SRAP分子标记及其应用

相关序列多态性(SRAP)是近年来发展起来的一种新型分子标记系统,具有简便、稳定、中等产率、高共显性、易于测序等优点.它利用独特的引物设计对ORFs进行扩增,正、反引物分别与外显子和内含子(或启动子)区域配对,因不同物种、不同个体的内含子、启动子与间隔区长度不等而产生多态性.SRAP-PCR扩增程序采用复性变温法,前5个循环复性温度为35℃,后35个循环为50℃.目前SRAP已在植物图谱构建、遗传多样性评价、基因定位和比较基因组学等方面成功应用.     

苔藓植物SRAP反应体系的优化

以黄灰藓总DNA为材料,对影响SRAP-PCR反应的模板DNA、Mg2+、dNTP、引物和TaqDNA聚合酶浓度等因素进行了优化,分析了各因素对SRAP-PCR扩增结果的影响。结果表明,在25μLSRAP-PCR反应体系中,最佳反应条件为:模板DNA40ng;Mg2+浓度2.0mmol/L;dNTP浓度0.2mmol/L;正反引物15pmol;TaqDNA聚合酶2.0U。在此条件下,引物组合Me5/em7对13种苔藓植物扩增的条带清晰、多态性好,表明此反应条件适合于苔藓植物的SRAP-PCR反应体系。     

北方粳稻品种类群划分及亲缘关系的RAPD分析

鉴于国内粳稻的类群划分及亲缘关系还鲜有RAPD分析的相关研究报道,本研究利用RAPD分子标记技术对18个北方粳稻品种进行了分类和亲缘关系研究,从80个随机引物中筛选出了21个引物用于PCR反应,共在146个位点上扩增出条带,平均每个引物扩增的位点数为6.95个,多态性位点104个,多态性比率为71.23%,显示了较高的多态性。其中,有15个引物具有单一标记条带或特异缺失条带,共可鉴别10个品种。应用SPSS11.5分析软件对18种供试材料进行了聚类分析,实验结果显示：18种粳稻品种可明显分为3类,第Ⅰ类的10个粳稻品种有8个品种与系谱分析结果相符,第Ⅱ类和第Ⅲ类中的粳稻品种都分别具有血缘关系,与系谱分析结果基本吻合。综上所述,RAPD技术在北方粳稻品种类群划分及亲缘关系研究中的应用是可行的。但两者的分析结果也存在一定的差异,我们建议在实际工作中应将分子标记法和系谱法有机结合、相互印证,减少亲本选择的盲目性,提高育种工作的可预见性。     

北方部分粳稻品种遗传关系的SRAP分析

利用SRAP分子标记技术对18个北方粳稻品种进行了分类和亲缘关系研究.从70个引物组合中筛选出12个用于PCR反应,共扩增出108个条带,平均每个引物扩增的条带数为9个,多态性条带78个,多态性比率为72.2%,显示了较高的多态性.应用SPSS11.5分析软件对18种供试材料进行了聚类分析,结果显示,18个粳稻品种可明显分为4类,其中第1类又可分为2个亚类.比较发现,北方粳稻品种的SRAP分析结果与系谱法基本吻合,表明sRAP可用于北方粳稻品种的类群划分及亲缘关系研究.     

河南省水稻中晚粳新品系遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP分子标记技术对16个河南省中晚粳新品系进行了遗传多样性研究。从70个引物组合中筛选出了10个用于PCR反应,共扩增出104个条带,平均每个引物扩增的条带数为10.4个,多态性条带66个,多态性比率为63.46%,显示了较高的多态性。其中,有9个引物具有单一标记条带或特异缺失条带,共可鉴别8个品种。应用SPSS11.5分析软件对16种供试材料进行了聚类分析,结果显示:16种供试材料可分为5类,其中新丰039和豫粳6号各单独聚为一类。16个品种间的遗传相似系数在0.186~0.808之间,其中信粳03260和新稻03G43的亲缘关系最近,而3优121和豫粳6号的遗传差异最大。这些结果可为水稻种质资源的鉴定、遗传多样性分析和水稻育种工作中杂交亲本的选择提供科学依据。     

RAPD和SRAP标记技术在苔藓植物亲缘关系研究中的比较分析

利用RAPD和SRAP标记技术研究11种苔藓植物的亲缘关系,并进行比较分析。结果表明：RAPD扩增的多态性比率达100%,SRAP扩增的多态性比率达96.9%,两种标记结果均显示了很高的多态性比率。利用SPSS11.5软件对RAPD和SRAP扩增结果进行了聚类分析,两者均与形态学分类基本一致,但与形态学结果也有一定的差异,这种差异主要表现在科以上植物种类之间。同时,两种分子标记的聚类结果之间也存在一定的差异,主要是对大叶凤尾藓和小牛舌藓全缘亚种的划分。因此,RAPD和SRAP都有一定局限性,需要多种标记方法相互结合、相互印证,才能得出客观的结果。     

北方粳稻SRAP反应体系的建立与优化

以粳型旱稻品种焦旱1号总DNA为材料,首先对影响北方粳稻SRAP-PCR反应的模板DNA、Mg2+、dNTP、引物和TaqDNA聚合酶浓度等因素进行了初步优化,分析了各因素对SRAP-PCR扩增结果的影响。在此基础上对影响SRAP-PCR反应的Mg2+、dNTP、引物和TaqDNA聚合酶浓度等4个主要因素进行了正交优化。研究结果表明,利用引物组合Me6/em7对18个北方粳稻品种进行了成功扩增,最佳条件为:25μL SRAP-PCR反应体系中,模板DNA为20 ng;Mg2+为2.0 mmol/L;dNTP为0.3 mmol/L;正反引物为15 pmol;TaqDNA聚合酶为1.5 U。