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【目的】 通过分析淅川乌骨鸡全基因组重测序数据,获取淅川乌骨鸡转座子的基本信息和特征分布,探究转座子相关基因参与的通路。不仅对研究淅川乌骨鸡转座子的生物学功能具有重要的意义,而且为探索基因组扩增、基因组功能及进化研究提供重要基础数据。 【方法】 对淅川乌骨鸡血液DNA进行全基因组重测序,采用双末端短序列比对基因组,运用RepeatModeler、TEclass、RepeatMasker等使用流程对转座子进行鉴定、构建、校正、分类和注释,获得淅川乌骨鸡整个基因组所有的转座子,对转座子的特征、分布及和基因的关系等方面进行分析。并对转座子插入的所有基因进行GO和KEGG数据库富集,分别结合GO和KEGG注释结果对功能进行描述。 【结果】 经鉴定、分类和注释,淅川乌骨鸡共鉴定到370 252个转座子序列,分为19个超家族,主要为CR1、TcMar-Mariner、ERVL、ERV1等超家族,进一步说明淅川乌骨鸡转座子类型主要是逆转录转座子;转座子的数目和染色体长度有关,染色体越长,转座子数目越多。在基因组中转座子和基因的密度成反比,基因密集的区域中转座子密度较低;基因组内转座子的插入并非随机的,LTR/ERVL、LTR/ERV1、DNA/PIF-Harbinger、DNA/Hat-Charlie、RC/Helitron等转座子倾向于插入基因外部。GO富集分析表明,在生物过程条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是细胞过程、单生物过程、代谢过程、生物调节、刺激反应等;分子功能条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是结合、催化活性等;细胞组分条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是细胞部分、细胞器、膜等。KEGG富集分析表明,鉴定出的转座子主要在甘油酯代谢、PPAR信号通路、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗、Jak-STAT信号通路等通路。着重关注了与淅川乌骨鸡特性相关的通路,如和色素沉积有关的酪氨酸代谢、和肉品质有关的脂代谢、脂肪酸的合成、PI3K-Akt信号通路等。 【结论】 转座子含量与基因组大小,具有一定的正相关性,而且淅川乌骨鸡转座子在基因组的分布存在一定偏好性。转座子相关基因在色素相关通路中富集,其可能与淅川乌骨鸡的种质特性有关,具体的调控机制还有待进一步研究。 相似文献
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为了解miR-125b的进化历史和潜在的生物学功能,下载不同物种miR-125b前体序列,运用Clustal W2软件进行多序列比对,构建系统进化树,q PCR方法检测固始鸡不同组织中miR-125b表达量的发育性变化,通过Targetscan 7.0与miRDB数据库对miR-125b靶基因进行预测、DAVID数据库对预测的靶基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果显示:不同物种之间miR-125b具有很高的保守性;在胚胎期下丘脑中,随着胚胎发育,miR-125b的表达量逐渐增加,出壳后又呈现逐渐降低的趋势,到36周龄表达量又显著升高;在成年期消化器官(肌胃、腺胃、小肠、肝脏)中也具有较高的表达量;经预测,miR-125b靶基因有920个,富集于组织发育、生物调节、基因表达的转录后调节、小RNA的生物学加工等生物过程和细胞外基质受体相互作用、调节肌动蛋白细胞骨架、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、不饱和脂肪酸的生物合成和NOD样受体信号等通路。结果表明:鸡miR-125b为广泛性时序表达miRNA,可能参与鸡胚胎期及出壳后生长发育相关的诸多生物学过程的调控。 相似文献
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<正>促进农民增收是"三农"工作的核心。浙江省仙居县是一个"八山一水一分田"的典型农业山区县,农业人口40多万,约占全县总人口的90%。在全面建设小康社会进程中,仙居县立足实际,依托优势,积极拓宽思路,多措并举,较好地促进了农民持续增收。近年来,增幅连续保持在10%以上,2014年全县的农民人均纯收入达到14 398元,同比增速为11.13%,增辐排名台州市第二。其主要做法如下。 相似文献
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microRNA(miRNA)在不同物种间进化具有高度保守性,且在动物生长发育过程中有重要作用。为研究miR-92的进化历史、miR-92在不同组织的表达差异性和在生长发育过程中的作用,本文运用多序列比对分析序列相似性,并构建系统进化树分析miR-92基因的进化特点,运用SYBR Green System PCR技术构建了miR-92在鸡不同发育阶段11个组织中的表达谱,同时用TargetScan 7.0与PicTar两种不同生物学软件对其进行靶基因预测,两个软件靶基因的交集分别进行GO和KEGG富集分析。结果表明:(1)miR-92的进化方向与物种从低等到高等的进化趋势相一致,在不同物种中的基因位置和序列上都表现出较高的相似性,这与miRNA在物种间高度进化保守性的特点基本一致;(2)同一个时期,不同组织部位的表达有组织特异性,在1日龄的鸡中,肾脏,腿肌和心脏有较高的表达量。在成年鸡中,表达量较高的组织为肺脏,胸腺和下丘脑。在同一组织的1日龄和成年鸡中的表达呈现时序性,除脾脏的表达量差异不显著外,其他10个组织miR-92的表达量差异显著(P0.05);(3)两个软件预测到的交集靶基因有157个,GO富集结果显示靶基因主要参与转录过程,RNA代谢过程,DNA结合,转录因子活性,MAPK磷酸酶活性等。显著富集的KEGG通路为MAPK信号通路(P0.05)。这些结果为进一步研究miR-92基因在机体中所扮演的角色奠定了基础。 相似文献
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康相涛 《河南畜牧兽医(综合版)》2009,(10):11-13
我国是世界第一鸡蛋生产大国.2008年鸡蛋的总产量达2000余万吨.但是土鸡蛋及仿土鸡蛋大概仅占到市场总量的8%左右(包括农村千家万户散养土种蛋鸡、一些企业饲养的笼养土蛋鸡和仿土蛋鸡所产的蛋).绝大部分鸡蛋是罗曼、海兰等高产蛋鸡所产的蛋。我个人认为,三年、五年乃至十年以后,土鸡蛋的市场将在整个蛋鸡生产中占据相当大的比重。 相似文献