性比较结果表明,A1与A2、A3的基因型一致SNP比例分别为35.81%、77.27%,达到区分不同无性系品种的实验设计预期。     

高通量测序在种群遗传学中的分析方法

随着基因组测序技术的不断发展,越来越多人研究人类和不同种群基因组。综述了高通量测序在种群基因组学中的分析方法,包括获取多态性位点、基因组自然选择的检测方法、种群遗传分析方法、种群历史动态的重建和研究方法。以期为种群遗传进化的研究和实践提供一些方法。     

基于SLAF-seq技术的油茶SNP位点开发及杂交后代早期鉴定

为了开发大量的分子标记用于油茶(Camellia oleifera)亲本杂交后代的早期鉴定,本研究采用SLAF-seq(Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing)技术对9个油茶样品(包括5个亲本及其4个子代单株)进行测序并开发SNP标记。最终根据多态性SLAF标签,开发得到1 644 616个群体SNP。基于群体SNP的亲子关系分析结果表明,岑软(Cenxi soft-branch C.oleifera)ZJ11为岑软2号与岑软11号的杂交后代,岑软ZJ14为岑软11号与岑软22号的杂交后代,岑软ZJ24为岑软11号与岑软24号的杂交后代,优31则是岑软11号与岑软23号的杂交后代。     

野生大麻种质资源表型及其RAPD遗传多样性分析

以中国12份野生大麻种质及4个对照栽培品种为研究对象,通过田间栽培试验,调查叶长、叶宽和叶柄等11个表型性状,并采用CTAB法提取大麻基因组DNA,分析了其表型性状及RAPD标记位点的多态性,应用Farthest neighbor和UPGMA方法分别构建了表型及RAPD聚类图。结果表明,野生大麻表型变异非常丰富,11个表型在不同种质资源间的差异性均达到了极显著水平(P<0.001),其中变异最大的为千粒重,变异最小的为有效分枝数;14条RAPD引物共扩增出106条带,其中79条为多态性条带,多态性比率为74.52%。基于表型聚类分析,16份大麻种质资源分为3个类群,第1类群包括全部12份野生大麻种质资源,且根据高纬和中低纬分为2个明显的分支,另外2个类群仅包括3份栽培大麻;基于RAPD聚类分析,16份大麻种质资源同样分为3个类群,总体上呈现地域性分布,但野生大麻和栽培大麻并未区分开,云南、新疆的种质资源聚为一类,东北、华北的种质资源聚为一类,西藏种质资源单独聚为一类。研究表明,我国野生大麻种质资源具有复杂的遗传多样性,应该结合表型和遗传位点综合分析。研究结果为野生大麻的利用和工业大麻品种改良提供参考依据。     

基于RAD高通量测序的贵州百里杜鹃保护区杜鹃花属分类

【目的】准确界定物种是野生植物资源开发与利用的前提。鉴于叶绿体片段无法区分贵州百里杜鹃区域的杜鹃花属植物,本研究采用基于基因组水平的RAD-seq技术探讨该区域杜鹃花属的系统进化关系,以期为复杂植物类群的物种鉴定提供参考。【方法】对百里杜鹃保护区的34种杜鹃花进行RAD-seq技术测序,统计测序深度、覆盖度及多态性位点等基本指标;用de novo方法获得高质量SNP位点,以Tajima’s D为指标筛选中性的SNPs,最后用中性SNPs通过fastStructure、PCA、GCTA及IQ-Tree软件对其进行基因分型、聚类与系统树构建。【结果】共获得42 083个高质量SNP位点,其中28 983个为中性SNP位点。基于PCA、fastStructure及系统发生树的分析结果,支持目前34种杜鹃花在亚属水平的形态学分类处理,6个亚属中的常绿杜鹃亚属、马银花亚属、羊踯躅亚属和映山红亚属能明显分开,而糙叶杜鹃亚属与杜鹃亚属不能区分开,表明二者亲缘关系较近。物种水平能区分绝大部分的种,相比前期研究有了大幅度提升,但一些形态特征极相似的种如繁花杜鹃与皱叶杜鹃无法区分。【结论】RAD-seq数据产生大量的中性SNP位点,可在亚属水平和物种水平区分百里杜鹃保护区杜鹃花属的大部分植物,同时证实RAD-seq技术在复杂植物类群的物种分类方面相比传统分子标记,具有明显优势。     

