低温处理凡纳滨对虾仔虾全长cDNA文库及troponin Ⅰ基因三种拷贝的比较分析

运用SMART技术成功构建了低温处理凡纳滨对虾仔虾的全长cDNA文库,文库的滴度为1.05×106 pfu/mL,重组率94％,插入片段平均长度为1.0 kb.随机选取116个克隆进行测序鉴定,获得111条有效序列,其unigene比例79.2％,涵盖了蛋白质合成、细胞骨架、核糖体结构、信号传导、代谢、细胞周期、能量产生与转换、转录、抗逆及防御、生物发育等10多种功能类别,其中与发育(10.34％)及抗逆及防御(10.34％)相关基因占2o.68％.对测序获得的肌肉发育相关trioponinⅠ基因的3个不同拷贝进行了序列和进化比较分析.研究为发育和耐寒相关分子调控机制的探索创造了基础条件.     

南美白对虾精子超低温保存前后形态和超微结构的研究

应用光学显微镜和电子显微镜对超低温保存前后南美白对虾精子的形态和超微结构进行了观察。结果发现,正常精子由圆球形的主体部和棘突组成,主体部由顶体、亚顶体区、细胞核和环核细胞质带组成。超低温冷冻处理及升温复苏后受损精子棘突脱落,顶体囊泡化,精子细胞膜皱缩、肿胀,膜间腔增大,损伤严重者,顶体脱落,核变形,核膜破裂,核出现空泡化。结果表明,超低温冷冻处理及升温复苏过程主要造成南美白对虾精子的顶体和膜结构的损伤,致使精子成活率降低。     

发情期家兔输卵管上皮细胞和基质细胞的分离培养与鉴定

【目的】探讨输卵管上皮细胞和基质细胞的体外分离培养方法及在激素刺激下基质细胞对上皮细胞的作用。【方法】通过差速贴壁法体外分离纯化兔输卵管上皮细胞和基质细胞;免疫组织化学染色和免疫荧光染色方法鉴定上皮细胞和基质细胞的类型和纯度;并在无胎牛血清的DMEM/F12培养液和含体积分数15%胎牛血清的DMEM/F12培养液中,分别添加不同浓度的雌激素(17β-E2)和孕激素(P4),比较上皮细胞和基质细胞的增殖情况及其对上皮细胞/基质细胞共培养的影响。【结果】体外成功地分离到兔输卵管上皮细胞和基质细胞;兔输卵管上皮细胞经鼠抗人细胞角蛋白单克降抗体(anti-CK18)免疫组织化学染色后呈阳性,细胞质呈棕色,免疫荧光染色检测其纯度在98%以上;兔输卵管基质细胞经鼠抗人波形蛋白单克降抗体(anti-Vimentin)免疫组织化学染色后呈阳性,细胞质呈棕色,免疫荧光染色检测其纯度在95%以上。17β-E2和P4均能促进兔输卵管上皮细胞和基质细胞的增殖,使其数量明显增加。基质细胞与上皮细胞共培养,上皮细胞增殖较快。【结论】差速贴壁法能够获得纯度较高的输卵管上皮细胞和基质细胞,在17β-E2和P4共同作用下,少量基质细胞能促进上皮细胞生长。     

凡纳滨对虾Rab6A基因的克隆及表达

为研究凡纳滨对虾免疫调节因子Rab蛋白在对虾机体的免疫调节过程中的作用机理,克隆了凡纳滨对虾Rab6A基因,并对其在感染对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)对虾不同组织中的表达情况进行了研究。根据日本对虾Rab蛋白基因设计引物,采用RT-PCR方法克隆了长为558bp的Rab6A基因的部分cDNA序列,其开放阅读框为442bp,可编码147个氨基酸,推算其分子质量约为16.977ku,理论等电点为4.828,Rab6A与其他物种的Rab基因比对发现,该基因氨基酸序列具有较高的保守性。半定量PCR结果显示,Rab基因在不同组织中的表达情况没有明显的组织特异性,肝胰腺中表达量比其他组织略高,而在感染IHHNV的对虾心脏、肝胰腺、肠道、胃、腮、肌肉、血液组织中比正常组织中表达量增加,表明Rab蛋白参与抗病毒免疫反应。     

