鹅IGF-Ⅰ基因5’调控区序列的克隆与分析

根据鸡、鸭等的IGF-Ⅰ基因5’调控区的保守区序列设计一对兼并引物,从五龙鹅的基因组DNA中扩增了IGF-Ⅰ基因5’调控区序列,将其克隆到pMD18-T载体上进行测序,结果得到长796 bp的序列。五龙鹅IGF-Ⅰ基因5’调控区序列与鸭、鸡的同源性分别为98.1％、93.0％,充分显示了IGF-Ⅰ基因在进化上的高保守性;与鸭相比有4处碱基缺失和7处碱基插入;与鸡相比有4处碱基缺失和3处碱基插入。对其序列进行酶切图谱分析发现,共有5种常见的限制性内切酶的酶切位点。     

鹅IGF-Ⅰ基因cDNA的克隆、分析与原核表达

从GenBank中读取鸡、鸭、鹌鹑、火鸡等的胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因序列进行分析并设计引物,运用RT-PCR法从五龙鹅的总RNA中克隆了IGF-Ⅰ基因的完整编码区序列(GenBank登录号为DQ662932)。运用生物信息学技术对序列进行分析,结果显示:五龙鹅IGF-Ⅰ基因的编码区长462bp,与鸭和鸡基因序列同源性分别为99.6%和98.1%;分子进化树进一步揭示了五龙鹅与鸭、鸡及其他动物的进化关系;同源建模分析发现该基因有3个α-螺旋组成。克隆鹅IGF-Ⅰ基因表达序列,然后连接到pET-32a载体上进行原核表达。经SDS-PAGE分析发现原核表达产物约为28ku的融合蛋白,Western杂交分析表明,重组蛋白为目的蛋白。     

鹅类胰岛素样生长因子-Ⅰ基因的克隆与序列分析

类胰岛素样生长因子-Ⅰ是调控动物生长、发育、繁殖、免疫以及癌症、衰老等的重要调节因子。研究根据公开发表的鸡、鸭、鹅等IGF-Ⅰ基因序列设计5对引物,用PCR方法从鹅基因组DNA中分别扩增出IGF-Ⅰ基因的5′调控区部分序列及外显子1、内含子1和外显子4序列。扩增产物在电泳后的琼脂糖凝胶上分别为预期的309、203、549、4413bp和1442bp特异性条带。将扩增产物或扩增产物克隆入pMD19-T载体进行序列测定,比对后发现与鸡、鸭的同源性均大于80%,与鼠、人的同源性也在68%以上。其中内含子1和外显子4的序列已上传至GenBank,基因登录号分别为EU111743和EU072031。     

鹅IGF-I基因cDNA的克隆、分析与原核表达

从GenBank中读取鸡、鸭、鹌鹑、火鸡等的胰岛素样生长因子-I(IGF-I)基因序列进行分析并设计引物,运用RT-PCR法从五龙鹅的总RNA中克隆了IGF-I基因的完整编码区序列(GenBank登录号为DQ662932).运用生物信息学技术对序列进行分析,结果显示:五龙鹅JGF-I基因的编码区长462 bp,与鸭和鸡基因序列同源性分别为99.6%和98.1%;分子进化树进一步揭示了五龙鹅与鸭、鸡及其他动物的进化关系;同源建模分析发现该基因有3个α-螺旋组成.克隆鹅IGF-I基因表达序列,然后连接到pET-32a载体上进行原核表达.经SDS-PAGE分析发现原核表达产物约为28 ku的融合蛋白,Western杂交分析表明,重组蛋白为目的蛋白.     

鹅IGF-Ⅰ基因5'调控区单核苷酸多态性分析

以皖西白鹅和朗德鹅为素材,设计引物对鹅的IGF-Ⅰ基因5'端非编码区序列克隆测序,运用PCR-SSCP方法检测IGF-Ⅰ基因5'调控区的单核苷酸多态性.检测发现该区域存在4个SNP位点,分别是:A-26T、A-215G、A-314G、A-325T.     

