杨树抗逆转录因子基因内SSR标记的开发

利用直接测序法开发小叶杨抗逆转录因子基因内一套新的核基因组SSR标记。通过对3个抗逆转录因子共21个成员在36个小叶杨基因型个体中的序列比较分析后共检测到31个SSR多态性位点,SSR出现的频率为1/1916bp。在小叶杨自然群体中,SSR多态性位点的碱基重复呈现出2～5碱基形式,基元重复次数变异范围为3～20次,其中以二碱基重复的位点较多,占总数的51.6%。在此基础上,依据SSR位点两侧的保守序列,设计31对SSR位点PCR扩增引物对。利用设计的引物检测所开发的SSR位点在杨属内22个基因型个体中PCR扩增的有效性及SSR位点的保守性。PCR扩增结果显示,93.5%的SSR位点能够在杨属内至少4个派内有效扩增,每对引物组合可检测到SSR多样性位点数3～12个,平均6个。基于抗逆转录因子基因内开发的SSR标记位点为分子标记辅助小叶杨抗逆性状育种提供工具。     

毛白杨木材形成功能基因内SSR标记的开发及评价

利用直接测序法开发木材形成功能基因内一套新的核基因组SSR标记.通过对参与木材形成的16个基因在40个毛白杨基因型个体中的序列比较分析,共检测剑20个SSR多态性位点.在毛白杨自然群体中,SSR多态性位点的碱基重复呈现出二碱基、三碱基、五碱基、六碱基与七碱基形式,基元霞复次数变异范围为2～34次,其中以二碱基重复的位点较多,占总数的55.0%.在此基础上,依据SSR位点两侧的保守序列,设计20对SSR位点PCR扩增引物对.利用设计的引物检测开发的SSR位点在杨属内15个基因型个体中PCR扩增的有效性及SSR位点的保守性.PCR扩增结果显示,90.0%的SSR位点能够在杨属至少2个派内有效扩增,每对引物组合可检测到SSR多样性位点数为3～9个,平均5.3个.开发的这些SSR位点在功能基因内小同区域的分布频率不同.     

运用ISSR标记鉴定宝巾花辐射突变体

采用ISSR分子标记鉴定宝巾花(Bougainvillea spectabilis)辐射突变体,建立了宝巾花的ISSR-PCR反应体系,筛选出适宜的退火温度。结果发现从14条ISSR引物中筛选出7条具有多态性的引物进行PCR扩增,引物UBC880对样品j、k、l扩增出多态位点,片段大小在350 bp左右,其余引物均未扩增出明显的多态位点。由此说明,运用ISSR分子标记可初步鉴定宝巾花表型突变体。     

毛竹居群遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD技术,对来自不同地区的18个毛竹居群遗传多样性及居群间的关系进行了研究.从184条10碱基随机引物中筛选到14条能稳定产生多态标记的引物,共扩增出129个位点,主要集中在400～1 400bp之间,其中多态性位点有101个,比率高达78.3%,Shannon多态性指数较高平均为0.377.根据POPGENE32软件分析和聚类分析,计算各居群间的遗传相似性I和遗传距离D,遗传距离的变异范围为0.081～0.503,遗传相似性变异范围为0.605～0.923,表明各居群间的遗传距离和遗传相似性存在着较大的差异.地理上较近的居群多聚在一起,表现出比较明显的地域性,说明各居群的亲缘关系与地理分布有着密切的关系.     

舞毒蛾不同地理种群基于AFLP分子标记的遗传分析

舞毒蛾是一种食性很广、危害很大的世界性林木害虫,根据其地理分布和生活特性,现在被分为亚洲型和欧洲型2种。对来自俄罗斯远东地区、蒙古、日本、美国和中国5个地理种群,共26份舞毒蛾样品进行AFLP分子标记研究。成功建立并优化舞毒蛾AFLP分析体系,从16对引物组合中筛选出3对扩增条带多、多态检出率高的荧光标记引物组合,利用CEQ-8000遗传分析仪进行毛细管电泳及数据分析,共检测到507个多态性位点。通过PAUP软件对AFLP数据进行UPGM和NJ树的聚类分析以及遗传距离分析,结果表明:5个地理种群舞毒蛾明显分成欧洲型(美国种群)和亚洲型,其中亚洲型又可分成俄罗斯、日本、中国及蒙古3个类群。美国种群间遗传变异比其他种群较大,中国种群与美国种群遗传距离最大,而与蒙古种群遗传分化最小。从分子水平上研究舞毒蛾不同种群的遗传分类情况,揭示利用AFLP分子标记技术可以区分舞毒蛾不同地理种群的基因型,为研究舞毒蛾的起源、入侵与扩散、遗传与变异以及检疫措施的制定等方面提供科学依据。     