分离培养兔子宫内膜细胞的鉴定及性激素对子宫内膜间质细胞形态的影响

为探讨子宫内膜细胞的形态学特点、分泌功能及性激素在子宫内膜细胞中的作用，采用不同的消化分离方法进行了孕早期家兔子宫内膜细胞的消化和分离培养试验。结果显示：子宫内膜主要包括两类细胞，基质细胞和上皮细胞，两类细胞分别在波形蛋白和细胞角蛋白免疫细胞化学染色中有阳性反应特点；在培养基中加入雌激素和／或孕酮刺激后，基质细胞形态发生变化，表现一定的蜕膜化现象。     

凡纳滨对虾微卫星分子标记的开发及不同养殖家系遗传多态性分析

[目的]基于第三代高通量测序技术——单分子实时(SMRT)测序开发凡纳滨对虾微卫星分子标记,为凡纳滨对虾的遗传育种研究提供基础资料.[方法]采用SMRT测序对凡纳滨对虾转录组进行测序,经Illumina测序纠错后利用MISA对获得的转录组数据进行分析;以Primer 3.0设计微卫星引物,随机挑选40对微卫星引物进行PCR扩增验证,并选用扩增成功且具有多态性的微卫星引物用于不同养殖家系凡纳滨对虾遗传多态性分析.[结果]凡纳滨对虾转录组SMRT测序共获得51367条非冗余全长转录本序列,鉴定出39674条微卫星序列;微卫星的分布密度为0.232 SSR/kb;以二核苷酸重复微卫星序列分布最多,共有22223条(占56.01%).随机选取的40对微卫星引物中有26对微卫星引物能成功扩增出特异性条带;微卫星荧光分型结果显示,有16个微卫星位点具有多态性,共获得67个等位基因,平均等位基因数(Na)为4.2个,计算获得的平均观测杂合度(Ho)为0.511,平均期望杂合度(He)为0.451,平均多态性信息含量(PIC)为0.489.在16个微卫星位点中,有2个微卫星位点为低度多态性(PIC<0.25),6个微卫星位点为中度多态性(0.250.50);有4个微卫星位点偏移Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),其余12个微卫星位点均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05).[结论]采用SMRT测序开发凡纳滨对虾微卫星分子标记是一种简单而高效的途径,有助于开展凡纳滨对虾的遗传育种研究工作.     

基于线粒体Cytb和D Loop序列的大獭蛤5个地理群体遗传多样性研究

为揭示中国大獭蛤(Lutraria maxima)遗传多样性现状,基于线粒体Cytb和D-Loop序列,分析了北海、涠洲岛、湛江、厦门、福州大獭蛤5个地理群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示:基于Cytb和D-Loop序列获得的单倍型数分别为73和27,总体单倍型多样性指数/核苷酸多样性指数分别为0.834 5±0.030 3/0.002 3±0.001 4、0.445 6±0.049 8/0.001 4±0.001 3。分子变异分析(analysis of molecular variance, AMOVA)结果显示,99.68%(Cytb)和101.16%(D-Loop)变异来自群体内,0.32%(Cytb)和-1.16%(D-Loop)变异来自群体间;遗传距离分别为0.001 8～0.002 9(Cytb)和0.000 8～0.002 0(D-Loop),群体间分化指数F_(st)值分别为-0.008 0～0.010 1(Cytb)和-0.014 3～-0.007 2(D-Loop),且均无显著分化(P>0.05)。中性检验Tajima’s D和Fu’s F_S值均为负值(P<0.05),核苷酸不配对分布曲线呈现单峰型,这些都表明大獭蛤种群在近期经历过扩张现象,扩张时间约在更新世晚期,距今约为1.3×10~4～6.6×10~4年。上述结果表明,大獭蛤具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数的特征,群体间无明显遗传分化,可作为一个管理保护单位。研究可为中国东、南海沿岸地区大獭蛤资源保护和持续发展与利用提供基础的参考材料。     

孕早期家兔子宫内膜细胞的分离培养与形态观察

为探讨子宫内膜细胞的分离与体外培养条件、生长特点及其增殖过程,采用不同消化方法进行了孕早期家兔子宫内膜细胞的消化和分离培养试验。结果表明,多数情况下采用胰蛋白酶消化获得的细胞数量少且活率低于60%,而采用1g/L胶原酶 型消化获得的细胞数量多达1×106/cm3,且活率大于90%。经74μm(200目)滤网过滤分离培养出多角形和梭形2种形态的基质细胞及铺路石状的腺上皮细胞,并均能在体外培养和传代。     

