乌湖杂交羊GnRHR与INHA基因多态性及其互作效应对产羔数的影响

试验旨在探究GnRHR和INHA基因遗传变异及其互作效应对绵羊产羔数的影响。参考GenBank发布的绵羊GnRHR基因(登录号:AH004943)和牛INHA基因(登录号:U16237)的DNA序列设计引物,采用PCR-SSCP技术检测GnRHR和INHA基因在乌湖羊、湖羊、乌骨绵羊中的遗传多态性,分析多态位点与产羔数的相关性,以及GnRHR和INHA基因间互作效应。结果显示,乌湖羊和湖羊群体GnRHR和INHA基因均存在多态位点,分别检测到GG、GC、CC和AA、AB、BB基因型,乌骨绵羊因样本较少,未发现多态位点。测序发现,GnRHR基因编码区198 bp处发生G→C突变,导致甘氨酸变为精氨酸,为错义突变;INHA基因877 bp处发生T→C突变,为同义突变(仍为天冬氨酸)。遗传学分析显示,GG和AA为优势基因型,G和A为优势等位基因;χ~2适合性检验显示,试验羊群体GnRHR和INHA基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡(P0.05);分析GnRHR与INHA基因互作效应发现,基因互作效应在乌湖羊和湖羊群体差异显著(P0.05),ABCC互作基因型互作效应最大,AAGG互作基因型互作效应最小。乌湖羊ABCC互作基因型的平均产羔数比AAGG互作基因型多1.68只,湖羊ABCC互作基因型产羔数比AAGG互作基因型多1.32只,ABCC互作基因型比AB和CC基因型的产羔数都高,表明互作效应与羊产羔数呈正相关。本研究认为,INHA基因T877C位点与GnRHR基因G198C位点互作基因型与绵羊产羔数紧密关联,对试验羊群体产羔数影响显著。     

山羊GnRHR基因部分序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析GnRHR基因外显子1、外显子2和外显子3部分序列在建昌黑山羊、努比亚山羊2个山羊品种中的多态性。结果表明,外显子2、3的扩增片段中,2个山羊品种都无多态性。而在外显子1的扩增片段中,2个山羊品种均检测到CC、CD基因型;建昌黑山羊的CC、CD基因型频率分别为0.62和0.38,努比亚山羊CC、CD基因型频率分别为0.64和0.36。多态片段测序分析表明,GnRHR基因c DNA序列的第85处碱基发生C→A的突变,突变导致编码的氨基酸由亮氨酸(Leu)→异亮氨酸(IIe);第156处碱基发生A→G的突变,该突变没有导致氨基酸的突变,为沉默突变。     

西农莎能奶山羊和波尔山羊GDF9基因多态性与产羔数的相关分析

为了研究西农萨能奶山羊和波尔山羊生长分化因子9(GDF9)基因遗传多态性及其与产羔数和生长体重的相关性。根据绵羊GDF9基因序列设计4对引物,采用PCR-SSCP技术检测GDF9基因的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数和生长体重的关系。所研究的西农萨能奶山羊群体和波尔山羊群体P1扩增片段存在多态性,分别定义为AA、AG和GG3种基因型;P2、P3和P4扩增片段均不存在多态性,只出现一种带型。通过测序发现:GG型与AA型相比在外显子2的792 bp处有1个G→A的单碱基突变,结果导致第396位氨基酸由缬氨酸变为异亮氨酸。在西农莎能奶山羊群体中,AA基因型产羔数最小二乘均值均极显著高于AG基因型和GG基因型;AG基因型显著高于GG基因型。此外,在西农莎能奶山羊中还发现AA基因型的个体各个生长阶段的体重和GG型和AG型的相比差异均不显著。在波尔山羊群体中,AA基因型产羔数最小二乘均值均极显著高于AG基因型和GG基因型,AG基因型的高于GG型,但没达到显著水平。结果表明,GDF9基因对西农莎能奶山羊和波尔山羊的产羔数均有显著影响,因此认为GDF9基因外显子2第792 bp处G→A的突变可作为西农莎能奶山羊和波尔山羊多胎性状的有效分子标记。     

哈萨克羊BMP15基因多态性研究

为了探索绵羊多胎性的分子机理以及为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据,采用PCR-RFLP及PCR-DS方法,对哈萨克羊群体BMP15基因FecXG和FecXB及第2外显子进行多态性检测.结果表明:BMP15基因FecXG和FecXB位点均未出现多态性,在第2外显子存在2种基因型,AA型和AB型;测序结果表明:AB型个体在该基因第775位点发生G→C的突变,出现G/C的杂合.优势基因型为AA型,优势等位基因为A基因,多态信息含量小于0.25,属于低度多态;χ2适合性检验表明:处于Hardy-weinberg平衡状态;显著性检验分析表明:该突变位点在不同产羔数母羊群体中的分布有一定的差异.该突变位点可以作为控制绵羊多胎产羔的潜在分子标记位点.     

