Genomics in equine veterinary medicine

Veterinary medicine is marching forward with genomics grasped firmly in one fist. Genomics has been part of our veterinary tool bag for some time in various guises, but the breadth and depth of its ramifications can be daunting. This article is designed to provide toe‐holds for veterinarians to enjoy a better understanding of genomics – a truly fascinating area of science.     

印第安纳沙门菌环介导等温扩增检测方法的建立

旨在解决印第安纳沙门菌传统检测方法的缺陷,建立快速、特异、灵敏的分子检测方法。通过比较基因组学方法获取印第安纳沙门菌特异性检测靶标,进一步设计用于环介导等温扩增的引物组。通过对反应条件优化,建立针对印第安纳沙门菌的特异性分子检测方法。结果显示,该检测方法特异性强、耗时短,检测下限为59拷贝·反应^-1。应用该方法对临床分离菌株进行检测,结果不仅与国家标准（GB4789.4—2016）检测结果一致,还可用于自凝菌株检测。本研究建立的方法能实现印第安纳沙门菌的快速检测,将在临床诊断中发挥重要作用。     

激活标签法及其在番茄功能基因组的应用

激活标签法是近年来新发展起来的一种研究基因功能有价值的补充方法。该文综述了激活标签法的研究进展及其在番茄功能基因组研究中的应用。     

稻瘟病菌T-DNA插入的突变表型分析

PCR技术检测28个形态发育和致病性相关T-DNA插入突变体，结果所有突变体均含磷酸转移酶基因序列。对这些突变体展开进一步生物学性状观察，发现15个颜色异常，8个菌落生长缓慢，2个分生孢子形态异常，2个附着胞形态异常，3个不能形成附着胞。致病性测定结果，9个突变体完全不能导致抗瘟（C101）和感瘟（日本晴）水稻苗致病，病害级别均为0级。用标准菌株1528和P131测定突变体有性世代的形成能力，结果发现， Y34-0211、Y34-1469和Y34-0635 3个突变体完全丧失产生有性世代的能力。     

植物病原丝状真菌寄生性与RGS蛋白的关系研究

以49个全基因组序列已经公布的真菌为研究对象，通过OrthoVenn2同源基因簇比对、BLASTp比对和关键词搜索3种方法对G蛋白信号调控因子（regulators of G-protein signaling，RGS）同源基因进行比对分析，并结合SMART进行保守结构域分析，结果发现，49个真菌中共有229个RGS蛋白，每种真菌中所含有RGS蛋白的数量范围为3~9个，且死体营养型病原菌和半活体营养型病原菌的RGS蛋白数量高于活体营养型病原菌；根据RGS蛋白中保守结构域进行分类，可以划分为DEP-RGS、RGS-TM、PXA-RGS-PX、RGS、RGS-PAS-PAC、TM-RGS等6种，其中，具有RGS-PAS-PAC和TM-RGS这2种特殊保守结构域的RGS蛋白主要集中在半活体营养型病原菌和死体营养型病原菌；进一步对229个RGS蛋白进行遗传关系分析，发现具有同种保守结构域的RGS蛋白亲缘关系较近。上述研究结果表明植物病原丝状真菌的寄生性与RGS蛋白数量和种类之间存在着一定的关联性。     

家禽重要性状的基因组学研究与应用现状

近一个世纪的传统选育使家禽的各项生产性能接近表型选育极限,基因组学领域的发展成为突破这一瓶颈的新途径。自2004年第一个鸡的基因组草图发布以来,鸡、鸭、鹅等家禽的基因组参考序列在近年相继发布,且质量逐步提升。基于家禽高质量的基因组参考序列,研究学者进一步对家禽的重要性状展开了系列研究,这些研究加速了我们对家禽重要性状的认识和理解,并为在家禽基因组选择育种中应用筛选出有效的分子标记。本文就家禽的基因组参考序列研究、重要性状的基因组学研究及其应用进行综述。     

Identification of the putative ancestral allele of bovine single‐nucleotide polymorphisms

Identifying the action of natural selection from patterns of standing genetic variation has long been of interest to the population genetic community. Thanks to the availability of large single‐nucleotide polymorphism (SNP) data sets for many species and of high‐throughput SNP genotyping methods, whole‐genomic surveys to detect selective sweeps are now possible. Knowing the ancestral allele increases the power to detect selection. We present here a comparative genomic approach to determine the putative ancestral allele of bovine SNPs deposited in public databases. We analysed 19 551 488 SNPs and identified the putative ancestral allele for 14 339 107 SNPs. Our predicted ancestral alleles were in agreement with ancestral alleles detected by genotyping outgroup species for 97% SNPs from the BovineSNP50 BeadChip. This comparison indicates that our comparative genomic‐based approach to identify putative ancestral alleles is reliable.     

微生物药物的研究与开发综述

在临床上,微生物药物是一类应用非常广泛的药物,在抗感染、抗肿瘤、血糖调节、降血脂及器官移植等临床治疗中发挥着重要的作用。该文对微生物药物的发展历程、特点、资源研究及开发等方面进行了论述。