雪山鸡UCP基因编码区SNPs与肌内脂肪酸含量关联分析

通过MALDI-TOF-MS技术对雪山鸡UCP基因编码区候选SNPs位点进行扫描,对SNPs的存在与否进行进一步的验证,并且与脂肪性状进行关联分析。结果表明:雪山鸡UCP基因在外显子2中存在C622T突变,得到3种基因型,T、C等位基因频率分别为0.295和0.705。适合性检验处于遗传平衡状态。发现TT型个体胸肌C18∶1n9c含量、C18∶2n6c含量均显著高于TC和CC型的个体(P<0.05);腿肌中发现TT型个体C16∶0含量显著高于TC和CC型的个体(P<0.05),初步认为UCP基因应是肌肉脂肪酸性状的候选标记。     

南江黄羊脂肪型脂肪酸结合蛋白（A-FABP）基因多态性与生长性状关联分析

根据山羊A-FABP mRNA序列设计2对引物扩增南江黄羊A-FABP基因部分外显子3、内含子3和外显子4序列,利用克隆测序的方法寻找南江黄羊A-FABP基因的多态性,采用PCR-RFLP的方法进行多态性检测并与生长性状进行关联性分析。结果显示,在南江黄羊A-FABP基因第3内含子和第4外显子序列上分别发现T143C和T546C2个点突变位点,其中T546C位点为同义突变,这2处突变各自产生3种基因型CC、TC和CC,χ2检验显示,这2个位点均处于中度多态且在南江黄羊群体中分布处于Hardy-Weinberg平衡（P〉0.05）。关联分析显示,T143C位点TC基因型公羊个体的成年胸围显著长于TT型（P〈0.05）;T546C位点CC基因型公羊个体的周岁体长显著长于TT基因型（P〈0.05）,TC基因型母羊个体的6月龄体质量和胸围均显著长于CC基因型（P〈0.05）,其余生长性状在不同基因型个体间差异不显著（P〉0.05）。结果表明：南江黄羊A-FABP基因第3内含子和第4外显子多态性可能对个体生长性状产生一定的影响。     

兴义鸭肌肉生长抑制素基因多态性与屠宰性状的相关性分析

为了解兴义鸭肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因SNPs与屠宰性状的相关性,本研究采用基因克隆及PCR产物直接测序的方法,将MSTN基因作为鸭屠宰性状的候选基因,对兴义鸭的MSTN基因外显子进行多态性检测.结果表明,在60个兴义鸭个体中筛选出8个SNPs,其中,第1外显子有5个突变位点:SNP1(G77A)、SNP2(A91G)、SNP3(G130A)、SNP4(C325T)和SNP5(C331T);在第2外显子中并未发现突变位点;第3外显子有3个突变位点:SNP6(C206T)、SNP7(A235G)和SNP8(C256A);对这8个SNPs与屠宰性状进行关联性分析,结果并未达到显著水平(P>0.05).本研究结果可丰富MSTN基因的研究数据,为鸭的育种提供参考.     

鸽SPAG6基因多态性与精子活力、体尺性状的相关性研究

为探讨鸽精子相关抗原6蛋白(SPAG6)基因单核苷酸多态性(SNPs)及其与鸽精子活力和体尺性状之间的关系,选择98只12月龄银王鸽,采用DNA直接测序法对SPAG6基因部分片段进行SNPs筛选。结果表明:在SPAG6基因编码区和非编码区分别发现2个和7个突变位点,其中G26789T位点BB基因型个体精子活力显著高于AB基因型(P0.05),AA基因型个体胫长均值显著高于BB基因型(P0.05);C16181G和C16336T位点与胫围显著相关(P0.05),BB基因型为优势基因型;T27507C位点AA基因型个体胫围均值显著高于AB基因型(P0.05);T30364C位点3种基因型个体胸宽差异显著,其中BB基因型为优势基因型(P0.05)。由此可见,SPAG6基因与精子活力和体尺性状密切相关,可以作为银王鸽精子活力与体尺性状分子标记的候选基因。     

