鸡催乳素受体基因的多态性分析

[目的]研究PRLR基因对鸡就巢和产蛋性状的影响。[方法]设计10对引物,采用PCR-SSCP方法,扩增了旧院黑鸡、固始鸡、山地乌骨鸡以及新扬州鸡PRLR基因部分外显子及邻近内含子序列。[结果]检测到4个多态位点,分别为外显子3处的SNP1（A10862G,位于5’-UTR）、外显子6处的SNP2（A25670G,为同义突变）、内含子8处的SNP3（G30716A）以及外显子10处的SNP4（A31900G）。卡方独立性检验结果发现,4个多态位点不同基因型在4个群体间的分布差异极显著（P〈0.01）。[结论]PRLR基因可能是影响鸡就巢和产蛋性状的一个主效基因。     

3 个鸡种NKX2-5 基因多态性 与胫长的关联性分析

以贵州特有鸡种高脚鸡、矮脚鸡和百宜黑鸡为试验对象,利用PCR-SSCP和DNA测序等方法检测了NKX2-5基因T563C、C675T位点在3个试验鸡群中不同基因型与胫长的关联性。T563C与胫长关联分析表明,高脚鸡群体中TT基因型个体胫长显著高于CC型,百宜黑鸡群体中TT基因型显著高于CT型,矮脚鸡群体中不同基因型个体间胫长差异不显著;C675T突变位点在3个鸡种中只有CC和CT两种基因型,且各鸡种不同基因型个体间胫长差异不显著。     

太湖鸡PRL、PRLR和FSHβ基因多态与前期产蛋性状关系研究

采用PCR-SSCP法对太湖鸡催乳素(PRL)、催乳素受体(PRLR)和促卵泡激素β亚基(FSHβ)基因进行多态性检测,并分析其与开产50%后20周产蛋性状的关系。结果表明:PRL和FSHβpro2的基因型频率都是AA型最高,BB型最低,等位基因频率也是A高于B,FSHβ基因exon3位点没有多态;PRLR只有两种基因型,外显子3是AA型频率高于BB型,外显子6是CC型频率高于DD型,且等位基因A和C的频率分别高于等位基因B和D的频率。太湖鸡PRL、PRLR和FSHβ基因开产50%后20周产蛋性状的不同基因型间差异均不显著(P>0.05),但是PRLR基因外显子3的开产50%后9~11周蛋重平均数基因型间差异接近显著(P=0.08)。基因间交互作用分析发现,催乳素受体基因外显子3和外显子6有极显著的交互作用(P<0.01),产蛋量较高的合并基因型AADD可以作为太湖鸡选育的参考。     

草鱼GSTR基因外显子1、外显子2的SNPs筛选及其与生长性状的关联分析

根据草鱼EST数据库中的rho型谷胱甘肽硫转移酶基因cDNA序列设计引物,扩增预计存在的SNP位点.采用PCR产物测序法和PCR-RFLP法,在珠江水系草鱼养殖群体中筛选到2个SNP位点,分别位于外显子1和外显子2上,为C-T突变,且属于同义突变,统计了多态位点在群体中的分布:C十129T位点CC型占0.69％,TC型...     

热休克蛋白70基因(HSP70)部分片段的单核苷酸多态性及其与蛋鸭产蛋性能的关联性

研究旨在搜寻热休克蛋白70(HSP70)基因的突变位点,分析蛋鸭抗热应激分子育种潜在的遗传标记.以缙云麻鸭为研究对象,用PCR方法扩增了蛋鸭HSP70基因的部分片段,采用直接测序的方法检测该片段的多态性,同时用最小二乘法分析其与夏季笼养蛋鸭产蛋性能的关联性.结果在HSP70基因部分片段中发现1476(C/T)和1596(C/T)2个SNP位点.其中1476(C/T)位点的CT基因型占70.00％,TT基因型占16.67％,CC基因型占13.33％;1596(C/T)位点的CT基因型占48.33％,TT基因型占41.67％,CC基因型占10.00％.关联分析结果显示,1476(C/T)位点不同基因型在产蛋量上存在差异,其中CC基因型个体的产蛋量显著高于CT基因型和Tr基因型(P＜0.05);C1596T位点不同基因型在产蛋量上无明显差异(P＞0.05).由于样本量较少,故有必要进一步加大样本量进行研究.     

