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采用RAD-seq(Restriction-site associated DNA sequencing)对印尼虎鱼(Datnioides pulcher)进行简化基因组测序,获得13308 806个高质量干净读长(HQ clean reads),利用SSR搜索软件在所得序列中共检测到26359个SSR位点,由496种重复基序组成,主要分布在三、四、五碱基重复类型中,单碱基重复序列中最多的类型为A/T,二碱基重复序列中以AC/GT和AG/GT重复单元为主,三碱基重复序列中以AGG/CCT、AGC/CTG、AGG/CCT为优势类型;在数量上,二碱基重复类型SSR位点最多(19492个),占总SSR位点的73.95%;除了单核苷酸类型外,SSR基序的重复次数主要集中在4-9之间,多态性SSR数目为2 783个。根据SSR位点两翼序列,利用Primer5.0成功设计出20 066对SSR引物,引物设计成功率为76.13%,依据测序数据中的重复类型和重复数,随机选择100个二至五碱基重复类型SSR在6个虎鱼样本中验证其可用性和多态性,有73对引物通过扩增可获得有效目的片段,其中20个SSR验证为具有多态性。开发所得SSR序列可用于印尼虎鱼及其近缘物种遗传分析、遗传图谱构建以及分子标记辅助育种等工作,同时也证实了利用简化基因组测序技术开发SSR标记和发现样品间具有多态性的SSR标记的可能性。 相似文献
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本研究旨在了解美丽硬仆骨舌鱼(Scleropages formosus)基因组微卫星分布规律。采用生物信息学方法对国际濒危物种美丽硬仆骨舌鱼全基因组范围内的微卫星数量及分布规律进行了分析。结果显示,1~6个微卫星重复类型的微卫星序列354239个,总长度为6139487 bp。微卫星单碱基、二碱基、三碱基、四碱基和五碱基重复单元中数量最多的分别为A、AC、AAT、ATCC、AAAAT。25条染色体中,6号染色体所含微卫星数目最多(28662个),22号染色体所含微卫星数目最少(6929个),微卫星数量与其所在染色体DNA序列长度呈线性相关(r=0.999)。22号染色体微卫星出现频率最高(576.35个/Mb),3号染色体微卫星出现的频率最低(469.65个/Mb),结果显示,微卫星频率与其所在染色体DNA序列长度并不相关。为进一步通过微卫星分子标记开展美丽硬仆骨舌鱼亲缘关系鉴定、遗传多样性分析、微卫星标记在硬仆骨舌鱼科的通用性分析奠定了基础。 相似文献
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为探明二硫代磷酸酯类对尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)的特异性毒性机理,以尼罗罗非鱼和土鲮(Cirrhinus molitorella)为试验对象,研究暴露在不同药物质量浓度(0.05、0.1 mg/L)和不同时间下2种鱼的生存状况以及体内乙酰胆碱酯酶(ACh E)活性的变化。结果表明:在急性毒性试验及清水恢复的整个过程中,暴露在0.05、0.1 mg/L药液中的尼罗罗非鱼和鲮的死亡率分别为100%和0;尼罗罗非鱼和鲮的脑及肝脏中的ACh E酶活性呈现出随药物暴露浓度和时间的增加而显著降低的趋势,但尼罗罗非鱼体内ACh E酶活性的下降幅度显著高于鲮(P<0.05),且呈现不可逆的趋势;在10 d清水恢复后,暴露在0.05、0.1 mg/L药液中的鲮脑中的ACh E酶活性复原度高达96.25%、79.33%。由此得出,低剂量的二硫代磷酸酯类对尼罗罗非鱼具有高毒性,而对鲮的毒害作用较小,其特异性的毒杀机制可能源于2种鱼体内ACh E酶活性对二硫代磷酸酯类敏感性的显著性差异。 相似文献
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用聚丙烯酰胺凝胶电泳测定了革胡子鲶(Clarias gariepinus)、本地胡子鲶(Claris fuscus Lacepede)及其杂交个体F1的血清转铁蛋白(Tf)的多态性。结果表明,3种鲶鱼均出现2个Tf区域,即Tf一区和Tf二区,革胡子鲶在一区的表达量最高,且没有缺失现象;3种胡子鲶受3个等位基因控制,本地胡子鲶出现4种表现型,革胡子鲶与杂交个体只有2种表现型,Tf杂合体基因型均大于纯合体基因型;血清铁浓度:革胡子鲶>杂交个体>本地胡子鲶,铁饱和度:革胡子鲶>本地胡子鲶>杂交个体。说明革胡子鲶具有更强的耐低氧能力,更能适应恶劣环境。 相似文献
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