烟草环斑病毒和番茄环斑病毒的半巢式RT-PCR检测

烟草环斑病毒(Tobacco ringspot virus,TRSV)和番茄环斑病毒(Tomato ringspot virus,ToRSV)是我国禁止入境的检疫性有害生物。采用半巢式RT-PCR方法对这两种病毒进行了检测,用Trizol快速提取病毒总RNA,并根据TRSV和ToRSV的外壳蛋白基因设计特异性引物,经过第一轮RT- PCR和第二轮半巢式PCR扩增,TRSV样本分别得到359 bp和206 bp特异性片段,ToRSV样本分别得到340 bp和219 bp特异性片段。半巢式RT-PCR扩增产物的测序表明,TRSV产物序列与GenBank中登录的外壳蛋白基因存在88%～97%的同源性,ToRSV产物序列与GenBank中登录的外壳蛋白基因存在96%～100%的同源性。研究显示,DAS-ELISA与RT-PCR的检测灵敏度相近,而半巢式RT-PCR的检测灵敏度比这两种方法高出10~3倍以上。     

两重RT-PCR同步检测菊花B病毒和番茄不孕病毒

根据已报道的菊花B病毒（CVB）和番茄不孕病毒（TAV）外壳蛋白基因序列合成两条寡核苷酸引物,用RT-PCR的方法对这两种病毒的外壳蛋白基因进行了扩增,得到与预期大小相符的特异扩增条带。将其克隆到pGEM T中,经序列分析表明所克隆的是CVB和TAV的CP基因,与已知的序列相比,CVB的同源性分别为82%、85％,而TAV的同源性为98%。利用两重RT-PCR成功同步检测这两种病毒,从而建立了一种能同时检测两种病毒的快速、简便、灵敏的分子检测方法。     

半巢式RT-PCR检测进口大豆中菜豆荚斑驳病毒的研究

 菜豆荚斑驳病毒(Bean pod mottle virus,BPMV)在美国东部和南部的大豆产区广泛分布。该病毒能够造成3%~52%的产量损失并使大豆品质降低,目前我国未见其分布。针对进口大豆种子的植物病毒检测,本文建立了半巢式RT-PCR技术检测BPMV的方法。该方法采用Trizol快速提取大豆种子病毒总RNA,并根据BPMV的外壳蛋白编码基因设计特异性引物,经第一轮RT-PCR和第二轮半巢式PCR扩增,分别得到275 bp和196 bp大小的特异性基因片段。半巢式RT-PCR扩增产物的测序表明,该产物序列与BPMV的外壳蛋白编码基因存在91%~95%的高度同源性。检测灵敏度比较研究显示,DAS-ELISA与RT-PCR的检测灵敏度相近,半巢式RT-PCR的检测灵敏度比这2种方法高出103倍以上。     

应用巢式RT-PCR检测水仙退化病毒1

水仙退化病毒（Narcissus degeneration virus,NDV）是水仙上发生较为严重的病毒之一。本文根据 NDV 已报道的外壳蛋白基因序列,设计特异性引物,以感病水仙的总 RNA 为模板,建立了快速检测 NDV 的巢式 RT-PCR 方法。结果表明,巢式 RT-PCR 具有良好的特异性和灵敏度,能够从感染 NDV 的水仙样品上扩增出与预期大小相符的特异性目的条带,同时与其他病毒无交叉反应;灵敏度测定结果表示,巢式 RT-PCR 灵敏度较高,是普通 RT-PCR 的104倍,当 RNA 稀释到109倍时仍能被检测到。本文建立的巢式 RT-PCR 为水仙上 NDV 的快速检测提供了技术参考依据。     

玉米褪绿斑驳病毒实时荧光RT-PCR检测方法研究

玉米褪绿斑驳病毒(Maize chlorotic mottle virus,MCMV)是我国对外公布的检疫性有害生物。本研究根据该病毒外壳蛋白基因的保守序列,设计得到特异性引物及Taqman荧光探针,建立了MCMV的实时荧光RT-PCR方法,并对其灵敏度与特异性进行了研究。该方法针对2个不同来源的毒株均能得到典型扩增曲线,而没有从小麦线条花叶病毒、玉米粗缩病毒和玉米矮花叶病毒的RNA得到扩增曲线,表明引物与荧光探针具有良好的特异性。针对玉米褪绿斑驳病毒RNA不同稀释度样品,实时荧光RT-PCR检测低限达到10-5稀释度,检测灵敏度要比普通RT-PCR高出100倍。因此,本研究建立的MCMV实时荧光方法具有特异性强、灵敏度高和快速有效的优点。     

莴苣花叶病毒RT-RPA检测方法的建立

根据莴苣花叶病毒(Lettuce mosic virus,LMV)的外壳蛋白保守位点设计引物,并构建片段大小为428 bp的内标质粒,利用引物和内标质粒对可侵染莴苣的5种病毒和与LMV同属的3种病毒进行反转录重组酶聚合酶扩增技术(Recombinase Polymerase Amplification,RPA)检测。结果表明,该方法特异性强,可从阳性样品RNA中扩增出大小为272 bp的目标片段,而其他7种病毒RNA、空白对照以及阴性对照均未扩增出条带;灵敏度高,能检测出稀释100倍的LMV RNA,与常规RT-PCR灵敏度一致;速度快,整个扩增过程只需要40 min,不需要特殊设备。本研究建立的RT-RPA检测方法可应用于LMV的快速检测。     

