奶牛犊牛腹泻源大肠埃希氏菌耐药情况及LEE相关基因的检测

为了明确宁夏地区奶牛犊牛腹泻源性大肠埃希氏菌的分离率、耐药情况和LEE毒力岛eaeA和ler基因的携带情况,采集宁夏5市16个规模化奶牛场1～2月龄犊牛病理性腹泻样本157份,采用微生物学方法培养、VITEK 2 Compact生化鉴定和PCR鉴定,应用PCR方法进行分离株LEE相关基因检测。结果分离鉴定到大肠埃希氏菌62株,对四环素耐药率为100%,对阿莫西林、氟苯尼考、哌拉西林等9种药物的耐药率大于90.00%,对阿米卡星较为敏感,耐药率为11.29%;LEE毒力岛eaeA基因的检出率为11.29%(7/62),ler基因的检出率为79.03%(49/62),二者同时检出率为3.23%(2/62)。结果表明,LEE的存在,可能是某些奶牛场犊牛腹泻大肠埃希氏菌病的原因之一,建议临床治疗犊牛腹泻大肠埃希氏菌病可以首选阿米卡星。     

暗褐网柄牛肝菌高多态性SSR标记的开发

从暗褐网柄牛肝菌基因组数据中开发高多态性的SSR标记,按照本实验中设计的方法得到43对引物,扩增分型后,30个位点在供试的157个样品中均表现出较高的多态性,其中:三碱基单元的位点22个,四碱基单元的位点4个,五碱基单元的位点1个,六碱基单元的位点3个。PCR产物的长度为114～561 bp。从聚类结果来看,157个样品共有147种多位点分子表型。共享多位点分子表型的样品分别来自同一采样地点,推测来源于同一菌丝无性繁殖系。样品并未按地理群体聚在一起,说明各个地理群体间有基因交流。来自澳大利亚和新西兰的样品也未与来自中国的样品完全分开。     

牛乳β-酪蛋白遗传多态性及A2型乳制品研究进展

酪蛋白是牛乳酪蛋白的主要组成部分,具有重要的生理功能,与人体健康密切相关。牛乳β-酪蛋白具有多种遗传变异体,最常见的是A1型和A2型,其中A2型为天然原型。本文从β-酪蛋白的遗传多态性、β-酪蛋白消化特性与人体健康、A2型牛群选种选育及A2型乳制品研究进展等方面进行综述,旨在阐述牛乳β-酪蛋白遗传多态性研究现状及其与人体健康的相关性,为今后A2型乳制品行业的研究开发提供参考。     

杏褪绿卷叶植原体新疆分离物可视化LAMP检测方法的建立

为新疆杏褪绿卷叶病的田间快速诊断和检测提供新方法,根据杏褪绿卷叶植原体新疆分离物tuf基因保守序列,设计并筛选出1套特异性环介导等温扩增(LAMP)引物,通过对反应体系中主要影响因素的优化,建立适用于快速检测杏褪绿卷叶植原体的LAMP检测方法。结果表明:建立的LAMP检测方法能特异性地检测出杏褪绿卷叶植原体,检测灵敏度是普通PCR的100倍,且可通过肉眼观察直接对反应结果进行判定。     

绵羊Izumo1基因多态性及其与产羔数关联分析

为研究Izumo1基因多态性及与产羔数关系,本研究利用PCR和直接测序法对小尾寒羊和苏尼特羊的Izumo1基因DNA序列进行扩增、测序和BLAST分析,并和本课题组前期绵羊重测序数据进行比对,筛选出Izumo1基因SNP位点。同时,采用Sequenom MassARRAY~?技术进行基因分型,并对其SNP位点的基因型和等位基因频率在各群体中的分布进行研究。结果表明:小尾寒羊Izumo1基因DNA全长序列3 385 bp,苏尼特羊Izumo1基因DNA全长序列3 382 bp;筛选出8个Izumo1基因SNP位点,经过初步筛选,将在小尾寒羊、苏尼特羊、滩羊、萨福克羊、杜泊羊、草原藏羊这6个绵羊品种中位点分布没有差异的SNP位点排除,最终筛选获得的g.54412135AG和g.54412107CA 2个位点。Izumo1基因g.54412135AG位点在多羔和单羔绵羊品种中存在GG、GA和AA 3种基因型,G基因为优势等位基因;g.54412107CA在多羔品种中存在CC和CA 2种基因型,而在单羔品种中存在CC、CA和AA 3种基因型,C基因为优势等位基因,其基因型频率和基因频率在单、多羔绵羊群体间的分布差异均极显著(P0.01);群体遗传学分析得出g.54412135AG多态位点在6个品种中的多态信息含量(PIC)都属于低度多态(PIC0.25);g.54412107CA多态位点在杜泊羊中属于中度多态(0.25PIC0.5),在其他5个品种中都属于低度多态(PIC0.25),然而,关联分析发现Izumo1基因g.54412135AG和g.54412107CA位点的不同基因型与小尾寒羊不同胎次产羔数之间不存在显著关联(P0.05)。     