凡纳滨对虾转录组测序分析及肌肉生长发育相关基因的筛选

【目的】筛选出凡纳滨对虾生长发育的功能基因及代谢调控网络,揭示其生长发育的分子机制,为后续开展凡纳滨对虾分子生物学研究提供宝贵的基因数据来源。【方法】以快速生长群体和慢速生长群体的凡纳滨对虾肌肉组织为研究材料,通过Illumina HiSeqTM2500平台对构建的cDNA文库进行高通量测序分析,以StringTie进行拼接组装后利用DESeq2筛选差异表达基因,并基于KOG、GO、nr、COG、Swiss-Pro、KEGG和Pfam等数据库进行差异表达基因功能注释分析。【结果】经拼接组装共获得53458844条Clean reads,各样品Clean reads的Q30均在93.00%以上;Illumina测序获得的Clean reads与参考基因组的比对效率在87.75%~87.80%,说明转录组测序数据真实可靠。采用SnpEff进行SNP/InDel变异注释分析,结果显示,SNP位点中以A>G、G>A、C>T和T>C等4种类型的数量较多（14950~21562个）,InDel位点则以SYNONYMOUS_CODING的数量最多（33630个）。使用StringTie对Mapped reads（比对到参考基因组的Reads）进行拼接,共发掘到4607个新基因,分别输入COG、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swiss-Prot、eggNOG和nr数据库中进行序列比对,最终发现共有1098个新基因被注释,以被nr数据库注释的新基因数量最多（1077个）,而被COG数据库注释的新基因数量最少（416个）。基于Q-value<0.05且Fold Change>2的筛选条件,共获得1408个差异表达基因（661个为显著上调表达基因,747个为显著下调表达基因）;1408个差异表达基因被注释到53个GO功能条目中,其中,22条被注释到生物学过程（Biological process）,16条被注释到细胞组分（Cellular component）,15条被注释到分子功能（Molecular function）;KEGG信号通路富集分析发现3条重要的信号通路,分别是溶酶体通路（Lysosome）、氨基糖和核苷酸糖新陈代谢（Amino sugar and nucleotide sugar metabolism）及鞘脂类代谢（Sphingolipid metabolism）。在溶酶体通路中,CTSL基因、Nramp基因、MyoG基因和Myf5基因在凡纳滨对虾快速生长群体肌肉组织中呈上调表达,而Trypsin基因呈下调表达。【结论】通过转录组测序分析从快速生长群体和慢速生长群体的凡纳滨对虾肌肉组织中筛选出1408个差异表达基因（661个为显著上调表达基因,747个为显著下调表达基因）,主要富集在溶酶体、氨基糖和核苷酸糖新陈代谢及鞘脂类代谢等通路上,在对虾肌肉生长发育过程中发挥重要作用。     

凡纳滨对虾脂肪酸结合蛋白基因全长cDNA的克隆及序列分析

克隆了凡纳滨对虾脂肪酸结合蛋白基因全长cDNA并进行了序列分析。该基因由1042bp的碱基组成,开放阅读框长411bp,编码由136个氨基酸组成的蛋白,基因两翼分别存在113bp(5'端)和518bp(3'段)的非翻译区。聚类分析表明,凡纳滨对虾脂肪酸结合蛋白氨基酸序列与斑节对虾脂肪酸结合蛋白紧密聚为一支,之后聚类顺序依次为刀额新对虾、意大利蜜蜂、斑马鱼、大西洋鲑、鸡、猪和人。通过半定量RT-PCR对该基因在不同组织的表达分析表明,该基因在抗IHHNV对虾肠、胃、肝胰腺和肌肉组织中表达较高,在心肌中表达较低,在眼柄中不表达。比较该基因在抗IHHNV对虾和IHHNV易感对虾心、肝胰腺、肠、胃、眼柄和肌肉组织表达发现,该基因在两种对虾心、肠、胃和肌肉组织中的表达无明显差异,但在肝胰腺中抗IHHNV对虾的表达量明显高于IHHNV易感对虾的表达量,说明该基因参与抗性对虾抑制IHHNV感染的免疫过程。