合浦珠母贝DNA的抽提和RAPD反应体系的优化

分别从保存于-70℃和95%乙醇的合浦珠母贝组织提取总DNA。结果表明,乙醇保存标本用双蒸馏水预处理后所提的DNA与-70℃保存的标本所提的DNA质量均较好。用抽提的DNA为模板优化RAPD条件,得到适合于合浦珠母贝的RAPDPCR反应条件为:20μL反应体系中包括20ngDNA模板,1×PCRBuffer,0.1mmol·L-1dNTPs,2.5mmol·L-1MgCl2,0.2μmol·L-1引物,1UTaqDNA聚合酶。最佳退火温度40℃。PCR产物用非变性PAGE银染和琼脂糖EB染色检测所得到的主要带型相同,但PAGE能检测到更多的多态带。     

细胞核rDNA序列用于罗非鱼及其杂交种鉴别的初步研究

罗非鱼种间，尤其是尼罗罗非鱼与杂种尼奥罗非鱼之间，很难区分。本文对尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、莫桑比克罗非鱼和杂交种尼奥罗非鱼（尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）和红罗非鱼的核糖体DNA内部转录间隔子1（ITS1）序列及其两侧的18S和5．8s部分序列特征进行分析，以筛选种间鉴别标记。PCR扩增产物大小约700bp，测序结果表明，（去除引物后）18S长146bp，5．8S长66bp，不同种类之间无差异；ITS1长383-483bp，因种类不同而异，其GC含量大于AT含量，达到67．1％。序列比对分析结果表明，18S和5．8s片段高度保守，但各有3个变异位点可以把上述几个种和杂种相互区分开；18S序列上有一个UnbI限制性酶切位点，可作为尼罗和尼奥罗非鱼的鉴别标记。ITS1序列种间变异大，系统发育分析表明，所研究的5个种聚成2个类群，尼罗与尼奥罗非鱼为一组，莫桑比克-红罗非鱼-奥利亚罗非鱼为另一组。组内种间遗传距离较小，尼罗和尼奥罗非鱼的种间遗传距离为0．006；莫桑比克、奥利亚和红罗非鱼的种间遗传距离在0．007-0．009之间；两组罗非鱼之间的遗传距离较大，在0．030-0．035之间，表明罗非鱼ITS1序列多态性较高，适合于种类区分。结合部分18S和5．8S序列，细胞核rDNA具有鉴别罗非鱼及其杂种的潜力。     

大珠母贝(Pincatada maxima)金属硫蛋白cDNA 克隆与序列特征分析

金属硫蛋白(Metallothionenin,MT)是一类普遍存在于生物体内、分子量低、半胱氨酸含量丰富、能够与二价重金属离子结合的蛋白质.MT在清除自由基、解除重金属毒性、参与体内微量元素代谢、防止细胞癌变等方面具有重要作用.本研究通过构建大珠母贝外套膜全长cDNA文库,首次克隆得到大珠母贝金属硫蛋白(PmMT)全长cDNA序列.该序列全长599bp,5'UTR (Untranslated Region)为75bp,3'UTR为296 bp,开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)为228bp,编码75个氨基酸.编码的氨基酸中半胱氨酸含量丰富,达到29.3%;赖氨酸和甘氨酸含量也较高,均为9.3%;不含苯丙氨酸、组氨酸、色氨酸、酪氨酸等芳香族氨基酸;含有软体动物等无脊椎动物金属硫蛋白的特征序列.序列特征分析表明,该序列具备金属硫蛋白的典型特征,是金属硫蛋白家族成员.     

尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼及其正、反杂交群体的遗传多样性

用7对微卫星引物检测了尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）和奥利亚罗非鱼（O.aureus）群体及其正、反交群体共128个个体的遗传多样性。共检测到38个等位基因,尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、正交群体和反交群体的平均等位基因数分别为4.0、1.4、5.3和2.7,平均PIC值分别为0.557、0.099、0.590和0.497,平均观测杂合度分别为0.505、0.071、0.826和0.883,平均期望杂合度分别为0.622、0.117、0.684和0.598,杂合子偏离指数（D）分别为-0.146、-0.241、0.215和0.522。结果表明,正交群体的遗传多样性比两个亲本群体都高,反交群体介于两个亲本群体之间;正交群体的观测杂合度和期望杂合度也高于两亲本群体,反交群体的期望杂合度介于两者之间,但实际观测杂合度却最高;两亲本群体存在一定的杂合子缺失,而杂交群体则存在杂合子增加的现象,尤其是反交群体的观测杂合度大量增加。卡方检验表明,正交群体偏离Hardy-Weinberg平衡的位点较少（3个位点）,而其他3个群体大部分位点均偏离平衡,存在遗传漂变现象。4个养殖群体间遗传分化具有显著性（FST为0.081-0.610,P〈0.01）。UPGMA系统树显示,正交种与尼罗罗非鱼的亲缘关系较近。表明正交群体受亲本群体的影响最大,其生长优势除了性别因素外,遗传因素可能也具有重要作用。     

