山西省马铃薯主栽品种遗传多样性的SSR分析

利用SSR标记技术对山西省12份马铃薯主栽品种进行了遗传多样性分析。从60对SSR引物中筛选出11对多态性高、谱带清晰的引物,共检测到79个等位位点,其中,77个多态性位点,多态性比率达97.5%;S189、S151和STM001这3个引物扩增的DNA指纹图谱差异明显,可作为12份马铃薯品种间鉴别的分子依据;12份材料的遗传距离介于0.209 2～0.626 9之间,平均值为0.421 7。在遗传相似系数为0.632处,将12份材料划分为4类,第Ⅰ类有3个品种(费乌瑞它、大西洋和冀张薯8号),同薯24和紫花白分别归为第Ⅲ类和第Ⅳ类,其余7个品种归为第Ⅱ类(其中全部为山西省选育的马铃薯品种,亲缘关系比较近)。结果说明,山西省现有马铃薯主栽品种遗传基础比较狭窄,种间差异不大。     

黑龙江省马铃薯晚疫病CARAH监测预警模型的应用评价

为了避免在马铃薯晚疫病化学防治过程中用药不及时和盲目过度施药,提升防治效率,达到精准防治的目的。本研究开展CARAH晚疫病监测预警模型、丹麦NEGFRY模型和常规施药防治方法相结合进行田间小区试验。通过调查马铃薯晚疫病发生情况,分析不同处理的药剂防治效果和经济效益,评价CARAH晚疫病监测预警模型在马铃薯晚疫病防治中的作用。本研究结果显示CARAH监测预警模型病害预警情况与实际病害发生拟合度达93%。采用CARAH监测预警模型,可减少杀菌剂使用次数1~3次,产量降低损失48.47%,商品薯率提高12.63%,病薯率降低4.43%,经济效益增加10966元/hm²。因此,通过建立黑龙江省马铃薯晚疫病CARAH监测预警模型,可用于指导黑龙江省马铃薯晚疫病防治工作,可以减少不必要杀菌剂喷施,达到精准治的效果,完成减药目标。     

玉米根腐病菌麦根腐平脐蠕孢的LAMP检测方法

麦根腐平脐蠕孢是玉米根腐病的重要病原菌之一，旨为建立一种基于环介导等温扩增技术(LAMP)的麦根腐平脐蠕孢快速检测方法。首先，根据麦根腐平脐蠕孢参与黑色素生物合成途径的Brn1基因部分序列设计了一套LAMP检测引物；然后，针对该引物组筛选了其最佳反应温度，检测了LAMP反应的特异性和灵敏度，并以人工接种麦根腐平脐蠕孢的玉米根腐病病株为样本评价了LAMP检测方法的效果。结果表明，本研究设计的引物组在61～68℃条件下均能实现对靶标基因的扩增，其中以66℃为最佳反应温度；在特异性检测中，引物组能从10种分离自玉米根腐病样本的主要病原真菌DNA中特异性地检测出麦根腐平脐蠕孢；在灵敏度检测中，对携带靶基因Brn1的质粒DNA最低检测限是10 copies/μL,在此检测限浓度下，25 min左右即可实现扩增；在对玉米根腐病样本检测中，在1 pg/μL的玉米根组织DNA中即可检测出麦根腐平脐蠕孢。建立的麦根腐平脐蠕孢LAMP检测方法具有较强的特异性和较高的灵敏度。     

马铃薯SSR引物的开发、特征分析及在彩色马铃薯材料中的扩增研究

彩色马铃薯较普通栽培马铃薯具有更丰富的营养物质,特别是富含抗氧化物质花青素,是近年来育种家研究的焦点。迄今为止开发的马铃薯SSR引物数量有限,特别是彩薯相关的SSR引物。本研究基于马铃薯全基因组序列利用MISA软件对SSR位点进行了分析。研究发现,在马铃薯全基因组序列中共获得218,997个SSR位点,平均3.39 kb出现一个SSR位点。单核苷酸是主要重复类型,占总SSR的62.05%,其次是二核苷酸和三核苷酸,所占比例为22.39%和13.11%。6种核苷酸类型的重复次数分布在5～746次,以5～10次为主,占总SSR的60.9%。在检测到的全部SSR中,共获得215种基元类型,除六核苷酸重复类型外,其他5种核苷酸重复类型的优势基元均以含有A/T-的基序为主。SSR基序长度主要分布在12～20bp之间,占全部SSR的43.19%。通过Primer5共设计出100对SSR引物,利用彩薯双亲的DNA初步筛选出48对可以扩增出条带的引物,有效扩增率达48%。进一步验证引物的有效性,随机选择F2群体的6个单株进行PCR扩增,筛选出条带清晰稳定,多态性较高的引物26对,平均多态性比率为72....     

