基于qPCR和LAMP技术的马铃薯晚疫病菌快速检测方法

马铃薯晚疫病菌（Phytophthora infestans）能侵染多种茄科植物,它引起的马铃薯晚疫病,是马铃薯生产中的第一大病害。为了开发能在田间快速检测马铃薯晚疫病病原的方法,利用P. infestans T30-4基因组测序数据的contig 1.18131,设计qPCR和LAMP引物,优化扩增条件后得到引物的特异性和灵敏度,最后通过检测田间收获薯块,比较形态学传统方法、qPCR及LAMP的差异。特异性检测结果发现,qPCR和LAMP仅在含有P. infestans DNA模板的体系有阳性扩增,在寄主和其他微生物DNA中均无扩增;在优化的条件下,qPCR和LAMP的检测下限可达1×10 ^-6ng/μL,在有寄主和其他微生物DNA存在的条件下,引物的灵敏度没有显著差异。利用两种快速方法对在大理、丽江及昆明3个地区田间收获薯块上检测发现,qPCR和LAMP方法得到的检出率差异极为不显著（P=0.420）,两种快速检测方法和形态学鉴定方法检出率差异极显著（P=0.009）。在大理、丽江及昆明3个地区的薯块中,两种分子检测方法检出率均比形态学方法高。其中,qPCR检测方法比形态学方法分别提高了12.00%、2.00%、8.70%;LAMP检测方法比形态学方法分别提高了11.30%、2.00%、8.70%。     

一种基于RPA的番茄褪绿病毒检测方法

番茄褪绿病毒Tomato chlorosis virus(ToCV)引起番茄褪绿病毒病,给番茄生产造成严重危害。开发快速准确的检测方法对该病害的防控具有重要意义。利用番茄褪绿病毒外壳蛋白(CP)基因序列,设计特异性引物,建立了ToCV的重组酶聚合酶等温扩增(recombinase polymerase amplification, RPA)检测方法,同时分析了该方法的灵敏度和特异性。结果表明,建立的ToCV-RPA方法在38℃恒温下40 min可从ToCV阳性的番茄样品中扩增出246 bp的特异性条带。扩增时间短,对设备要求低,且与番茄其他病毒无交叉反应,特异性好,灵敏度可达到PCR方法的10倍,适用于ToCV的快速检测。     

广东果树上17种拟茎点霉的RAPD分析

 自320个随机引物中筛选出适于拟茎点霉属真菌种间亲缘关系分析的15个随机引物,并优化了RAPD分析的扩增体系,在此基础上,对广东果树上17种拟茎点霉进行了RAPD分析。各菌株间的Nei相似系数UPGMA法聚类结果表明:来源于不同地区的2个Phomopsis mangiferae Ahmad菌株和2个P.macadami Z.D.Jiang et P.K.Chi菌株都分别以0.636和0.589的相似系数两两首先聚在一起,而不同的种则只在小于0.54的相似系数范围内聚类,体现了种间及种内的亲缘关系差异程度;聚类群与寄主植物不具相关性,同种植物上的不同拟茎点霉,即使是分自相同寄生部位也不能聚在一类;支持形态学上将生于柑桔枝和黄皮茎、沙梨叶和果、杨梅叶和枝以及同是生于龙眼叶的共8个拟茎点霉分别鉴定为不同的种,而不支持将P. cytosporella Penz.et Sacc.与P. mangiferae合并为一个种的观点;RAPD技术可作为拟茎点霉属真菌种间的亲缘关系分析的重要手段。     

南方、爪哇和花生根结线虫的快速灵敏的PCR鉴定方法

为了研制南方、爪哇和花生根结线虫快速灵敏的检测和鉴定方法，分别分离了4个南方根结线虫和3个爪哇根结线虫特异性的随机扩增多态性DNA(RAPD)片段。在这些RAPD标记DNA序列的基础上，设计了多对SCARPCR引物，并用源于国内外的南方、爪哇、花生、北方和象耳豆根结线虫群体验证其扩增特异性和灵敏度。最终确定了3对高效扩增的SCAR引物，     

随机扩增多态DNA技术在食用菌研究中的应用

RAPD(Bandom Amplified Polymorphic DNA)，即随机扩增多态DNA，是1990年由威兰斯(Willams)和韦尔什(Welsh)两个研究小组几乎同时建立和发展起来的一种新型遗传标记技术。由于其具有独特的检测DNA多态性的方式及快速、简捷、高效等优点，因而在短短的时间内RAPD技术已渗透到有关基因研究的各个领域。本文简单介绍RAPD技术在食用菌研究中的应用。     

捻转血矛线虫(H.contortus)ZJ株H11蛋白基因的克隆及序列分析

参照已发表的捻转血矛线虫H11蛋白基因序列设计引物，以H．contortuss ZJ株的总RNA为模板，进行RT—PCR扩增，成功扩增出H11基因。将PCR产物与pUCm—T载体连接后，转化DH5α感受态细胞，筛选阳性克隆并测序。序列分析表明，其核苷酸序列与国外报道的H11基因的同源性为99．5％。编码氨基酸序列具有氨基肽酶的保守序列，推测可使虫体不能获得所必需的氨基酸而导致死亡。     

PCR扩增TK基因检测鸡传染性喉气管炎病毒的研究

根据已发表序列设计一对包含鸡传染性喉气管炎病毒（ILTV）TK基因全长核苷酸的1259bp引物，对2株ILTV强毒和1株ILTV疫苗毒进行PCR扩增，均能扩增出预期大小的目的片段，酶切分析证实了目的片段的特异性，而其它禽病原体的扩增均为阴性。PCR检测ILTV DNA的最小检测量为75pg。此方法检测人工接种鸡的气管棉拭样品，均能检测到ILTV，因此可用于临诊样品鸡传染性喉气管炎病的检测和诊断。     

藏系绵羊随机扩增多态性DNA最佳反应体系的研究

以高原型藏羊的基因组DNA为模板，通过对RAPD反应体系中的各种参数进行优化试验，建立了适宜于藏系绵羊RAPD分析的最佳反应体系：在PE2400型DNA扩增仪的25μL反应体系中，模板DNA的量为60－120ng，引物量为4－8pmol，Mg^2 浓度为2.0mM，Taq DNA聚合酶为1－2.5U,dNTP浓度为150－200μM;94℃预变性3分钟后35次循环的参数设定为：94℃1分钟，36℃1分钟，72℃2.5分钟，最后72℃延伸10分钟，利用这些条件对藏系绵羊的基因组DNA进行RAPD分析，其结果的重复性和可靠性大为提高。     

姬松茸与双孢蘑菇不同菌株的RAPD扩增研究

以4个姬松茸菌株和2个双孢蘑菇菌株为材料，用20个随机引物对它们进行RAPD扩增，通过对供试菌株遗传相似系数的估算和系统聚类分析，构建姬松茸和双孢蘑菇遗传相关树状聚类图谱，结果表明，进行RAPD扩增的20个随机引物中，有12个能产生三种带型，当遗传相似系数升至0.8713时，这6个菌株被分为3类，第一类为菌株18和26，第二类为菌株13和12，第三类为菌株33和45。