鹅IGF-Ⅰ基因5′调控区单核苷酸多态性分析

以皖西白鹅和朗德鹅为素材,设计引物对鹅的IGF-Ⅰ基因5′端非编码区序列克隆测序,运用PCR-SSCP方法检测IGF-Ⅰ基因5′调控区的单核苷酸多态性。检测发现该区域存在4个SNP位点,分别是：A-26T、A-215G、A-314G、A-325T。     

鸭脂蛋白脂酶基因的SNP与肥肝性状的相关研究

为了研究鸭脂蛋白脂酶(LPL)基因与肥肝性状的关系,试验采用PCR-SSCP技术与测序相结合的方法,根据鸡LPL基因序列设计引物,对鸭基因组进行PCR扩增,并在其产物序列的基础上设计5对引物检测单核苷酸多态性(SNP)。结果表明:鸭LPL基因扩增的片段长度为922 bp,在骡鸭和樱桃谷鸭中共检测出3个SNP;第530位碱基处A突变为G,第895位碱基处有碱基G的插入,第919位碱基处C突变为T;而且SNP与肝重和腹脂率等肥肝性状的关联分析显示,在肥肝性能优良的骡鸭中A4A4基因型对产肝性能是增效,A6A6基因型对产肝性能是减效。     

鸭甲状腺激素应答基因(THRSPα)比较基因组学研究

为从比较基因组学角度研究鸭、鸡甲状腺激素应答Spot14alpha（THRSPα）基因突变的异同,根据对鸭THRSPα基因克隆和表达的研究结果,采用多样本PCR产物测序方法筛查鸭THRSPα基因编码区和部分内含子区的核苷酸变异,并与已知的鸡THRSPα基因编码区多态进行比较分析。结果表明：鸭THRSPα基因突变频率远高于鸡,编码区平均突变频率为每1000个碱基有23个碱基发生突变,内含子区平均每1000个碱基有28个碱基发生突变。编码区16个突变有3个为错义突变,其余均为同义突变。并且THRSPα蛋白靠近亮氨酸拉链结构域N端的第81位天冬氨酸（Asp81）,在鸭中错义替换为缬氨酸（Val）,在鸡中发生插入或缺失。提示鸭在进化过程中所受选择程度低于鸡,使其THRSPα基因碱基替换频率和分布均匀度均高于鸡,二者在脂肪性状相关的Asp81位点处均发生缺失或突变。     

乌鬃鹅a干扰素基因的克隆及生物信息学分析

采用RT-PCR方法从乌鬃鹅肝脏中扩增a干扰素（Interferon,IFN-a）基因片段,将扩增片段克隆到pMD18-T载体上,经PCR和双酶切鉴定为阳性后进行序列测定,并用生物信息学软件Lasergene v7．1DNAStar和在线分析方法对IFN—a基因的核苷酸序列及其氨基酸序列进行了生物信息学分析,同时与GenBank中登录的鸡、鸭和鹅IFN．仅基因核苷酸序列进行同源性比较分析。结果表明,所扩增的IFN—a基因编码完整的开放阅读框,基因长度为576bp,与鸡、鸭与鹅IFN-a基因核苷酸序列同源性在72．0％～99．7％,遗传进化树显示鸡、鸭、鹅IFN-a因在遗传进化上各处一支。乌鬃鹅IFN-a基因的克隆及生物信息学分析为进一步研究鹅干扰素抗病毒的作用机理奠定基础。     

绿壳蛋鸡IGF-Ⅰ基因SNPs分析及其与末期产蛋性能的相关性研究

本研究以胰岛素样生长因子Ⅰ(insulin-like growth factors-Ⅰ, IGF-Ⅰ)基因作为候选基因,运用PCR-RFLP法检测基因变异,并分析其变异与鸡末期产蛋性能的相关性。以绿壳蛋鸡(n=113)作为试验材料,对IGF-Ⅰ基因5'调控区进行遗传多样性研究。研究结果表明,该调控区扩增产物经PstⅠ酶切后出现AA、AB、BB共3种基因型,经χ²检验绿壳蛋鸡在IGF-Ⅰ位点上符合Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05)。相关分析表明,IGF-Ⅰ基因5'调控区PstⅠ位点对于产蛋末期(14和15月龄)的产蛋性能没有显著影响(P＞0.05)。     