合浦珠母贝印度家系F↓（1）代的AFLP分析

用AFLP标记对合浦珠母贝(Pinctada fucata)印度家系的亲本及其子一代(F1)进行了遗传分析。27对引物共扩增出1 013个位点,其中835个位点在F1代分离,178个位点不分离,多态位点比例82.4%。分离位点中,符合孟德尔分离规律的位点458个,占分离位点数的54.9%。偏孟德尔分离规律的位点377个,占分离位点数的45.1%。分离比为3∶1的位点共有482个,占分离位点数的57.7%,符合孟德尔分离规律的位点251个,占52.1%(占分离位点数的30.1%);分离比为1∶1的位点共有353个,占分离位点数的42.3%,符合孟德尔规律的位点207个,占58.6%(占分离位点数的24.8%)。半数以上的标记符合孟德尔遗传规律。表明AFLP标记适合于合浦珠母贝的遗传图谱构建。[中国水产科学,2007,14(1):52-58]     

合浦珠母贝微卫星标记的家系筛选

对本实验室以前设计的170对合浦珠母贝微卫星引物进行家系筛选,共有35对引物可以有效扩增,其中30对引物在家系中具多态性。共检测到67个等位基因,片段长度范围为131～297 bp,平均有效等位基因(Ae)1.7988个,平均观测杂合度(Ho)为0.4801,平均期望杂合度(He)为0.4165,平均多态性信息含量(PIC)为0.3369。试验结果表明,本研究筛选的35个微卫星位点,可用于合浦珠母贝遗传多样性分析、遗传图谱构建以及分子标记辅助选育等研究。     

合浦珠母贝三亚养殖群体生长性状的相关与通径分析

随机测定200个2龄合浦珠母贝三亚养殖群体的壳长(X1)、壳高(X2)、壳宽(X3)、顶点-腹缘长(X4)、韧带槽长(X5)、韧带槽宽(X6)和体重(Y)7个性状指标,计算性状间的相关系数。采用通径分析方法计算以形态性状为自变量对体重作依变量的通径系数、决定系数及相关指数,进行各形态性状对体重影响大小的剖分。结果表明,合浦珠母贝除韧带槽宽外,其他性状之间的相关关系都达到极显著水平(P<0.01),体重与壳长的相关系数最大(0.9228)。壳长对体重的直接影响最大(0.5083),是影响体重的主要因素;壳宽与体重、壳高与体重的相关程度很大,但对体重的直接影响均较小,两者主要通过壳长间接影响体重,壳宽、壳高是影响体重的次要因素。决定系数分析结果与通径分析结果有一致的变化趋势。所选贝壳性状与体重的复相关指数为R2=0.8977;多元回归分析建立了壳长、壳高、壳宽估计体重的回归方程为:Y=0.6873X1+0.3182X2+0.9379X3-43.2267。本研究结果为合浦珠母贝育种过程中测量性状的选择提供了理论依据。     

合浦珠母贝选育组和对照组生长性状相关分析

收集合浦珠母贝(Pinctada martensii)F4选育组和对照组不同月龄生长数据,对壳长、壳高、壳宽和体质量进行相关和回归分析。结果显示,各月龄选育组和对照组生长性状间相关系数均达到极显著水平(P0.01),相关系数范围分别为0.47~0.88和0.44~0.92。除选育组6月龄壳宽与其他性状间相关系数大于对照组相应数值外,选育组生长性状间相关系数均小于对照组。各月龄选育组和对照组估算体质量的多元回归均达到显著水平(P0.05),方程判定系数(R2)范围分别为0.625~0.848和0.745~0.902,选育组方程判定系数均小于对照组。该研究结果为合浦珠母贝选择育种工作中确定重要目标性状提供了理论指导。     

插核手术损伤对合浦珠母贝抗氧化免疫水平的影响

分析了插核手术(未插入珠核及小片)之后合浦珠母贝(Pinctada fucata)闭壳肌、鳃以及外套膜中超氧化物歧化酶(SOD)和过氧化氢酶(CAT)活性、总抗氧化能力(TAC)以及丙二醛(MDA)含量的变化,以探明合浦珠母贝抗氧化免疫系统对插核手术胁迫的响应特点。结果表明,各组织SOD、CAT活性和TAC基本上均呈现出下降-升高-再下降的波动变化。即大部分在第3小时达到最低水平而于第12小时达到或恢复到最高水平;相比之下,MDA含量整体上呈不断增高的趋势。相关性分析表明,MDA含量与TAC和CAT活性存在极显著的负相关性(P0.01);组织差异对SOD、CAT活性和TAC影响显著(P0.05),不同取样时间对SOD、CAT活性、TAC和MDA含量影响显著(P0.05)。研究结果显示插核手术损伤会造成合浦珠母贝抗氧化和免疫水平的波动,此过程中组织的氧化损伤程度与其抗氧化状态密切相关。     

我国主要养殖罗非鱼的16S rRNA序列特征分析

对我国主要养殖的尼罗、奥利亚、莫桑比克、杂交种尼奥（尼罗♀×奥利亚♂）和红罗非鱼（莫桑比克×尼罗）的线粒体16S rRNA部分序列进行了PCR扩增和测序分析,探讨罗非鱼种间亲缘关系和种类鉴别标记。PCR产物经直接测序,5种罗非鱼中大部分个体均获得长546 bp的基因序列。其碱基组成GC含量为47.4%。序列比对分析显示变异位点18个,没有插入/缺失位点,转换/颠换比率为2.7。序列分析表明,红和奥利亚各有2个单倍型,尼奥、莫桑比克与尼罗各有1个单倍型。其中,尼奥与尼罗的单倍型序列相同,莫桑比克与红罗非鱼的1个单倍型序列相同。表明部分红罗非鱼的母本为莫桑比克。UPGMA聚类分析表明,尼奥与尼罗聚成一支、红罗非鱼与莫桑比克成一支、奥利亚独成一支。