山东栒子全长转录组测序数据组装及功能注释

山东栒子是中国山东省的特有种,现已处于极度濒危状态。目前,山东栒子的分子生物学研究较少,基因数据库资源极度缺乏,急需探究其生物学遗传信息,以加快对山东栒子的保护遗传学工作。本研究以山东栒子叶片、花、成熟果实为实验材料,利用PacBio Sequel测序平台对其转录组进行全长转录组测序。共得到高质量去冗余的转录本53932个,作为最终转录本序列。预测到的CDS区共52490个;对其SSR位点进行分析,对测序得到Unigenes进行单核苷酸至六核苷酸重复的SSR位点搜索,共搜索到26796个SSR位点。对非冗余转录本利用BLAST软件与NR、Swissprot、GO、COG、KOG、KEGG 6个数据库进行比对,一共成功注释了53319个Unigenes,其中与NR数据库进行比对中注释为苹果的的相关基因数量最多,其次是白梨和桃;在GO数据库中有33305条山东栒子Unigenes被注释分类,由生物学过程、细胞成分和分子功能三部分组成;在与COG数据库比对中,共有23910条比对到了同源序列,且一共被分为25类;在与KEGG数据库的一系列比对中,可将Unigenes映射到126条代谢通路中。本研究在高通量全长转录组水平对山东栒子进行了系统研究,这为进一步开展山东栒子的分子标记开发和挖掘优良基因提供了科学依据,从而推动山东栒子的保护与利用。     

矮牡丹与芍药属其他5个种叶绿体基因组特征的比较

【目的】中国特有的野生牡丹一直被国内外视为珍贵的种质资源。野生矮牡丹被认为是现代栽培牡丹品种重要的祖先种之一,开展矮牡丹在内的芍药属植物叶绿体基因组(cp DNA)特征分析对阐明牡丹系统进化、培育和改良栽培品种具有重要的理论与实践价值。【方法】在矮牡丹叶绿体高通量测序的基础上,从NCBI数据库下载凤丹牡丹、大花黄牡丹、滇牡丹、川赤芍和草芍药的cp DNA数据,利用Geneious 8. 0、EMBOSS 6. 4. 0等软件,对芍药属6个种的cp DNA进行对比分析。【结果】矮牡丹cp DNA序列共152 628 bp,共有112个基因,使用25 988个密码子,编码蛋白78个;有19个基因(包括4个rRNA、7个tRNA、8个蛋白编码基因)在IR(反向重复)区重复。共搜索到143个SSR位点,单核苷酸重复基序位点最多,为116个(占81. 12%),没有六核苷酸重复基序。尽管芍药属叶绿体基因组比较保守,但不同种间IR和LSC(大单拷贝区)的边界位置仍有一定变化,凤丹牡丹LSC/IR的rpl2基因有718 bp延伸至LSC区域,而其他种的rpl2基因均完整地位于IR区。【结论】从基因组大小和基因内容来看,芍药属cp DNA高度保守;草芍药与滇牡丹cp DNA最大,为152 698 bp;凤丹牡丹cp DNA最小,为152 153bp。矮牡丹cp DNA蛋白编码基因密码子偏好使用A/T碱基,SSRs位点的碱基组成也偏好使用A/T碱基,143个SSRs位点中,A/T组成的位点有134个;矮牡丹cp DNA SSRs分布具有不均匀性,14个SSR位点位于IR区段,103个位于LSC区段,26个位于SSC区段。IR边界分析显示,芍药属LSC/IRb的边界变化是IR区扩张与收缩的主要原因。研究结果为芍药属植物的系统进化与栽培起源等研究提供支持,对芍药属植物分子标记开发及优良品种选育具有参考价值。