GH和CRBP4基因及合并基因型对仙居鸡产蛋数的遗传效应

以GH和CRBP4基因作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP方法检测仙居鸡GH基因外显子4和CRBP4基因外显子3区域的单核苷酸多态性,并分析GH、CRBP4单基因型及2个基因合并基因型与65周龄产蛋数的关联。结果表明:GH基因exon4(C2338G/C2341T)的突变和CRBP4基因exon2的突变(C826T)基因型CC型与该鸡品种的65周龄产蛋数显著相关(P0.05),AA、CC型对产蛋数的加性效应分别为3.56、3.60;合并基因型AACC型个体65周龄产蛋数与对照组相比差异显著(P0.05);2个基因间的互作效应不显著(P0.05)。     

高脚鸡、矮脚鸡和百宜黑鸡GH基因多态性及生物信息学分析

以高脚鸡、矮脚鸡和百宜黑鸡为研究对象,构建品种DNA池,PCR扩增生长激素(GH)基因所有外显子和部分内含子序列,采用直接测序法对3个鸡种的GH基因进行多态性检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对GH基因m RNA二级结构的影响,旨在通过对贵州胫长差异较大的高脚鸡、矮脚鸡和百宜黑鸡GH基因的多态性及其生物信息学进行分析,研究GH基因对不同鸡种胫骨发育的影响。结果表明:在高脚鸡、矮脚鸡和百宜黑鸡3个鸡种GH基因中共检测到8个SNPs位点,其中A1133G、G1166A位于第2内含子区,C2027G、C2030T位于第4外显子区,G2152A位于第4内含子区,G3347A位于第5外显子区,T3416C和C3436T位于3'非编码区。生物信息学分析显示位于外显子区的3个SNPs均为同义突变,对GH基因的m RNA二级结构有一定影响。     

米易鸡ADSL基因第2和第9外显子多态性与肌苷酸含量的关联

为了检测米易鸡ADSL基因第2、第9外显子的单核苷酸多态性并分析该多态性与胸肌肌苷酸含量的关联性,以四川省优质地方鸡种米易鸡为研究对象,采用高效液相色谱测定米易鸡胸肌肌肉肌苷酸的含量,并运用测序技术测定了ADSL基因第2、第9外显子的单核苷酸多态性。结果表明:ADSL基因在外显子2(A3713G、C3797T),外显子9(C10191T)处出现3个SNP位点,变异引起相应的氨基酸均为同义变异,第2外显子A3713G位点的基因型为AA、GG、AG型;C3797T位点的基因型为CC、CT、TT型;第9外显子的C10191T位点的基因型为CC、CT型。经独立性检验,ADSL基因A3713G、C10191T位点变异处于Hardy-Weinberg平衡状态;应用最小二乘法对基因型与肌苷酸含量进行分析,说明ADSL第9外显子C10191T SNP位点与IMP含量存在显著相关性(P0.05),CT型个体的胸肌肌苷酸含量高于CC型个体,初步推测米易鸡中ADSL基因第9外显子C10151T SNP位点CT型为优势基因型。     

鸡PRLR基因多态位点检测及其与产蛋性状的关联分析

以催乳素受体基因(prolactin receptor,PRLR)作为影响鸡产蛋性能的候选基因,采用连接酶检测反应(ligase detection reaction,LDR)对378只四明香鸡B系的PRLR基因进行多态性检测,并利用最小二乘法分析了4个突变位点SNP1(C11390G),SNP2(A14952G),SNP3(A14969C)和SNP4(A14984G)与鸡134日龄体重、65周体重、65周产蛋数和300日龄产蛋数的相关性。单位点分析结果显示SNP2/SNP3/SNP4完全连锁,且其位点多态性对300日龄产蛋数影响显著(P0.05),G/A/G基因型300日龄产蛋数显著高于A/C/A基因型7枚(P0.05);SNP1位点多态性与鸡134日龄体重、65周体重、300日龄产蛋数和65周产蛋数均无显著关联(P0.05)。单倍型分析结果发现存在3种单倍型,即H1(CACA),H2(GACA)和H3(CGAG),不同单倍型对300日龄产蛋数差异显著(P0.05),表现出H3(CGAG)H2(GACA)H1(CACA)的趋势,且H3(CGAG)基因型的300日龄产蛋数比H1(CACA)基因型高7.33枚(P0.05)。结果表明,PRLR基因中H3(CGAG)为有利单倍型,可作为提高鸡群产蛋性能潜在的分子标记。     

