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贵州地方耐冷水稻品种的SSR遗传多样性分析 总被引:8,自引:0,他引:8
用16对SSR引物对11个贵州地方耐冷水稻品种、2个典型的籼稻品种和2个典型的粳稻品种进行遗传多样性分析,在15份材料中共检测到95个等位基因,每一位点的等位基因变幅为4~12个,平均5.9个,其中有效等位基因70个,有效等位基因的百分数为75.8%,多态位点百分率为38%,贵州地方耐冷水稻品种间遗传距离为0.06~0.53。应用NJ法对基于16对SSR标记数据的品种进行聚类分析,结果表明:15份不同材料可分为粳稻组和籼稻组,粳稻组各品种间遗传距离为0.06~0.53,平均遗传距离为0.303,其中贵州地方耐冷水稻品种间的遗传距离为0.21~0.46,籼稻组各品种间遗传距离为0.297~0.377,平均遗传距离为0.329。11个贵州地方耐冷水稻品种除筒恢211外,其他都属粳稻组。用相同SSR标记数据和聚类方法分别对苗期、芽期、孕穗期和开花期耐冷的水稻品种进行聚类分析发现:同一时期耐冷品种在各自聚类图中的排列位置与全部材料聚类时有所不同,但其亲缘关系远近没有变化。结果表明SSR适合贵州地方耐冷水稻品种的遗传多样性研究和籼粳分类。 相似文献
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七个不同来源金银花品种遗传多样性分析 总被引:2,自引:1,他引:1
【目的】根据金银花植物学性状,分析不同种质材料间的遗传多样性和亲缘关系,建立基于植物学性状、RAPD分子标记的遗传性状数据库,为金银花种质收集、鉴定、创新、合理利用和杂交育种中的亲本选配提供科学依据。【方法】以7个不同来源的金银花品种的植物学性状为基础,在形态标记聚类分析的基础上,进一步利用RAPD分子标记技术进行遗传多样性分析,比较不同聚类分析的结果。【结果】植物学性状聚类分析结果表明,供试金银花材料之间遗传距离较远,以遗传距离7.5 cM为界,可将7份不同材料分为3个组,其中金花3号、巨花1号、九丰1号、金塔1号和鲁峰巨丰为一组,湘蕾金银花和华南忍冬各为一组,与各品种种属关系划分一致。RAPD聚类分析结果表明,以遗传距离14.0 cM为界,可将7个不同金银花种质分为3大类:第Ⅰ类为湘蕾金银花与华南忍冬,第Ⅱ类为巨花1号与金塔1号,第Ⅲ类为九丰1号、鲁峰巨丰与金花3号。【结论】在DNA分子水平上对金银花种质资源遗传多样性的分析结果与传统形态学分析结果相似,形态标记与分子标记适用于金银花种质资源的遗传多样性分析。 相似文献
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杉木CCoAOMT基因部分cDNA克隆与序列分析 总被引:1,自引:0,他引:1
利用CODEHOP设汁CCoAOMT基因的简并引物,通过RT-PCR的方法,从杉木茎段中克隆到1个长度为614 bp的PCR产物,产物经pMD18-T载体克隆转化至DH5α大肠杆菌中,序列通过同源性比对后显示该片段与其它植物的CCoAOMT基因具有较高的同源性.利用生物信息学方法分析发现,该序列在112~651 bp片段上有一个开放性阅读框,该序列编码的是一个酸性蛋白,亲水性较弱.疏水性较强;信号肽序列为第23位至第45位,二级结构以α-螺旋(40.62%)与不规则盘绕(45.31%)为主,没有发现β转角区域. 相似文献
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四棱豆纤维连接蛋白基因部分序列克隆与分析 总被引:1,自引:0,他引:1
利用已报道的FNDC基因序列的保守区域设计引物,用所设计的引物扩增四棱豆FNDC基因的部分序列,将序列提交GenBank,获1个登录号FJ176925.通过对该序列的同源性比较分析发现,该序列与目前数据库中山豆根YP_001511236序列具有明显的同源性.该序列在112~651 bp片段上包括了1个开放性阅读框,起始密码子为ATG,终止密码子为TGA.将ORF处的氨基酸序列继续进行生物信息学的分析,对其进行的1级结构分析和2级结构分析中,表明该序列是一个酸性蛋白,亲水性较弱,疏水性较强,信号肽序列为第23位~第45位,亚细胞定位最大可能性为定位于细胞外.含有N型糖基化位点,蛋白激酶C磷酸化位点,酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,C-末端锚定微体信号,纤维素结合结构域.主要以α-螺旋,不规则盘绕和延伸链为该蛋白最大量的结构元件,β-折叠散布于整个蛋白质中. 相似文献
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以忍冬属不同来源的4种种质为试材,采用形态分类学的方法,根据株高、叶长、叶宽、叶的形状、花开时间等农艺性状,对不同种质进行了比较分析,同时采用分子生物学的方法,以5对引物对4份种质的DNA条形码序列进行PCR扩增和测序,构建聚类图,并分析物种的亲缘关系。结果表明:忍冬属4种种质在农艺学性状上差异不明显,如采用形态学的方法进行鉴别容易导致误判,然而这4种种质在DNA条形码序列上存在着丰富的遗传多样性,研究认为在对金银花种质进行亲缘关系鉴定时,借助DNA条形码序列特性与农艺学性状相结合能有效区分物种之间的差异,鉴定结果相对可靠。 相似文献
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通过直接利用杂交水稻种子筛选SSR标记,进行种子纯度鉴定。结果表明,采用10粒杂交种子的DNA建立DNA池用于引物的筛选,可以有效地避免采用单粒杂交种子时,因假杂种可能造成的干扰。该方法克服了已有的DNA分子标记在鉴定种子纯度技术中对亲本材料的依赖,实现了即使在经销商不愿或无法提供亲本材料时也可以进行杂交种子纯度鉴定。此外,本方法还缩短了鉴定时间,并节约了鉴定费用。 相似文献