新吉细毛羊5个生殖激素受体基因多态性分析

本研究旨在检测新吉细毛羊促性腺激素释放激素(GnRHR)、促黄体素(LHR)、促卵泡素(FSHR)、催乳素受体(PRLR)、雌激素(ESR)5个生殖激素受体基因多态性,为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。以119只新吉细毛羊个体为研究对象,利用ABI测序仪检测基因多态性;用DNASTAR软件与I-TASSER软件预测蛋白质三级结构;用Excel计算基因型频率;用GraphPad prism 6软件进行新吉细毛羊群体5个生殖激素受体基因多态性与产羔数的相关性分析。经测序分析发现,FSHR基因不存在突变位点,其余4个基因存在13个突变位点。GnRHR基因存在A505G、G720C突变,LHR基因存在T1262G、A1991G、C2012T、A2032T、T2041A的突变,PRLR基因存在A1263G、C1544G突变,ESR基因存在A106T、C181T、G612A、C735T突变。在新吉细毛羊群体4个基因多态性与产羔数相关性分析结果中,只有ESR基因A106T突变对新吉细毛羊产羔数影响显著。其中AA、AT、TT 3种基因型个体的平均产羔数分别为1.391、1.101、1.417。AA基因型、TT基因型平均产羔数比AT基因型分别多0.290、0.316个(P<0.05)。AA基因型、TT基因型平均产羔数之间差异不显著(P>0.05)。     

湖羊和川中黑山羊GDF9、BMPR-IB、GnRHR基因多态性及其与产羔数的关联分析

为了研究湖羊和川中黑山羊生长分化因子9(GDF9)基因、骨形态蛋白受体(BMPR-IB)基因和促性腺激素释放激素受体(GnRHR)基因多态性及其与产羔数之间的关系,试验以594只湖羊和333只川中黑山羊为研究对象,用PCR-RFLP技术分析了湖羊和川中黑山羊BMPR-IB、GnRHR、GDF9基因序列的多态性,并与产羔数进行关联分析。结果表明:在湖羊和川中黑山羊中均未检测到GDF9基因的G8突变,说明该突变在这两种羊中比较保守,不存在多态性;湖羊BMPR-IB基因存在FecB突变,表现出三种基因型(GG、GA、AA),等位基因G比等位基因A频率高,G为优势等位基因,基因型分布偏离了Hardy-Weinberg平衡,GG型平均产羔数分别比GA型和AA型多0.19,0.33只(P0.05);川中黑山羊GnRHR基因存在G698A突变,表现出三种基因型(GG、GA、AA),达到了Hardy-Weinberg平衡,不同基因型个体间的产羔数差异不显著(P0.05)。     

绵羊HAS2基因遗传变异及其与产羔性状关联性分析

利用PCR-SSCP和DNA测序法,首次检测了湖羊、小尾寒羊、洼地绵羊、阿勒泰羊中的HAS2基因,并对该基因第2和第3外显子部分单核苷酸多态性进行分析。结果表明:湖羊、小尾寒羊、洼地绵羊、阿勒泰羊在第2外显子中存在3种基因型,各是pp、pq、qq基因型;在第3外显子中存在2种基因型,为rr、rs基因型;HAS2基因第2外显子中发生1处C→A突变,第3外显子中发生1处A→G突变。经χ2适合性检验,4种绵羊在HAS2基因第2外显子上的基因型分布均不符合Hardy-Wenberg平衡,在第3外显子上的基因型分布全符合Hardy-Wenberg平衡。各基因型频率在4种绵羊间的分布均没有显著差异(P0.05);湖羊2个位点上的所有基因型在产羔数上差异均不显著(P0.05)。初步认为HAS2基因不能作为湖羊高繁殖力的候选基因。     

黔北麻羊GDF9基因多态性与产羔性能关系的研究

为了研究黔北麻羊GDF9基因多态性与产羔性能的关系,试验采用直接测序的方法对黔北麻羊的生长分化因子9(GDF9)基因外显子2核苷酸多态性及其与产羔数的关系进行了分析。结果表明:在黔北麻羊群体GDF9基因外显子2的959 bp处存在A→C的碱基突变,导致所编码的氨基酸由谷氨酰氨(Gln)突变为脯氨酸(Pro)。通过最小二乘法分析SNPs及其与产羔数的关联,结果表明:该突变对黔北麻羊平均产羔数有极显著影响(P0.01),平均产羔数在所检测到的2种基因型中呈现出ACAA,AC基因型比AA基因型平均产羔数多0.85只,突变杂合子个体产羔数极显著增加(P0.01)。     

