野猪、松辽黑母猪及其杂交一代多性状功能基因分子遗传标记研究

本研究旨在应用"中芯一号"家猪分子育种基因芯片了解试验猪群重要经济性状功能基因遗传变异,为选留优秀育种个体提供有效信息。选择影响猪脂肪沉积、肉质、生长、抗病和被毛表型等性状功能基因有效突变位点作为分子遗传选育标记,以野猪、松辽黑母猪及其杂交一代共计106头个体作为实验动物模型,通过"中芯一号"猪分子育种芯片检测,对试验猪不同性状功能基因有效突变位点进行统计分析。结果表明,猪脂肪沉积性状功能基因（SCD和MYH4）有效突变位点在试验猪群中全部是肌内脂肪沉积有利基因型（CC、TT）;肉质性状功能基因（PHKG1、PRKAG3和RYR1）有效突变位点,除了21头猪携带有RYR1功能基因有效突变位点对肉质性状不利的等位基因T外（杂合基因型CT）,其他个体全部为肉质性状有利基因型（CC、GG、CC）;抗病性状功能基因MUC13有效突变位点的抗病有利等位基因纯合基因型（GG）所占比例高于杂合（GA）和不利等位基因纯合基因型（AA）;生长性状功能基因（HMGA1、VRTN和CCKAR）有效突变位点检测发现,猪群中没有增加体长趋势的HMGA1突变位点的TT基因型个体,仅有1个杂合体;肋骨数功能基因VRTN有效突变位点T等位基因频率高,对个体的胸椎数有增加趋势;功能基因CCKAR有效突变位点全部是有利于增加采食及日增重的C等位基因纯合基因型;被毛表型性状KIT功能基因有效突变位点在所有检测猪个体呈现出GG基因型,说明研究猪群中不存在影响白色被毛表型的基因突变位点,与试验猪群被毛表型结果一致。以上结果为猪群进一步育种规划提供了有益信息。     

大尾寒羊和小尾寒羊尾部脂肪lncRNA差异表达分析

【目的】通过识别影响绵羊尾部脂肪沉积的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),深入研究lncRNA参与绵羊尾部脂肪沉积的规律。【方法】采集大尾寒羊和小尾寒羊2个品种各3只公羊的尾部脂肪组织样本，通过Illumina NextSeq500高通量测序技术对样本RNA进行转录组测序，对所获得的reads进行lncRNA分析，筛选出差异表达lncRNA,通过GO和KEGG富集分析挖掘lncRNA靶基因参与的生物学过程和代谢途径。【结果】研究共筛选获得22个差异表达的lncRNA,对其进行靶基因预测，获得20个顺式靶基因。通过对靶基因功能分析，检测到包括调控血管生成、细胞迁移、胰岛素反应和MAPK级联反应正调控的4条生物学过程，以及胞外区、细胞外间隙的2条细胞组分。KEGG富集分析筛选到20个靶基因参与脂肪细胞因子信号通路、进入脂质代谢、代谢途径、AMPK信号通路和磷脂酶D信号通路等19条信号通路。【结论】本研究鉴定了影响绵羊尾部脂肪沉积的差异表达lncRNA及其靶基因，为进一步研究绵羊尾部脂肪沉积过程的作用机理奠定基础。