鲁西牛4个Y-STR微卫星位点的遗传多态性分析

提取鲁西牛血液DNA样品,PCR扩增后用基因自动测序仪进行基因扫描分型,研究Y-STR微卫星位点UMN0929,UMN0108,UMN0920和INRA124在鲁西牛群体中的遗传多态性。结果发现,156头无亲缘关系的鲁西牛公牛在4个Y-STR微卫星位点均有遗传多态性;UMN0929检测到4种等位基因,UMN0108检测到5种等位基因,UMN0920和INRA124均检测到2种等位基因。UMN0929、UMN0108、UMN0920和INRA124位点各等位基因的频率分别为0.25,0.41,0.17,0.17;0.14,0.28,0.28,0.14,0.16;0.38,0.62和0.73,0.27;基因多样性(GD)分别为0.71,0.78,0.47,0.39。共发现了58种单倍型(Haplotype),单倍型多样性(Haplotype diversity,HD)为0.94。表明UMN0929、UMN0108、UMN0920和INR124 4个微卫星位点在鲁西牛群体中有遗传多态性,在鲁西牛的起源、个体识别和亲子鉴定的研究中有较高的应用价值。     

猪RXRB基因SNPs检测及其与生长育肥和繁殖性状的关联分析

旨在研究猪RXRB基因多态性位点,并筛选与猪生长育肥和繁殖性状显著相关的SNPs,为种猪的遗传改良提供新的遗传标记位点。本研究通过采集962头健康大白猪（美系大白459头,法系大白503头）的血液DNA,利用直接测序法和PCR-RFLP技术分别检测两个品系大白猪RXRB基因SNP位点,并进行遗传多态性分析。利用SAS 8.0软件中的混合线性模型（Mixed）对RXRB基因SNP位点与表型性状值进行关联分析。利用Haploview 4.2软件对RXRB基因SNP位点进行连锁不平衡分析。结果显示,在两个品系大白猪群中共检测到10个SNPs,其中,美系大白有5个SNPs,法系大白有5个SNPs。经X²适合性检验,该10个SNPs在大白猪群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。关联分析结果表明,rs340542491、rs330162688和rs326226767与达100 kg体重日龄达到显著相关（P<0.05）;rs340542491、rs330162688、rs336609453和rs332169586与活体背膘厚达到显著相关（P<0.05）;rs340542491、rs325538588、rs691889709和rs323107853与初生重达到显著相关（P<0.05）;在体长中,仅rs324141460的GA基因型个体显著大于GG基因型（P<0.05）;rs325538588和rs80789331与眼肌面积达到显著相关（P<0.05）;在乳头数中,rs340542491和rs330162688与左乳头数达到极显著相关（P<0.01）,rs324141460与左、右乳头数达到极显著相关（P<0.01）,rs336609453和rs332169586与右乳头数达到显著相关（P<0.05）。连锁不平衡分析结果显示,在美系大白中,rs326226767-rs325538588处于强连锁不平衡状态（D’=0.96,r²=0.91>0.33）,rs330162688-rs324141460处于完全连锁状态（D’=1）,rs324141460-rs340542491处于完全连锁状态（D’=1）,单倍型组合关联分析结果与单个SNP关联分析结果一致,单倍型组合与达100 kg体重日龄、活体背膘厚、初生重和乳头数等性状存在极显著（P<0.01）或显著（P<0.05）相关;在法系大白中,rs691889709-rs323107853处于完美连锁状态（D’=1,r²=1）,单倍型组合关联分析结果显示,单倍型组合与体长和乳头数达到极显著（P<0.01）或显著（P<0.05）相关。以上结果提示,RXRB基因内的10个SNPs可以作为猪育种改良的分子标记,同时对深入研究该基因功能具有一定的参考意义。     

基于线粒体 COI 序列对云南地区柚喀木虱单倍型的鉴定

【目的】研究采自云南的柚喀木虱 Cacopsylla citrisuga Yang & Li种群的遗传多样性.【方法】利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基I基因（COI）条形码片段对采自云南瑞丽和石屏的柚喀木虱样本进行描述,并进行遗传距离和系统发育分析.【结果和结论】经鉴定共得到2种单倍型C1和C2,瑞丽种群的单倍型均为C1,而石屏的种群分化出了2种单倍型C1和C2.分析表明,柚喀木虱的最大序列分歧度特别低,仅为0.16%.此COI片段能很好地区分柚喀木虱与同属的其他几种木虱.     

