鸡mir-1658前体基因多态性分析

【目的】研究鸡gga-mir-1658前体区基因遗传变异/单倍型及其在品种间的分布,分析其对microRNA二级茎环结构和靶基因选择的影响,旨在筛选其中具有潜在生物学功能的变异位点,为进一步揭示其对gga-mir-1658基因表达调控的影响及表型效应奠定基础。【方法】根据鸡gga-mir-1658基因组序列（GenBank登录号：NR_035151.1）设计一对特异性引物,采用PCR产物直接测序的方法,对太行鸡（95只）、北京油鸡（83只）和来航鸡（42只）3个鸡种220只个体的gga-mir-1658基因前体区进行多态性检测。使用DNAman、MEGA和mfold软件进行pre-gga-mir-1658基因组序列的比对分析和二级结构模拟。通过SHEsis软件和Haploview软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。使用miRanda软件对gga-mir-1658的靶基因及其复合物自由能变化进行预测分析。【结果】在pre-gga-mir-1658基因共发现6个变异位点,其中次要等位基因频率≥5％位点有g.28 C＞G、g.31 C＞T、g.70 G＞A和 g.71 G＞–,4个变异位点均定位于gga-mir-1658基因成熟体的种子区。遗传变异特征分析显示,g.70 G＞A 位点表现为低度多态（PIC＜0.25）,其余3个位点均表现为中度多态（0.25＜PIC＜0.50）。适合性检验表明,除了来航鸡的g.31 C＞T、g.71 G＞–位点、太行鸡的g.71 G＞–位点以及北京油鸡的g.70 G＞A位点之外,其他变异位点在各鸡种均处于哈代-温伯格平衡状态（P＞0.05）。连锁不平衡和单倍型分析表明,各突变位点之间存在弱连锁平衡;从3个品种鸡中共检测到11种单倍型,其中H1（C C G –）和H11（G T G G）是群体的优势单倍型,频率均大于25%。生物信息学分析表明,种子区的突变可影响gga-mir-1658基因前体二级结构的空间构型和自由能,其中H6单倍型突变体的自由能最高（41.00 kcal·mol^-1）,H2和H5单倍型突变体的自由能最低（35.70 kcal·mol^-1）;群体的优势单倍型H1和H11突变体的自由能分别为-36.10和40.04 kcal·mol^-1。gga-mir-1658基因不同单倍型成熟体种子区序列存在差异,在gga-mir-1658-5p存在“AUACCAU”、“AUACCAC”2种种子区序列,gga-mir-1658-3p共有“AACUCUG”、“AGCUGUG”、“AACUGUG”和“AGCUCUG”4种种子区序列。针对gga-mir-1658的预测靶基因的生物信息学分析显示,它们主要在基因表达调控、细胞凋亡、免疫系统的发育和B细胞激活等基本生物学过程中显著富集;此外,种子区变化可以影响gga-mir-1658成熟体对靶基因的选择。【结论】（1）gga-mir-1658基因种子区存在4个具有潜在生物学功能和表型效应的突变位点,可组成11种单倍型,其中H1（C C G –）和H11（G T G G）在北京油鸡、太行鸡和来航鸡为优势单倍型。（2）种子区突变影响gga-mir-1658基因前体二级结构的稳定性和靶基因的选择,可能是具有潜在表型效应的重要功能位点。     

快慢羽基因对坝上长尾鸡育成期体重与羽毛生长的影响

为研究坝上长尾鸡快慢羽基因对育成期体重与羽毛生长的影响,了解羽毛脱换规律,为饲养管理提供参考,对坝上长尾鸡快慢羽类型体重与尾羽长度进行了测定分析,观察了主翼羽、副翼羽、轴羽的脱换过程。结果表明,坝上长尾鸡育成期间快慢羽公鸡体重差异不显著,快羽母鸡的生长要早于慢羽母鸡,但育成结束时快慢羽鸡的体重并没有显著差异。育成期间快羽鸡主翼羽、副翼羽的更换要显著早于慢羽鸡,母鸡主翼羽、副翼羽的更换显著早于公鸡;8~14周龄主翼羽的更换速度比较快,而14周龄以后更换速度变慢,育成结束时快羽鸡仍有1~2根主翼羽未更换,慢羽鸡则有2~3根主翼羽未更换。育成期同系别母鸡的第一副翼羽和轴羽脱换要比公鸡早,同性别快羽鸡的第一副翼羽和轴羽脱换要比慢羽鸡早。坝上长尾鸡尾羽较长,育成前期快羽鸡的尾羽生长较快,而后期慢羽鸡的尾羽生长较快。     

