棉花银染mRNA差异显示体系优化研究

mRNA差异显示技术(DDRT-PCR)是分离差异表达基因的有效方法。以陆地棉组织培养过程中不同时期愈伤组织为材料,对RNA提取、PCR反应体系、银染条件等影响mRNA差异显示的关键因素进行优化试验,建立了一套适合棉花组织培养的mRNA差异显示体系。最终确定了优化体系(50μL)为:随机引物0.4μmol/L,锚定引物0.4μmol/L,dNTP 250μmol/L,Mg2+1.5 mmol/L,Taq酶1.5 U,退火温度为39.3℃。利用优化后的体系对材料进行扩增,扩增产物特异性好、条带清晰、背景干净。该体系简便、快捷、灵敏、高效,可用于分离差异表达基因。     

一种简易银染程序的确定与优化

在对5种银染方法进行比较后发现改进的聚丙烯酰胺银染方法效果最好而且简单经济.通过对改进方法进行不同的温度和pH以及试剂的优化试验,最终确立了一种较为简单,快速而且效果不错的银染程序.     

微卫星DNA聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染技术的探讨

采用PCR一非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、硝酸银染色检测DNA片段。结果表明,该方法检测DNA具有灵敏度高、背景浅、条带清晰等突出特点。聚丙烯酰胺凝胶电泳后采用银染技术分析,方便快捷,易长期保存,且减小了对人体、环境的毒害作用。     

萝卜mRNA差异显示技术反应体系的优化及应用

以萝卜品种短叶十三为材料,对影响mRNA差异显示(DDRT-PCR)反应体系的主要因子进行优化试验,最终确定了优化体系(15μl):随机引物0.5μmol/L,锚定引物1.0μmol/L,dNTPs 0.1~0.2 mmol/L,Mg2 1.5mmol/L,模板cDNA 15 ng,TaqDNA聚合酶0.9 U;并对PCR扩增程序中的复性温度进行梯度筛选,表明40℃较适合于萝卜mRNA差异显示(DDRT-PCR)反应体系。同时应用该优化体系分别对短叶十三花芽分化和扬花萝卜、春萝卜BYC抽薹过程中基因的差异表达进行初步分析。     

银染聚丙烯酰胺凝胶电泳技术体系的优化

【目的】针对银染PAGE实验中常出现的背景颜色深、条带弥散、凝胶变形及条带不整齐等问题进行归纳总结并提出优化方法。【方法】以甘蓝型油菜基因组DNA为研究对象,通过PAGE电泳后银染并调整试剂配方、实验条件,筛选出适合实验的技术体系。【结果】甲醇浓度、电压稳定性、电泳温度、气泡等显著影响实验结果。甲醛浓度过高(1.25%)时,虽所需染色时间短,但凝胶背景深;甲醛浓度过低(0.001 25%)时,背景浅但条带淡,需要长时间染色;电压不稳定会造成条带弥散;电泳温度过高,导致凝胶变形,条带弯曲;凝胶中的气泡会扰乱DNA条带的形状;NaOH浓度在0.875%~1.375%,染色结果无明显差异。【结论】甲醛用量4 mL(1%)、保持稳定电压、在冰浴中电泳、制胶时及时赶走所有气泡,可得到凝胶背景浅、条带清晰且正常的结果。     

香菇微卫星标记变性聚丙烯酰胺凝胶电泳的应用及正交优化

变性聚丙烯酰胺凝胶电泳是一种高效鉴定微卫星分子标记的方法,广泛应用于种质鉴定、遗传连锁图谱构建及分子标记辅助育种等研究中.该方法由于操作繁琐,目前在食用菌领域的应用尚不广泛.以香菇为研究对象,建立变性聚丙烯酰胺凝胶电泳的检测流程,并利用正交试验对检测流程中涉及的加样缓冲液与PCR反应液的体积比、95℃变性时间、置于冰上冷却时间、银染时间、银染后胶板去离子水洗时间等5个操作节点进行优化.结果表明,加样缓冲液与PCR反应液体积比为1∶2,95℃变性2～5 min,置于冰上冷却15～20 min,银染7 min,银染后胶板用去离子水洗5～10 s是正交试验的较优处理组合.试验建立了香菇微卫星标记变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测操作规程,该操作规程具有成本低、效率高、易批量化操作等优点,对其他食用菌微卫星标记的应用具有重要的参考价值.     

聚丙烯酰胺凝胶电泳操作注意事项研究

[目的]得到清晰的特异性条带,更好地分析SRAP标记产物。[方法]对聚丙烯酰胺电泳的上样量、电压条件进行了梯度试验,同时就灌胶方式、银染时间、显影剂调配等各步骤的操作进行了详细地探讨。[结果]上样量7μl、电压1 000 V最合适,能得到DNA条带清晰、特异性条带区分效果明显的条带。[结论]为后续电泳操作及分析过程奠定技术基础。     

鲤鱼AFLP-银染体系的建立与优化

以鲤科鱼类建鲤为材料,对扩增片断长度多态性(AFLP)反应体系进行优化,建立适合于鲤鱼的AFLP反应体系.通过对AFLP常规流程中基因组DNA提取、酶切.连接、预扩、选扩及电泳-银染过程的优化,初步建立了适合鲤鱼的AFLP分析体系:采用鲤血细胞DNA提取;MseI和EcoRI 37 ℃双酶切5 h;预扩引物为E+A和M+C;选扩引物E+3与M+3浓度配比为1:8,为提高引物与模板的结合效率,选扩程序均采用touch-down程序;最后结合经典AgNO3-Na2CO3银染显色.通过优化的AFLP程序,从64对引物中筛选出8对多态性引物,为进一步的鲤鱼种质资源研究奠定基础.     

2种方法银染的AFLP片段再扩增效果比较及改进

Bassam银染法和Sanguinetti银染法是AFLP标记最常用的检测方法.本研究比较这2种方法银染的AFLP条带再扩增效果的差异,发现Bassam法银染的AFLP片段再扩增效率达到100%,而用同样的PCR条件,sanguinetti法银染的AFLP片段不能被扩增,限制了Sanguinetti法在AFLP标记分析中的应用.为提高Sanguinetti法银染的AFLP片段再扩增效率,对Sanguinetti法银染的AFLP片段回收和再扩增条件进行了改进.通过增加Sanguinetti法显色后的胶板漂洗次数、延长漂洗时间、改变AFLP条带浸泡溶液、增加浸泡液体积和增加PCR循环次数,成功地将Sanguinetti法银染的AFLP条带的再扩增效率提高到100%,从而解决了San-guinetti银染法应用的限制因素.     

柿AFLP银染技术体系的建立

通过对各主要影响因素的研究,建立了适于柿AFLP分析的银染技术体系:酶切体系20μL总体积中含纯化后的DNA450ng,EcoRI和MseI各3U,37℃酶切4h;酶切完成后加入连接液,37℃连接10h(或过夜),然后65℃变性10min;连接产物稀释5倍用于预扩增,预扩增体系中EcoRI和MseI引物均不含选择性碱基;预扩增产物稀释5倍用于选择性扩增,选择性扩增体系中EcoRI和MseI引物均含3个选择性碱基,选择性扩增完成后,加入10μLLoadingbuffer,95℃变性10min,立即冰浴;取6 5μL变性后的选择性扩增产物在6%变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳,电泳完毕后,对胶板进行固定、脱色、水洗、银染、冲洗、显影、定影及干燥等银染程序。