Allele‐specific polymerase chain reaction typing and sequencing of mitochondrial D‐loop region in broiler chickens in Japan

This study aimed to comprehend a feature of single nucleotide polymorphism (SNP) in mitochondrial DNA (mtDNA) mainly of general broiler chickens in Japan. We typed two SNP sites (199C/T and 792A/G) of the D‐loop region in mtDNA by allele‐specific PCR (AS‐PCR) in 359 broiler (182 chunky and 177 cobb) and 506 layer (233 White Leghorn, 140 Barred Plymouth Rock and 133 Rhode Island Red) chickens. The SNP of 199C or 792A by AS‐PCR was observed in the chunky and cobb chickens, and not in the layers. The haplotype 199T/792G was observed in a part of cobb and all layers. By the result of AS‐PCR haplotyping and the broiler brands, the D‐loop region was sequenced in 44 broiler chickens (20 chunky and 24 cobb) and compared with the layers’ sequence data. Among the broiler and layer chickens, 21 SNP sites (including one insertion) and 11 sequence haplotypes were observed. Haplotype variation or correspondence was observed in and between the broiler brands. This study provides important information to establish a chicken meat traceability system by SNP haplotyping of mtDNA in Japan.     

基于叶绿体基因的文冠果遗传多样性及其遗传结构

为深入了解当前文冠果栽培群体和野生群体共存格局下的遗传多样性及其引种迁移格局变化,基于叶绿体测序分析数据,采用变异检测、多态性分析、单倍型分析、亲缘关系分析、Structure分析和主成分分析等方法,对9个野生群体和7个栽培群体共172个文冠果优树进行遗传多样性及其遗传结构研究。研究结果,为成功测序组装172个文冠果优树叶绿体基因组,均为典型的四分结构,基因组长度略小于参考叶绿体基因组,基因类别及数量与参考叶绿体基因组相当;共计检测到6类突变、52 460个SNP位点;其遗传多态性处于中低水平,各群体之间的遗传分化水平相对较低;多种分析方法得出的群体结构与单倍型分析结果基本一致,将16个群体分为4个组,根据地形位置可以划分为西部、中部、东北部和东南部。总体来说野生资源多样性较高,而栽培资源多样性较低。在当前野生群体与栽培群体共同存在的格局下,应优先保护野生群体,重点保护部分优株群体,可促进文冠果种质资源的有效保护与高效利用。     

甘肃省部分地区马铃薯晚疫病菌交配型及线粒体DNA单倍型分析

由致病疫霉Phytophthora infestans(Mont.) de Bary侵染引起的马铃薯晚疫病是一种世界范围内的毁灭性病害。为了明确甘肃省马铃薯晚疫病菌的遗传结构,对2018年甘肃省定西市、张掖市和陇南市采集的130株晚疫病菌进行了交配型和线粒体DNA (mtDNA)单倍型测定。结果表明：从130株晚疫病菌中检测到A1和A2两种交配型,A1交配型为14株(10.77%),A2交配型为116株(89.23%);检测到Ⅰa、Ⅱa和Ⅱb 3种线粒体DNA单倍型,发生频率分别为88.46%、3.85%和7.69%。Ⅰa单倍型菌株的交配型为A1和A2,Ⅱa单倍型菌株交配型为A1和A2,Ⅱb单倍型菌株交配型为A1。该结果表明甘肃省部分地区马铃薯晚疫病菌以A2交配型,Ⅰa mtDNA单倍型为主。甘肃省各采集地晚疫病菌群体结构或与当地种薯繁育、调运有关。     

中国荷斯坦牛SLC11A1基因多态性与乳腺炎的相关性研究

 【目的】通过研究中国荷斯坦牛SLC11A1基因多态性与乳腺炎性状间的相关性,为奶牛乳腺炎抗性选育提供参考。【方法】采用巢式PCR、降落PCR和DNA测序等技术,研究分析771头牛SLC11A1基因外显子10、内含子9和11的基因多态性,采用SHEsis和PHASE软件进行配对连锁不平衡和单倍型分析。【结果】发现4个不连锁的SNPs,分别为内含子9的6 067（A/G）、6 358（C/T）,外显子10的7 155（A/G）和内含子11的7 809（A/T）;其中,6 067（A/G）、6 358（C/T）和7 809（A/T）为新SNPs。不同基因型与乳腺炎相关性分析结果表明,SLC11A1基因的6 358（C/T）和7 155（A/G）对SCS和产奶量有显著影响（P＜0.05）,6 358（C/T）的CC基因型和7 155（A/G）的AA基因型是优良基因型;单倍型分析表明,群体中共发现16种单倍型组合,其中CAAA是优良的单倍型组合,其个体的SCS低、产奶量高。【结论】SLC11A1基因CAAA单倍型组合可能是奶牛SCS和产奶量的优良基因型和单倍型组合,可作为分子标记应用于奶牛乳腺炎抗性筛选。     

