瓜螺线粒体全基因组密码子偏好性分析

【目的】探究瓜螺（Melo melo）线粒体全基因组密码子使用偏好性，明确影响密码子偏好性的因素，为提高基因表达效率及了解瓜螺线粒体基因组的特性和进化方向提供科学依据。【方法】以瓜螺线粒体全基因组序列为研究对象，从中筛选出11条长度大于300 bp且以ATG为起始密码子的非重复基因序列，利用CodonW 1.4.2、Excel 2017及SPSS 22.0等软件进行瓜螺线粒体全基因组密码子偏好性分析。【结果】不同基因序列密码子位置所对应的G+C含量不同，其中，GC₁（密码子第1位所代表的G+C含量）、GC₂（密码子第2位所代表的G+C含量）、GC₃（密码子第3位所代表的G+C含量）的变化范围分别为35.20%~51.90%、16.40%~40.60%和13.10%~34.90%，对应平均值为41.15%、32.29%和23.71%，GC₁和GC₂明显高于GC₃；密码子适应指数（CAI）在0.110~0.180，平均为0.137；密码子偏好性指数（CBI）在-0.272~-0.090，平均为-0.175；最优密码子使用频率（FOP）在0.216~0.339，平均为0.277；有效密码子数（ENC）在36.84~53.75，平均为45.59；总平均亲水性（GRAVY）在0.480~1.394，平均为0.968。有30个同义密码子的相对使用度（RSCU）大于1.00，且主要以A/U结尾。中性绘图分析发现，GC₁和GC₂平均值（GC₁₂）与GC₃的相关系数为-0.438，相关性不显著（P>0.05，下同）；ENC-plot绘图分析结果显示，各散点（基因）均位于标准曲线附近，其中，NAD4、COX2和NAD3基因位于标准曲线上方，COX1、ATP6、NAD1、NAD6、COB、NAD5、COX3及NAD2等8个基因位于标准曲线下方；在对应性分析中，第一、第二、第三、第四向量轴的贡献率分别23.12%、15.19%、13.17%和9.63%，前4轴累计差异为61.12%。综合高频密码子与高表达密码子，最终筛选出4个最优密码子（UUU、GUU、ACU和CAU），且均以U结尾。【结论】瓜螺线粒体全基因组密码子偏好以A/U结尾的形式，筛选出的4个最优密码子（UUU、GUU、ACU和CAU）均以U结尾。除了自然选择在瓜螺线粒体全基因组密码子偏好性形成中占主导地位外，突变压力和碱基组成也影响其密码子偏好。因此，可通过瓜螺目的基因密码子优化，有效提高外源基因表达且优化性状决定基因，从而加速瓜螺优良亲本培育的进程。     

温度和盐度对织锦巴非蛤耗氧率和排氨率的影响

【目的】探究温度和盐度对织锦巴非蛤(Paphia textile)耗氧率和排氨率的影响，为该贝的繁育和养殖提供依据。【方法】采用实验生态学方法研究温度(10、15、20、25、30℃)和盐度(15、20、25、30)对织锦巴非蛤耗氧率和排氨率的影响。【结果】温度在10～30℃时，随着水温的升高，织锦巴非蛤的耗氧率逐渐增大，而排氨率先增加后下降，20℃时达到最大值；盐度在15～30时，随盐度的升高，织锦巴非蛤的耗氧率逐渐增大，排氨率也逐渐增大，当盐度为25时，排氨率略有下降。在盐度29，水温10～30℃范围内，织锦巴非蛤的O∶N值为16.320～71.046，平均值为31.692。在水温24℃，盐度为15～30时，O∶N值为10.459～32.974，平均值为19.060。在本实验条件下，根据数据得出耗氧率与温度的拟合方程：y=0.027 7x+0.130 1,R2=0.985 2；排氨率与温度：y=-0.000 2x²+0.007 8x-0.045 4,R²=0.808 4；耗氧率与盐度：y=0.047 2x-0.637 4,R2=0.922...