金花茶组物种遗传关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对广西南宁金花茶公园29份金花茶组物种进行遗传关系分析。筛选出的14条引物扩增得到133条清晰条带,其中126条为多态性条带,多态性位点百分比为94.74%。29份金花茶种质材料的Nei’s基因多样性指数为0.360 6,Shannon’s 信息指数为0.531 4,遗传相似系数介于0.481 0.835,金花茶组物种的遗传基础较宽。用NTSYS软件对样品进行UPGMA聚类分析,29份金花茶样品聚为3大类群,其中扶绥中东金花茶单独为一类,顶生金花茶和龙州金花茶聚为一类,其它金花茶聚为一类。分析结果表明：夏石金花茶和小花金花茶的遗传相似系数最高,支持将两者归并到柠檬黄金花茶;弄岗金花茶和毛籽金花茶亲缘关系很近,支持合并到同一个种;龙州金花茶和薄叶金花茶分别归为单独的种。     

金花茶组物种遗传关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对广西南宁金花茶公园29份金花茶组物种进行遗传关系分析。筛选出的14条引物扩增得到133条清晰条带,其中126条为多态性条带,多态性位点百分比为94.74%。29份金花茶种质材料的Nei’s基因多样性指数为0.360 6,Shannon’s信息指数为0.531 4,遗传相似系数介于0.481 0.835,金花茶组物种的遗传基础较宽。用NTSYS软件对样品进行UPGMA聚类分析,29份金花茶样品聚为3大类群,其中扶绥中东金花茶单独为一类,顶生金花茶和龙州金花茶聚为一类,其它金花茶聚为一类。分析结果表明:夏石金花茶和小花金花茶的遗传相似系数最高,支持将两者归并到柠檬黄金花茶;弄岗金花茶和毛籽金花茶亲缘关系很近,支持合并到同一个种;龙州金花茶和薄叶金花茶分别归为单独的种。     

广西金花茶植物的初步研究

山花茶是名贵的花卉,园艺上的珍花,在国际上与杜鹃花同享盛名。人们常见的是开白色、红色、桃红色、粉红色、玫瑰色、朱红色、银红色、紫红色和杂色花朵的品种,品系繁多,唯独没有开金黄色的山茶花品种。六十年代初,在我国广西才首次发现这种金黄色的山茶花。我国著名植物学家胡先骕教授给它取了个高雅、美丽的名字——金花茶,是山茶科山茶属茶亚属金花茶组金花茶系的常绿灌木或小乔木。金花茶的发现,轰动了国内外园艺界和植物界,这不仅因为金花茶是世界上几千个山茶花品种中少有的金黄色山茶花品系,而更重要的是由于金花茶是一种色泽能遗传的种质资源,有了它,人们就可以     

不同引种黑莓品种的遗传多样性分析

【目的】开发适于黑莓Rubus spp.的EST-SSR引物,用于品种和种质的遗传多样性评价分析。【方法】基于前期获得的黑莓转录组数据,分析得到黑莓EST-SSR分子标记,筛查符合要求的SSR序列,设计合成127对较理想的EST-SSR引物进行扩增和多态性引物筛选,利用多态性好的引物用于18个引种黑莓栽培品种的遗传多样性分析。【结果】在127对引物中有125对可扩增出条带,有特异条带且大小符合预期的引物共有50对,50对引物中有45对具多态性的引物,占引物总数的36%,多数引物扩增的位点数为2~5。使用45对引物检测18个黑莓供试品种基因组DNA的多态性,共检测到191个等位基因变异,平均每个位点有4.24个等位基因,位点多态性信息含量为0.427~0.893,平均值为0.692。多态性最好的引物为Rh121,检测到8个等位基因,其次是Rh114和Rh118,均检测到7个等位基因。18份材料的遗传相似系数为0.49~0.88,表明品种间具有较丰富的遗传差异。利用UPGMA聚类,将18份种质分为3个类群,其中四倍体和多倍体黑莓品种明显归为不同类型,四倍体黑莓分为2类,相似育种产地的品种多聚在一起,推测与其品种遗传种质成分具一定相似性有关。【结论】EST-SSR标记可应用于黑莓品种种质遗传多样性分析,目前引种黑莓种质的遗传基础相对较窄。     

42份乌榄种质资源SCoT分子标记遗传多样性分析

为了解和掌握广西乌榄的资源类型及其遗传变化规律,利用SCoT分子标记技术,对桂西南地区收集到的42份乌榄种质资源进行遗传多样性分析。筛选出14条引物对供试材料进行PCR扩增,共获得124条带(DNA位点),其中具有多态性条带74条,平均多态性比例(PPB)59.68%;经Ntedit软件计算,其遗传相似系数(GS)的范围值在0.726~0.903,平均为0.817,表明SCoT能够揭示乌榄种质间的遗传变异。UPGMA法聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.812时,可将乌榄种质资源分为A、B 2个大组,每大组又各分2个亚组,亚组内种质资源按照采样地聚集,说明乌榄的亲缘关系与地理起源有一定的相关性。总体上,橄榄种质资源遗传多样性水平相对较低。     