朗德鹅A-FABP基因内含子2多态性及其与产肝性能的关联分析

采用PCR-SSCP法检测77只朗德鹅A-FABP基因内含子2的多态性,并对基因多态性与肥肝性能进行关联分析。结果表明:扩增序列大小为482 bp,发现有2个突变位点,在162 bp处发生T→C突变,在322 bp处发生C→T突变,鹅群中表现出AA、AB和BB 3种基因型,且基因型频率分别为0.1948、0.5455、0.2597,A和B等位基因基因频率分别为0.4676、0.5324,群体该多态位点处于Hardy—Weinberg遗传平衡状态。单因素方差分析显示,AB型个体的肝重和肝体比均最高,其中AB、AA型个体肝体比差异显著(P<0.05),AB、BB型个体肝重差异显著(P<0.05)。初步推断,A-FABP基因可作为影响朗德鹅产肝性能的候选基因,其中基因型AB为有利基因型。     

鸡A-FABP基因不同基因型遗传效应及初步验证

本研究旨在探讨影响鸡肌内脂肪性状的重要候选基因A-FABP的不同基因型遗传效应,并进行初步验证,为进一步开发利用脂肪性状的有效分子标记提供依据。运用PCR-SSCP技术检测如皋鸡A-FABP基因的单核苷酸多态性(SNPs),并分析其与胸肌脂肪含量之间的关系;同时采用荧光定量PCR技术检测后代分离群体不同基因型的时空表达规律,进行不同基因型遗传效应的初步验证。研究表明,如皋鸡A-FABP基因外显子3中1 763位点存在A/G突变,引起Ser(AA型)突变为Asn(BB型);不同基因型对12周龄如皋鸡胸肌脂肪含量的关联分析发现,AA、AB基因型个体的IMF含量显著高于BB型个体(P<0.05),AA型IMF含量最高,为有利基因型;经后代分离群体Q-PCR证实,A-FABP基因的表达不存在性别差异,在不同组织中表达量顺序:腹脂>胸肌>心脏>肝脏;在不同时间阶段,肝脏、心脏和胸肌的表达趋势一致,4周龄时达到最高值,6～12周龄缓慢下降;而腹脂在10周龄时达到最高峰,12周龄开始下降。同一组织中不同基因型个体表达水平存在显著差异,BB基因型在所有组织中的表达量均处在较低水平,与肌内脂肪含量关联分析结果一致,从而表明BB...     

雪山鸡THRSPα基因5′-侧翼区SNPs与肌肉品质关联性

通过MALDI-TOF-MS技术对雪山鸡甲状腺激素应答蛋白Spot 14(THRSP)α基因5′-侧翼区候选SNPs位点进行扫描,对SNPs的存在与否进行进一步验证,并对其与肌肉品质进行关联分析。结果表明:雪山鸡THRSPα基因5′-侧翼区中存在G637A突变,得到3种基因型,G、A等位基因频率分别为0.567和0.433,适合性检验处于遗传平衡状态;不同基因型个体间在pH值、肉色和嫩度等常规肉品质指标并无显著差异;但GA型个体胸肌肌内脂肪含量显著高于GG和AA型的个体(P0.05)。GA个体腿肌的C16∶0含量、C18∶1n9c含量、C18∶2n6c含量均显著高于GG和AA型的个体(P0.05),GG和AA型个体之间差异不显著。初步可以认为THRSPα基因应是肌肉脂肪性状含量的候选标记。     

基于连接酶检测反应的并行分型系统检测鸡肉风味相关候选基因多态性

旨在建立一个基于聚合酶链反应—连接酶检测反应(LDR)的基因多态性并行检测系统,检测鸡肉风味相关候选基因脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因、细胞外脂肪酸结合蛋白(Ex-FABP)基因和腺苷琥珀酸裂解酶(ADSL)基因的多态性,并分析其在优良地方鸡种——清远麻鸡和快大型隐性白羽鸡中的分布差异。采集165只隐性白羽鸡和185只清远麻鸡母鸡的血液并提取DNA,应用PCR-LDR方法检测A-FABP51C/T、Ex-FABP1011T/C和ADSL3484C/T的基因型。结果,所得分型结果同直接测序分型结果一致。3个多态位点在2个品种鸡中均表现为中度多态,并且在不同品种中的分布均存在差异,在A-FABP51C/T位点上达到显著水平。结果表明,建立的基于连接酶检测反应的基因多态性并行检测系统是一种准确、灵敏的SNP检测方案,为鸡肉风味性状相关基因的多态性研究提供了基础。     

