菜薹KASP-SNP指纹图谱构建及品种鉴定

利用前人已开发的200个芸薹种KASP-SNP分子标记对89份菜薹品种进行基因分型，共有131个标记分型成功，转化率为65.50%，缺失率为0.06，次要等位基因频率（MAF）为0.21，观测杂合度为0.21，多态性信息含量（PIC）为0.27，并将这些标记用于系统进化树构建及群体结构分析。进一步基于次要等位基因频率大于0.25，多态性信息含量大于0.35，缺失率小于0.03，杂合率小于0.6等参数，筛选出18个核心KASP-SNP分子标记，并构建了89份菜薹品种的SNP指纹图谱，证明了KASP技术在菜薹品种鉴定中的可行性。     

侵染广西甘蔗的1个SCMV分离物CP基因序列分析及地高辛标记探针制备

甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SC- MV)引起的甘蔗花叶病是一种重要的世界性甘蔗病害,在我国各蔗区普遍发生,局部地区为害严重。本文报道侵染华南地区甘蔗的SCMV一个分离物CP基因片段克隆、序列分析、地高辛标记探针制备及其在病毒检测中应用的结果。 1 材料与方法 1．1 样品采集、病毒CP基因片段RT-PCR扩增、扩增产物回收及克隆测序自广西合浦田间采取表现典型花叶症状的甘蔗品种“新台糖22”病叶,华美(洛阳)生物工程公司总RNA抽提试剂盒(I)抽提总RNA。PCR引物 SCMV-F5:5‘-GAAGAXGTYTTCCAYCAAFCXG- GAAC-3‘(-18- 8,Y=C或T,X=T或A,F=     

侵染甘蔗的高粱花叶病毒遗传多样性分析

为探明甘蔗花叶病的病原病毒之一高粱花叶病毒(sorghum mosaic virus, SrMV)在我国华南地区的发生情况,从广东省广州、翁源、博罗及广西南宁等地甘蔗产区采集表现花叶症状的甘蔗叶片样品,采用1对病毒CP基因引物(P1:5′-ACAGCAGAWGCAACRGCACAAGC-3′、P2:5′-CTCWCCGACATTCCCATCCAAGCC-3′,Y=C/T,W=T/A,K=G/T,R=A/G),进行一步法RT-PCR检测,结果表明48%的样品受到SrMV侵染。根据寄主类型和地理来源,选取10份代表性样品,对经P1、P2扩增获得的病毒CP基因片段进行直接测序,所得序列经Blast比对确认均为SrMV CP序列。为揭示SrMV种内的遗传多样性,采用Clustal W方法对本文鉴定的10个SrMV分离物与GenBank中已报道的全部18个SrMV株系或分离物的CP基因序列进行多序列联配,并计算核苷酸同一性,结果显示各个SrMV分离物之间的CP基因核苷酸同一性为76%~100%。基于病毒CP基因核苷酸同一性的遗传多样性分析,SrMV种内分化成2个遗传变异类群,即杂种甘蔗组(HS group)和高贵甘蔗组(NS group),它们的分离物大多分别来自杂种甘蔗(hybrid sugarcane)寄主和高贵甘蔗(noble sugarcane)寄主。分离物之间的平均CP基因核苷酸同一性,在两组组内分别为87%和90%,两组间为80%。说明两组SrMV之间存在较大的遗传差异,寄主隔离是导致该病毒种内分化的主要因素。因此,在甘蔗花叶病的防治和抗病毒育种工作中,除需注意病原的种类和寄主类型外,还应充分考虑病原种内的遗传多样性。     

广东甘蔗黄叶病田间调查及病原病毒的分子检测

 广东省粤北和粤西蔗区多个县市的田间甘蔗上观察到甘蔗黄叶病(Sugarcane yellow leaf disease,SYLD)典型症状,目前该病仅局部分布,但部分田块病株率为5%~80%,发病品种有青皮果蔗、黑皮果蔗、新台糖系列品种、粤糖79/177和粤糖93/159等。采集发病田间显症叶片、无症叶片和在病叶上取食的甘蔗绵蚜(Ceratovacuna lanigera)样品,抽提总RNA,以基于甘蔗黄叶病毒(Sugarcane yellow leaf virus,SCYLV) CP基因序列的特异引物进行一步RT-PCR和巢式PCR扩增,并对扩增产物进行核苷酸序列测定和BLAST比对。结果显示,RT-PCR及巢式PCR产物核苷酸序列与分离自巴西的SCYLV B1株系相应区段同一率为100%;一步RT-PCR可从约70%的显症叶片样品中检测到SCYLV,而病田中的无症叶片样品以及在病叶上取食的单头甘蔗绵蚜样品需经巢式PCR扩增方可检测到SCYLV,阳性率分别为1%~5%和83%。本研究表明,广东省栽培甘蔗已受到SCYLV侵染,甘蔗绵蚜携带SCYLV。     

中熟菜心单株薹重相关农艺性状的灰色关联分析

为给中熟菜心的良种选育提供理论指导,研究采用灰色关联分析法，对10份中熟菜心品种的薹重与相关农艺性状进行分析。结果表明，中熟菜心的薹重与6个主要农艺性状的关联顺序为薹粗＞叶片数＞最大叶长＞最大叶宽＞叶柄长＞薹高，得出薹粗、叶片数和最大叶长是影响中熟菜心薹重的重要因素。因此，在中熟菜心高产品种的选育过程中，应优先考虑薹粗、叶片数、最大叶长等指标。