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基于SLAF-seq技术的甘薯SNP位点开发 总被引:4,自引:1,他引:3
【目的】单核苷酸多态性(SNP)是基因组中最普遍的遗传变异,是构建遗传图谱、完成分子标记辅助育种的一种非常重要的遗传标记。新一代高通量测序平台为SNP位点的检测提供了强有力的技术支持。多倍体作物通常表现为基因组序列大且重复比例高,一直以来多倍体作物的SNP位点挖掘面临巨大的挑战。【方法】共收集300份甘薯种质资源,利用SLAF-seq测序技术进行测序。首先以马铃薯基因组为参照,通过生物信息学分析进行实验方案的系统设计,筛选特异长度的DNA片断,构建SLAF-seq文库。后通过高通量测序的方式获得海量序列,进而通过软件分析比对,获得多态性SLAF标签,最后在多态性SLAF标签上开发大量特异性SNP位点。【结果】对照拟南芥的测序数据与其参考基因组进行比对的结果表明,双端比对效率在本试验中为87.71%,酶切效率为93.22%,说明本试验SLAF建库正常。通过测序共产生498.14 Mb的读长数据,测序后各样品所获得的读长数目在441 595-2 731 920范围内,其中,冀薯4号获得的数据量最大,共计获得2 731 920个读长,对照拟南芥数据量最小,共计获得441 595个读长。测序质量值Q30的范围在88.37%-90.67%,样品3043 Q30测序值仅为87.31%,样品鄂紫1号Q30测序值为91.31%,所有样品Q30值均在80%以上。测序获得GC含量的范围在37.23%-38.09%,样品苏薯9号和浙薯2号存在极端值,样品苏薯9号的GC含量在39.80%,样品浙薯2号GC含量在37.10%,所有样品GC含量均值为37.64%,GC含量普遍不高,说明达到测序要求。本研究共计获得597 094 个SLAF标签,样品的平均测序深度为11.77×,其中多态性SLAF标签260 000个,占SLAF标签总数的43.54%。根据所获得的260 000个多态性SLAF标签来统计SNP位点信息,共计获得795 794个群体SNP位点。【结论】共获得498.14 Mb的读长数据,597 094个高质量的SLAF标签,260 000个多态性SLAF标签,从260 000个多态性SLAF标签上共计开发获得795 794个高质量SNP位点。表明SLAF-seq技术可以很好地应用于甘薯SNP位点的开发,其效率远远高于SSR、AFLP、RAPD等分子标记技术。从全基因组范围获得的SNP位点可以进一步的用来完成后续群体进化分析和特异性SNP标记的开发。 相似文献
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<正>针对班玛县出现疑似犬瘟热症状的例犬通过临床症状、尸体检查、流行病学的观察等初步诊断为犬瘟热。经实验室诊断38例为阳性,判定为犬瘟热。经对症治疗和用犬瘟热单克隆抗体,完全康复17例,3例出现后遗症,12例死亡,治愈率达到52.6%。犬瘟热是由犬瘟热病毒引起的高度接触性传染性致死性的传染病。病犬以双相热型、呼吸道、消化道、急性卡他性炎症、以神经症状为特征。本文详细报道了在班玛县兽医门诊部2013年3~6月份接诊治疗的38例犬瘟热 相似文献
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鸡性连锁矮小基因(sex-linked dwarf gene,dw基因)纯合显性时可降低饲料消耗。试验选用A系黄羽肉鸡作为父本,含有dw基因的两系杂交黄羽肉鸡DYJ作为母本,开展三元杂交试验,并以快速型黄羽肉鸡(CON)为对照,评价dw基因用于黄羽肉鸡生产的杂交效果。试验组ADYJ和对照组CON各300只雏鸡同一日龄进舍,在相同饲养管理条件下饲养至7周龄出栏,饲养期间记录各周龄体重和饲料转化效率,出栏后全群称重并随机抽取两组公、母鸡各15只进行屠宰性能测定,并评价dw基因用于黄羽肉鸡杂交的经济效益。结果显示,CON组7周龄体重为1 623.3 g,试验组ADYJ为1 690.4 g,虽高于CON组,但差异不显著(P0.05)。CON组7周龄料肉比为2.31,试验组ADYJ组为2.26,低于CON组。屠宰性能比较发现,ADYJ公、母鸡胸肌率分别为23.4%和24.2%,均极显著高于CON组公、母鸡的胸肌率(17.1%和18.3%,P0.01);ADYJ公、母鸡半净膛率分别为77.6%和77.0%,均显著高于对照组(76.3%和74.9%,P0.05);ADYJ公、母鸡屠宰率分别为87.4%和87.6%,均显著高于CON组(86.4%和86.0%,P0.05);对照组与试验组公、母鸡的腹脂率与腿肌率差异均不显著。经济成本核算结果显示,ADYJ为9.65元/只,较CON组低0.33元/只。由此可见,dw基因用于黄羽肉鸡品系杂交可显著提高黄羽肉鸡的生产效益。 相似文献
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公安部南京警犬研究所根据部领导的指示精神,开办了女民警警犬技术培训班,现已完成两期培训班的教学工作,在教学过程中,我们结合女民警的特点,在教学方法上进行了大胆的探索,效果明显。在教学训练过程中,我们针对女学员的特点提出了“爱心、信心、细心、耐心”教育,使学员很快的融入到训练中去,在和犬接触过程中更加投入,对犬行为的把握更加准确。 相似文献
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