鸭源H9N2亚型禽流感病毒RT-PCR检测方法的建立

为建立鸭H9N2亚型禽流感病毒的监测及临床诊断方法,根据鸭源H9N2亚型禽流感病毒HA蛋白的基因序列设计1对特异性PCR引物,并以鸭源H9N2亚型禽流感病毒基因组为模板,建立鸭源H9N2亚型禽流感病毒的特异性RT-PCR检测方法,并用该方法对江苏省多地采集的疑似病料进行检测,扩增产物经测序鉴定后判断建立的方法对临床样品的检出率。结果显示,该方法可以特异性扩增鸭源H9N2亚型禽流感病毒HA蛋白基因保守区的837 bp的序列,与对照的病毒无交叉反应,敏感性较好,最低可检测1fg基因组,临床样品的检测率为100%,表明本试验建立的鸭源H9N2亚型禽流感病毒RT-PCR特异性强、敏感性高,可用于临床快速诊断鸭源H9N2亚型禽流感病毒感染。     

H7N9亚型禽流感病毒RT-PCR检测方法建立

【目的】2013年3月,中国国家卫生和计划生育委员会宣布在上海、安徽地区发现了人感染H7N9亚型流感病毒事件,由于这种新型重组H7N9流感病毒未曾有过感染人或者动物的报道,因此出现了一系列亟待解决的问题,引起了全世界范围的广泛关注。根据H7N9亚型禽流感病毒 HA和NA核苷酸序列,设计并合成靶基因为HA和NA的2对引物,建立快速检测H7N9亚型禽流感病毒的一步法RT-PCR检测方法。【方法】根据测序结果,用DNAStar生物软件进行同源性分析比较,选出H7和N9基因中高度保守且特异的核苷酸区域,用oligo6.0软件设计针对H7和N9基因的引物。用Trizol LS提取RNA,采用一步法Access RT-PCR扩增反应液,建立了一步法检测H7N9亚型禽流感病毒RT-PCR 方法。以H7N9亚型流感病毒为阳性对照,其他亚型流感病毒以及新城疫、传染性支气管炎、传染性法氏囊等其他禽病病原作为阴性对照,按所建立的反应体系和反应程序进行RT-PCR反应,验证所建立方法的特异性。对病毒含量为 10^6.5 EID₅₀·mL^-1 的 H7N9 亚型禽流感病毒尿囊液依次进行 10 倍倍比稀释,提取RNA用RT-PCR 方法检测,评价其敏感性。另外,采取双盲试验用荧光定量RT-PCR对该方法进行了比对验证。【结果】用H7亚型特异性引物检测 H1-H15 亚型禽流感病毒和鸡新城疫病毒等其他禽病病原,除H7亚型流感病毒外,其他样品均为阴性;用N9亚型特异性引物检测N1-N9 亚型禽流感病毒和其他禽病病原,仅当前流行的H7N9 亚型 AIV 样品有特异性目的条带,与其他N1-N9 亚型禽流感病毒和鸡新城疫病毒等其他禽病病原均无交叉反应。通过对 H7N9亚型禽流感病毒尿囊液进行10倍倍比稀释检测,证实该方法最低检出量为 1.4×10^2.5 EID₅₀·mL^-1,并可以从阳性棉拭子浸出液中扩增出目的基因片段。【结论】该RT-PCR 方法具有特异性强和准确率高的特点,可以作为H7N9亚型AIV核酸检测的一种有效候选方法。     

H9亚型禽流感病毒的分子生物学鉴定

H9亚型禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)是危害我国养禽业的主要病毒之一,造成了严重的经济损失。根据H9亚型AIV的HA基因设计了1对引物,建立了H9亚型禽流感病毒的RT-PCR鉴定方法。H9亚型AIV的HA基因预期扩增的目的片断长度为425 bp。对H9N2亚型禽流感病毒不同稀释度的尿囊液进行检测,证实病毒尿囊液的最低检出量为1×10~(4.25)EID_(50)/100μL。建立的RT-PCR检测方法对H9、H3、H4、H5亚型AIV及新城疫病毒、鸡传染性支气管炎病毒等进行检测,结果仅有H9N2亚型AIV出现特异性目的条带,其他均未出现目的条带,与其他常见禽病病原无交叉反应;用建立的RT-PCR和病毒分离2种方法同时对10株H9N2亚型AIV和8个病鸡组织的鸡胚尿囊液样品进行检测,结果 2种检测方法的符合率达100%。说明该鉴定方法特异性强,敏感性较高。     