马铃薯纺锤块茎类病毒RT-qPCR检测技术体系的建立

马铃薯纺锤块茎类病毒（PSTVd）是马铃薯生产中的一种重要病害,目前主要通过使用脱毒种薯及隔离措施来防控,探索高效、灵敏、特异性强的检测技术对于防治该病害具有重要意义。设计了3组引物,1条探针,从3组引物中筛选出最优组合,并以他们为引物,以PSTV 251T为探针,利用5′FAM、3′TAMRA标记,建立了PSTVd的RT-qPCR检测技术体系。利用该检测体系成功地检测了22份马铃薯样本。与灵敏度相对较高的RT-PCR技术相比,该检测技术体系的检测灵敏度又提升了100~1 000倍。     

36个马铃薯品种的SSR分析

为明确36个马铃薯品种在DNA分子水平上的遗传差异,利用SSR分子标记技术对其多态性进行了分析。试验从90对SSR引物中筛选出适宜于36个马铃薯品种基因组DNA扩增的引物10对,PCR扩增获得301个SSR条带,多态性条带百分率为71.1%。引物STACCA3和SSR111扩增的SSR指纹图谱差异明显,可作为36个马铃薯品种间鉴别的分子依据。36个马铃薯品种间的遗传距离(GD)变幅为0.33～0.85,平均为0.54,其中,大于GD平均值的品种有20个,占供试品种的55.56%。以GD值0.57为基准,将36个马铃薯品种划分成7类,从DNA分子水平揭示出各供试品种间的亲缘关系。     

水貂绿脓杆菌环介导等温扩增快速检测方法的建立

为了利用环介导等温扩增(LAMP)技术建立水貂绿脓杆菌核酸快速检测方法。根据绿脓杆菌外毒素A基因240 bp片段保守序列设计一套LAMP特异性引物,对水貂绿脓杆菌基因组DNA进行LAMP扩增,通过浑浊度、SYBR Green荧光染料显色及电泳观察结果,并进行特异性和敏感性检验。结果表明：完成反应仅需要60 min(65℃),特异性强,最低检测限为1 ng/μL。该方法简单快捷、特异性强、灵敏度高,适合于基层使用,具有广泛的临床应用前景。     

LAMP检测无乳链球菌方法的建立及应用

以无乳链球菌纤连蛋白fbs基因为主要研究对象,采取环介导等温扩增技术(Loop-Mediated Isothermal Amplification,LAMP),针对fbs基因的6个区域设计4条特异性引物,利用一种链置换DNA聚合酶(Bst DNA polymerase)在63℃保温1 h,通过荧光显色即可完成对无乳链球菌的检测工作.结果显示,LAMP方法能够特异性检测fbs基因,其检测灵敏度是常规PCR方法的100倍,并与实时荧光定量PCR方法相当.所建立的针对无乳链球菌fbs基因的LAMP检测方法具有高度的特异性及稳定性,结果可靠,非常适合无乳链球菌的快速检测.     

环介导等温扩增技术检测含有CaMV35S的转基因玉米

DNA环介导等温扩增技术是一种特异、灵敏、快速的新型基因检测技术.针对玉米表达载体的花椰菜花叶病毒35 S启动子(CaMV35S)的6个区域设计4种特异引物,对LAMP反应的MgSO4、dNTPs、Betaine、内引物、外引物各个成分进行了优化,此外还对LAMP和PCR两种不同方法的特异性进行了比较.建立转基因玉米花...     

