鸡、鹌鹑及其属间杂交种DMRT1b转录本初步分析

DMRT基因家族是一个与性别决定相关的发育基因家族。以鸡、鹌鹑及其属间杂交种胚胎为试验对象,分别采集孵化72 h的鸡、鹌鹑和杂交种胚胎,以DMRT1b为目的基因进行扩增,对DMRT1b基因原序列、扩增序列分析,应用Ex PASy网站对序列编码蛋白进行蛋白质生物信息学分析,结果发现杂交种DMRT1b基因较其父母本发生部分碱基缺失,预测蛋白质功能存在差异,推测由于基因缺失导致蛋白质不同,这种现象可能与杂交种早期死亡、不育存在相关性。研究结果为鸡与鹌鹑属间杂交种雌性致死与雄性不育的研究奠定基础。     

SD大鼠Krt71基因序列的分子克隆

参考大鼠Krt71基因序列,用PCR方法对SD大鼠Krt71基因DNA和cDNA序列进行克隆,获得SD大鼠Krt71基因的8 206bp的DNA序列(GenBank登录号:KF311105)和1 575bp的cDNA序列(GenBank登录号:KF303589),编码524个氨基酸。SD大鼠与国外报道的BN大鼠、小家鼠、家猫、家绵羊、家牛、苏门答腊猩猩和人等7个物种的Krt71基因cDNA序列的同源性分别为99.9%,95.2%,88.5%,87.5%,88.0%,88.1%,88.1%;其编码蛋白的氨基酸序列同源性分别为100.0%,98.9%,92.5%,91.5%,91.3%,91.5%,92.1%。这一结果表明Krt71基因在进化过程中具有较高的保守性,但不同物种之间也具有功能上的特异性。通过比较SD大鼠Krt71基因与GenBank数据库中发布的Krt71基因的序列,本试验发现了6个SNP位点,这些位点位于该基因的内含子序列,没有改变氨基酸的性质,这一研究结果为Krt71基因的SNPs数据库提供了新的内容。     

鮰爱德华菌外膜微孔蛋白ompN1、ompN2和ompN3基因生物信息学分析及截段基因的原核表达与其抗原性检测

根据GenBank中鮰爱德华菌(Edwardsiella ictaluri)外膜微孔蛋白N(outer membrane porin protein,OMP)基因序列(NC_012779.2)设计引物,以鮰爱德华菌Ms12基因组DNA为模板,经PCR扩增后克隆至pMD19-T载体,将阳性克隆菌送公司测序。测序结果通过生物信息学软件对ompN1、ompN2和ompN3序列的氨基酸序列相对分子质量、分子式、信号肽、跨膜区、亲/疏水性、B细胞表位进行预测,并构建系统发育树;根据去信号肽的B细胞表位相对集中区域设计特异性引物,经PCR扩增后,将截段序列克隆至pMD19-T载体,鉴定成功后克隆至原核表达载体pET32a(+)并转化至BL21(DE3)/Rosseta(DE3)进行IPTG诱导表达,最后用兔抗鮰爱德华菌血清对重组蛋白OmpN1、OmpN2和OmpN3进行免疫原性检测。结果显示扩增得到ompN1(1 143bp)、ompN2(1 056bp)和ompN3(1 053bp)的序列,获得的基因登录号分别为KJ831564、KJ831565和KJ831566。经生物信息学分析显示,OmpN1、OmpN2和OmpN3蛋白分子式分别为C1940H2993N543O622S7、C1817H2723N497O579S5和C1896H2843N519O563S7,相对分子质量大小分别为44 100、40 900和41 800,均为含有1个信号肽和跨膜区的疏水性蛋白,具有1个革兰阴性细菌OM_channels超家族结构域,是1种嵌入型的膜外蛋白;SDS-PAGE电泳检测发现,诱导表达的融合重组蛋白均以包涵体的形式出现在沉淀中,大小分别约为61 800、58 700和59 100;Western-blot分析表明,重组蛋白OmpN1、OmpN2和OmpN3均能与兔抗鮰爱德华菌全菌血清结合,表明鮰爱德华菌外膜微孔蛋白N具有亚单位疫苗开发的潜力。     