白羽王鸽LPL基因的多态性与肉质性状相关性研究

脂蛋白脂肪酶基因(LPL)可影响脂肪代谢,对肉质性状产生影响。为分析鸽LPL基因单核苷酸多态性(SNPs)及其与肉质性状的相关性,本研究以140个白羽王鸽个体为研究材料,采用直接测序法筛选LPL基因外显子7和内含子6、内含子7 SNPs。结果表明:7个突变位点,其中G11726T、A11989G和G12061A突变与脂肪酸含量、剪切力和系水力有显著或极显著相关;G11747T和T12169G突变与肌内脂肪(IMF)有显著相关;A12239 T突变与肌苷酸(IMP)有极显著相关。表明LPL基因这些SNPs可以作为肉质性状的分子标记,为肉鸽的育种提供基础资料。     

IGF-I与IGFBP-1基因对京海黄鸡生长性状的遗传效应分析

旨在对IGF-I和IGFBP-1基因部分SNPs与鸡生长性状进行关联分析。试验以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测2个候选基因的单核苷酸多态性(SNPs),采用一般线性模型(GLM)分析基因型与生长性状的遗传效应。结果表明,IGF-I基因外显子3序列的60bp处有A→G的点突变,在京海黄鸡中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因频率为0.613,B等位基因的频率为0.387;IGFBP-1基因外显子2序列的21bp处有A→T的点突变,104bp处有T→C的突变,在京海黄鸡中检测到CC、CD和DD 3种基因型,C等位基因频率为0.558,D等位基因频率为0.442。IGF-I基因BB基因型个体4周龄体质量显著高于AA和AB型个体(P<0.05);IGFBP-1基因DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型个体(P<0.05),4、12和16周龄体质量差异极显著(P<0.01)。因此,推测这些SNPs对京海黄鸡生长性状具有一定的影响,应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快育种进程。     

Genetic Effects of IGF-Ⅰ and IGFBP-1 Genes on the Growth Traits in Jinghai Yellow Chicken

旨在对IGF-Ⅰ和IGFBP-1基因部分SNPs与鸡生长性状进行关联分析.试验以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测2个候选基因的单核苷酸多态性(SNPs),采用一般线性模型(GLM)分析基因型与生长性状的遗传效应.结果表明,IGF-Ⅰ基因外显子3序列的60 bp处有A→G的点突变,在京海黄鸡中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因频率为0.613,B等位基因的频率为0.387;IGFBP-1基因外显子2序列的21 bp处有A→T的点突变,104 bp处有T→C的突变,在京海黄鸡中检测到CC、CD和DD 3种基因型,C等位基因频率为0.558,D等位基因频率为0.442.IGF-Ⅰ基因BB基因型个体4周龄体质量显著高于AA和AB型个体(P＜0.05);IGFBP-1基因DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型个体(P＜0.05),4、12和16周龄体质量差异极显著(P＜0.01).因此,推测这些SNPs对京海黄鸡生长性状具有一定的影响,应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快育种进程.     

A-FABP基因5′侧翼区多态性及其与秦川牛肉用性状的关联分析

本研究通过对牛脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因5′侧翼区的1441bp序列进行SNPs检测,结果在转录起始位点上游-389bp处发现T→C突变,进而利用PCR-SSCP的方法在秦川牛、南阳牛、鲁西牛、夏南牛和郏县红牛共5个牛群体中进行个体基因型分析,结果发现3种基因型,分别命名为AA、AB和BB。χ2检验表明,除秦川牛外其它各品种在该基因座均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。基因型与秦川牛肉用性状的关联分析发现,AB基因型个体的宰前活体质量、胴体质量、含水率均显著低于AA和BB基因型个体(P0.05),AA和BB基因型个体之间差异不显著;BB基因型个体大理石花纹等级极显著优于AB基因型个体(P0.01),显著优于AA基因型个体(P0.05)。推测这一位点可能是影响牛肉大理石花纹及含水率的主效QTL或与之紧密连锁,可尝试做为肉牛肉质性状的候选分子标记。     