齿兰环斑病毒与建兰花叶病毒分子检测研究

齿兰环斑病毒（Odontoglossum ringspot virus,ORSV）与建兰花叶病毒（Cymbidium mosaic virus, CyMV）是严重危害兰科植物的两种主要病毒。本研究根据病毒外壳蛋白基因设计特异性引物,应用ELISA、普通RT-PCR、巢式RT-PCR和免疫捕获RT-PCR4种方法进行了检测研究与比较。结果表明：普通RT-PCR与ELISA方法检测灵敏度相当;巢式RT-PCR检测灵敏度要比普通RT-PCR与ELISA方法高出104倍以上;免疫捕获RT-PCR检测灵敏度介于普通RT-PCR和巢式RT-PCR之间。采用巢式RT-PCR方法对我国台湾进境的蝴蝶兰植株样本检测,1号样本出现与阳性对照一致的特异条带。双向测序分析,扩增产物序列与ORSV外壳蛋白基因具有100％的同源性,表明1号蝴蝶兰样本携带ORSV。     

微滴数字RT-PCR检测南芥菜花叶病毒

为建立一种快速、灵敏、特异的定量检测南芥菜花叶病毒(arabis mosaic virus,ArMV)的微滴数字RT-PCR方法,根据ArMV外壳蛋白基因保守序列设计了特异性引物和探针,并对该方法的特异性、灵敏度和重复性进行评估。结果表明,该数字RT-PCR检测方法的特异性好,与其他对照病毒均无交叉反应;检测灵敏度可达0.56 copies/μL;3次重复试验变异系数为0.74%,重复性良好。本实验建立的方法适用于实际样品中ArMV的快速定量检测。     

甜樱桃李矮缩病毒(PDV) RT-PCR检测方法的优化与应用

以甜樱桃(Prunus avium L.)品种红灯的叶片为材料,提取总RNA,选用随机六聚体引物进行反转录合成cDNA,根据李矮缩病毒外壳蛋白基因设计2对特异引物,分别从感病样品中扩增出与预期片段大小相符的目的片段.通过对RT-PCR反应体系中引物、模板浓度和退火温度的优化,改进了现有的李矮缩病毒的RT-PCR检测方法,并成功用于山东泰安地区甜樱桃果园的病毒调查.另外,还可以扩增18 sRNA,实现对李矮缩病毒外壳蛋白基因表达的相对定量分析.     

4种方法脱除杭白菊菊花B病毒效果研究

为探究脱除菊花体内菊花B病毒(CVB)的最佳方法,本研究以金丝皇菊、小洋菊和皇菊3个品种为试验材料,比较了在茎尖培养时结合常温处理、变温热处理、化学处理、变温热处理加化学处理等4种方法处理40 d对不同菊花品种中CVB的脱除效果。结果表明,单一茎尖处理40 d对CVB的脱除效果最差,对小洋菊的CVB脱除率为38.5%,在金丝皇菊和皇菊上脱毒效果均为0;变温热处理结合茎尖培养与25μg/mL病毒醚结合茎尖培养脱毒效果类似,对植株长势影响不大,且对小洋菊和皇菊的CVB脱除率均为100%,对金丝皇菊的CVB脱除效率为47.1%和40.9%;变温热处理加25μg/mL病毒醚处理方法对植株的毒害作用较大,导致金丝皇菊全部死亡,但对小洋菊和皇菊的脱毒率也是100%。结果表明,成本最低的变温热处理结合茎尖培养法脱毒效果最佳,可在生产中推广应用。     

Construction of an infectious full-length cDNA clone of Chrysanthemum virus B

An infectious full-length cDNA clone of Chrysanthemum virus B (CVB, genus Carlavirus), was constructed. Four cDNA fragments covering the whole genome of CVB-S were cloned between the Cauliflower mosaic virus 35S promoter and the nopaline synthase (NOS) terminator. Chrysanthemum and garland chrysanthemum were inoculated with the constructed plasmid, named pCVB, using a gene gun system. As is the case in wild-type, CVB-infected plants, no visible symptoms were observed on plants inoculated with pCVB; however, western blotting and electron microscopy indicated the presence of the progeny virus of pCVB. pCVB could be a useful tool for analyzing the functions of carlaviral proteins.     

