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为深入开展中华蜜蜂相关研究提供参考信息和基础,利用已获得的纳米孔(Nanopore)测序数据对中华蜜蜂Apis cerana cerana的酚氧化酶(phenoloxidase, PO)和丝氨酸蛋白酶(serine protease, SP)相关基因和全长转录本进行发掘和分析。通过Blast工具将中华蜜蜂所有全长转录本比对KEGG和Nr数据库以筛选出PO和SP相关基因和全长转录本。采用gffcompare软件将PO和SP相关全长转录本与东方蜜蜂参考基因组(ACSNU-2. 0)已注释基因进行比较以优化结构。使用Astalavista软件鉴定PO和SP相关基因的可变剪接(alternative splicing, AS)事件,再利用IGV浏览器进行结构可视化。通过PCR验证AS事件的真实性。利用TAPIS pipeline预测和分析可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation, APA)位点,并通过TBtool软件鉴定APA位点上游的基序(motif)。鉴定到中华蜜蜂PO和SP相关的42个基因与146条转录本。优化了16个参考基因组已注释PO和SP相关基因的结构,其中5′端延长和3′端延长的基因均有7个,5′端和3′端同时延长的基因有2个。鉴定到PO和SP相关的10个基因的389次AS事件,其中最丰富的AS类型是5′端可变剪接。PCR结果证实了2次AS事件的真实性。共鉴定到34个PO和SP相关基因含有1个及以上的APA位点,其中含有3个APA位点的基因数量最多;在APA位点上游鉴定到多个motif,一致性序列为:GGHKSYWSHHTRATWTCNBHDMRRYWYRTNYTVACNGCKGCDCAYTGYR。鉴定到中华蜜蜂PO和SP相关的42个基因和146条全长转录本,优化了东方蜜蜂参考基因组已注释的PO和SP相关基因结构,并发掘出PO和SP相关基因的389次AS事件和237个APA位点。 相似文献
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为了初步探讨牦牛RGS2基因的结构和功能,试验采用RT-PCR方法及TA克隆法得到麦洼牦牛RGS2基因,并运用不同的生物信息学软件对序列进行分析。结果表明:牦牛RGS2基因系列含1个540 bp的开放阅读框,共编码178个氨基酸,Gen Bank数据库中登录号为FJ786041。编码Phe的密码子UUU、编码Leu的密码子UUG、编码Ile的密码子AUU等20种密码子为该基因的偏好性密码子,确定的27种最优密码子均以G或C结尾。RGS2氨基酸序列与普通牛、绵羊、山羊相似性分别为99.5%、96.3%、96.1%。系统发育树上,牦牛与普通牛聚在一起,亲缘关系最近。 相似文献
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试验旨在观察南堰猪场母猪与仔猪的PRRS免疫程序。选取15日龄乳猪、25~79日龄保育猪、产后15d及产后25d的母猪,采用猪蓝耳病毒ELISA抗体检测法,检测其母源抗体与免疫抗体水平,其中25日龄仔猪的PRRS母源抗体合格率仅41.3%,而接种高致病性猪繁殖与呼吸综合征活疫苗后14d具有可靠保护力。因此,该场仔猪的PRRS免疫程序需要调整,免疫接种时间可提前到15日龄。产后25d的断奶母猪即免疫高致病性猪繁殖与呼吸综合征活疫苗后146d免疫抗体合格率为100%,说明所选用的高致病性猪繁殖与呼吸综合征活疫苗免疫保护期达5个月。因此,采用母猪断奶时接种该疫苗的跟胎免疫法切实可行。 相似文献
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本研究旨在克隆奶牛脑肌类芳香烃受体核转位蛋白1基因(Brain and Muscle Arnt-Like Protein 1,BMAL1)的蛋白编码序列(Coding Sequence,CDS)并构建其真核表达载体,运用生物信息学方法解析其CDS序列和编码蛋白特性。以牛肝脏组织为材料,利用PCR技术扩增奶牛BMAL1基因中带有同源臂的CDS片段。采用同源重组法,将目的片段连接至酶切线性化的pc DNA3.1-Puro-N-3HA真核表达载体上,酶切及测序结果均符合预期的质粒命名为pc DNA3.1-3HA-c BMAL1。将空载与重组质粒分别转染至HEK293T细胞,通过实时荧光定量PCR技术(q PCR)和Western Blotting技术检验奶牛BMAL1基因的过表达效果,并利用生物信息学软件分析BMAL1基因CDS区及其编码蛋白的特性和功能。结果显示,pc DNA3.1-3HA-c BMAL1真核表达载体构建成功,将该质粒转染至HEK293T细胞后,成功实现了BMAL1在m RNA和蛋白水平的过表达;牛BAML1基因与绵羊、山羊同源性最高,BMAL1蛋白为不稳定蛋白,其上不存在... 相似文献
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试验旨在阐明牦牛性激素结合蛋白(SHBG)基因CDS序列及其在母牦牛生殖轴中的表达特点,为探讨该基因在牦牛繁殖中的调控作用奠定基础。试验分别采集5头健康成年母牦牛和母黄牛的下丘脑、脑垂体前叶、输卵管、卵巢和子宫组织,根据NCBI公布的黄牛SHBG基因设计特异性扩增引物,分别采用RT-PCR技术、生物信息学方法和实时荧光定量PCR技术进行牦牛SHBG基因克隆、序列分析和组织表达检测。结果显示,牦牛SHBG核苷酸序列的编码区(CDS)全长为1 206 bp,共编码401个氨基酸,其中,亮氨酸(L)、甘氨酸(G)、脯氨酸(P)和丝氨酸(S)较多,含量分别为16.5%、9.7%、8.7%和9.0%。蛋白质分子式为C_(1944)H_(3061)N_(535)O_(566)S_(10),分子质量为43.30 ku,理论等电点5.63,与黄牛核苷酸和氨基酸同源性分别为99.0%和97.5%。SHBG蛋白为亲水不稳定蛋白,存在跨膜结构和信号肽;二级结构中主要包含无规则卷曲和延伸链,与三级结构分析一致。系统进化树表明牦牛与黄牛亲缘关系最近。SHBG基因在牦牛输卵管的表达量显著高于其他组织(P0.05),其他组织之间差异不显著(P0.05)。SHBG基因在黄牛输卵管表达量极显著高于牦牛(P0.01),在黄牛卵巢表达量显著高于牦牛(P0.05),两物种的其他组织中表达量差异不显著(P0.05)。本研究探讨了牦牛SHBG基因序列及其在生殖轴的表达特性,为进一步研究SHBG基因对牦牛繁殖调控作用提供了一定理论依据。 相似文献
40.
随着我国人民对汽车的需求量逐渐增加,出行安全也越来越受到重视,为满足人们的需求汽车的种类也在增多,而日常的保养工作成为重中之重,但是目前生活中的汽车保养维修及管理还存在机油使用、养护工作以及汽车保养不规范的问题,但是本文根据存在的问题提出规范使用汽车机油、贯彻落实安检工作等针对性的解决措施。 相似文献