ACSF2启动子区c.-751 A>C突变影响扬州鹅产蛋性能作用机制研究

[目的]本试验旨在研究酰基辅酶A合成酶家族成员2(ACSF2)基因启动子区突变c.-751 AC与扬州鹅产蛋性能的相关性,并分析该突变位点对基因表达的调控作用。[方法]利用等位基因特异PCR(AS-PCR)在343个扬州鹅个体中对c.-751 AC位点进行基因型分析,并与产蛋性能关联分析;利用荧光定量PCR(qPCR)和荧光素酶表达载体检测AA型和CC型启动子活性差异;通过ACSF2过表达试验分析该基因对颗粒细胞能量代谢途径及鹅产蛋性能的影响。[结果]AA基因型个体产蛋性能显著优于CC基因型个体(P0.05),与AC基因型个体的产蛋性能没有显著差异;qPCR结果表明AA基因型个体卵巢组织中ACSF2基因mRNA表达量显著低于CC基因型个体(P0.01);荧光素酶表达载体的转录活性检测结果同样表明AA型启动子活性显著低于CC型。在扬州鹅卵泡颗粒细胞中过表达ACSF2基因,参与能量代谢的基因表达发生显著变化,ATP浓度显著升高(P0.01),暗示ACSF2能够调控颗粒细胞内的能量代谢途径。[结论]ACSF2启动子区c.-751 AC变异能够改变该基因的表达水平,并通过改变颗粒细胞能量代谢来影响扬州鹅的产蛋量。该突变位点可作为扬州鹅产蛋性能选育的分子标记。     

PRLR基因多态性与湖羊产羔性能的关系

为探究PRLR基因多态性与湖羊产羔性能的关系,对湖羊PRLR基因多态性进行检测,并对其与湖羊产羔数关系进行统计分析。结果表明:PRLR基因在湖羊中存在多态性(CC、CT和TT型)。湖羊中C等位基因频率为0.175,T等位基因频率为0.825;CC、CT、TT基因型频率分别为0.053、0.245、0.702。测序结果表明,等位基因T与C相比发生了一处碱基突变(A259G),CT、TT及CC基因型间产羔数差异不显著。这一结果说明PRLR基因多态性对湖羊产羔性能无显著影响。     

宣和猪PRKAG3基因外显子5多态性及其与肉质性状的关联

【目的】揭示宣和猪PRKAG3基因外显子5多态性及其与肉质性状的关联。【方法】采用PCR产物直接测序法检测了120头宣和猪PRKAG3基因外显子5区域的SNP位点,借助最小二乘模型分析了各位点不同基因型及合并基因型对6个肉质性状的影响。【结果】宣和猪PRKAG3基因外显子5区域检出3个SNP位点,包括2个同义突变位点(T579C、T580C)和1个错义突变位点(G595A),分别以TT、TT、GA基因型和T、T、G等位基因的频率最高,且都处于Hardy-Weinberg平衡状态。T579C、T580C位点的TT和TC基因型可显著提高大理石纹(P0.05)和降低失水率(P0.01),分别呈显著的加性效应及加性—显性效应(P0.05或P0.01);G595A位点的AA基因型失水率最低(P0.05)、熟肉率最高(P0.05),呈显著的加性效应(P0.05);3个位点的合并基因型TTTTGG、TCTCGG和TTTTAA分别具有最高的大理石纹、pH1和最低的失水率(P0.05或P0.01),CCCCGG基因型的大理石纹和pH1最低、失水率最高(P0.05或P0.01)。【结论】研究结果进一步确认宣和猪PRKAG3基因外显子5多态性与肌肉大理石纹、pH值和失水率显著关联,T579C、T580C位点的CC基因型和G595A位点的GG基因型具有协同降低猪肉品质的效应。     

