长江刀鲚选育群体转录组EST-SSR的分布特征分析

本研究利用MISA软件挖掘长江刀鲚(Coilia ectenes)肌肉和肝脏转录组中的微卫星标记，为刀鲚选育群体的种质资源评估和分子标记辅助育种奠定基础。结果显示，从71869条Unigenes中共获得33896条重复单元长度为1~6碱基的微卫星序列；刀鲚转录组中不同类型微卫星的重复基序具有不同的分布特征，其中，单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复为主要的微卫星重复类型，分别占总微卫星数目的34.94%、49.47%和13.34%；不同微卫星重复类型的优势重复基序亦有所不同，其中，A/T为单核苷酸重复基序的优势重复基序占86.25%，AC/GT为二核苷酸重复基序的为优势重复基序占75.25%，AGG/CCT为三核苷酸重复基序的优势重复基序占28.57%；不同微卫星重复基序核苷酸的数量和重复次数亦有所不同，重复次数伴随着重复单元中核苷酸数量的增加而呈现降低的趋势；从100对四核苷酸重复的SSR引物中筛选获得了16对多态性微卫星标记，并以此为基础，对长江刀鲚选育群体(F3)的遗传学特征进行了初步评估，结果显示，长江刀鲚选育群体F3的平均有效等位基因数(Ne)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和Shannon多样性指数I分别为1.7580、0.3414、0.3977和0.6278。以上结果表明，基于刀鲚转录组数据批量开发微卫星是切实可行的，所开发的多态性微卫星标记能够应用于长江刀鲚选育群体的遗传背景评估和进一步的遗传育种研究。     

驯食配合饲料的大口黑鲈3个选育世代的遗传多样性分析

为了检测驯食配合饲料的大口黑鲈(Micropterus salmoides)3个选育世代群体遗传多样性水平变化,利用微卫星标记技术对驯食配合饲料大口黑鲈选育基础群体(Sp0)和第二、三和四代选育群体(Sp2、Sp3和Sp4)共240尾样品进行检测。结果显示,18个微卫星位点共获得44个等位基因。Sp0、Sp2、Sp3和Sp4的平均观测杂合度(H_o)分别为0.4895、0.4802、0.4579和0.4206,平均期望杂合度(H_e)分别为0.4615、0.4454、0.4621和0.3916,平均多态信息含量(PIC)分别为0.3791、0.3659、0.3764和0.3257。4个群体间的配对比较群体间遗传分化指数(F_(st))值在0.01612～0.16162之间、遗传距离(D_a)在0.0249～0.1434之间。遗传变异来源(AMOVA)分析显示,只有8.38%的变异来自于群体间,其余遗传变异均来自于个体间。研究表明,经连续多代选育之后,易驯食配合饲料的快长大口黑鲈选育群体具有中度遗传多样性,具备选育潜力,可继续进行选育。     

长江中游湖泊鳜与大眼鳜的渐渗杂交

在长江中游鄱阳湖和洞庭湖鳜采样中,采集了兼具鳜(Siniperca chuatsi)和大眼鳜(S.kneri)部分形态特征的中间类型(主要特征:口裂后缘伸达眼睛后缘之下,眼睛大小、头后背前部隆起介于鳜与大眼鳜之间)48尾。为了明确中间类型的分类学关系,采用量化传统形态分类指标、筛选种间特异微卫星标记,对中间类型个体进行鉴定分析。结果:(1)量化分析表明,鳜和大眼鳜在头长/眼径、(吻长+眼径)/口裂长上存在显著差异,鳜头长/眼径为5.286～7.157、(吻长+眼径)/口裂长为0.811～0.999,大眼鳜分别为3.306～5.106和1.040～1.166。48尾中间类型中,5尾判定为鳜,其他43尾个体仍不能鉴定。(2)从28对微卫星标记中筛选出5个鳜和大眼鳜的种间鉴别位点(T103、T063、T089、T135、W19517),利用这5个位点对中间类型的个体进行遗传分析和鉴定,中间类型中有16尾为种间杂交后代,其中9尾为杂交F_1与大眼鳜的回交个体。长江中游湖泊中鳜和大眼鳜存在种间渐渗杂交,今后需加强长江鳜鱼野生资源遗传监测和管理。     

贵州地方黄牛品种遗传分化的分子评估

选用联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的23对微卫星引物,采用荧光标记-多重PCR技术检测了4个贵州地方黄牛品种的遗传分化。结果显示,思南牛、关岭牛、威宁牛、黎平牛平均杂合度分别为0.71、0.69、0.69、0.65,23个位点多态信息含量在0.38~0.84之间,高度多态位点21个,中度多态位点2个。检测结果为贵州省本地黄牛品种分类提供了分子水平的科学依据。     

