Construction of cDNA Library from Populus euphratica

1 Introduction Populus euphratica is a salt tolerant tree species, which is mainly distributed in the desert regions in northwest China (Wei 1993). Moreover, it is the only large tree species, which can survive and develop into forest in these arid and saline-alkali areas. P. euphratica forest plays a very important role in restraining the expansion of desert, maintaining ecological environment in west China, protecting the biological diversity and raising the local people抯 living standard…     

角毛壳菌降解粗纤维基因的筛选

以角毛壳菌菌丝体为材料,构建cDNA文库并进行了部分表达序列标签(ESTs)的分析。文库的滴度为1.02×106pfu/mL,重组率为95.3%,插入片段平均长度大于1.2kb。在cDNA文库中随机选择克隆从5′端测序得到1219个高质量ESTs,拼接为804条独立基因。其中460条(57.2%)与NCBI中非冗余蛋白质库(NR)已知基因有不同程度同源性的代表已知功能基因,344(42.8%)条独立基因与NR库中基因没有显著同源性的代表未知功能新基因。从已知基因中鉴定出了降解粗纤维的基因:β-1,4-内切葡聚糖酶基因、β-葡萄糖苷酶基因、β-内切木聚糖酶基因、木糖苷酶基因、漆酶基因。     

PCR法克隆紫穗槐4-香豆酸:CoA连接酶全长cDNA

4 香豆酸 :CoA连接酶 (4CL)是木质素生物合成过程中重要的酶 .该文利用简并寡核苷酸PCR法结合cDNA末端快速扩增PCR法直接获得了紫穗槐 4CLAcDNA全长序列 ,避免了复杂的构建、筛选cDNA文库的过程 .先用简并PCR得到了 4CLA1片段 ,又据此片段设计反向嵌套引物 ,用RACE方法获得未知的 5′和 3′端序列 .所获得的全长 4CLAcDNA ,编码 5 40个氨基酸 .氨基酸序列同源性分析表明4CLA是典型的 4CL蛋白 ,含有预计的AMP binding位点、催化反应区和保守的Cys .     

油茶种子cDNA文库的构建

以湘林1号和湘林4号油茶优良无性系近成熟种子为材料,采用裂解法和改良的CTAB法提取总RAN;用磁珠法分离得到纯化的mRNA;在反转录酶和其他酶的作用下合成一链cDNA和二链cDNA;经与质料载体重组和转化大肠杆菌,成功地构建了世界上第一个油茶种子cDNA文库.经检测,文库存容量达106,重组率为88.21%.测序结果表明:克隆片段长度一般都大于600 bp,说明构建的文库质量较高,能够满足ESTs文库构建及从文库中分离筛选重要基因等研究工作的需要,为进一步研究奠定了很好的物质和技术基础.     

羊驼酪氨酸酶基因部分cDNA序列的克隆及序列分析

从3～4龄青年公羊驼背部皮肤中提取总RNA作为模板,采用RT-PCR技术扩增出TYR基因的部分Cdna序列,将其克隆进Pgem-T easy vector中,经限制酶酶切鉴定后进行测序,将测序结果与小鼠、人、猩猩等其它物种的TYR核苷酸序列进行比对,发现本研究获得部分序列为羊驼酪氨酸酶基因第三外显子,该序列比较保守.     

家兔BMP7成熟肽编码区克隆及BMP7、BMP4基因组织表达谱分析

用RT-PCR方法克隆家兔BMP 7基因成熟肽编码区cDNA序列,并对2月龄家兔BMP 7和BMP 4基因的组织表达谱进行半定量分析。结果表明,家兔BMP 7成熟肽编码序列长414 bp,与人、小鼠BMP 7的同源性分别为91.89%、89.32%,三者的同源性为94.98%。在家兔心、肝、脾、肺、肾、脑、脊髓、小肠8种组织中检测到BMP 7和BMP 4基因表达。BMP 7基因在心、脾组织以低丰度表达,在肺、脊髓、十二指肠以中等丰度表达,在肝、肾、脑中以高丰度表达;BMP 4基因在脊髓以低丰度表达,在脑、心、脾、小肠等器官组织中呈中等丰度表达,在肝、肺、肾中以高丰度表达。因此,家兔BMP 7基因成熟肽编码区在进化过程中高度保守。BMP 7和BMP 4具有广泛的组织表达谱和组织表达特异性。     

羊驼细胞色素C氧化酶VIc亚基基因序列的测定与分析

本研究通过克隆分析羊驼细胞色素c氧化酶VIc亚基基因的序列,对羊驼细胞色素c氧化酶的VIc亚基基因的结构和功能进行了初步探索。实验利用免疫印迹技术（Southern blotting）对已有羊驼皮肤cDNA文库进行筛选并测序,结果表明该基因大小为424bp,含一个完整的ORF,位于36～266bp,编码77个氨基酸。对该基因序列分析表明：该基因编码的蛋白质含有疏水性区域、一个跨膜区并具有信号肽。同源性分析表明,核苷酸序列同源性为76％～100％。     

茶树巯基蛋白酶抑制剂基因的cDNA克隆与序列分析

对多种已知植物巯基蛋白酶抑制剂(cystatin)基因的氨基酸序列进行比对分析,根据其高度保守的氨基酸序列设计一对简并引物,并从茶树品种龙井43鲜叶中提取总RNA,用RT-PCR法扩增出一204bp的cDNA特异片段,然后通过3’/5’RACE的方法,分别扩增出3’端和5’端的序列,从而获得茶树巯基蛋白酶抑制剂基因的cDNA全长序列,所得序列全长627bp,编码101个氨基酸,分子量约11.062KDa。该基因在推测的氨基酸序列中含有巯基蛋白酶抑制剂家族中高度保守的、与其活性有关的QXVXG结构,且经Blast分析表明,该基因序列与其他植物巯基蛋白酶抑制剂基因的氨基酸序列同源性为54%~77%。