柑桔木质陷孔病类病毒贵州分离物的分子鉴定

 从采自贵州感染了啤酒花矮化类病毒（Hop stunt viroid, HSVd）的柑桔植株中抽提总核酸,通过一对鉴别引物,经RT-PCR扩增初步筛选出柑桔木质陷孔病类病毒（Citrus cachexia viroid, CCaVd）。扩增该类病毒的全长核苷酸片段,通过克隆和测序,结果发现,该片段全长298bp,与GenBank中报道的木质陷孔病类病毒分离物同源性达到96％以上。这是中国发生的木质陷孔病类病毒的分子生物学特征的首次报道。     

基于SSR标记的中国亚洲韧皮杆菌种群结构研究

【目的】亚洲韧皮部杆菌是柑橘黄龙病病原。通过筛选SSR（Simple sequence repeat）位点,分析中国境内亚洲韧皮部杆菌（‘Candidatus Liberibacter asiaticus’）的群体结构。【方法】根据已报道亚洲韧皮部杆菌基因组上的25个SSR位点,使用中国不同地理来源的样品,对报道的SSR位点进行筛选,找出其中适宜进行中国样品群体结构分析的位点。应用PCR的方法,对收集的中国境内的285个亚洲韧皮部杆菌相应SSR位点进行扩增,聚丙烯酰胺凝胶电泳。所得电泳图导入软件Quantity One 4.5.0读取产物的碱基数。通过PopGen version 1.31软件评估选出的位点和不同地理来源的样品的多态性,分别使用软件Powermarker 3.25和structure 2.3.4进行聚类分析。【结果】共选出5个SSR位点可用于中国种群结构研究,Nei's多样性指数0.1542-0.9556。其中LasA位点多态性最高,有效等位基因数NE=22.5,Nei's多样性指数H=0.9556。通过这5个位点分析中国境内8个不同地理来源的样品,发现云南省样品存在较高多态性,NE=5.7,H=0.6580。8个地理种群间的遗传距离0.0236-0.5786,遗传相似度0.5607-0.9767,广西和四川遗传距离最大,遗传相似度最小。Powermarker软件以UPGMA方法进行聚类分析的结果显示,所有样品分为两个组群,四川和云南为一个组群;福建、浙江、贵州、广东、广西和江西为一个组群。Structure软件分析也得出了相似的结果,云南和四川样品的种群构成较为单一,90%以上个体为同一组群,而其他6个地理来源不同程度的为两个组群的混合。【结论】基于5个SSR位点分析中国境内的Ca. L. asiaticus表明其可能存在两种不同的群体结构,为进一步研究中国柑橘黄龙病的发生和流行规律提供了有价值的线索。     

高质量提取柑橘样品中病原总核酸方法的建立

针对柑橘老熟组织中富含多糖、多酚、色素和其它次生代谢产物的特点,以柑橘老叶老皮为试材,在传统CTAB提取法的基础上通过添加增效剂并优化配方,建立了一种快速、简便的提取植物老熟组织及其内部病原总核酸的CTAB-Triton提取法。新的提取液对细胞的裂解能力更强,且解决了传统CTAB溶液因低温析出而致DNA得率损失的弊端。比较了该法和微量葡聚糖柱纯化法制备模板时韧皮部杆菌的检出率,并用该法制备模板,分析了韧皮部杆菌在柚子叶片中的分布情况,及对其它几种柑橘病原菌进行PCR/RT-PCR检测。结果表明,CTAB-Triton方法能有效提取柑橘老熟叶片的DNA,所得DNA质量高,产量比商品化试剂盒大,提高了韧皮部杆菌的检出率,且可用于柑橘其他病原真菌、细菌,以及DNA或RNA病毒病害的PCR/RT-PCR检测,也可用于定量PCR检测和病原种群多态性分析。     

柑橘裂皮病类病毒的一步RT-PCR法检测及其在甜橙体内的分布

柑橘裂皮病是由柑橘裂皮病类病毒(Citrusexocortisviroid,CEVd)引起的一种重要的柑橘病害。分别采用快速微量核酸提取法和SDS-KAc抽提法在表现症状的Etrog香橼中提取核酸,采用一步RT-PCR法对CEVd进行检测,结果显示SDS-KAc法可以消除带毒样品中非特异性条带。从嫁接接毒的铜水72-1锦橙植株的接穗部取嫩叶、老叶、皮,从砧木部茎杆上取老皮以及根皮分别提取总核酸进行RT-PCR检测,分析CEVd在甜橙体内的分布情况。初步检测结果表明在接穗的嫩叶、老叶、皮,砧木部茎杆的老皮和根皮上都可以检测到CEVd,以接穗部叶和皮检出稳定性高。     

重庆地区柑桔衰退病毒多态性研究

柑桔衰退病毒(CTV)存在着复杂的株系分化现象.在使用弱毒株交叉保护防治柑桔衰退病时需要对田间病毒株系组成进行分析,并对选用的株系进行单蚜分离纯化.作者运用限制性片段长度多态性和单链构象多态性对田间获得的168个CTV样品和2个蚜传毒株的外壳蛋白基因进行分析,了解重庆市田间CTV组群构成情况,发现田间CTV以多株系混合发生为主,其中主要是CP/HinfⅠRFLP第1、3和6组群,约占总数的90%,并以强毒株混合感染为主.甜橙中CP/HinfⅠRFLP的组群构成最为复杂.单头褐色桔蚜从柚类至甜橙传播CTV的效率低(不足1%),该蚜的取食可改变CTV的株系组成.     

柚新老枝叶中柑橘衰退病毒的DTBIA检测

应用直接组织印迹免疫法(Direct Tissue Blot Immuno-Assay,DTBIA)检测了中国农业科学院柑橘研究所品种资源圃的212株柚植株,呈柑橘衰退病毒阳性的有94株,占样品总量的44.3%.进一步对85株DTBIA阳性柚植株的新老枝叶进行检测,结果初步明确CTV在柚植株中存在不均匀分布现象,其中,新茎的平均CTV检出率最高,为77.9%,其次为新叶的77.1%;老叶和老茎的CTV检出率相对较低,分别为40.5%和38.7%.     

一步法RT-PCR检测柑橘鳞皮病毒

柑橘鳞皮病是一种极具破坏性的柑橘病害,广泛分布于南美及地中海地区。我国目前缺乏对该病害的快速检测技术。以柑橘鳞皮病毒(CPV)的外壳蛋白基因(CPG)为靶标,初步建立了一步法RT-PCR快速检测体系,扩增产物与NCBI数据库中已知CPVCPG的核苷酸序列进行比对,2者序列间同源性超过99%。     

重庆地区柑桔衰退病毒组群分析

柑桔衰退病毒(CTV)存在着许多生物学特性不同的株系。通过铲除感染强毒株植株或利用弱毒株交叉保护的方式来防治柑桔衰退病都需要对CTV株系进行准确、可靠的鉴定。根据对CTV衣壳蛋白基因(CPGs)的限制性片段长度多态性(RFLP)和单链构象多态性(SSCP)分析,发现在重庆地区CTV主要以CP/HinfⅠRFLP第1,3和6组群为主,并且在田间以多株系混合感染为主?