马铃薯茎尖玻璃化法超低温保存后DNA甲基化的遗传变异

对青薯9号、大西洋、小白花和E1074种基因型的马铃薯茎尖进行玻璃化法超低温保存,并运用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术分析4种材料超低温保存前后DNA甲基化的的变异情况。结果表明:经玻璃化法超低温保存,四个品种的成活率分别为86.93%、78.03%、71.57%和65.82%。成活率和再生率因基因型而异,且不同基因型之间的差异显著。用MSAP技术分析超低温保存前后植株甲基化的结果显示:用16对引物组合对4个品种进行扩增,平均扩增出493条带;与对照相比,4个品种基因组的CCGG序列中有8.4%~14.3%DNA发生甲基化变化。经超低温保存后,去甲基化和甲基化都有发生,并以去甲基化变化为主要趋势。本文运用MSAP技术对马铃薯超低温保存前后植株进行胞嘧啶甲基化分析表明,使用MSAP检测超低温保存后再生植株DNA甲基化遗传变异非常有效。     

猪多杀性巴氏杆菌可视化LAMP检测方法的建立

该研究旨在建立一种快速检测猪多杀性巴氏杆菌的LAMP方法。根据GenBank中猪多杀性巴氏杆菌外膜蛋白H基因(ompH)序列,在其保守区域设计了多套LAMP引物,通过LAMP反应,评价其特异性和敏感性,并加入SYBR Green Ⅰ,对其进行肉眼判定。结果显示：建立的LAMP方法在56℃水浴中1 h可对猪多杀性巴氏杆菌核酸进行高效扩增,在反应结束后加入SYBR Green Ⅰ可肉眼进行判断;该方法具有很强的特异性,对其它相关猪病病原菌检测结果均为阴性;其DNA核酸的检测量为0.05pg,是PCR的100倍,显示出很高的敏感性;用建立的LAMP方法对5株猪多杀性巴氏杆菌阳性样品进行检测,结果表明LAMP法与PCR检测的结果是一致的。结果表明该研究建立了一种操作简便、快速、敏感、特异的可对猪多杀性巴氏杆菌进行快速检测并可肉眼判定结果的可视化LAMP方法,适合在基层使用。     

甜瓜种子中黄瓜花叶病毒和小西葫芦黄花叶病毒的RT-LAMP可视化检测方法

本研究旨在针对甜瓜种子中携带的黄瓜花叶病毒(CMV)和小西葫芦黄花叶病毒(ZYMV),建立可视化环介导等温扩增检测方法。根据CMV和ZYMV外壳蛋白(CP)基因的保守序列,分别设计并筛选出2套特异性环介导等温扩增(LAMP)引物,通过对反应体系中主要影响因素的优化,建立适用于快速检测CMV和ZYMV的RT-LAMP检测方法。对优化后的2种LAMP检测方法进行特异性和灵敏度验证。结果表明,建立的2种LAMP检测方法分别能够特异性地检测出CMV和ZYMV,检测灵敏度较常规RT-PCR分别高出10倍和100倍,并且可通过肉眼观察直接对反应结果进行判定。该方法的建立为基层及现场快速检测甜瓜种子的带毒情况提供了新方法。     

两种配方快速分离纯化马铃薯致病疫霉菌株效果的比较

为了能在田间快速分离马铃薯致病疫霉菌株,同时能将实验室内被污染的致病疫霉菌株有效地纯化出来,对在黑麦培养基中添加制霉菌素配方和红药水配方分离致病疫霉菌株的效果进行了比较。结果显示,从田间马铃薯病叶上直接分离致病疫霉菌株时,制霉菌素配方的纯化率高于红药水配方,分别为74%和52%;在分离实验室受杂菌污染的致病疫霉菌株时,红药水配方的纯化率高于制霉菌素配方,分别为78%和36%;两种配方对致病疫霉菌株后期生长均有一定的抑制作用,其中制霉菌素配方的抑制作用明显强于红药水配方,两者的生长抑制率分别为65.79％和18.63％;然而,两种配方对致病疫霉菌株后期产生孢子囊的数量、孢子囊直接萌发和游动孢子释放、致病疫霉菌丝体的可溶性蛋白含量都没有显著影响,同时在3个感病马铃薯品种上的致病性也均没有明显影响。田间病叶上采集的致病疫霉菌株在制霉菌素配方的黑麦培养基冻存管中20℃最长可保存16个月,表明制霉菌素配方更适合于田间快速分离纯化致病疫霉菌株,而红药水配方更适合于分离纯化实验室内被污染的致病疫霉菌株。     