ASB12基因SNPs位点多态性与延边黄牛生长性状关联分析

为研究延边黄牛细胞因子信号转导相关(ASB12)基因多态性与延边黄牛体尺性状的相关性,以203头同等饲养条件下延边黄牛阉牛为研究对象,采用PCR-RFLP技术检测ASB12基因的SNPs位点,并将其与延边黄牛体尺性状进行关联分析。结果:ASB12基因存在2个突变位点,分别为T709C突变,导致氨基酸Leu→Pro的错义突变;C1039T突变,导致氨基酸Pro→Leu的错义突变。χ~2检验显示,2个突变位点在所检测延边黄牛群体中处于Hard-Weinberg平衡状态(P0.05)。关联分析显示,延边黄牛ASB12基因2个突变位点的不同基因型与体高、体斜长差异显著(P0.05)。将2个突变位点合并基因型分析结果表明,组合AACG基因型个体在体高和体斜长显著高于组合BBGG型个体(P0.05)。初步认为ASB12基因对延边黄牛生长性状的有显著影响,其中组合AACG可能是影响延边黄牛生长性状的最佳基因型组合。     

鸡肌内脂肪性状的多基因聚合效应分析

以如皋鸡为试验材料,采用PCR-SSCP技术对影响鸡肌内脂肪性状的3个候选基因(H-FABP,A-FABP和△9-FAD)进行单核苷酸多态性和基因聚合效应分析.结果发现,在3个基因中分别检测到A2980G,A1763G和C197T的SNP突变及3种基因型.肌内脂肪最小二乘差异显著性检验表明,H-FABP和△9-FAD基因中BB型与A-FABP基因中AB型为优势基因型,显著高于其他两种类型(P<0.05);但聚合基因型(两基因和三基因)并未表现出其相应的优势,无明显遗传规律可循,可见简单的优势基因型聚合并不是最佳的聚合方案,应建立在单个候选标记遗传效应明确且一致的基础上,尤其是针对复杂的肉质性状如肌内脂肪等.     

STATTAT5b基因多态性及其与京海黄鸡繁殖性状的相关分析

以信号转导和转录激活子5b(STAT5b)基因为候选基因,采用PCR-SSCP和DNA测序技术检测STAT5b基因在京海黄鸡、边鸡、尤溪麻鸡和AA鸡4个群体中的单核苷酸多态性(SNPs),并与京海黄鸡繁殖性状的相关性进行研究。结果表明,就STAT5b基因P1位点而言,在4个鸡群体中检测到6种基因型(DD、DE、DF、EE、EF、FF)。克隆测序发现,与DD基因型相比EE和FF基因型中存在2个突变(A9221G、T9401C)。就P2位点而言,在4个鸡品种中检测到3种基因型(GG、GH和HH),克隆测序发现,与GG基因型比较HH基因型有3个突变(C11159T、T11183C和T11252C)。最小二乘分析结果显示,DF基因型的京海黄鸡300日龄产蛋数显著高于EE基因型的京海黄鸡个体(P0.05),其他性状基因型间无差异(P0.05);GG基因型京海黄鸡300日龄体重显著高于GH基因型的京海黄鸡个体(P0.05),其他性状基因型间无差异(P0.05)。单倍型分析产生8种单倍型,10种单倍型组合。单倍型组合H1H3和H1H8京海黄鸡个体300日龄产蛋数最多;单倍型组合H1H7京海黄鸡个体300日龄蛋重最大;H1H1单倍型组合京海黄鸡个体300日龄体重最高。因此,推测STAT5b基因P1、P2位点对京海黄鸡繁殖性状有一定影响。     

番鸭A-FABP基因部分序列多态性与屠宰、肉质性状和血清甘油三酯含量关系

根据家鸭A-FABPmRNA序列和鸡A-FABP基因组序列设计1对引物扩增番鸭A-FABP基因内含子1序列。同时根据扩增产物设计5对引物,利用PCR-SSCP对番鸭A-FABP基因部分进行多态性研究及多态性与部分屠宰性状、肉质性状、胸肌肌内脂肪含量和血清甘油三酯含量关系。结果显示,克隆序列包含番鸭A-FABP基因外显子1、2部分序列和完整的内含子1序列,与家鸭和鸡A-FABP基因内含子1分别有序列94.43%和72.95%的同源性;经SSCP检测,在引物P3扩增片段上发现2处碱基突变:分别为1074处T-G和1089处A-C突变,这2处突变产生3种基因型AA、BB和AB型,χ2检验显示番鸭群体符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。最小二乘分析显示,AA、AB型个体在胸肌率、肌肉pH值以及胸肌肌内脂肪含量均存在显著性差异(P0.05)。结果表明,番鸭A-FABP基因内含子1多态性可能对个体生产性能产生重要的影响。     