3种猪孕酮受体基因(pgr)多态性分析

采用混合基因组DNA池PCR扩增和测序技术,对小梅山猪、枫泾猪、大白猪pgr基因的外显子区域进行扫描,共发现1个单核甘酸多态性位点(SNP)。外显子1序列中1 319 bp处发生C→T的碱基突变,即C1319T,未引起氨基酸的变化,属于同义突变;针对突变位点,建立错配PCR–限制性长度多态性(RFLP)方法进行检测,发现3种猪的pgr基因可以分为AA、BB、AB 3个基因型,小梅山和枫泾猪有AA、AB 2种基因型,大白猪中有BB、AB 2种基因型。     

MyoG基因多态性与瑶山鸡体尺、屠宰性能及肉质性状的关联分析

【目的】探究肌细胞生成素基因（MyoG）多态性与瑶山鸡体尺、屠宰性能及肉质性状的关联性,从分子标记角度对瑶山鸡进行选育,更好地保护和开发利用瑶山鸡,同时为家禽MyoG基因研究提供参考依据。【方法】以150日龄出栏的健康瑶山鸡为研究对象,通过PCR扩增产物直接测序对瑶山鸡MyoG基因多态性进行检测,利用DNAStar对测序结果进行比对分析以确定MyoG基因SNP位点,通过RNAfold对瑶山鸡MyoG基因突变前后的mRNA二级结构进行预测,并以SPSS 18.0分析SNP位点与瑶山鸡体尺、屠宰性能及肉质性状的相关性。【结果】在瑶山鸡MyoG基因第3外显子上发现1个SNP位点（T17C位点）,属于同义突变,存在3种基因型（CC型、CT型和TT型）;T为优势等位基因,CT为优势基因型;有效等位基因数（Ne）接近2.00;多态信息含量（PIC）为0.35,呈中度多态（0.25P>0.05）。MyoG基因T17C位点突变致使其mRNA二级结构发生改变,进而导致其最小自由能由-452.60 kcal/mol降至-465.24 kcal/mol。不同基因型瑶山鸡生长、屠宰性能及肉质性状间的相关分析结果显示,3种基因型瑶山鸡在体尺、屠宰性能及肉质性状间的相关性大部分呈现相同规律,其中胸宽与胸深在不同基因型瑶山鸡中均呈极显著正相关（P<0.01）。【结论】瑶山鸡MyoG基因T17C位点存在3种基因型,属于同义突变,并未引起氨基酸及其蛋白结构和功能的明显变化,但其多态性对瑶山鸡体尺性状、屠宰性能和肉质性状有一定影响,因此可作为瑶山鸡分子选育的候选遗传标记。     

绵羊ACAA1基因多态性及其与肉质性状的关联性分析

为研究绵羊乙酰辅酶A酰基转移酶1(Acetyl-Coenzyme AAcyltransferase 1,ACAA1)基因多态性对绵羊肉质性状的影响。以68只杜泊羊×小尾寒羊杂交后代为研究对象,采用PCR扩增和Sanger测序技术检测绵羊ACAA1基因单核苷酸多态性（SNP）位点。结果显示,绵羊ACAA1基因存在2个SNPs位点：3′非翻译区（UTR）A/G突变,存在3种基因型AA、AG和GG,2个等位基因A和G,其中AG为优势等位基因型,G为优势等位基因;内含子14处C/T突变,存在3种基因型CC、CT和TT,2个等位基因C和T,其中CT为优势等位基因型,C型为优势等位基因;A/G和C/T 2个SNPs位点均处Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）;上述2个SNPs位点在该群体内变异较小且均处于中度多态（0.250.05）。ACAA1基因多态性对绵羊肉质性状有一定影响,为后续...     