湖南洞庭湖区12株H9N2亚型AIV全基因序列的进化分析

【目的】从分子生物学角度了解H9N2亚型禽流感病毒在湖南省洞庭湖区的变异特点和进化规律。【方法】对近年来洞庭湖区分离的12株H9N2亚型禽流感毒株的全基因进行分段克隆测序,应用Mega 5软件包对病毒基因进行多序列比对和进化树的绘制与分析。【结果】12株H9N2亚型禽流感毒株HA裂解位点均没有多个连续的碱性氨基酸插入,属于低致病性病毒。12株H9N2亚型禽流感病毒HA、NA基因进化比较同步,均处于DK/HK/Y280/97分支,而6个内部基因(M、PB2、PB1、PA、NA、NS)与高致病性禽流感H5亚型毒株呈现不同程度重组现象,且与H7N9亚型毒株基因的核苷酸同源性很高,很有可能为其提供内部基因。【结论】湖南省洞庭湖地区H9亚型禽流感病毒的遗传演化较为复杂,存在广泛的基因重组现象。     

H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因的克隆及原核表达

据GenBank收录的H9N2亚型禽流感病毒血凝素（HA）基因序列设计并合成引物,以H9N2亚型禽流感病毒RNA为模板,用R1PCR方法扩增了预计约1700bp的HA基因,将此扩增产物克隆进pMD18-T载体,采用限制性酶切及序列测定鉴定阳性重组克隆子结果表明HA基因长为1683bp。基于HA信号肽在表达中的负作用,研究通过基因工程手段缺失HA蛋白位于起始的信号肽的编码户列,获得了缺失HA蛋白信号肽的HA基因,将其亚克隆到pGEX-KG中,与GST融合表达。SDS-PAGE显示：融合表达的蛋白分子量乡为90kDa。     

H9N2亚型禽流感病毒HA检测片段阳性质粒的构建

本试验按照农业部NYT 772─2013标准构建了长度为487 bp的H9N2亚型禽流感病毒HA检测片段阳性质粒,并对该阳性质粒的特异性、敏感性和重复性进行了鉴定,获得了可用于检测H9N2亚型禽流感病毒HA片段的阳性质粒。该质粒在-20℃下即可保存,使用方便,不会污染环境,不存在散播病毒的危险。     

广东清远H9亚型禽流感的分离及初步鉴定

在本次试验中,从清远养鸡场采集疑似感染H9亚型禽流感病毒鸡群的口腔及泄殖腔拭子进行病毒分离,使用血凝及血凝抑制试验进行初步鉴定,提取病毒RNA,使用针对H9亚型禽流感病毒HA基因的特异性鉴定引物对该分离株进行RT-PCR检测,回收特异性目的片段后进行测序分析,结果显示,该毒株属于H9亚型禽流感病毒.     

H9N2亚型禽流感病毒HA检测片段阳性质粒的构建

本试验按照农业部NYT 772─2013标准构建了长度为487 bp的H9N2亚型禽流感病毒HA检测片段阳性质粒,并对该阳性质粒的特异性、敏感性和重复性进行了鉴定,获得了可用于检测H9N2亚型禽流感病毒HA片段的阳性质粒。该质粒在-20℃下即可保存,使用方便,不会污染环境,不存在散播病毒的危险。     

2013年苏皖地区4株H9N2亚型禽流感病毒HA,NA基因的遗传演化分析

为了解2013年苏皖地区H9N2亚型禽流感病毒的变异情况,选取2013年所分离的4个H9N2亚型禽流感病毒株,对其HA和NA基因进行测序,并应用DNAStar和Mega生物软件拼接序列和建立进化树。结果表明,4株H9N2的HA裂解位点氨基酸均为-R(K)SSR/GL-,具有典型低致病性禽流感病毒HA基因的特征;但其226位氨基酸均为亮氨酸(L),呈现出人流感受体结合特性。4株病毒NA基因颈部均有9个核苷酸的缺失,且NA潜在糖基化位点数量不超过8个。进化树分析表明,2013年苏皖地区H9N2流行毒株HA和NA基因发生变异,且变异与时间呈现一定的相关性,与地域无关。     

H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因的遗传变异

连续3年对某鸡场禽流感感染鸡群进行跟踪监测,对使用疫苗前与使用疫苗后不同时段分离的H9N2亚型禽流感病毒的血凝素(HA)基因进行全序列分析,研究其H9N2亚型禽流感病毒在同亚型灭活疫苗的选择压力下的遗传变异。结果表明:在使用第1次分离的病毒株制备的疫苗后8个月分离该病毒株,其HA基因仅有1个氨基酸发生变异;继续使用该疫苗第2年分离的该病毒株,其HA基因有20个氨基酸发生变异。     