美国山核桃群体遗传多样性的RAPD分析

运用随机扩增多态性DNA（RAPD）标记技术，采用Operon公司的10种随机引物，以采自美国东南部、北部、西部和我国江苏、浙江、湖北、湖南、云南等地的9个美国山核桃栽培群体45个单株的种子为材料，检测出多态位点42个。以这些多态位点为依据，计算了估测了多态性位点百分比、Shannon表型多样度指数、Virk群体内遗传距离和Nei氏群体间遗传距离，并用它们作为参数进行群体遗传多样性的RAPD分析。结果表明，参试的美国山核桃品种群体遗传变异明显，且群体间差异大于群体内差异，我国引种的群体遗传差异大于原产地美国的群体遗传差异。     

AFLP标记在毛新杨×毛白杨BC1群体中的分离

利用AFLP分子标记技术 ,以毛新杨×毛白杨BC1群体中的 12 0个单株为材料 ,在整个基因组水平上研究AFLP标记在该群体中期望的孟德尔分离情况 .4 1对AFLP引物组合共检测到 2 70 7个位点 ,其中在分离群体的亲本毛新杨和毛白杨间具有多态性的位点有 712个 .经卡方检验后得到在P <0 .0 1水平上 ,符合期望孟德尔 1∶1分离的位点共有 5 71个 ,占多态性位点的 80 .2 % ,该结果表明AFLP标记技术很适合用于毛白杨指纹分析和遗传连锁图谱构建     

用同工酶研究马尾松群体的遗传结构

本文应用同工酶分析技术结合形态、生长和物候等表型性状,分析了福建省沙县境内的5个马尾松天然小群体的遗传结构。结果表明,马尾松群体具有较高的遗传变异水平,5个小群体的多态位点百分率达64.5％,等位基因平均数为1.65,平均期望杂合度为0.216。小群体间的分化程度不高,5个小群体的平均遗传距离为0.0047;同工酶测定的总变异中,2.4％来自小群体间,其余的变异(97.6％)来自小群体内;而表型性状总的遗传变异中,6.5％左右来自小群体间,其余的变异(93.5％)来自小群体内。     

云杉表型与同工酶遗传多样性研究进展

综述国内外30多年主要云杉属植物的表型与同工酶遗传多样性研究进展、存在问题和发展趋势。群体间(内)表型多样性丰富,群体间性状表型变异一般均呈一定的地理变异模式。同工酶主要遗传多样性参数为：多态位点百分数,平均每个位点的等位基因数目,平均每个位点期望杂合度,有效的等位基因数目和基因分化系数的变幅分别为23％～84．6％,1．33～2．70,0．016～0．306,0．230～1-32和0．022～0．11。群体间的变异量只占总变异量的2％～13%,约87%～98％变异存在于群体内。从表型、同工酶和DNA水平等多层次对云杉的遗传多样性进行偶合研究,同时加强对影响遗传多样性及其结构的外因探讨,及该研究在基因资源保护策略上的应用是云杉遗传多样性研究的发展趋势。     

不同产地金枣柿遗传变异研究

以浙江省内37份金枣柿和3份农家柿品种为材料,利用SSR分子标记技术,结合表型性状和果实营养成分指标,分析不同产地金枣柿遗传多样性。结果表明:金枣柿枝、叶、芽等表型性状具有丰富的形态多样性,14个表型性状的变异系数为7.23%23.54%,其中萼片长与柿蒂长变异系数最大,果形指数、叶形指数变异系数最小;果实营养成分在单株间的变异丰富,变异系数为9.58%66.21%,平均变异系数为37.89%,变异程度高于表型性状;21对SSR多态性引物可从40份材料中扩增出381个DNA位点,平均多态性位点百分率为92.89%,UPGMA聚类分析显示,所选SSR标记能将供试材料完全区分开,在遗传相似系数0.74时将40个试验单株分为3类,主坐标分析所得结果与聚类分析基本一致。该研究结果为金枣柿种质资源的科学利用提供了依据。     