坝上长尾鸡蛋重变化趋势分析

为了研究坝上长尾鸡蛋重变化趋势,以227只坝上长尾鸡母鸡为研究对象,每天记录产蛋情况对其蛋重进行统计研究。结果表明,坝上长尾鸡产蛋期间蛋重逐渐增加,开产日龄165 d,开产蛋重39.69 g,前期蛋重变化较明显,后期蛋重变化较缓慢,34~38周蛋重为47 g左右,鸡群开产日龄的整齐度直接影响开产后的产蛋率与鸡群整体蛋重变化。     

北京油鸡和来航鸡脾脏差异表达microRNA的鉴定与分析

【目的】明确北京油鸡和来航鸡脾脏重量、组织结构及其miRNA表达谱的差异,筛选与两个鸡种免疫应答能力差异相关的候选基因,为家禽抗病育种研究奠定基础。【方法】选取1日龄同期孵化的北京油鸡和来航鸡母雏各45只作为试验材料,在相同营养水平和环境条件下饲养,42日龄测量体重和脾脏重。每个品种随机选取3只个体（体重接近群体均值）,取其一半脾脏组织制作石蜡切片,利用H.E.染色,显微镜下观察脾脏组织结构、脾小体的数量和动脉周围淋巴鞘厚度。提取另一半脾脏组织中的小RNA,等量混合组成2个RNA池,构建cDNA文库,利用Solexa平台进行高通量测序。测序结果与参考基因组数据库比对获得表达基因。利用Mireap软件预测新miRNAs基因。利用RPKM（reads per kb per million reads）方法计算基因的表达量,根据FDR（false discovery rate）＜0.001和|log₂ ratio(T/CK)|≥1的标准筛选差异表达的基因。利用TargetScan和Pictar软件预测差异表达miRNA的靶基因,并对其进行GO和KEGG数据库功能注释。利用DAVID软件对靶基因蛋白进行富集分析。将预测靶基因与已知脾脏重和脾脏指数相关QTL区域注解的基因取交集。【结果】在42日龄,北京油鸡的体重和脾脏重均显著高于来航鸡（P＜0.01）。组织学观察显示,两个鸡种的脾脏组织结构发育完整,可见清晰的白髓、红髓、脾小结和动脉周围淋巴细胞鞘。与来航鸡相比,北京油鸡脾小体的数量更多、动脉周围淋巴鞘更厚,鞘内淋巴细胞也更为密集。高通量测序在两组样本共鉴定出486种已知miRNA 、130个候选miRNA 和216个共表达miRNA 。两组间显著差异表达的miRNA共计35种,其中在北京油鸡中有8个表达上调,27个表达下调,它们的变化倍数在1.002-10.41之间。差异基因表达丰度在前5位的miRNA是miR-2954、miR-6606-5p、miR-146b-5p、miR-21-3p和miR-21-5p,对其2 767个靶基因的生物信息学分析结果显示,它们参与了T和B淋巴细胞的分化、免疫器官的发育、蛋白质磷酸化和细胞形态发生等生物学过程,并在泛素介导的蛋白水解、凋亡和磷脂酰肌醇信号系统等14个通路中显著富集。miR-6606-5p、miR-146b-5p的共同靶基因BLM和miR-2954的靶基因IRF8均定位于脾重或脾指数相关的QTL区域。【结论】（1）42日龄北京油鸡和来航鸡脾重、组织结构及其miRNA表达谱的确存在一些差异。（2）某些重要的差异高丰度表达miRNA(如miR-2954、miR-6606-5p、miR-146b-5p 、miR-21-3p和miR-21-5p ) 可能通过对靶基因调控,来参与调节T、B淋巴细胞分化、增殖、激活等过程,进而影响脾脏的重量、组织结构及其免疫应答能力。     

快慢羽基因对坝上长尾鸡早期体重与羽速生长的影响

为研究坝上长尾鸡快慢羽基因对早期体重与羽速生长的影响,对0~10周龄坝上长尾鸡体重与羽速生长进行了测定分析。结果表明,坝上长尾鸡快羽与慢羽0~10周龄体重差异不显著(P0.05),快羽鸡主翼羽和副翼羽长度在2周龄时显著大于慢羽(P0.05),随着周龄增加差异逐渐减小,育雏期末差异不显著(P0.05),8周龄慢羽鸡主翼羽和副翼羽长度显著大于快羽(P0.05)。快羽鸡1~3周主翼羽与副翼羽差异较小,随着鸡的生长差异增大,慢羽鸡1~4周主翼羽与副翼羽差异较大,随着鸡的生长差异减小,育雏期结束时,主翼羽发育优势体现出来,因此,1~4周翼羽的生长可以作为坝上长尾鸡快慢羽鉴定的辅助方法。快羽鸡在1周龄开始长出尾羽,慢羽鸡在3周龄以后开始长出尾羽,可以根据尾羽的生长情况对坝上长尾鸡进行快慢羽鉴别,鉴定时间最好控制在1~6周。