稻曲病菌薄壁分生孢子制备的影响因素分析

本文研究了培养基、温度、振荡速度等因素对稻曲病菌Ustilaginoidea virens薄壁分生孢子产孢量的影响。结果表明,稻曲病菌薄壁分生孢子在培养第7天基本达到最大孢子量;该菌最适宜产孢的培养基为马铃薯煮汁,在煮汁中添加蔗糖可大幅提高产孢量;适宜的产孢温度为26~28℃;静止培养不利于产孢,振荡培养有利于产孢,并表现为转速越高产孢量越多;光照条件对产孢量没有影响。     

双重RT-PCR法同步检测单头异沙叶蝉携带的两种小麦病毒

异沙叶蝉可传播小麦矮缩病毒Wheat dwarf virus(WDV)和小麦黄条纹病毒Wheat yellow striate virus(WYSV)两种病毒。本文根据WDV和WYSV的基因序列分别设计两种病毒的特异性引物对,以含有上述两种病毒的异沙叶蝉样品总RNA为模板,以随机引物为3′端通用引物反转录获得cDNA,然后在同一个PCR反应体系加入两对引物,分别得到与预期相符的773 bp和322 bp扩增产物条带。通过对引物浓度、dNTP和rTaq用量以及退火温度等条件进行优化,建立了能在同一异沙叶蝉体内检测WDV与WYSV两种小麦病毒的双重RT-PCR方法。该双重PCR方法特异性强、敏感性高,可以快速准确地在一个体系里同步检测介体昆虫体内的两种病毒,有效地检测虫体内病毒带毒率,这些结果可为病毒预测预报和病害防治提供参考。     

梨褪绿叶斑伴随病毒的RT-PCR和巢式RT-PCR检测技术建立

 梨褪绿叶斑伴随病毒(Pear chlorotic leaf spot-associated virus,PCLSaV)是新近发现的为害梨树的欧洲花楸环斑病毒属(Emaravirus)病毒,该病毒基因组由5条负义单链RNA组成。本研究比较分析了反转录引物pd(N)6、3C和5H及基于该病毒基因组RNA3和RNA5链序列设计的4对引物用于RT-PCR检测梨样品中PCLSaV的效果,结果显示,采用与该病毒基因组RNA链3′末端互补的引物3C用于cDNA合成及基于该病毒RNA5链序列的引物5-F/R用于PCR扩增时,检测PCLSaV的灵敏度相较采用引物pd(N)6和5H合成cDNA为模板时高10~100倍;不同部位和不同发病状况的梨树组织中PCLSaV检测结果差异明显。进一步建立了具有高灵敏度的巢式RT-PCR技术,采用外侧引物5-F/R和内巢引物5-IF/IR结合可用于梨不同组织样品中PCLSaV的检测。本研究为系统分析PCLSaV在我国栽培梨树上的危害状况及无病毒梨种质培育奠定了技术基础。     

南方水稻黑条矮缩病毒一步双重RT-PCR 检测技术及其应用

 An one-step dual RT-PCR method was developed for Southern rice black-streaked dwarf virus (SRBSDV) detection from host plants and insect vector white-backed planthopper (Sogatella furcifera Horvath,Hemiptera: Delphacidae), from which two cDNA fragments of the viral genome S5 and S10 were amplified
simultaneously. Two primer pairs, S5-F1 / S5-R2 (5′-ttacaactggagaagcattaacacg-3′ / 5′-atgaggtattgcgtaactgagcc -3′) and S10-oF / S10-oR(5cgcgtcatctcaaactacag -3′ / 5′-tttgtcagcatctaaagcgc -3′), were selectedfrom 40 primer pairs based on SRBSDV genome sequences, and amplified viral S5 ORF1 fragment (819 bp) and cp gene fragment ( 682 bp), respectively. Using total RNA extracts from infected plant leaf tissue or individual planthopper adult as templates, one step RT-PCR reaction in the conditions of annealing temperature of 53℃ with the final concentrations of 240 nmol / L S5-F1 / S5-R2 and 120 nmol / L S10-oF / S10-oR generated a similar yield of two amplicons in argrose electrophoresis analysis. Sequence analysis confirmed the correct
result of the amplification. Additionally, several commercal RNA extraction kits was proven to be fit for the template preparation, and the protocol for total RNA extraction from plant leaf tissue and individual planthopper was simplified by sample grinding direct in eppendorf tube. This method can be used for SRBSDV detection of dried or 70% alcochol soaked planthopper samples stored over one month in room temprature. Key words: Southern rice black-streaked dwarf virus; Sogatella furcifera Horvath     

应用常规RT-PCR和荧光定量RT-PCR检测柑桔衰退病毒

 根据柑桔衰退病毒(CTV)P20基因序列设计cquctv9/cquctv10特异引物对,以柑桔RNApolymeraseⅡ基因作为内参照,建立了柑桔衰退病的常规RT-PCR快速检测体系;依据柑桔衰退病毒P20基因序列设计cquctv1/cquctv2特异引物对和TaqMan探针cquctvp1,建立了柑桔衰退病荧光定量RT-PCR快速检测体系。常规RT-PCR检测下限是含有CTV的50pg总RNA,荧光定量RT-PCR法的检测下限是2fg纯CTV片段。荧光定量RT-PCR的灵敏度相对比常规RT-PCR高100倍。利用常规RT-PCR和荧光定量RT-PCR体系对从2005年3月到2006年7月采自田间的样品进行检测,结果表明,2种检测体系都有很好的特异性和准确性;对183个田间柑桔苗木样品带毒率检测结果表明,荧光定量RT-PCR检出率为(82.5%),比常规RT-PCR检出率(73.2%)高。