新扬州鸡IGF-1基因多态性与早期生长速度关系的研究

以150只非同胞新扬州鸡为材料，采用PCR—RFLP法检测了该基因5’调控区DNA序列多态性，并运用线性模型统计方法分析了多态性与初生重和12周龄体重的关系。结果显示：新扬州鸡IGF-1基因5、调控区自然存在两种不同DNA序列，经。PstⅠ酶切后出现3种基因型(“-／-”、“-／ ”、“ ／ ”)，基因型分布符合哈代一温伯格定律。各基因型个体的初生重、12周龄体重的最小二乘均数存在“-／-”＞“ ／-”＞“ ／ ”的趋势，且“-／-”型个体的12周龄体重显著高于“ ／ ”型个体(P＜0．05)。     

籽鹅与东北白鹅抑制素α-亚基成熟区编码序列的克隆与序列分析

为了成功扩增籽鹅与东北白鹅抑制素(INH)α-亚基成熟区cDNA基因,将籽鹅和东北白鹅编码序列的同源性与NCBI公布的鸡的对应序列进行比较,同源性分别为94.74%、94.44%。结果表明:利用T4 DNA连接酶将经SacⅠ和XhoⅠ酶切后的质粒连接到pET32a中,转化至BL21(DE3)感受态细胞后提取质粒,成功筛选出阳性表达质粒。     

鸳鸯mtDNA D-loop序列分析

采用PCR和直接测序方法测定鸳鸯线粒体DNA(mtDNA)控制区全序列,与GenBank上已知序列相比较分析mtDNA D-loop 3个区的序列变异。结果发现,鸳鸯mtDNA控制区序列长1035 bp;与欧洲鸳鸯相比,鸳鸯(样品采集来自贵州省石阡县)mtDNA控制区共存在25处转换、12处颠换、2处插入和12处缺失;两种鸳鸯之间mtDNA控制区Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ区的序列变异率分别为14.5%、0.64%和0.8%,Ⅰ区的变异速率最快;mtDNA控制区的A、C、T、G碱基含量分别是26.6%、16.0%、26.6%和30.8%,A+T含量稍高于C+G含量,G含量最高,符合序列组成的碱基偏倚性。与其他鸭科物种进行了mtDNA控制区序列一致性的比较,结果均高于80%。     

鹅p21基因克隆、启动子分析及转录调控研究

【目的】 分析鹅p21基因的结构和启动子活性，探讨p21基因的转录调控机制。【方法】 以泰州鹅为试验对象，通过同源克隆、RACE和生物信息学分析等方法获得鹅p21基因全长序列和5′-侧翼区序列特征；构建6个不同缺失片段的启动子区双荧光素酶报告载体并分析其荧光素酶活性，进而确定p21基因核心启动子区；对核心启动子区转录因子结合位点生肌决定因子(MyoD)(+25~+36 bp)进行定点突变，并构建突变报告基因载体，在C2C12细胞系内初步鉴定鹅p21基因核心转录调控因子。【结果】 鹅p21基因cDNA全长1 943 bp，CDS区大小为453 bp，编码151个氨基酸，蛋白序列包含高度保守的CDI家族结合位点。系统进化树分析表明，鹅p21基因与鸭亲缘关系最近，与鸡和火鸡有较强的进化关系。鹅p21基因5′-侧翼区包含启动子元件，—35~+37 bp是核心启动子区，发挥正向调控作用，结合定点突变技术初步鉴定MyoD是鹅p21基因核心转录调控元件。【结论】 本研究获得了鹅p21基因完整的cDNA序列和启动子区域，MyoD是p21基因核心转录调控因子，为探究p21基因在鹅胚胎期肌肉发育过程中的调控机制提供理论依据。     