基于ipaH基因的志贺菌LAMP检测方法的建立及应用

为建立一种快速、特异、敏感的志贺菌环介导等温扩增(LAMP)检测方法,试验针对志贺菌属侵袭性质粒抗原H基因(invasive plasmid, ipaH)设计一套特异性引物,条件优化及特异性和敏感性验证后建立了该菌的LAMP检测方法,并应用于临床样本的检测。结果显示,62℃恒温扩增1 h能得到明显的扩增产物,除志贺菌标准菌株扩增结果为阳性外,沙门菌、大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌和阴性对照均为阴性,检测限值达到120 fg/μL。利用建立的方法检测了20株疑似菌株和38份粪样样品,结果显示20株疑似菌和27份粪样样品为阳性,阳性率分别为100%和71.05%,说明建立的LAMP检测法具有良好的特异性和敏感性,在粪便等临床样本中志贺菌的检测与鉴定方面具有优势和应用前景。     

鸭疫里默氏菌环介导等温扩增检测方法的建立

根据鸭疫里默氏菌(Riemerella anatipestifer,RA) ompA基因设计一套引物,同时优化其反应条件,建立鸭疫里默氏菌感染的环介导等温扩增 (LAMP）快速检测方法。结果表明,LAMP法的最佳反应条件为反应温度65℃,反应时间80 min。     

鸡传染性支气管炎病毒RT-LAMP可视化检测方法的建立

为建立一种能快速检测鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的方法,根据GenBank中IBV的基因保守序列,设计一套环介导等温扩增(LAMP)特异性引物,建立了IBV RT-LAMP可视化检测方法;该法对IBV RNA最小检测限为10 fg,而常规RT-PCR为1 pg,灵敏度高于常规PCR法100倍;对其他常见鸡病原体检测结果均为阴性;可通过肉眼观察颜色直接判定结果;本研究建立的IBV RT-LAMP方法简便、快捷、特异、灵敏,且只需1个可控温的水浴锅在1 h内即可完成全部反应,更适合基层业务部门及养殖场的检测,为IBV感染的快速检测提供新方法。     

Sex distinction of asparagus by loop-mediated isothermal amplification and observation of seedling phenotypes

Asparagus (Asparagus officinalis L.) is a dioecious plant. In general, male and female plants are used for open-field culture and intensive cultivation, respectively. Farmers distinguish between the sexes by observing the form of the flower organs. However, because flowering begins 2?C3 years after planting, the sexes cannot be differentiated at transplantation by using this method, and planting of an all-male population is not possible. In this study, the usefulness of loop-mediated isothermal amplification (LAMP), a simple method of gene amplification, for sex distinction at the DNA level was determined. In addition, the phenotypic differences in seeds and seedlings of male and female plants were investigated for application as a method of early sex distinction. By using the LAMP method, the sex could be correctly identified in 100% of the seedlings, suggesting that this method is effective for sex distinction at the gene level. Principal component analysis was conducted with 11 selected parameters after investigating the seeds and seedlings of both male and female plants. The results revealed that male plants tend to have many stalks or cladophylls and female plants tend to have large plant forms, suggesting that the sexes can be distinguished by the external appearance of the seedlings before planting. LAMP and observation of the seedling phenotypes could be useful methods of sex distinction for increasing the efficiency of asparagus breeding.     

影响文心兰原球茎增殖培养之因素分析

以蜜糖文心兰茎尖诱导形成的原球茎（PLB）为试材，研究了影响文心兰原球茎增殖的主要因素，结果表明：采用改良1号为基本培养基，配合6-BA 2.0mg/L+NAA 0.2mg/L，添加香蕉泥50g/L+Peptone 1g/L作为有机添加剂、2%的白糖作为外源碳源，以液体振荡方式进行培养，这样的组合是原球茎增殖培养的最佳组合，能够获得最大的繁殖效率，有利于原球茎形态的保持。研究还表明，同一外植体的原球茎繁殖代数控制在9~10代即繁殖种苗数量控制在1.5万~2.0万以内，既能保证较高的增殖速度又能避免变异种苗的发生。