PPARγ基因5'侧翼区单倍型与鸡生长和体组成性状的相关研究

 【目的】研究PPARγ基因5'侧翼区多态性及其单倍型效应对鸡生长和体组成性状的影响,寻找影响肉鸡生长和体组成性状的QTL,为分子标记辅助选择提供相应依据。【方法】以东北农业大学肉鸡高、低腹脂双向选择品系第8、9和10世代肉仔鸡为试验材料,采用测序、PCR-RFLP等方法进行多态性位点检测及基因型分析。利用基因型信息重构单倍型并分析不同单倍型与生长和体组成性状的关系。【结果】PPARγ基因5'侧翼区存在3个多态性位点（g.-1784_-1768del17,c.-1241G＞A及c.-75G＞A）,利用其构建的单倍型对腹脂重、腹脂率、肝脏重、肝脏比例、胫骨长、股骨重、龙骨长、跖骨围等性状有显著影响（P＜0.05）;对胸大肌重、胸小肌重、胸小肌率、跖骨长等性状具有一定的影响（P＜0.2）。最小二乘分析结果表明,对于腹脂重、腹脂率等性状,BGA单倍型个体显著高于其它单倍型个体（P＜0.05）;相对于其它单倍型个体,AAG单倍型个体有较高的肝脏重、肝脏比例、胸小肌重和胸小肌率（P＜0.05）;在股骨重、胫骨长、跖骨长、跖骨围、龙骨长等骨骼生长发育性状方面,AAG单倍型个体显著优于AGG单倍型个体（P＜0.05）。【结论】PPARγ基因5'侧翼区可能存在影响鸡脂肪性状的QTL,PPARγ基因可能是影响鸡骨骼性状的重要基因之一。     

TLR2基因多态性及其与奶牛乳房炎的相关分析

【目的】研究牛Toll样受体蛋白2基因(TLR2)的多态性及其与中国荷斯坦奶牛乳房炎的关系。【方法】以中国荷斯坦奶牛、鲁西黄牛和渤海黑牛为研究对象,利用DNA测序、PCR-RFLP和创造酶切位点RFLP(CRS-RFLP)技术对TLR2基因多态性及其与中国荷斯坦奶牛乳房炎的关系进行研究。【结果】经DNA测序,在牛TLR2基因的3′非翻译区发现1个新的SNP,即mRNA序列的3 008位发生了T/C突变。TLR2基因编码区(c.651G>A,c.827A>G)和3′非翻译区(c.3008T>C)有3个突变位点,分别是PstI,Hin1Ⅱ和HhaI限制性内切酶的酶切多态位点。3个多态位点在各品种牛之间的基因型频率和等位基因频率差异较大;经χ2适合性检验,除鲁西黄牛的HhaI酶切位点处于非Hardy-Weinberg平衡状态外,3种牛在其他位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。只有Hin1Ⅱ酶切多态位点与牛乳中的体细胞评分(SCS)存在相关性,含有B等位基因的个体SCS显著低于含有A等位基因的个体(P<0.05)。中国荷斯坦奶牛在3个酶切位点形成了H1-H8共8种单倍型,产生了H1H1、H1H2、H1H3、H1H4、H1H7和H1H8等6种单倍型组合,其中H1H1的频率最高(55.89%),H1H4的SCS最低(3.17),且不同单倍型组合与SCS存在相关性。【结论】TLR2基因可用作奶牛抗乳房炎性状的辅助选择标记。     

江苏地区Q型烟粉虱的单倍型分析

为明确江苏地区Q型烟粉虱的遗传多样性及其入侵来源,基于mt DNA COI基因序列,对2010、2011年采自江苏13个市的Q型烟粉虱种群进行了单倍型分析。结果显示,江苏地区Q型烟粉虱有4个单倍型,分别为单倍型Q1、Q2、Q3、Q4,不同单倍型的分布和发生频率不同,其中单倍型Q2是13个地理种群的共享单倍型,2010、2011年的发生频率均超过50%;单倍型Q1和Q3分别是部分地理种群的共享单倍型,发生频率较低;单倍型Q4仅在扬州种群中出现,发生频率最低;单倍型Q1和Q3亲缘关系较近,单倍型Q2和Q4亲缘关系较近,表明各地理种群间既有一定的基因交流,也存在一定程度的遗传分化;系统发育分析表明,江苏地区的Q型烟粉虱可能来源于西部地中海地区,与日本的Q型烟粉虱具有相同的入侵来源。