Bioinformatically mined simple sequence repeats in UniGene of Citrus sinensis

Characterization of microsatellites is extremely important for the development of molecular markers. Here, we present the detection and abundance of microsatellites or simple sequence repeats (SSRs) in UniGene sequences of Citrus sinensis. A total of 427 SSRs were mined in 8786 UniGene sequences downloaded from National Center for Biotechnology Information (NCBI). Depending on the repeat units, the length of SSRs ranged from 14 to 21 for mono-, 14 to 48 for di-, 18 to 48 for tri-, 24 to 40 for tetra- and 42 bp for hexa-nucleotide repeats. Average density of SSRs (1SSR/12.92 kb of 5518.71 kb sequences mined) suggests that only 4.43% of sequences contained SSRs. Di-nucleotide repeats were most frequent repeat type (49.41%) followed by tri-nucleotide repeats (41.45%). An attempt was made to design primer pairs for 427 identified SSRs but these were found only for 216 sequences. The positions of SSRs with respect to open reading frame (ORF) detected and annotation of sequences containing SSRs were also carried out to assign function to each of the sequences.     

CITES附录中哺乳动物注释的使用分析

《濒危野生动植物种国际贸易公约》经过45年的发展和演进,在正文与附录的基础上,形成了决议、决定、注释等相互交织的复杂规则。作为对附录执行的解释和细化,附录注释的功能和作用越来越凸显出来。对附录注释的研究和重视程度不够、理解片面甚至忽略,是大多数缔约方在过往履约工作实践中确实存在的现象。本文系统介绍了公约附录注释体系,初次尝试从6个角度对哺乳动物注释的作用进行了分析,在充分理解的基础上提出履约应重视对CITES附录注释的解读和使用,从而实现适应性管理。     

基因组转座子鉴别与注释方法研究进展

转座子是一类可以在基因组不同位置间移动的、重复的序列,广泛存在于真核和原核生物基因组中,并对基因组的结构、功能和进化有着重要影响。转座子鉴别与注释是基因组注释工作的重要一步,相关软件可分为3类:从头算法、基于同源性的算法和联合算法,不同的软件实现方法和功能各不相同,并各有优缺点。文中对此进行了综述,并提出在今后的开发中将会出现更多结合多种算法的综合流程程序包,它们整合多种方法的优点,针对性强,可根据不同的需求来解决实际问题。     

基于数据库驱动技术的土壤图注记自动配置系统的设计与实现

土壤注记是土壤图制图表达的重要内容,对于理解土壤的发生、分布具有重要意义。在基于全国第二次土壤普查资料进行大比例尺土壤图分幅制图过程中,若对拥有海量土壤空间信息的多分幅大比例尺土壤图实现注记表达,不可能再依赖于传统的制图方式生成注记。为了实现注记上图的自动化和以交互方式解决多个步骤判断问题,构建了土壤图注记自动配置系统。该系统采用图廓边界注记压盖检测与处理技术,解决了注记压盖图廓边界的问题;采用图层、分级码、要素对象的三级控制方法,实现了注记在图层级别上进行整个图层以及背景层注记的设置,在分级码级别上结合统计结果,实现了注记的条件判别与阈值过滤,在要素级别上实现了特殊要素注记的生成。基于数据库驱动技术并以人机交互的方式进行土壤图注记的自动化配置,实现了批量土壤图分幅注记的快速生成,不仅具有较强的灵活性,可适用于不同比例尺土壤图及其他类型地图的注记表达,而且大大提高了数据生产的效率和自动化处理程度。该研究为今后不同比例尺土壤图制图实现注记的自动化配置提供参考。     

论注释在古籍整理与研究中的地位与作用

古籍注释已有数千年历史,前人在这方面作了大量工作,为祖国传统文化的延续与发展作出了极大贡献。古籍注释的起源是春秋战国时期用口语对前代典籍作注解。注释是古籍整理研究中最重要的工作之一。今天的古籍整理和注释,在借鉴前人成果的基础上更当有所发展。     

盐胁迫条件下苦马豆幼苗根差异表达基因及功能注释

苦马豆(Swainsona salsula Taubert)是新疆重要的耐盐抗旱豆科植物,通过染色体压片技术确定供试材料为二倍体,采用截形苜蓿(Medicago truncatula)基因组芯片(61278个探针),对苦马豆幼苗根部在未经盐处理和在180 mM NaCl溶液中处理24 h后的表达水平进行了分析,找出控制盐胁迫的关键基因,为耐盐基因的筛选提供依据。结果表明:有4057个基因在不同处理条件下存在表达差异,其中155个上调基因和105个下调基因;利用Gene Ontology注释对差异表达的基因从分子功能、细胞组件、生物学过程3个水平进行功能分类,搜索NCBI数据库,在截形苜蓿和拟南芥(Arabidopsis thaliana)中找到有高相似性功能已知的部分基因,表明差异表达的基因涉及逆境胁迫、信号转导、电子传递、蛋白代谢等多个方面,这些基因是植物根部盐胁迫相关基因。