一株塞内卡病毒A全基因组序列测定与致病性分析

本研究旨在明确塞内卡病毒A（Senecavirus A，SVA）FJLY株的基因组特性及其与其他毒株的同源性关系，并了解SVA-FJLY株的致病性。以分离自福建省某养殖场中的一株SVA-FJLY株为研究对象，参照其原型毒株SVV-001（GenBank No.DQ641257.1）全基因组序列设计5对引物，通过RT-PCR扩增、测序、拼接，获得SVA-FJLY株全基因组序列并进行序列分析；并通过滴鼻攻毒3~4周龄仔猪。结果表明，SVA-FJLY株基因组全长7 275 bp（不包括PolyA），SVA-FJLY株基因组存在一个多聚蛋白、VP1蛋白和VP2蛋白。SVA-FJLY株与参考毒株之间的基因组一级结构有较高的相似性，与HeB01-2017株（MF967574.1）相似性最高，达98.5%；而与SVA原型毒株SVV-001株（DQ641257.1）的相似性较低，为93.9%。SVA-FJLY株与国内几个毒株属于同一个分支，与国内的HeB01-2017株亲缘关系最近，同时与国外Colombia-2016株（KX857728.1）的亲缘关系最近。通过动物试验发现试验组猪攻毒10 d后，试验组2/3发病，对照组3/3正常，未出现仔猪死亡。通过全基因组序列测定获得了SVA-FJLY株全基因组序列并进行序列分析，明确SVA-FJLY株的基因组特性及其与其他毒株的相似性关系，了解了SVA-FJLY株的致病性，为SVA的反向遗传学和疫苗的研制提供参考依据，同时也丰富了SVA的基因组信息数据库。     

大豆UV-B光受体GmUVR8基因的生物信息学分析

UV-B影响大豆的生长发育,降低大豆的产量,但能够促进大豆类黄酮化合物合成,提高植物对病虫害的抵抗力。本研究利用生物信息学方法系统分析了大豆UV-B光受体UVR8基因及其编码蛋白质的特性。结果显示,大豆中存在4个GmUVR8蛋白质,均为亲水性蛋白质,位于细胞核中,尽管它们在大小上存在差异,但是都包含多个保守的RCC1结构域,形成了完整或不完整的七叶β-折叠的结构,与拟南芥的折叠方式极为相似。大豆基因组中这4个GmUVR8编码基因长度不一,分别位于4条染色体上,含有相同的外显子数,具有相同的编码方式。同源序列比对显示GmUVR8c与拟南芥最为相似,而聚类分析显示GmUVR8具有一定特异性。本研究为后期系统分析大豆UV-B光形态建成分子机制和GmUVR8基因功能提供了理论依据。     

一株耐盐植物内生真菌的筛选与鉴定

[目的]研究盐田原生态系统中的耐盐植物内生真菌。[方法]对38株从海南省莺歌海盐场和东方盐场分离的菌株进行耐盐生长测试。[结果]发现了1株在8%Na Cl浓度下生长较好的真菌,并根据其形态特征,ITS扩增序列聚类进化树分析,显示其分类地位为黑酵母菌(Hortaea werneckii)。经过高效液相色谱分析其代谢产物,发现该真菌在0、2%、4%、8%Na Cl浓度下的发酵产物均有所不同。[结论]盐田生境中存在特殊的植物内生真菌区系,其中黑酵母菌Hortaea werneckii具有一定代表性,有深入研究的价值。     

木兰科叶绿体基因组的密码子使用特征分析

木兰科植物是具有重要经济、药用和观赏等价值的原始被子植物，密码子是基因编码区蛋白翻译的核心元件，分析基因组编码区密码子的使用特征，对基因功能和系统进化研究具有重要意义。目前木兰科植物已有29个物种的叶绿体基因组被成功解析和注释。收集已有的木兰科植物叶绿体基因组，系统解析叶绿体基因组编码区的密码子使用特征，并阐释了木兰科植物间的亲缘进化关系。结果表明，29种木兰科植物的叶绿体基因组编码区的同义密码子和最优密码子使用偏好相同，均以A/U结尾，自然选择是叶绿体编码区密码子偏好形成的主要原因。此外，基于29种木兰科植物叶绿体基因组、CDS序列以及密码子偏好特征RSCU值分别构建了系统进化树，分析发现,基于密码子偏好特征的物种间进化关系明显不同于前两者，而叶绿体基因组和CDS序列构建的进化关系更接近物种的真实分类，该结果也进一步支持了位点突变特征和非编码区序列在生物体的进化过程中往往具有重要的作用。     

甜菜西方黄化病毒两个山东辣椒分离物全基因组扩增及序列分析

 通过RACE和RT-PCR技术相结合的方法,在山东省潍坊市和济宁市辣椒上克隆出2个甜菜西方黄化病毒(beet western yellows virus,BWYV)的全基因组序列,基因组全长均为5 699 nt。与GenBank比对发现,2个分离物的5′UTR(Untranslated region,UTR)变异程度小、相对比较保守,而3′UTR变异程度大、为突变热点区域。潍坊、济宁两地分离物与GenBank中该病毒的全基因组序列相似度平均值分别为89.89%和89.72%。系统进化树分析发现BWYV亚洲地区的分离物聚类在3个不同的组别,本研究克隆的2个山东分离物和3个日本分离物(LC428355、LC428356、LC428357)、2个韩国分离物(LC198684、KM076647)聚在一组,而美国分离物与法国分离物聚在其他分支,表明该病毒的进化存在地理相关性。这是首次对BWYV中国辣椒分离物的全基因组序列克隆,丰富了BWYV的序列信息,有助于进一步了解该病毒种群的遗传进化关系。     