乌湖杂交羊GnRHR与INHA基因多态性及其互作效应对产羔数的影响

试验旨在探究GnRHR和INHA基因遗传变异及其互作效应对绵羊产羔数的影响。参考GenBank发布的绵羊GnRHR基因（登录号：AH004943）和牛INHA基因（登录号：U16237）的DNA序列设计引物，采用PCR-SSCP技术检测GnRHR和INHA基因在乌湖羊、湖羊、乌骨绵羊中的遗传多态性，分析多态位点与产羔数的相关性，以及GnRHR和INHA基因间互作效应。结果显示，乌湖羊和湖羊群体GnRHR和INHA基因均存在多态位点，分别检测到GG、GC、CC和AA、AB、BB基因型，乌骨绵羊因样本较少，未发现多态位点。测序发现，GnRHR基因编码区198 bp处发生G→C突变，导致甘氨酸变为精氨酸，为错义突变；INHA基因877 bp处发生T→C突变，为同义突变（仍为天冬氨酸）。遗传学分析显示，GG和AA为优势基因型，G和A为优势等位基因；χ²适合性检验显示，试验羊群体GnRHR和INHA基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）；分析GnRHR与INHA基因互作效应发现，基因互作效应在乌湖羊和湖羊群体差异显著（P<0.05），ABCC互作基因型互作效应最大，AAGG互作基因型互作效应最小。乌湖羊ABCC互作基因型的平均产羔数比AAGG互作基因型多1.68只，湖羊ABCC互作基因型产羔数比AAGG互作基因型多1.32只，ABCC互作基因型比AB和CC基因型的产羔数都高，表明互作效应与羊产羔数呈正相关。本研究认为，INHA基因T877C位点与GnRHR基因G198C位点互作基因型与绵羊产羔数紧密关联，对试验羊群体产羔数影响显著。     

鲁中肉羊BMP4基因g.63454744 T>G位点多态性与产羔数的关联分析

为了探索骨形态发生蛋白4(Bone morphogenetic protein 4,BMP4)基因g.63454744T>G位点多态性与绵羊产羔数之间的关系,对前期重测序中筛选得到的BMP4基因编码区错义突变单核苷酸多态性位点(Single nucleotide polymorphism site, SNP)g.63454744T>G在384只鲁中肉羊中利用Sequenom MassARRAY~? SNP技术进行分型,再将分型结果与鲁中肉羊产羔数进行关联分析。结果表明:BMP4基因g.63454744T>G位点在鲁中肉羊中存在TT、GT和GG三种基因型;该位点在鲁中肉羊中表现为中度多态(0.250.05)。说明BMP4基因g.63454744T>G位点不适合用于鲁中肉羊产羔数选育。     

促性腺激素释放激素受体(GnRHR)基因多态性及其与山羊产羔数的相关性分析

本研究采用候选基因法对与繁殖性能有关的遗传标记进行筛选,旨在为山羊高产仔数的标记辅助选择提供确切的遗传依据。参考牛的促性腺激素释放激素受体(Gonadotropin releasing hormone receptor,GnRHR)基因序列设计4对引物,采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术检测GnRHR基因在波尔山羊以及我国西南地区9个地方山羊品种中的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP),同时在川东白山羊、古蔺马羊和贵州白山羊3个群体中研究该基因多态性与山羊产仔数之间的相关性。结果显示,4对引物中只有引物P1扩增片段检测出多态性。对于P1的扩增片段,在不同的山羊品种中检测到AA、GG和AG 3种基因型,测序分析表明GG与AA型相比有一处单碱基突变(154G→A)。AA基因型个体在3个群体中产羔数最小二乘均值都显著高于GG和AG基因型个体(P<0.05),GA基因型个体在古蔺马羊中的产羔数显著高于GG型个体(P<0.05),而在其它2个品种中差异不显著(P>0.05)。本研究结果初步表明山羊GnRHR基因的突变与其繁殖性能有关,可能是影响山羊繁殖率的一个因素。     

