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云南高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒Nsp2基因变异分析 总被引:2,自引:0,他引:2
采用RT-PCR技术对云南2007年采集的48份猪组织样品中病毒Nsp2基因进行检测,获得阳性样品14份,选择5份代表性样品将其PCR产物纯化后,克隆至pMD18-T载体测序,并与已知代表性毒株进行比较及系统发育分析。结果发现云南病毒样品Nsp2基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别为95.8%~99.0%和92.3%~98.6%。5份样品病毒Nsp2蛋白482位、534位~562位氨基酸均存在缺失,其中1份样品(YNMG)486位~489位氨基酸也发生了缺失。云南病毒样品在系统发育树上可划分为4个亚组群,分别与广东、广西、贵州、浙江、江苏、山东毒株遗传关系密切。 相似文献
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【目的】生物量是草地生态系统物质和能量基础,是最基本的生态参量。以往基于卫星和航空遥感定量反演草地生物量过于专业化,难以在牧民间推广。因此,本文提出一种用手机近距离拍摄的真彩色图像估算牧草生物量方法,构建牧草生物量估算模型,为牧民方便、快捷、无损地掌握牧场牧草长势提供理论依据和技术支撑。【方法】首先,利用手机超高分辨率真彩色图像,分别基于植被指数、纹理特征以及联合植被指数和纹理特征构建牧草生物量估算特征集合。其次,为防止过多的特征提取带来维度灾难,提出一种XGBoost与序列前向选择相结合的特征选择算法(XGB-SFS),进行特征筛选及最优子集构建。最后,使用随机森林回归和留一法交叉验证对比不同特征集合构建模型的生物量估算效果,分析不同类型特征及XGB-SFS算法在牧草地上生物量(Above Ground Biomass,AGB)估算中的作用。【结果】(1)对比单类型特征构建的模型,基于空间纹理特征的估算模型(R2=0.76)要优于基于光谱植被指数估算模型(R2=0.73),表明纹理特征在超高分辨率牧草AGB估算中具有一定作用;(2)对比特征选择后的模型,联合空谱多类型特征构建模型优于任何一种单类型特征模型(R2=0.83,RMSE=127.57 g·m-2,MAE=81.25 g·m-2),表明使用多类型特征构建模型,可一定程度上提高牧草AGB估算精度。(3)对比特征选择前后构建的模型,特征选择后的模型估算AGB效果要明显好于未进行特征选择的模型,且筛选出的特征与牧草生物量之间都存在较高的相关性,表明XGB-SFS能够很好降低数据维度的同时提高牧草AGB估算精度。【结论】手机超高分辨率真彩色图像可以对牧草生物量进行准确估算,本文提出的XGB-SFS算法也能从众多特征中筛选出与牧草生物量相关性较高的特征并提高模型估算精度。与以往专业遥感定量反演草地生物量相比,本文方法具有面向大众、成本低廉、使用方便等优势,研究将手机现场采集的数据与遥感和机器学习方法相结合,可开辟新的视角,支持农业信息化发展。 相似文献
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摘要:采用液相阻断酶联免疫吸附(ELISA)方法对新疆部分地区规模化养牛场。型口蹄疫疫苗免疫效果进行调查分析。调查结果发现,采集的256份血清样品中,抗体水平合格率为75%-100%,免疫保护率为89.5%,总体免疫效果较好。 相似文献
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云南高致病性PRRSV Nsp2和ORF5基因变异分析 总被引:1,自引:1,他引:0
为研究云南省高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)变异特征,采用RT-PCR对云南省2007年-2008年采集的56份猪组织样品中PRRSV Nsp2、ORF5基因进行检测,获得阳性样品12份,选择6份代表性样品将其PCR产物纯化后,克隆至pMD18-T载体后测序,并与已知代表毒株进行序列比对及系统发育分析。分离株Nsp2基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别为94.9%~97.2%和91.4%~95.7%,其中1份样品(07YNMG)在486位~489位氨基酸发生了缺失。在系统进化树上可将其划分为4个亚组群,分离株分别与广东、贵州、浙江、山东等地分离毒株遗传关系密切。ORF5基因核苷酸与氨基酸序列同源性分别为97.8%~99.5%和97.0%~99.5%。氨基酸序列未发现缺失,仅个别位点发生点突变。系统进化树分析表明,分离株与浙江、贵州、广东、云南株亲缘关系较近,而与国内疫苗株以及PRRSV经典代表毒株CH-1a距离较远。 相似文献
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采用PCR方法对235批饲料原料中沙门氏菌进行分离鉴定以及侵袭蛋白A(invA)基因检测和DNA序列分析,了解饲料原料中沙门氏菌分布情况以及invA基因核苷酸序列差异及蛋白结构,建立沙门氏菌的分子快速检测方法。结果发现分离检测出的沙门氏菌均来自肉骨粉,阿哥纳沙门氏菌(Salmonella agona)2株,山夫登堡型(S.senftenberg)沙门氏菌2株。核苷酸基因序列分析显示,invA基因较为保守,编码蛋白为疏水性蛋白,存在3个跨膜区域,同源性在99.4%~100%之间,系统发育树上分析不同血清型不在同一分支上。 相似文献
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近年来畜禽养殖污染已成为农村三大面源污染之一,是各地区污染防治攻坚战的一个难题。博白县响应中央提出的“畜禽粪污资源化利用”主题,推行“粪肥还田,种草养猪”农牧结合生态循环模式,有效解决了之前畜禽粪污直排入河、污染水质的难题,实现了民生和生态双赢的局面。 相似文献
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