宗地花猪GDF9基因多态性与繁殖性状关联性分析

为验证GDF9基因SNP位点与宗地花猪繁殖性状的关联性,从而为提高宗地花猪繁殖性能提供有价值的分子辅助标记,推进选育进程进行试验。以贵州宗地花猪经产母猪为试验素材,利用DNA池和DNA直接测序方法检测GDF9基因的多态性,对各突变位点不同基因型个体与总产仔数、产活仔数、仔猪平均初生质量和母猪泌乳力性状进行关联性分析。在受试群体中,发现基因GDF9有2个突变位点,C1009T和T1014C均位于exon2;且都与经产母猪总产仔数、产活仔数差异显著(P0.05);基因型分别为BBABAA、DDCDCC,母猪泌乳力基因型个体之间差异不显著(P0.05)。仔猪平均初生质量的基因型表现为BBABAA、DDCDCC,差异显著(P0.05);母猪总产仔数DD基因型多于DC与CC基因型,DD基因型为优势基因型,D为优势等位基因;BB基因型在总产仔数、产活仔数的繁殖性状中多于基因型AB、AA,BB为优势基因型,B为优势等位基因。因此,研究结果表明推测等位基因D和等位基因B可能为宗地花猪总产仔数、产活仔数的有利等位基因,且DD基因型和BB基因型为有利基因型。     

白羽番鸭脂联素基因内含子多态与肉质的关联分析

采用PCR-SSCP法对白羽番鸭脂联素基因内含子进行SNP检测,并分析SNP对肉质的遗传效应。结果表明,检测到3种基因型(CC、CT和TT)和2个等位基因(C和T),CT和C分别为优势基因型和优势等位基因。序列比对发现,在内含子内存在1个SNP位点T290C,该位点在白羽番鸭群体中表现为中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);最小二乘法分析表明,CC基因型个体的IMF显著高于TT基因型个体(P<0.05),失水率极显著低于TT基因型个体(P<0.01);CT基因型个体的失水率显著低于TT基因型个体(P<0.05)。结果揭示,T290C位点可能对脂肪沉积有显著影响,CC基因型是白羽番鸭肉质较为优良的基因型。     

核受体辅激活蛋白1基因(NCOA1)作为鸡产蛋性状候选基因的研究

以清远麻鸡、白耳鸡、鹿苑鸡、藏鸡和S2系为试验素材,利用PCR-SSCP技术对核受体辅激活蛋白1(NCAO1)基因编码区进行SNP检测和基因型的判别,探讨NCAO1基因作为影响鸡产蛋性状候选基因的可能性。结果显示:在NCOA1基因的第3和第12外显子上分别发现一个SNP位点,其中第3外显子10155007处发生了T→A突变,检测到AA、AB、BB3种基因型;第12外显子108273423处发生了C→T突变,检测到CC、CD、DD3种基因型。χ2检验表明突变产生的基因型和基因频率在各品种(系)间差异极显著(P<0.01),A、C基因在蛋用型的地方品种白耳鸡中频率较高,B、D基因在肉用型的地方品种清远麻鸡、藏鸡和肉用型培育品系S2系鸡中频率较高。不同基因型与S2系鸡的开产日龄(AFE)、开产蛋重(WFE)、连产天数(CL)及300日龄产蛋数(EN)之间的最小二乘均数分析显示:AA基因型个体的连产天数比BB型个体多0.59 d,开产蛋重重0.6 g,300日龄产蛋量高7.76%,且差异显著(P<0.05);CC基因型个体比DD型个体的连产天数多0.51 d,开产蛋重重1.04 g,300日龄产蛋量高9.07%,且差异显著(P<0.05);组合基因型发现,基因型AACC个体的开产日龄、连产天数和300日龄产蛋量均高于BB、DD基因型组合。因而,初步推断NCOA1基因是影响鸡产蛋性状的主效基因或与主效基因连锁。     

宗地花猪BMPR-IB基因多态性与繁殖性状的关联性

为验证BMPR-IB基因单核苷酸多态性(SNP)位点与宗地花猪繁殖性状的关联性,从而提高宗地花猪繁殖性能,提供有价值的分子辅助标记,推进宗地花猪的选育进程,以贵州宗地花猪经产母猪为试验材料,利用DNA池和DNA直接测序方法检测BMPR-IB基因的多态性,对各突变位点不同基因型个体与总产仔数、产活仔数、仔猪平均初生质量和母猪泌乳力性状进行关联性分析。在受试群体中发现,基因BMPR-IB有2个突变位点,G595C、C643T均位于第6外显子,经产母猪总产仔数、产活仔数各基因型均表现为AAAGGG、BBBTTT,产活仔数为7头的母猪泌乳力表现为AA基因型个体与AG、GG基因型个体间差异极显著(P0.01);各基因型仔猪平均初生质量表现为TTBBBT,但差异不显著;母猪AA基因型总产仔数多于AG与GG基因型,AA基因型为优势基因型,A为优势等位基因;BB基因型在总产仔数、产活仔数的繁殖性状中多于BT、TT基因型,BB为优势基因型,B为优势等位基因。推测等位基因A和等位基因B可能为宗地花猪总产仔数、产活仔数的有利等位基因,且AA基因型和BB基因型为有利基因型。     