神经肽Y基因多态性及其与小尾寒羊产羔数的关系

本研究旨在阐明神经肽Y(neuropeptide Y,NPY)基因的多态性及其与小尾寒羊产羔数的关系,为绵羊多羔性的标记辅助选择提供科学依据.采用PCR-SSCP技术检测NPY基因全部3个外显子在小尾寒羊、湖羊、特克塞尔和多赛特羊中的单核苷酸多态性,分析该基因对小尾寒羊多羔性的影响.仅引物P1扩增片段存在多态性,在小尾寒羊中检测到5种基因型,在湖羊和多赛特羊中检测到3种基因型,而在特克塞尔羊中仅枪测到1种基因型;测序分析显示,在小尾寒羊中存在CR、TR和TW3种等位基因,在湖羊和多赛特羊中存在CR和TR 2种等位基因,而在特克塞尔中仅存在CR 1种等位基因.TR与CR相比在绵羊NPY基因编码区第93 bp处发生了1个C→T的单碱基突变;TW与CR相比除发生C93T的单碱基突变外,还在130和131 bp发生了GA塞AT的双碱基突变,该突变引起绵羊NPY成熟肽第16位氨基酸由天冬氨酸变为异亮氨酸.对于多态位点C/T,小尾寒羊3种基因型之间产羔数差异均不显著(P＞0.05).对于多态位点GA/AT,RW型小尾寒羊产羔数平均比RR型的多0.56只(P＜0.05).在小尾寒羊5种复合基因型中,TTRW和CTRW型小尾寒羊产羔数差异不显著(P＞0.05);TTRR、CTRR和CCRR型小尾寒羊产羔数差异也不显著(P＞0.05);TTRW和CTRW型小尾寒羊产羔数均显著高于其余3种基因型(P＜0.05).本研究结果初步表明NPY基因GA/AT突变位点的W等位基因是提高绵羊产羔数的1个潜在有效的DNA标记.     

绵羊PRLR基因内含子9和外显子10多态性与产羔数的关系研究

本研究采用PCR-SSCP技术对绵羊催乳素受体（PRLR）基因内含子9和外显子10部分核苷酸多态性及其与小尾寒羊、中国美利奴（新疆型）绵羊多胎品系、肉用品系、体大品系、萨福克、无角陶赛特、中国美利奴（新疆型）和德国肉用美利奴产羔数间的关系进行了分析。结果发现：①在绵羊PRLR基因内含子9的第259 bp处,存在C→T转换,BB基因型的小尾寒羊平均产羔数分别较AA和AB基因型提高0.81和0.87只（P<0.05）;②在绵羊PRLR基因外显子10的第304 bp处存在一个G→A转换,该突变导致PRLR基因第387位氨基酸残基由Glu突变为Lys,并使中国美利奴（新疆型）多胎品系中AB基因型的平均产羔数较AA和BB基因型增加0.58和0.80只（P<0.05）;③在绵羊PRLR基因外显子10第571、585和606 bp处分别存在G→A、C→G和C→T突变;其中前2处突变分别导致PRLR基因的第476位氨基酸由Ala突变为Thr,第480位氨基酸由Ser突变为Arg。其中第571 bp处突变导致小尾寒羊AB基因型的平均窝产羔数显著高于AA基因型的窝产羔数,增加0.8 只（P<0.05）。以上结果提示,PRLR基因可能是控制小尾寒羊和中国美利奴（新疆型）绵羊多胎品系产羔数的主效基因或与之存在紧密的遗传连锁。     

绵羊催乳素受体基因外显子10的多态性分析

将催乳素受体(prolactin receptor, PRLR)基因作为绵羊高繁殖力的候选基因,对其外显子10设计2对引物, 采用PCR SSCP 技术检测其在常年发情的湖羊及季节性发情的中国美利奴羊、罗米丽羊和罗米丽×中国美利奴（新疆军垦型）中的单核苷酸多态性。结果表明,引物P1、P2 的扩增片段均有多态性。与已知序列相比,P1扩增片段的AB型在第53 bp处出现A→G突变、在81 bp处出现G→A突变, BB型在该片段第53 bp处发生A→G的突变;对于P2扩增片段, CC、DD、CE和EF型均在第89 bp处发生C→T的突变,导致氨基酸由脯氨酸变为亮氨酸(Pro→Leu),DD型还在146 bp处出现了C→G的突变,此突变导致氨基酸由丙氨酸变为甘氨酸(Ala→Gly);CE型在该片段第132 bp处发生G→A的突变,未导致氨基酸的改变;EF型还在第132 bp处和第167 bp处分别发生了G→A、C→T突变,第167 bp处的突变导致氨基酸由脯氨酸变为亮氨酸(Pro→Leu)。通过卡方独立性检验结果发现,4种绵羊在P1、P2引物扩增片段上各基因型的构成与品种间有极显著差异(P<0.01),说明PRLR基因对绵羊的繁殖性状有一定的影响。     