新疆某马场马乳头瘤病毒1型全基因组测定及分析

为探明引起新疆昌吉某马场呼吸困难纯血种公马鼻腔内乳头瘤样组织的病原,采集马鼻腔内乳头瘤样组织样品,采用高通量测序检测样品携带病毒多样性。结果显示,在乳头瘤样组织中检测到马乳头瘤病毒1型,命名为G2株。采用PCR方法扩增该病毒的全基因组序列,结果显示,EcPV-1 G2株与EcPV-1、EcPV-2-9参考株E6、E7、E1、E2、E4、L2和L1基因的核苷酸序列分别为99.0%～99.8%和30%～60%,氨基酸序列同源性分别为97.7%～99.2%和12.1%～56.7%。EcPV-1 G2株和EcPV-1参考株L1基因核苷酸同源性为98.8%～99.1%,表明该毒株为EcPV-1新型变异株。分离获得EcPV-1株并对其全基因组序列进行分析,可为新疆地区EcPV-1流行病学研究提供参考依据。     

鸡奇异变形杆菌的分离鉴定和16S rRNA基因序列测定与系统进化分析

从山东泰安一鸡场发病雏鸡眼中分离到1株致病菌(编号为QY),通过细菌形态学等常规鉴定符合奇异变形杆菌(Proteus mirabilis)特性。用奇异变形杆菌阳性血清诊断结果呈阳性,人工感染证明该菌株是造成该鸡场雏鸡大批发病死亡的致病菌。药敏试验结果显示对头孢类、恩诺沙星等高度敏感,而对青霉素和复合磺胺等不敏感。以细菌16SrRNA基因通用引物进行PCR扩增,得到QY的16SrRNA基因序列,长约1 453bp(GenBank,登录号为GU477712)。将该序列与GenBank中序列进行Blast比对,发现与其匹配度最高的均是奇异变形杆菌各株系的16SrRNA序列,均高达98%以上。运用DNAStar软件与其中10株奇异变形杆菌分离株构建系统进化树,结果表明,分离株(QY菌株)与10个代表菌株的同源性均为98.9%～99.9%,其中与AB272366同源性最高为99.9%。从分子水平证明该菌是奇异变形杆菌并分析了其遗传进化规律,为鸡奇异变形杆菌的鉴定及其引起的疾病的诊断与治疗提供了参考。     

对仔猪腹泻防控几点想法

正近年来,许多猪场不断出现以仔猪腹泻为主要临床表现的疫病,造成大量仔猪死亡,常规的预防控制措施效果不明显,给养猪业造成严重的经济损失。成年猪呈现一过性腹泻,症状轻微。仔猪群表现为严重腹泻,且发病急,一旦出现病例可迅速蔓延开来。且不同发病猪场综合防控手段也不尽相同,究其原因,说法不一。笔者通过查阅资料及对部分案例分析认为,对仔猪腹泻防控应从多方面入手考虑,并积极采取综合的防控手段来预防和控制。     

侵染东方百合的黄瓜花叶病毒两个分离物cp 基因克隆和进化分析

从浙江丽水和杭州的东方百合(Lilium cv．Oriental hybrids)上得到2个黄瓜花叶病毒分离物CMV-LS和CMV-HZ，采用RT-PCR法分别扩增得到2条长约1000nt片段，经序列测定，全长分别为996nt和998nt，两分离物的外壳蛋白(cp)基因由657nt组成。将两分离物的cp基因与其它24个CMV分离物进行了同源性比较，在cp基因核苷酸水平上，CMV-LS与亚组Ⅰ和亚组Ⅱ的同源性分别为90．6％～99．7％和68．6％～77％，CMV-HZ与亚组Ⅰ和亚组Ⅱ的同源性分别为90．7％～98．8％和68．6%-77％。在氨基酸水平上，CMV-LS与亚组Ⅰ和亚组Ⅱ的同源性分别为94．5％-99．1％和65．7％-78．5％，CMV-HZ与亚组Ⅰ和亚组Ⅱ的同源性分别为94．1％-98．6％和66．4％-78．1％。表明两分离物均属于CMV亚组Ⅰ成员。cp基因序列系统进化树分析表明，来自百合的CMV分离物在系统进化树中单独成簇，不受地域差异的影响，出现了寄主适应性变异，形成明显的株系分化趋势。     

1株类NADC30与类JXA1重组的猪繁殖与呼吸综合征病毒基因组遗传特征分析

旨在分析本实验室2017年从临床病料中分离的1株猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）的分子遗传特征,测定了其全基因组序列,并运用生物信息学软件对其遗传特点进行了分析。结果显示,该毒株基因组全长15 054 bp,与代表性毒株VR-2332、NADC30、CH-1a、JXA1和QYYZ的核苷酸相似性分别为84.5%、93.4%、84.2%、83.9%和82.1%。系统进化树分析显示,该毒株与NADC30-like毒株处于同一进化分支,属于lineage 1。基于GP5和Nsp2蛋白的氨基酸序列分析显示,分离株GP5蛋白糖基化位点位于34位、44位和51位;在37-45 aa的线性表位区较为保守,在27-30 aa和37-45 aa的线性表位区存在特异的氨基酸位点变异;Nsp2蛋白存在NADC30-lke毒株特征性的131个（323-433位、483位、504-522位）不连续氨基酸的缺失。基因重组分析显示,该毒株以类NADC30为主要亲本、以类JXA1为次要亲本,在Nsp2的氨基端（1 340-2 082 nt）发生了基因重组。本研究成功绘制了1株NADC30-like毒株的基因组遗传特征,确定了其在Nsp2区域发生了基因重组,提示PRRSV通过基因重组在不断发生遗传演化,开展持续的PRRSV流行及遗传变异监测对于该病的防控具有重要意义。