在DNA芯片平台上探测AIV不同亚型 cDNA

 对以基因芯片技术为基础的检测H5、H7、H9亚型禽流感病毒的快速诊断技术进行了研究。试验中所使用的病毒为A/Goose/Guangdong/1/96（H5N1）、A/African starling/983/79（H7N1）和 A/Turkey/Wisconsin/1/66（H9N2）。通过RT-PCR获得大约500 bp的禽流感病毒基因cDNAs片段，克隆，从重组质粒扩增DNA片段，并点到玻璃载体上，制成芯片。在病毒RNA反转录过程中，用Cy5标记样品 cDNAs。样品 cDNAs是一个包括禽流感病毒HA和M基因的混合物。依据M基因鉴别型，依据HA基因鉴别亚型。扫描芯片上探针结合位点，杂交信号与预期设想基本一致。结果显示，DNA芯片技术可以提供一种有效的AIV诊断方法。     

禽流感病毒H5N1亚型血凝素基因在昆虫细胞中的表达

[目的]研究禽流感病毒H5N1亚型血凝素基因在昆虫细胞中的表达。[方法]将禽流感病毒H5N1亚型HA基因以BamHI和NotI双酶切插入pFastBacI载体构建pFast-H5HA转移载体质粒,然后将pFast-H5HA转入含有穿梭质粒的感受态DH10Bac中发生转座作用,在含有X-gal、IPTG、庆大霉素、卡那霉素和四环素的琼脂平板上筛选白色菌落,通过连续传代4次后获得稳定的重组质粒reBac-mid-H5HA。[结果]将重组质粒reBacmid-H5HA转染Sf9昆虫细胞,获得含有禽流感病毒H5N1亚型HA基因的重组杆状病毒,经间接免疫荧光和Western-blot证实HA基因在昆虫细胞中获得表达。重组杆状病毒表达产物能够凝集鸡红细胞,并能被抗H5N1 HA单抗所抑制。[结论]重组血凝素蛋白在杆状病毒中能获得正确表达,为研制AIVH5亚型检测抗原和亚单位疫苗奠定基础。     

H6N2亚型禽流感病毒血凝素基因的克隆及其序列分析

设计特异引物,采用RT-PCR技术,成功从本实验室分离、保存的H6N2禽流感病毒毒株(HB 2002)中克隆到血凝素基因(HA)序列,该克隆基因全长1 714 bp,提交GenBank,获得登录号DQ 285546.同部分H6,H5,H7,H9亚型禽流感病毒HA基因序列分析表明,该基因核酸、氨基酸序列与A/duck/Hainan/4/2004(H6N2),A/duck/Hong Kong/3600/99(H6N2)毒株有99%的相似性;分子进化分析结果显示,该基因与此2毒株亲缘关系最近.由该克隆核酸序列推导的HA蛋白共566个氨基酸,该蛋白同其他H6亚型AIV的HA蛋白有相同裂解位点序列即PQIETR↓ G,无高致病性毒株典型的裂解位点特征,因此,初步判定毒株HB 2002为低致病性禽流感病毒.     

H6N2亚型禽流感病毒血凝素基因的克隆及其序列分析

设计特异引物,采用RT—PCR技术,成功从本实验室分离、保存的H6N禽流感病毒毒株（HB2002）中克隆到血凝素基因（HA）序列,该克隆基因全长1714hp,提交GenBank,获得登录号DQ285546。同部分H6,H5,H7,H9亚型禽流感病毒HA基因序列分析表明,该基因核酸、氨基酸序列与A／duck／Hainan／4／2004（H6N2）,A／duck／HongKong／3600／99（H6N2）毒株有99％的相似性;分子进化分析结果显示,该基因与此2毒株亲缘关系最近。由该克隆核酸序列推导的HA蛋白共566个氨基酸,该蛋白同其他H6亚型AIV的HA蛋白有相同裂解位点序列即PQIETR↓G,无高致病性毒株典型的裂解位点特征,因此,初步判定毒株HB2002为低致病性禽流感病毒．     

河南地区一株鸡源H9N2亚型禽流感病毒的分离鉴定及HA基因变异分析

由发病蛋鸡体内分离得到一株禽流感病毒,经PCR、血凝试验和免疫荧光鉴定为H9N2亚型,命名为A/Chicken/henanxy/2010(H9N2),病毒对SPF鸡无致病性,对其HA基因进行克隆测序,HA基因氨基酸裂解位点为PSRSSRGLF,符合低致病性禽流感的分类标准;并将HA基因和自GenBank读取的H9N2病毒的HA基因序列比较,表明河南分离株属于欧亚分支中的Y280-like分支,与A/Chicken/shandongHL/2010(H9N2)氨基酸同源性94.8%,可能是Y280-like个别核苷酸突变的一株。     

