长江和珠江水系1龄草鱼生长性能分析

为评估长江水系和珠江水系草鱼Ctenopharyngodon idella群体的生长性能,在广东佛山对来自长江水系的监利、石首、宁乡草鱼群体和来自珠江水系的清远、佛山、肇庆草鱼群体的繁殖后代进行生长对比试验,从每个群体随机选择300尾样品,注射电子芯片标记后同塘养殖,并分别在4、8、12月龄时测量样品的体质量和体长性状。结果表明:4月龄时,6个群体间体质量和体长差异均不显著(P0.05),8月龄时,群体间体质量和体长差异逐渐增加;12月龄时,佛山群体平均体质量最大(671.59 g),比其他群体平均体质量大1.25%~16.79%,清远群体平均体质量最小(82.92 g),监利群体平均体长最长(31.11cm),比其他群体长4%~16%,清远群体平均体长最短(26.92 cm),显著短于其他群体(P0.05);12月龄时,珠江水系3个群体草鱼肥满度为2.55~3.30,长江水系草鱼肥满度为2.07~2.52,珠江水系草鱼群体的肥满度明显高于长江水系。本研究结果可为快速生长草鱼新品种基础种群的确定提供依据。     

草鱼EST-SSRs标记的筛选及其与生长性状相关分析

利用草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST(expressed sequence tags)数据库开发的18个EST-SSR标记,对草鱼群体进行基因型与生长性状关联分析和群体遗传多样性分析,结果表明:关联分析得到6个微卫星位点(13118、13305、24017、25085、35939和40698)与体重,体长和体高显著或极显著相关(P<0.05或P<0.01)。对其进行多重比较获得有利基因型分别为13118位点的BB、13305位点的AD、24017位点的AC、25085位点的BE、35939位点的BB和40698位点的BB。将6个微卫星位点上的EST序列与GenBank数据库进行BLAST比对,其中24017序列与鲤鱼自然杀伤细胞增强因子(NCEF)同源性水平高达86%,25085序列与草鱼反应元件结合蛋白(CREB)的基因同源性水平达到80%。应用这18个微卫星位点对草鱼养殖群体进行遗传多样性分析,共检测到82个等位基因,平均等位基因4.556个,每个位点检测到的等位基因数为2～9个,群体的平均观测杂合度为0.452 9,平均期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.457 1和0.401 7,表明该群体遗传多样性处于低水平。     

草鱼醛缩酶B基因部分序列的SNP多态性及其与生长性状的关联分析

通过佛山市白金水产良种选育场提供的草鱼EST库的醛缩酶B基因重叠群的2个Contig扩增该基因的序列片段,采用直接测序法,经过序列比对,共筛到C+687G、C+1042A和A117C等3个颠换SNPs位点。C+687G位于醛缩酶B基因外显子6的63 bp处,为同义突变;C+1042A位于外显子8的43 bp处,为错义突变;A117C位于内含子7的117 bp处。采用Snapshot方法对同一群体的296尾草鱼的这3个SNPs位点进行检测和分型,并统计基因型频率。3个SNPs位点中AA的频率分别为42.9%、32.8%、32.8%;AB的频率分别为42.9%、45.9%、45.6%;BB的频率分别为14.2%、21.3%、21.6%。利用一般线性模型分析3个SNPs位点与草鱼体质量、体长等重要生长性状的关系,关联分析结果显示,C+687G位点不同基因型只在体长/尾柄长比值上存在显著差异(P0.05),和体质量等重要生长性状不相关。A117C和C+1042A两个位点都在体质量等4个生长性状上存在显著差异(P0.05)。将3个SNPs位点不同基因型两两位点组成3个组合的双倍型(都去掉了频率小于3%的组合),结果显示,C+687G和A117C以及C+687G和C+1042A的2个组合分别组成的7种双倍型在体质量等5个生长性状上都存在显著差异(P0.05);A117C和C+1042A组成的3种双倍型在体质量、眼间距等2个生长性状上都存在显著差异(P0.05)。研究认为,可以考虑将草鱼醛缩酶B基因作为生长相关的候选基因,用于草鱼的分子辅助育种。     

草鱼的微卫星亲权鉴定

【目的】从亲权排除率、鉴别准确率、鉴别成功率等方面评价微卫星标记鉴别草鱼亲权关系的可行性,为草鱼系谱信息的确定奠定基础。【方法】利用8个微卫星标记检测5个草鱼家系亲本（F0）及其子代（F1）的基因型,以Cervus3．0软件进行亲权鉴定,并统计微卫星位点的等位基因数（Na）、多态信息含量（PIC）、观测杂合度（H0）和期望杂合度（He）等;最后通过模拟分析和试验验证,评估8个微卫星位点最多可鉴定的亲本数及其与鉴定率、置信度之间的关系。【结果】8个微卫星位点中,当两个亲本基因型未知时,单个亲本排除率（E-1P）介于0．342-0．668,平均值为0．520;当一个亲本基因型已知时,另一个亲本的排除率（E-2P）介于0．521-0．802,平均值为0．681;一对亲本组合的亲权排除率（E-PP）介于0．711-0．937,平均值为0．847。以95％置信水平和100％鉴定率为标准,模拟分析及试验验证结果表明,所选择的8个微卫星位点最多可以鉴定598个已知性别的亲本或431个未知性别的亲本。【结论】所选的H118、H137、H165、H148、4703、C2489、H57、H81等8对微卫星标记可在生产及科研试验中用于获取草鱼系谱信息。     

草鱼柠檬酸合酶基因SNP筛选及与生长性状的关联分析

根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库中预测的柠檬酸合酶基因的1个Contig序列,设计引物扩增该基因的部分序列,然后采用PCR产物直接测序法筛选SNP突变点。测序的序列经比对后,共筛选到2个在内含子10上的SNP突变点:A-386G和C-499G。随机选择同批繁殖和同塘混养的144尾草鱼对2个SNP位点用Snapshot方法进行检测和分型,并统计基因型频率。A-386G位点的AA基因型占47.10%,AG基因型占38.41%、GG基因型占14.49%;C-499G位点的CC基因型占31.85%,CG基因型占46.67%,GG基因型占21.48%,均属于中度多态位点。利用一般线性模型(GLM)分析2个SNP位点与草鱼6个生长性状(体质量、体长、体高、头长、尾柄长和尾柄高)的相关性,结果显示,A-386G和C-499G位点的不同基因型在这6个生长性状均值有差异,但均不存在显著差异。将这2个SNP不同基因型两两组合,一共组成7种双倍型(去掉频率小于3%的组合D2和D5),GLM相关分析表明5种双倍型在5个生长性状(体质量、体长、体高、尾柄长和尾柄高)上均存在差异,其中在头长上存在显著差异,D6双倍型(A-386G/AG和C-499G/GG)在6个生长性状上均值均最大,属于生长优势双倍型。本研究显示,筛选到的柠檬酸合酶基因上的2个SNP位点具有用于草鱼生长性状的分子辅助育种的潜力。