四川省部分地区副猪嗜血杆菌的分离鉴定及espp2基因序列分析

为了解四川省副猪嗜血杆菌病的流行情况及分析分离株espp2基因,本试验从2013年8月到12月分离该菌并扩增其espp2基因进行序列分析。结果显示,分离到12株副猪嗜血杆菌,镜检发现为革兰阴性短杆菌;卫星试验表明分离株在金黄色葡萄球菌周围产生卫星现象;生化试验显示分离株发酵葡萄糖、麦芽糖、半乳糖、蔗糖、果糖、木糖、甘露醇、山梨醇、尿素、D-核糖和精氨酸水解酶;PCR鉴定发现均扩增到约821bp的目的片段。药敏试验显示分离株对氟苯尼考、先锋霉素V、阿莫西林、强力霉素和环丙氟哌酸敏感。扩增SC-1和12株分离株的espp2基因并测序,测序结果与GenBank公布的副猪嗜血杆菌SH0165、ZJ0906和Nagasaki的espp2基因共计16条序列进行比对发现相似性大于98%,这16条序列编码的氨基酸序列相似性大于97%,表明副猪嗜血杆菌espp2基因变异度低,较保守。     

牦牛G蛋白信号转导调节因子2克隆及序列分析

为了初步探讨牦牛RGS2基因的结构和功能,试验采用RT-PCR方法及TA克隆法得到麦洼牦牛RGS2基因,并运用不同的生物信息学软件对序列进行分析。结果表明:牦牛RGS2基因系列含1个540 bp的开放阅读框,共编码178个氨基酸,Gen Bank数据库中登录号为FJ786041。编码Phe的密码子UUU、编码Leu的密码子UUG、编码Ile的密码子AUU等20种密码子为该基因的偏好性密码子,确定的27种最优密码子均以G或C结尾。RGS2氨基酸序列与普通牛、绵羊、山羊相似性分别为99.5%、96.3%、96.1%。系统发育树上,牦牛与普通牛聚在一起,亲缘关系最近。     

鸡腺胃型传染性支气管炎病毒山东分离株S基因的克隆及序列分析

为研究3株鸡腺胃型传染性支气管炎病毒(IBV)山东分离株(青岛腺胃株QX株、东营腺胃株DY株、肥城腺胃株FC株)病毒纤突蛋白基因(S基因)的核苷酸特征,与呼吸型M41标准株及肾型IBV进行S基因核苷酸进行同源性比较。采用RT-PCR技术方法,对IBV分离株(QX、DY、FC)及标准毒株M41株S基因进行克隆和序列测定,对其中QX和DY株S基因核苷酸分别用3种方法(Clustal V method、Jotun Hein method和Clustal W method)对获得的基因核苷酸序列进行分析。结果显示,QX株和DY株的S基因核苷酸与标准毒株M41株S基因核苷酸的同源性最高为79.3%和79.2%,最小差异性为24.5%和22.3%。QX株和DY株与肾型IB分离株HD同源性最高为78.4%和78.9%,最小差异性均为22.7%。HD株与M41株的同源性最高达到80.8%。通过对S基因进化关系分析,说明腺胃型IBV山东分离株(QX、DY株)与呼吸型和肾型IBV是引起不同组织嗜性的IBV变异株,与呼吸型IBV和肾型IBV有明显的差异,是在IBV遗传变异进化过程中具有重要地位的进化阶段。     

猪圆环病毒2型LN株初步分离与全基因组测序

为了解猪圆环病毒2型(PCV-2)在河南地区猪场的流行情况,采用常规方法对采集自河南省洛阳市某猪场病料中的PCV-2进行了分离,并对其全基因组进行了扩增、克隆和测序。结果表明,从患病仔猪的病料中分离到了1株PCV-2,命名为LN株,该毒株的全基因组序列大小为1 767 bp。该试验结果为从分子水平上揭示PCV-2的致病特性,开发PCV-2的相关疫苗和诊断产品奠定了基础。     

解读兽药新政 仿制药将难获批文

<正>农业部办公厅公布了关于对《兽药产品批准文号管理办法(修订稿)》征求意见的函。这是足以改变老板人生和企业命运以及转变政府监管方式的重要政策调整,也是传说很久的等效性试验(仿制药注册比对试验)和在线抽样很快就要来了。笔者参与过农业部的修订讨论会,近日又将修订稿与2004年11月颁布现行的农业部令第45号《兽药产品批准文号管理办法》(以下简称《办法》)进行逐条对比分析学习。现将本修订稿的一些重要内容和管理制度,以及本人的学习体会归纳     

犬细小病毒JL-M13株的分离鉴定及全基因组序列分析

将检测为犬细小病毒(CPV)阳性的病料经处理后接种F81细胞盲传3代并获得一株细小病毒,命名为JL-M13。应用重叠PCR技术从JL-M13中扩增出5条核苷酸序列,拼接后进行序列分析。结果表明,所获病毒核酸基因组大小为4 621bp,与其他犬细小病毒的基因相似性为98.2%~99.4%。系统发育树分析表明,JL-M13与CPV-2毒株(EF011664.1)相似率最高,与Type-2型犬细小病毒疫苗株相距较远。