钙蛋白酶3(CAPN3)基因多态性与牛胴体性状的关联分析

为了探讨钙蛋白酶3(Calpain3,CAPN3)基因作为影响牛肉质性状候选基因的可能性,寻找与牛肉质性状相关的分子标记,对CAPN3基因的5′端区域进行SNPs检测,分析不同基因型在不同品种或者组合群体间的分布规律。利用测序和PCR-RFLP的方法进行SNPs检测和基因型分析,计算等位基因频率、各位点多态信息含量。结果发现,2546位处发生点突变C→T。各位点的3种基因型与牛生产性状的最小二乘分析结果表明,AB与BB基因型个体在胴体质量指标上存在显著差异(P0.05)。初步推断CAPN3基因可能是影响牛肉质性状潜在的主效基因或与主效基因连锁,并且这个位点具有成为分子标记的潜在可能。     

PLIN基因多态性与秦川牛胴体、肉质性状的相关性研究

旨在研究PLIN基因第3、4外显子多态性与秦川牛部分产肉性状的关系。以相同饲养条件下18~24月龄的405头秦川牛为研究对象,利用PCR-SSCP方法和测序技术,对PLIN基因第3、4外显子进行SNPs位点检测,并将发现的SNPs位点与部分产肉性状进行关联性分析。结果,在第3外显子的156 bp处发生T→C突变,第4外显子的14 bp处发生C→T突变。方差分析表明:AB基因型个体的宰前活体质量、胴体质量、背膘厚和眼肌面积显著高于AA和BB基因型个体(P0.05),而且相对于AA基因型个体达到差异极显著水平(P0.01);DE基因型个体的胴体长、胴体胸深和背膘厚显著高于DD和EE基因型个体(P0.05),DD基因型个体的肌肉嫩度极显著高于EE和DE基因型个体(P0.01)。研究显示,PLIN基因单核苷酸多态性对秦川牛脂肪沉积有一定的影响,可作为影响胴体和肉质的候选基因,指导肉牛的育种工作。     

MyoG与Myf5基因与京海黄鸡生长性状的相关分析

以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测MyoG和Myf5基因的单核苷酸多态性(SNPs),并分析基因型间的互作以及基因型对生长性状的遗传效应。结果表明,MyoG基因外显子3上存在一个T36C突变,形成了AA、AB和BB 3种基因型;Myf5基因外显子1上存在一个A1313G突变,形成了CC、CD和DD 3种基因型。对生长性状的最小二乘分析结果显示,BB型个体的2~16周龄均显著或极显著的高于AA型个体(P0.05或P0.01)。CD型个体仅在初生体质量上显著优于CC型个体。基因互作分析结果显示,互作效应对6、8周龄体质量的影响达到了极显著水平(P0.01)。本试验为京海黄鸡生长性状的标记辅助选择提供了参考依据。     

半番鸭NR3C2基因多态性及生物信息学分析

为了探讨盐皮质激素受体基因(NR3C2基因)作为半番鸭异常行为研究候选基因的可能性,试验以半番鸭为材料,设计9对引物对NR3C2基因遗传多态性进行研究,其PCR产物经测序后,利用生物信息学软件分析SNPs位点突变前后NR3C2基因及其蛋白结构的变化。结果表明:在扩增的NR3C2基因中筛选出7个SNPs,即Intron2-G13 928T、Intron2-A13 972G、Intron2-T14 336C、Intron4-A34 930G、Intron4-T35 157G、Exon8-C198 088T和Exon9-G199 134C,其中Exon8-C198 088T为同义突变,Exon9-G199 134C为错义突变,导致编码的亮氨酸(Leu)突变为缬氨酸(Val)。说明NR3C2基因在半番鸭中存在突变位点,可能与半番鸭异常行为有关。