鸡传染性喉气管炎病毒烟台株gB基因的序列测定及其结构功能分析

研究以鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)烟台株为模板,PCR扩增出1条约2.7kb的gB基因片段,并将其克隆到pMD18-T载体中。序列测定显示,gB基因长2622bp,包含完整的阅读框架。序列比较分析发现,烟台株和王岗株、河北株的gB基因核苷酸序列与SA2株的相比均在第89位上缺失1个碱基G,而在第102位核苷酸处插入1个碱基A,从而引起氨基酸序列中第29～32位5个氨基酸的移码突变。烟台株还有另外7个碱基发生突变,使得其gB基因与河北株、王岗株、疫苗株的gB基因核苷酸同源性分别为99.8%、SA299.7%和99.6%,氨基酸的同源性分别为99.4%、99.4%、98.9%,表明不同ILTV毒株之间gB基因是非常保守的。     

京海黄鸡IGF-Ⅰ基因与生长和屠体性状的关联分析

实验将类胰岛素生长因子Ⅰ(IGF-Ⅰ)作为研究鸡生长、屠体性状的候选基因,以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP技术对京海黄鸡的IGF-Ⅰ基因5′非编码区和第1外显子进行SNPs检测和基因型分析,探讨IGF-Ⅰ基因的多态性与鸡生长、屠体性状之间的关系。在IGF-Ⅰ基因5′端非编码区上发现1个突变,统计结果显示:活重、腿肌重、半净膛重和全净膛重在不同基因型之间均存在显著差异(P<0.05),AA基因型显著高于BB基因型个体。结果表明:该基因可能调控鸡生长、屠体性状或与控制生长、屠体性状的主基因连锁。由此推测,可以将IGF-Ⅰ基因作为鸡生长、屠体性状的辅助标记。     

鸡Cacnals基因部分序列的克隆及分析

利用PCR方法首次克隆了鸡Cacnals基因5'一部分调控区和exon1共1 863bp的序列,该序列已提交GenBank,登录号为GQ184725.同源性比对发现,鸡Cacnals基因exon1与哺乳动物同源性较高,其核苷酸相似性在72.4%～77.0%,氨基酸相似性在66.0%～2.0%.鸡Cacnals基因exon1较哺乳动物插入了9个碱基,分别编码1个高疏水性的缬氨酸和2个高亲水性的天冬氨酸和赖氨酸.Cacnals基因部分序列的克隆,可为下一步在鸡上开展此基因与肉质和屠体性状的关联性研究奠定基础.     

鹅胰岛素样生长因子-Ⅰ基因的克隆及其mRNA在组织中的表达量变化

利用半定量反转录聚合酶链反应（RT—PCR）克隆了黑龙江籽鹅IGF-Ⅰ基因，并检测了生长期间该基因mRNA在各组织中的表达量变化。结果表明，鹅IGF-Ⅰ基因与鸡、鸭IGF-Ⅰ基因的同源性分别为97．6％、99．3％；鹅肝组织中IGF-ⅠmRNA的表达水平在30日龄和60日龄较高，而30日龄的表达量极显著高于22、28日龄鹅胚和1日龄籽鹅，显著高于10日龄雏鹅；30日龄雏鹅IGF-ⅠmRNA在肝、卵巢、胸肌、肺、脾、腿肌、垂体、肌胃、肾、心等组织中都有表达，其中肝、卵巢、胸肌、肺的表达量较高。     

人血清白蛋白基因的克隆及其真核表达载体构建

利用RT-PCR扩增并克隆了含人血清白蛋白序列长约1.8 kb的片段,酶切鉴定并进行序列分析,测序结果与GenBank中登录的人血清白蛋白cDNA序列的同源性为97%;以鹌鹑卵清蛋白5’调控区POV来启动HAS的表达。用限制性内切酶kpnⅠ和HindⅢ双酶切质粒pOV和pHSA,然后用T4连接酶定向连接成重组质粒pOV-pHSA,经酶切鉴定,两者成功融合。