荷斯坦牛亲子鉴定检测方法的建立与应用

为了构建北京奶牛中心荷斯坦种公牛个体及亲子鉴定DNA数据库,本研究从联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的具有高度多态性的微卫星标记中选取11个常染色体微卫星标记(BM1824、BM2113、ETH3、ETH10、ETH225、INRA023、SPS115、TGLA53、TGLA122、TGLA126和TGLA227),采用荧光引物PCR和ABI3730XL遗传分析仪,对229头荷斯坦种公牛个体基因型进行了检测,并探讨其用于牛个体识别和亲子鉴定的可行性。研究结果表明,11个微卫星标记平均杂合度为0.733,平均多态信息含量为0.695,其中TGLA122标记平均多态信息含量最高为0.866,SPS115标记最低为0.506,均属于高多态性标记。11个标记累积个体识别能力为99.99%,累积非父排除率达到99.99%,随机个体一致性概率为1.59×10-17。研究结果表明上述11个微卫星标记进行个体识别和亲子鉴定的效力与可靠性均很高,同时初步建立了北京奶牛中心荷斯坦种公牛DNA数据库。     

五个天祝白牦牛群体近交程度分析

为了研究天祝白牦牛群体的近交程度,以5个天祝白牦牛群体共计598头牦牛为研究对象,借助FAO推荐的17个微卫星座位对群体的近交程度做了评估,结果在JDL、LZH两个群体检测到了一定程度的近交,但差异不显著(P0.05),而在其他群体显著(0.01P0.05)或极显著地(P0.01)表现出杂合子过剩,未检测到近交。     

大泷六线鱼放流群体与野生群体遗传多样性比较

基于线粒体DNA控制区高变区部分序列和4对微卫星标记，对大泷六线鱼放流群体及自然海域群体的遗传多样性与遗传差异进行了比较分析。线粒体DNA控制区序列分析的结果显示，413尾个体共检测到单倍型117种，其中仅Hap_3、Hap_7和Hap_17为共享单倍型，占总单倍型数目的2.5%；放流、野生群体特有单倍型分别为20种和66种，分别占总单倍型数的17.09%和56.41%，放流群体特有单倍型数明显低于野生群体；放流群体和野生群体核苷酸多样性分别为0.005 1~0.006 7和0.005 8~0.007 5，单倍型多样性分别为0.856 7~0.949 9和0.883 1~0.954 9，遗传多样性均较高。微卫星标记分析结果显示，放流、野生群体平均等位基因数(N_a)分别为13~44和13~27，平均多态信息含量为0.885 6和0.874 0，均具较高的遗传多态性；群体遗传结构分析结果表明，放流、野生群体间遗传分化水平较低。研究表明，山东近海大泷六线鱼放流群体与野生群体均具有较丰富的遗传多样性，且遗传结构未存在显著的群体分化。     

核桃品种微卫星标记的筛选与鉴别

【目的】筛选合适的微卫星标记,以便精确、快速、高效、可靠地鉴定核桃品种。【方法】从已报道的核桃微卫星引物遴选出22对引物,对5个川早系列核桃品种和2个四川乡土核桃进行鉴别。【结果】经过筛选和比对重复,有15个位点获得了清晰、准确、一致的等位基因信息。15个位点共获得了64个等位基因,平均等位基因数为4.2个,平均表观杂合度为0.648;平均无偏期望杂合度为0.704,表现出了很高的多态性。少数几个位点(wga001、wga032、wga148、wga004与wga079组合、wga349与zmz39组合,wga349与zmz22组合,wga202与zmz05组合,zmz35与zmz44组合等)就可以有效地对供试核桃品种进行鉴定。【结论】15个筛选出的微卫星位点表现出很好的品种鉴别能力,为川早系列核桃品种的鉴定提供了技术支持,也为建立应用更为广泛的核桃品种微卫星鉴别体系提供了一定的借鉴。     

Genetic Diversity Analysis of Microsatellite DNA Markers in Swamp Buffalo

This study was aimed to investigate the genetic diversity of swamp buffalo breeds in China.The analysis of genetic diversity was performed in 40 buffalo individuals from 8 buffalo breeds（Dechang buffalo,Dehong buffalo,Wenzhou buffalo,Guizhou buffalo,Xilin buffalo,Fuzhong buffalo,Murrah buffalo and Nili-Ravi buffalo）by 30 microsatellite loci and LabChip chip test method.The results showed that 332 alleles at 30 microsatellite loci were found in 8 buffalo breeds,the average values of gene diversity and PIC were 0.7808 and 0.7554,respectively.Cluster analysis indicated that Dechang buffalo and Dehong buffalo firstly clustered together,followed by Fuzhong buffalo,Guizhou buffalo,Wenzhou buffalo and Xilin buffalo.Moreover,Murrah buffalo and Nili-Ravi buffalo clustered together.Our findings revealed that the 30 microsatellite loci could be used as an effective genetic marker for the analysis of genetic diversity among the buffalo breeds,which enriched the current SSR marker resources in buffalo.     

海南中蜂微卫星DNA遗传多样性研究

本研究利用微卫星DNA方法对海南中蜂蜜蜂群体多态性进行研究,评估品种内的遗传变异。结果共检测到55个等位基因,平均每个位点的等位基因数为11,单个位点的等位基因数从8到13不等。所有位点的平均PIC值与平均期望杂合度分别为0.7569(0.0330)与0.8577(0.0267)。表明海南中蜂群体具有较高的多态性,显示出丰富的遗传多样性和较高的选择潜力,可为分析遗传多样性提供充分的信息。