湖羊BMPR-IB、BMP15和GDF9基因的RFLP分析

以BMPR-IB、BMP15、GDF9基因作为湖羊多胎性状候选基因,采用PCR-RFLP技术检测了53只湖羊上述候选基因的单核苷酸多态性。结果表明:湖羊BMPR-IB基因的FecB位点只存在BB和+B两种基因型,二者的基因型频率分别为0.981 1和0.018 9;B等位基因为绝对优势等位基因,基因频率为0.990 6。未检测到BMP15基因的B4(FecXB)突变和GDF9基因的G8(FecGH)突变。因此,推测BMPR-IB基因的FecB位点是湖羊多胎性的主效基因,而BMP15基因和GDF9基因与湖羊群产羔数关系不大。研究结果同时反映了所测湖羊群体是一个高度纯化的宝贵绵羊品种资源。     

杜寒绵羊多胎性能候选基因BMPR-1B和BMP15的研究

为了从分子水平探讨杜寒绵羊的多胎机制,本试验在山西省某养殖场采集了87只经产杜寒母绵羊的耳组织,选取骨形态发生蛋白15 （bone morphogenetic protein 15,BMP15）和骨形态发生蛋白受体1B （bone morphogenetic protein receptor 1B, BMPR-1B）为候选基因,采用PCR-SSCP、PCR-RFLP法,结合母羊产羔数与所产羊羔初生重,分析其与杜寒绵羊多胎性能的相关性。结果显示,杜寒绵羊的BMPR-1B基因在第746位碱基处发生了A→G突变,检测到3种基因型：AA、AG和GG,A等位基因频率（0.5230）略高于G等位基因（0.4770）,A为优势等位基因;AG基因型频率（0.5172）高于GG（0.2184）和AA（0.2644）基因型,AG为优势基因型。χ²适合性检验显示该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态;BMPR-1B基因第864位碱基未发生突变。杜寒绵羊的BMP15基因不存在V31D和S300G位点突变。在该群体中,BMPR-1B基因A746G位点GG、AG基因型个体的产羔数极显著高于AA基因型个体（P<0.01）,羔羊初生重在3种基因型间差异不显著（P>0.05）。综上所述,BMPR-1B基因是影响杜寒绵羊繁殖性能的一个主效基因,可以作为分子标记对杜寒绵羊进行辅助育种,初步排除BMP15基因突变对杜寒绵羊多胎性能影响的可能性。     

FSHβ基因CDS区遗传特征及其与小尾寒羊产羔数关系的研究

选择小尾寒羊等5个绵羊群体为研究对象,采用PCR-SSCP和克隆测序等分析方法,检测促卵泡素β(FSHβ)基因CDS区的单核苷酸多态性,并分析其对小尾寒羊产羔数的遗传效应。结果表明:FSHβ基因CDS区第2外显子存在多态性,在5个绵羊群体中都表现出AA、AB和BB3种基因型。BB型第147位发生T→C的单碱基同义突变。高产羔数的小尾寒羊与甘肃高山细毛羊、特克塞尔羊、陶蒙杂种羊之间的基因型分布差异明显(P0.01)。5个绵羊群体均处于中度多态(0.25PIC0.5)。固定效应分析结果表明,场-年-季对小尾寒羊产羔数无影响(P0.05),胎次和基因型均影响产羔数(P0.05)。AA型小尾寒羊产羔数最小二乘均值比AB型的多0.77只(P0.05),比BB型的多0.74只(P0.05)。研究表明,FSHβ基因可能是控制小尾寒羊产羔数的一个主效基因或与之存在紧密连锁的一个分子遗传标记。     

绵羊催乳素受体基因外显子10多态性及其与产羔数相关分析

采用PCR-SSCP技术检测催乳素受体(PRLR)基因外显子10在湖羊、小尾寒羊、洼地羊和阿勒泰羊中的单核苷酸多态性,研究该基因与湖羊高繁殖力的关联性。结果表明:4个绵羊品种在P2引物扩增区域均符合Hardy-Wenberg平衡,但P3引物只有阿勒泰羊符合Hardy-Wenberg平衡。P2扩增片段的不同基因型分布频率在4个品种间差异不显著(P0.05);而除阿勒泰羊P3扩增片段的基因型分布与其余3个品种间存在极显著差异(P0.01)外,其余各品种间基因型分布差异不显著(P0.05)。4个绵羊品种间产羔数存在极显著差异(P0.01),但不同基因型间产羔数差异不显著(P0.05);湖羊不同引物不同基因型产羔数的差异亦均不显著(P0.05)。本研究表明,PRLR基因不能作为湖羊高繁殖力的候选基因。