中国西南山茶科3种植物鸟类传粉研究初报

鸟类是植物传粉的一个重要补充部分,有关鸟类传粉的研究主要集中在3个特别重要的传粉鸟类群[蜂鸟科(Trochilidae)、太阳鸟科(Nectariniidae)和吸蜜鸟科(Meliphagidae)]上[1]。相比之下,由于缺乏特化的鸟和花的协同进化关系,欧亚大陆温带和亚热带地区的鸟类传粉现象很大程度上被忽略了[2]。尽管欧洲发现了最早的传粉鸟化石,但在欧洲和亚洲喜马拉雅山以北地区几乎没有鸟类传粉的     

油茶无性系良种鉴定方法评析

为了能够更加全面客观地评价油茶无性系良种,根据油茶无性系良种遗传物质的特点及油茶籽形成过程中的影响因素,对现有无性系良种的鉴定方法加以评析。肯定了当代鉴定的必要性。认为用父本的影响力鉴定代替子代鉴定,对油茶无性系良种的全面考察鉴定将更有意义。并提出了父本影响力鉴定的具体方法。     

山茶属红山茶组植物的RAPD分析及分类研究

以山茶属29种红山茶组植物叶片为材料抽提DNA,利用筛选出的23种随机引物对其进行PCR扩增,将扩增出的谱带转化成0-1型数据,用UPGMA法进行相关分析和聚类分析.结果表明:可以将山茶属红山茶组的29个种划分为4大类,第1类为光果红山茶亚组,第2类为毛蕊系,第3类为滇山茶系,第2类和第3类属于滇山茶亚组,短管红山茶单独聚为一类.其结果与张宏达分类系统基本一致.根据各种之间的相容关系系数的大小,发现红山茶组内有3组亲缘关系较为相近的种.     

山茶属植物花粉形态的研究进展

山茶属是山茶科最大的也是最原始的属,是具有重大经济利用价值的一个植物类群。文章综述了花粉形态在山茶属植物的分类与种间鉴定、组间亲缘关系、系统学及起源与演化研究等方面取得研究成果。     

油茶SRAP-PCR反应体系的优化

Camellia oleifera is one of the important oil tree species in south China, and C. oleifera industry is quickly developed with the support of the national policies in recent years. The disorder of C. oleifera varieties is one of the key issues restricting the development of C. oleifera industry. Because of high polymorphism, good repeatability, less use of DNA and so on, SRAP as a new marker was used in identification of cultivars, analysis of genetic resources and genetic diversity in recent years. In this paper, the orthogonal design was used to optimize SRAP-PCR system for C. oleifera by 5 factors (Mg²⁺, dNTPs, primer, Taq polymerase, DNA template) and 4 levels, respectively. The data were analyzed by software SPSS V13.0. A suitable SRAP-PCR system (20 μL) was established as: 75 ng DNA template, 1.5 mmol·L^-1 Mg²⁺, 0.15 mmol·L^-1 dNTPs, 1U Taq DNA polymerase, 0.4 μmol·L^-1 primer, 1×PCR buffer. The result of optimal SRAP-PCR system will provide a foundation for the identification of C. oleifera cultivars.     

肇庆市油茶产业发展分析思考

肇庆市宜林地资源充足,气候条件适宜种植油茶,油茶栽培历史悠久,具有发展油茶产业的有利条件,但目前全市油茶林面积小、产量少、多为散生、不成规模,应促进油茶产业化发展.为此,提出了肇庆市发展油茶产业要重视栽培区域与立地、油茶品种与苗木、茶油产量与品质等3大关键科技问题.油茶基地规划与建设务必考虑海拔、坡度、坡向等地形因子及...     

5个油茶品种胚轴嫁接容器育苗及其年生长规律研究初报

通过对长林系列油茶优良无性系3号、4号、18号、27号及166号5个品种的胚轴嫁接容器育苗试验,总结出油茶胚轴嫁接容器育苗技术全过程。同时,对5个油茶品种嫁接苗苗高年生长规律进行研究与分析,为对5个油茶品种的合理引种提供技术参考。     

杜鹃红山茶嫁接繁殖试验

杜鹃红山茶(Camellia azalea)属山茶科山茶属，只在阳春境内有零星分布。其花期长，花大色鲜，具有极高的科学研究价值和经济价值。作者对杜鹃红山茶进行了嫁接繁殖试验。结果表明，用油茶作砧木嫁接杜鹃红山茶，其嫁接成活率明显高于其他试验砧木；接穗以营养充足带顶芽的枝条效果好；10，11月嫁接成活率比较高。