毛泡桐二倍体及其同源四倍体的AFLP和MSAP分析

分别用AFLP和MSAP分子标记技术,研究了毛泡桐二倍体及其同源四倍体幼苗DNA碱基序列及其甲基化的变化。结果表明,毛泡桐二倍体及其同源四倍体DNA碱基序列在AFLP水平上没有发生变化;在MSAP扩增电泳凝胶上,毛泡桐二倍体及其同源四倍体分别检测到2 262和2 180个扩增位点,DNA甲基化位点占总扩增位点的比例分别为35.32%和38.58%,其中DNA全甲基化比例则为12.86%和14.13%;毛泡桐同源四倍体DNA甲基化和去甲基化频率高于其二倍体,总DNA甲基化多态性低于二倍体。     

利用RAMP分子标记对酸枣资源的遗传多样性分析

为了探讨不同区域酸枣资源的遗传多样性,完善酸枣的DNA分子指纹鉴定方法,用24对引物对31份酸枣样品进行RAMP分子标记分析,从中筛选出14条有多态性并且条带清晰的引物,共扩增了132个位点,多态性位点107个,多态性比率81.1%。遗传多样性分析结果表明,31份酸枣样品的遗传距离为0.120 9~0.517 2;根据扩增结果可将参试的31份样品划分为6类。     

基于SLAF-seq技术的古茶树SNP位点开发

为给古茶树遗传图谱构建、分子辅助育种和物种进化等研究提供参考,以48份贵州古茶树种质为研究对象,利用SLAF-seq技术,获取大量多态性SLAF标签,进而开发一批特异性强、稳定性高的单核苷酸多态性(SNP)位点。结果表明,利用猕猴桃参考基因组进行电子酶切预测,选择HaeIII酶进行酶切,得到237773个SLAF标签,其双端比对效率为91.40%,酶切效率为96.41%,说明SLAF建库正常。测序后各样品所获得的读长数为1279534~8460233,测序质量值Q30范围为92.61%~94.88%,均值为93.84%,测序获得的GC比例为43.52%~47.18%。共开发1656258个古茶树SLAF标签,样品的平均测序深度为24.21×,其中多态性SLAF标签有462897个,根据所获得的多态性SLAF标签来统计SNP位点信息,共得到2690638个群体SNP标记,根据完整度大于0.8且次要基因频率(MAF)大于0.05的标准进行过滤,得到283376个高一致性的群体SNP标记。     

白皮松EST-SSR序列分布特征及引物开发

为解决白皮松分子标记资源相对匮乏的问题,对其针叶转录组测序结果进行检测分析及引物开发,结果在针叶转录组数据中共检测到精确型SSR位点3 268个以及复合型SSR位点104个,序列长度为10～27 bp的短序列(2 954,93.36%)占主导地位;SSR重复单元的重复次数在4～30次之间,重复次数为9次的重复单元数量最多,所占比例最大(684,20.93%);在所有142个重复单元中,A/T所占比例最大(1 508,46.14%),其次为AT/CA(280,8.57%)和TA/TC(245,7.50%);从所设计的1 151对引物中,随机选择60对EST-SSR引物,对来自不同地区的50株白皮松优树进行PCR扩增,有28对引物能扩增出清晰的条带,有效扩增率为46.67%,其中多态性引物2对,引物多态率为7.14%,多态性信息含量PIC分别为0.375、0.305。为了检验引物的多态性,又选择了7对已发表的对白皮松基因型具有多态性的SSR引物进行验证分析,结果发现,这7对引物均能扩增出清晰的条带,但对50株白皮松优树均无多态性,也侧面说明了白皮松基因序列的相对保守性。该研究结果为白皮松种质资源评价、分子标记辅助育种等方面的研究提供了参考。     

杜鹃花表达序列标签资源中的微卫星信息分析

从NCBI数据库下载杜鹃花表达序列标签序列1323条,去冗余后得到912条EST。采用Tandemrepeatfinder软件分析,最终在61条EST序列中找到65个SSR位点,出现频率为7．1272％。二碱基重复是杜鹃花EST内SSR的主要重复类型,占66．1538％;单碱基和三碱基重复次之,分别占据15．3846％和9．2308％。四碱基、五碱基、六碱基类型的SSR相对比较少。多达90．7692％的SSR位点为完美型微卫星重复。这些富含SSR位点的EST序列将为开发微卫星特异性引物,并用于杜鹃花群体生物多样性和遗传结构分析提供理论依据。     

