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猪基因组AFLP指纹图谱的构建 总被引:7,自引:0,他引:7
摘要:对猪(Sus scrofa)基因组AFLP指纹图谱构建的各项条件进行了优化,包括双酶切消化、接头连接、预扩增和选择性扩增、凝胶电泳银染技术及荧光标记检测法等,建立了稳定的猪基因组DNA的AFLP指纹图谱构建方法,采用E32/T32引物组合在45个猪种基因组混合DNA中检测到28个多态标记。 相似文献
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猪肌细胞生成素基因的研究进展 总被引:1,自引:0,他引:1
综述猪肌细胞生成素(MyoG)对猪产肉量影响的作用机制和猪肌细胞生成素基因的定位及结构,并分析其PCR-RFLP遗传变异. 相似文献
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【目的】通过基于单倍型的病例-对照全基因组关联分析(GWAS)鉴别白色杜洛克×二花脸F2资源家系中影响猪阴囊疝的易感位点及位置功能候选基因,并在远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系(Trio)群体中进行重复验证。【方法】利用Illumina porcine 60K SNP芯片对1 020头白色杜洛克×二花脸F2资源家系阴囊疝群体(包含19个阴囊疝患病个体)进行扫描获取基因型。通过Plink v1.07软件对基因型数据进行质量控制;剔除个体基因型检出率< 90%的个体,剔除SNP位点检出率< 90%、哈迪温伯格平衡卡方检验P≤10-3和最小等位基因频率< 0.05及性染色体上和无法定位的SNP位点。质控合格的SNP位点用PHASEBOOK构建出F2资源家系中每个个体的单倍型,并采用隐马尔可夫模型将其归类到数目预先定义的祖先单倍型中。使用基于广义线性混合模型的GLASCOW软件进行利用祖先单倍型的病例-对照全基因组关联分析。采用保守的Bonferroni校正方法得到基因组显著水平和染色体显著水平的阈值。对F2资源家系中达到染色体显著水平的易感SNP位点在包含237个患病个体的远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系(Trio)群体中进行同样的质控,并利用Haploview软件对质控合格的SNP位点分别展开基于单点和基于单倍型的传递不平衡分析(TDT),进行重复验证。【结果】白色杜洛克×二花脸F2资源家系中全部个体的38 033个SNP标记通过质控。在GWAS分析中,共发现108个达染色体显著水平(P<2.63×10-5)的猪阴囊疝关联SNP位点,分别位于染色体2、8和17上,最强相关的SNP位点位于17号染色体上。在远缘三联体核心家系群中,724个个体的96个SNP位点通过质控。对质控合格的SNP位点进行基于单点的TDT分析,结果发现5个显著相关的SNP位点得到重复验证(P<0.05),其中2号染色体上有1个SNP位点和17号染色体上有4个SNP位点,分别位于IQGAP2,CHMP4B,SERINC3,ZNF334 等4个基因内或其上下游。基于单倍型的TDT验证分析发现两个易感单倍型框,其中与基于单点TDT验证分析有重合的仅有SSC17上CHMP4B内及下游的两个易感位点。结合疝气发生机制及TDT分析结果,推测IQGAP2和CHMP4B可能是影响猪阴囊疝发生的两个重要的位置功能候选基因。【结论】本研究利用基于小样本的GWAS分析和较大样本群验证分析,在SSC2和SSC17上分别鉴别1个和4个阴囊疝易感位点,在SSC17上鉴别到两个易感单倍型。易感位点附近的2个基因IQGAP2和CHMP4B可能是影响猪阴囊疝发生的位置功能候选基因,值得进一步研究。 相似文献
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猪氟烷基因的研究进展及其应用概况 总被引:1,自引:0,他引:1