禽流感病毒A/Duck/Shnghai/02/99(H9)HA基因的克隆及序列分析

根据GenBank已公布的禽流感病毒H9亚型血凝素蛋白编码基因,设计了一对引物(H1和H2),RT-PCR扩增禽流感病毒A/Duck/Shanghai/02/99(H9)的HA基因,扩增片段与载体pUCm-T的连接产物转化大肠杆菌感受态细胞,重组质粒pUCm-T-HA经限制性内切酶酶切和PCR鉴定后进行测序。BlastN分析结果显示该分离株血凝素编码基因与已发表的鸭源禽流感病毒A/Duck/Shantou/1605/01(H9N2)和A/Duck/Hong Kong/Y280/97(H9N2)血凝素编码基因的核甘酸序列同源性为98%,从而从分子水平确定了该分离株为H9亚型禽流感病毒。     

H5N1亚型禽流感病HA1基因的克隆测序与表达

提取禽流感病毒液中RNA,根据GenBank中收录的禽流感病毒(AIV)H5N1亚型的血凝素(HA)基因序列设计并合成了1对引物。RT-PCR扩增出HA全基因,并克隆到pMD18-T载体,对重组质粒进行酶切鉴定及序列测定。与GenBank收录的其他AIV H5N1亚型的HA基因进行序列比较分析,同源性达96%~99%。从HA基因序列中截取HA1基因,亚克隆到表达质粒pET-28a中构建HA1基因原核表达质粒,转化E.coliBL21(DE3)细胞,在IPTG诱导下表达出HA1蛋白,所表达的蛋白质分子质量约为37~40ku。该研究为进一步开发用于禽流感抗体检测的抗原蛋白打下了基础。     

H9亚型禽流感广谱亚单位疫苗抗原设计及其免疫效力

H9N2亚型禽流感病毒(AIV)变异快、传染性强,由病毒流行株制备而成的灭活疫苗达不到完全保护的效果,导致H9N2亚型禽流感时有发生。为研发具有广谱保护性的H9亚型禽流感疫苗,本研究利用生物信息技术,对H9亚型AIV HA基因序列进行分析,设计获得HA基因序列。将HA基因构建于杆状病毒表达系统,表达的重组HA蛋白血凝效价为1×2¹²,与不同分支H9亚型AIV阳性血清具有良好的交叉反应活性。将重组蛋白制备成疫苗(rHA疫苗)免疫10日龄雏鸡,免疫后28 d将不同亚分支的H9亚型AIV流行毒株115和YZ株分别以1×10⁶EID₅₀(半数鸡胚感染量)感染试验鸡,rHA疫苗组交叉保护效力明显优于商品苗组。本研究结果表明H9亚型禽流感广谱型亚单位疫苗具有较好的应用前景,可以用于防控H9 AIV感染。     

多重RT-PCR快速检测禽流感病毒的研究

参考H1-H15亚型禽流感病毒(AIV)的核蛋白(NP)基因序列以及H5、H6、H9亚型AIV血凝素(HA)基因,共设计4对引物,建立了2对引物扩增AIV的NP、HA基因的多重RT-PCR方法.应用此法分别对H5、H6、H9亚型AIV尿囊液RT-PCR,电泳,回收预期片段进行测序,并同Genebank的注册序列进行同源性分析.也对NDV、IBV、IBDV尿囊液以及3种亚型AIV尿囊液的2倍系列稀释样品进行检测.结果表明,3种亚型AIv尿囊液均出现2条特异性条带,经测序确证为目的扩增片段,BLAST的同源性初步判断3种AIV的亚型为H5N1、H6N2、H9N20对NDV、IBV、IBDV的RNA扩增未见2条目的条带,判断为阴性,说明该法特异性强:能对3种亚型AIV尿囊液64～128倍稀释的样品检测出AIV,表明其灵敏度高.该检测法检测的整个过程仅需4h,实现了AIV的快速检测.     

禽流感病毒4个亚型一步法多重RT-PCR检测方法研究

为了建立简便、快速的AIV检测方法,根据禽流感病毒H5、H7、H9亚型HA基因和N1亚型NA基因的保守序列,设计了4对RT-PCR引物,对H5、H7、H9、N1 4个亚型进行了多重RT-PCR扩增,通过多重RT-PCR敏感性和特异性试验,建立了多重RT-PCR检测方法;应用所建立的多重RT-PCR方法和病毒分离的经典方法对395份(4省20多个地区)口岸检样进行了平行检测,并对其检测结果进行了比较。结果表明,H5、H7、H9、N1 4个亚型的扩增产物大小分别为380,641,493和328 bp,对NDVI、BV、ARVI、BDV、MDV、FPV扩增均为阴性,平行检测结果完全吻合,说明所建立的多重RT-PCR检测方法具有较好的敏感性和特异性。