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甘蓝EST资源的SSR信息分析 总被引:4,自引:0,他引:4
为了开发甘蓝EST-SSR功能性标记,从NCBI公共数据库检索到63201条甘蓝ESTs,通过前处理和聚类去冗余后得到全长为14828.60 kb的无冗余ESTs 23306条.在这些序列中搜索出3085个SSRs,分布于2616条ESTs中,出现频率是13.24%,与甘蓝开花过程中相关的EST-SSRs出现的频率为6.97%.这些EST-SSRs的平均长度为23.11 bp,平均分布频率是1/4.81 kb.在1~6核苷酸重复的基元中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要类型,二者出现的频率基本相近,占总SSR的79.09%.AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的79%和34%,对这些含SSR的ESTs进行BLASTx同源性比较分析,发现2616条EST-SSRs中1981条在数据库中可以找到同源物,占EST-SSRs总数的75.73%,功能已知的蛋白质中拟南芥来源的EST-SSRs所占比例最大,为66.02%,同时针对与甘蓝开花相关的EST-SSRs进行功能分析.找到同源物的1981条EST通过GOA进行功能分类,有987条可划分为生物过程、分子功能和细胞成分3大功能类群,其中与生物代谢相关的EST-SSRs数量最多,为263条,994条未被功能注释. 相似文献
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拟南芥霜霉病抗性分子机制研究进展 总被引:1,自引:0,他引:1
随着近年分子生物学技术的发展与应用,植物霜霉病抗性的研究有了长足的进展。本文就拟南芥抗霜霉病基因的克隆与结构分析,抗病信号传导,防卫反应和系统获得抗性,以及寄主-寄生菌共进化冲突方面进行了综述,并就今后的研究进行了展望。 相似文献
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随着近年分子生物学技术的发展与应用,植物霜霉病抗性的研究有了长足的进展。本文就拟南芥抗霜霉病基因的克隆与结构分析,抗病信号传导,防卫反应和系统获得抗性,以及寄主一寄生菌共进化冲突方面进行了综述,并就今后的研究进行了展望。 相似文献
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以结球甘蓝为研究材料,采用水培的方式,研究了不同浓度的NaCl对结球甘蓝幼苗生长和体内钠离子(Na+)、钾离子(K+)、钙离子(Ca2+)、镁离子(Mg2+)分布的影响。结果表明:随着NaCl浓度的升高,根、茎、叶和整株的生物量呈下降的趋势,根冠比在各处理间差异均不显著。随着NaCl浓度的增加,结球甘蓝幼苗各器官中的Na+含量不断增加,而K+、Ca2+、Mg2+呈下降的趋势,所有NaCl胁迫处理的结球甘蓝K+/Na+、Ca2+/Na+和Mg2+/Na+值均低于对照,且均随着NaCl浓度的升高而下降。在NaCl胁迫下,茎部对Na+和K+的累积较高,而叶中则主要积累Ca2+和Mg2+。 相似文献