1氟烷基因的概念某些猪在高温炎热、长途运输、转群、驱赶、配种、斗殴、药物刺激等外界应激因子的作用下,会出现(1)体温升高,可达42-45T;(2)呼吸急促、心跳加快、肌肉僵硬,后肢呈痉挛性收缩且皮肤发紫;(3)容易导致摔死;(4)屠宰后肉质下降,肉色苍白、肉质松软且系水性差(ISn肉)等综合症状,即猪恶性高温综合症。研究表明,这一症状受染色体上单一隐性基因,即氟烷敏感基因(Ham)所控制(Sndth1977)。携带此隐性基因的纯合子(rm)为氟烷阴性猪,在上述外界应激因子的作用下容易产生恶性高温综合症;而携带此显性基因… 相似文献
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巴克夏和里岔黑猪不同杂交组合生产性能的比较研究 总被引:2,自引:0,他引:2
旨在测定巴克夏和里岔黑猪这两个猪种的杂交性能,筛选出较为理想的杂交组合。本研究设计了巴克夏×陆川猪(巴陆,2 224头)、巴克夏×里岔黑猪(巴里,18 555头)、巴克夏×玉山黑猪(巴玉,660头)、巴克夏×圩猪(巴圩,366头)、里岔黑猪×陆川猪(里陆,2 689头)、里岔黑猪×玉山黑猪(里玉,706头)和杜洛克×里岔黑猪(杜里,1 026头)7种杂交组合,并通过生长肥育、体尺和繁殖3大类16个性状的生产性能测定来比较它们的优劣。生产性能测定结果表明,杜里综合性能最好,除产仔数和臀宽表现一般外,其余性状都表现较好;巴里其次,除产仔数、肥育期的料肉比和100kg背膘厚表现一般外,其余性状表现较好;剩余5种杂交组合的综合性能较差,目前没有商业化应用价值。由于杜里和巴里猪综合性能较好,为了进一步了解它们的产肉性能,分别对杜里和巴里猪进行屠宰测定。巴里猪的产肉性能总体比杜里猪要好,除大理石纹和肌内脂肪含量不如杜里猪外,其余性状均优于杜里猪,尤其是胸椎数,巴里比杜猪里多1.33根,差异达到极显著水平(P=0.003)。除了生产性能外,商品猪体型外貌也很重要,尤其是毛色。巴里猪的毛色均为黑色,杜里猪有部分发生毛色分离。综合比较,配合力测定结果提示,巴里和杜里综合性能优于其它5种组合,巴里的市场前景比杜里更好。 相似文献
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MC4R基因主效位点在中外猪种中的遗传多样性及其与生长肥育性状的关联性分析 总被引:9,自引:0,他引:9
采用PCR-TaqI-RFLP技术,检测了9个中国地方猪种、3个外来猪种和1个培育猪种的612个个体及白色杜洛克×二花脸资源家系418头F2个体在MC4R基因D298N主效位点的遗传变异,统计分析了MC4R基因型与日增重、腹脂率及肩、胸、腰、臀部膘厚等生长肥育性状的关联性。结果表明:(1)G等位基因在中国地方猪种、长白和杜洛克中呈高频分布,而大白和南昌白猪具有高频率的A等位基因;(2)GG基因型个体的胸、腰、臀部膘厚较AA基因型和AG基因型个体厚,GG基因型个体的240日龄重、至240日龄平均日增重大于AA基因型个体,GG基因型个体的腹脂率高于AA基因型个体,差异显著。试验结果进一步验证了MC4R基因对猪生长肥育性状的影响效应。 相似文献
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中俄猪16个遗传标记基因位点的多态与繁殖性状的相关研究 总被引:1,自引:0,他引:1
检测了俄罗斯大白猪及萍乡华中二头乌猪16个遗传标记基因位点的多态性,分析了二个猪种群体间在上述16个基因位点上的遗传变异,探讨了所测遗传标记基因位点与种猪繁殖性状的相关性。同时,对两个猪种母猪体内抗红细胞抗原“天然抗体”的存在种类及效价与其繁殖性状的相关性进行了研究; 相似文献
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利用随机扩增多态DNA技术对江西地方黑猪群体遗传关系的初步研究 总被引:5,自引:0,他引:5
对奉新黑猪、星子黑猪、南城黑猪、资溪黑猪、玉山黑猪、铅山黑猪等 6个江西地方黑猪类群基因组混合DNA进行了RAPD分析。根据 1 6个多态引物的扩增结果计算了遗传距离指数并进行了UPMGA聚类分析。结果表明 :玉山黑猪和铅山黑猪亲缘关系最近 ,而南城黑猪与铅山黑猪的遗传距离最远。综合考虑现行的分类结果及前人研究结果 ,认为玉山黑猪和铅山黑猪 ,星子黑猪和奉新黑猪可分别划分为同一猪种 ,但对南城黑猪的品种归属性应作进一步分析 相似文献