杉木叶绿体微卫星及其单倍型变异分析

杉木是我国南方重要的用材林树种,但其分子标记开发滞后于其他树种。文章利用种（属、科）间扩增法,从来源于黑松、日本柳杉等的21个叶绿体微卫星（SSR）位点中为杉木筛选适合的标记。结果表明:候选标记位点中有10个能够成功扩增,其中2个位点（CJCP1m₀04和CJCP2m₀02）具有多态性,其单倍型数量（A）分别为2和6,多样性指数（H）为0.233和0.733。多态性位点的单倍型序列分析结果表明,源于日本柳杉的CJCP2m₀02在杉木中属高变异位点,其SSR重复单元类型为（AT）n··（T）n,不同于来源物种的重复单元类型（AT）n。筛选得到的叶绿体微卫星（SSR）标记在杉木分子遗传学研究中具有重要用途。     

白花树天然群体的遗传多样性

采用SRAP分子标记技术,对采自我国云南、广东、广西、江西、福建、湖南、贵州7个省以及越南安沛省的20个白花树天然群体共269个个体的遗传多样性和遗传结构进行研究。8对引物共获得88个条带,多态性条带81个。白花树在物种水平上的多态条带百分率(PPB)为91.0%,Shannon表型多样性指数(Ho)为0.4536;在群体水平上PPB为49.49%,Ho为0.2841,表现出高的遗传多样性。AMOVA分析显示,30.40%的变异存在于白花树群体间,69.60%的变异存在于群体内;群体内与群体间的遗传分化均很明显。Mantel检测表明群体间的遗传距离与地理距离存在显著的相关性。     

湖南桂阳马尾松种子园遗传多样性的ISSR分析

本研究从100条ISSR引物中筛选出11条多态性引物,对湖南桂阳马尾松第二代种子园共87份样品进行遗传多样性分析,共扩增得到246个多态位点。采用PAUP4.0软件分析,获得两个主要群体(广西群体和城步群体),在城步群体内,湖南和贵州两省的家系被分开。再对两个主要群体采用POPGEN32软件分析,结果表明:在桂阳第二代种子园内总的多态位点百分率达98.80%,总的Shannon信息指数为0.583 7,Nei's基因多样性指数为0.400 3,2个群体的多态位点百分率分别为93.57%、98.80%,各群体间的基因分化系数为0.036 3,基因流为13.258 6。这表明桂阳第二代马尾松种子园的遗传多样性水平高,个体间的基因多样性变异大,该种子园所采用的建园方式是可取的。     

马尾松实生种子园F1代的RAPD分子鉴别

为了筛选出鉴定马尾松优良杂种F1代的RAPD特征标记,从DNA水平上区分杂交子代,以从23个马尾松实生种子园F1子代嫩叶中抽提的DNA作为试验材料,采用RAPD分子标记技术检验DNA序列的多态性。从99条引物中筛选出5条适合马尾松F1代RAPD扩增且具有多态性的引物S1026、S1110、S1040、S1180、S1172。利用这5条引物,采用RAPD分子标记技术,对23个F1子代进行了标记基因型的研究,得到了27个标记位点,确立了各样品的标记基因型,并在此基础上进行了马尾松子代的分子分类研究。     

茶藨生柱锈菌寄主遗传多样性研究

运用随机扩增多态DNA (RAPD)标记对分布于我国4省6病区63份茶藨生柱锈菌寄主红松和华山松进行遗传多样性分析.用6个随机引物对寄主松针进行PCR扩增,共得到138个DNA位点,其中多态位点117个,多态位点比率为84.78%,RAPD的Shannon指数遗传多样性为0.315 5,RAPD的Nei指数基因分化系数为0.525 5.不同来源寄主的遗传多态性规律顺序:辽宁清原红松＞云南洱源华山松＞山西沁水华山松＞云南巧家华山松＞四川广元华山松＞云南东川华山松.从RAPD聚类分析树状图可以看出,先将63个松针样品分成2个不同的RAPD组群(红松组群和华山松组群),然后又将不同地理来源的华山松组群按地理区域分成5个亚群,同一采集的华山松亚群中又分成感病组和抗病组.研究表明,种间的遗传多样性是由种的遗传属性所决定的,而地理因素只是影响种内遗传多样性的一个因子.