乌珠穆沁绵羊RIPK2基因多态性与生长性状的关联

【目的】基于前期绵羊肉用性状GWAS研究结果,旨在探讨RIPK2基因对乌珠穆沁绵羊生长性状的影响,找到该基因中与绵羊生长性状相关的分子标记,同时对GWAS结果进行验证。【方法】在343只乌珠穆沁绵羊试验群体中,选取其中30个个体的血液DNA样本,以相同浓度组成池DNA,设计引物对RIPK2基因外显子及其上下游1 000bp的调控区进行PCR扩增,PCR产物检测为目的条带后测序。使用DNAMAN和Chromas2软件对测序峰图进行分析,采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点及前期GWAS得到的SNP位点进行基因型分型。使用Haploview软件对多态位点构建单倍型及连锁不平衡分析。使用SPSS （22.0）软件进行RIPK2基因SNP位点与生长性状间的关联分析。【结果】共发现了4个多态位点,A5536G的同义突变rs01位于第四外显子内,在该位点检测到三种基因型,AA基因型频率为0.42,AG基因型频率为0.45,GG基因型频率为0.13,优势等位基因为A,其频率为0.65;在第七外显子上检测到T8952C错义突变rs02,在该突变位点检测到3种基因型,其中TT基因型频率为0.82,TC基因型频率为0.16,CC基因型频率为0.02,T为优势等位基因,基因频率为0.9;在第十外显子检测到 T2836C的突变rs05,在该位点检测到两种基因型TT和CC,没有检测到杂合子基因型,TT基因型频率为0.25,CC基因型频率为0.75;上游调控区发现一个G5181C的突变rs30,有3种基因型,其中GC基因型频率为0.50,CC基因型频率为0.18,GG基因型频率为0.32,G为优势等位基因,其频率为0.58; GWAS得到的SNP位点是T4456C,在本研究中被命名为rs34,在该位点有3种基因型,其中TT基因型频率为0.49,TC基因型频率为0.37,CC基因型频率为0.14,优势等位基因T的频率为0.68。χ²适合性检验发现,除rs34位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05)。rs02位点处于低度多态(PIC＜0.25),其余位点处于中度多态(0.25＜PIC＜0.5)。连锁不平衡分析发现,rs01和rs02位点强连锁,在群体中共构建了3种单倍型,AT 为优势单倍型,其频率为0.645,这两个位点共构建了6 种基因型组合,其中AATT为优势基因型组合,频率为0.425。单标记关联分析表明：rs01位点的AA、AG基因型的个体和GG基因型个体在4月龄体重、胸围上差异显著（P＜0.05）,在6月龄体高、胸围上差异显著(P＜0.05)。rs02位点CC基因型个体在4月龄体重、体高、胸围和6月龄胸宽上显著优于TT、TC基因型个体（P＜0.05),在4月龄体斜长、6月龄体高和体斜长上极显著优于TT、TC基因型的个体（P＜0.01）。rs30位点上,GG基因型的个体在4月龄体重、胸围与其他两种基因型个差异显著(P＜0.05),3个基因型的个体在6月龄胸围上均有显著差异（P＜0.05）。rs34位点的3个基因型的个体仅在4月龄体重上差异显著(P＜0.05)。rs01-rs02组合基因型关联分析发现：GGCC基因型组合的个体在4月龄体重、体高、体斜长、胸围上与其他基因型之间差异显著（P＜0.05）,GGCC基因型组合的个体在6月龄体高、体斜长、胸宽上与其他基因型组合的个体差异显著（P＜0.05）。【结论】RIPK2基因对绵羊生长性状具有较显著的影响,其SNPs作为分子标记对乌珠穆沁绵羊生长性状的选育具有一定的指导意义。