高效液相色谱串联质谱法检测菠菜中三乙磷酸铝残留量

建立了高效液相色谱串联质谱检测菠菜中三乙磷酸铝残留量的方法,回收率达到103%,相对标准偏差为6%,定量下限0.27 mg/kg,0.2~10 mg/L的相关系数大于0.99。该方法操作简单,重现性和准确度高,缩短了菠菜中三乙磷酸铝检测的时间。     

Pina~m-Pinb~m-Gsp~m串联三基因表达载体的构建及其在普通小麦中的转化

籽粒硬度是小麦品质改良的重要目标性状之一,主要由5D短臂上的Hardness(Ha)位点的两个主效基因,即Puroindoline a(Pina-D1)和Puroindoline b(Pinb-D1)控制,同时受基因Grain Softness Protein-1(Gsp-1)的影响。本研究以一粒小麦(T.monococcum)DV92作为Pinam、Pinbm和Gspm基因的供体,将三基因各自完整的表达盒串联连接到载体pGEM-TEasy上,构建Pinam-Pinbm-Gspm三基因串联的表达载体。利用基因枪介导的转化方法转化普通小麦科农199幼胚,共轰击5608个小麦幼胚愈伤,经Biolaphos(化学除草剂)筛选,获得933株再生植株,经PCR检测,鉴定出11株阳性植株,有关转基因小麦的籽粒硬度还需进一步实验验证;本实验实现了串联三基因在普通小麦中的遗传转化,为利用基因枪介导的遗传转化方法改善小麦籽粒硬度提供了可行性。     

Single-nucleotide polymorphism-based epidemiological analysis of Korean Mycobacterium bovis isolates

BackgroundBovine tuberculosis (TB) is caused by Mycobacterium bovis, a well-known cause of zoonotic tuberculosis in cattle and deer, and has been investigated in many physiological and molecular studies. However, detailed genome-level studies of M. bovis have not been performed in Korea.ObjectivesTo survey whole genome-wide single-nucleotide polymorphism (SNP) variants in Korean M. bovis field isolates and to define M. bovis groups in Korea by comparing SNP typing with spoligotyping and variable number tandem repeat typing.MethodsA total of 46 M. bovis field isolates, isolated from laryngopharyngeal lymph nodes and lungs of Korean cattle, wild boar, and Korean water deer, were used to identify SNPs by performing whole-genome sequencing. SNP sites were confirmed via polymerase chain reaction using 87 primer pairs.ResultsWe identified 34 SNP sites with different frequencies across M. bovis isolates, and performed SNP typing and epidemiological analysis, which divided the 46 field isolates into 16 subtypes.ConclusionsThrough SNP analysis, detailed differences in samples with identical spoligotypes could be detected. SNP analysis is, therefore, a useful epidemiological tracing tool that could enable better management of bovine TB, thus preventing further outbreaks and reducing the impact of this disease.     

基于蛋白质组学分析羊乳、牛乳和人乳的蛋白质功能特性

为进一步了解羊乳、牛乳和人乳3 种乳样蛋白质相关信息,对其基本成分进行测定,并通过蛋白质组学技术对所含蛋白质进行生物信息学分析。结果表明：羊乳和牛乳的蛋白质含量高于人乳,人乳的脂肪和乳糖含量较高;3 种乳中共鉴定出3 370 种蛋白质,乳中蛋白质的生物过程主要集中在细胞和代谢过程,细胞定位主要分布在腔体和细胞器上,分子功能表现为结合功能和催化活性;KEGG通路在3 种乳中富集程度和种类有明显差异,共有的高富集通路为蛋白质在内质网的加工过程;蛋白质相互作用网络中的共有蛋白质（307 种）主要集中在碳代谢、糖     

牛亚科物种转座子与串联重复序列之间的进化关系

【目的】重复序列是真核生物基因组中重要组成部分,对物种进化、基因遗传变异、转录调控等具有重要作用。研究旨在揭示牛亚科物种重复序列特征,研究转座子和串联重复序列间的进化关系,为牛亚科物种重复序列的研究提供理论支撑。【方法】以普通牛、瘤牛、牦牛、水牛、野牛以及大额牛6个牛亚科物种的基因组序列为研究对象,利用TRF和RepeatMasker软件对6个牛亚科物种基因组中的串联重复序列（tandem repeats sequence,TRs）和转座子（transposable elements,TEs）进行鉴定,并通过本地BLAST比对,分析两类重复序列间的相似性,单位点（single-locus TRs, slTRs）和多位点串联重复序列（mutiple-locus TRs, mlTRs）以及转座子内部的串联重复特征。【结果】（1）6个牛亚科物种中,重复序列在普通牛中的比例最高,为49.13%,其次为水牛46.82%、大额牛46.66%、瘤牛42.70%、野牛42.36%、牦牛42.34%;其中转座子在基因组中的比例为40.57%—45.71%,高于串联重复序列的比例（1.50%—3.42%）。（2）串联重复序列中,mlTRs的比例（76%—99%）显著高于slTRs（1%—24%）,表明mlTRs为6个牛亚科物种中串联重复序列的主要组成。（3）TE-derieved的串联重复序列分析表明,TRs中43%—84%的序列来源于转座子,其中多位点串联重复序列可高达94%。（4）TRs-related 转座子及其活性分析表明,与TRs具有相似性的转座子主要来自非长末端重复序列（non-Long Terminal Repeats, non-LTR）,包括SINE（Short Interspersed Nuclear Element, SINE）和长末端重复序列（Long Interspersed Nuclear Element, LINE）,其中SINE/Core-RTE（主要为BOV-A2）的数量（14 423—24 193）和相对丰度（4.06%—6.77%）最高,被认为是牛亚科物种中最年轻且最具活力的转座子。（5）转座子的串联重复特征分析表明,BovB在0—600 bp,L1_BT在1 500—2 700 bp的序列分别发生了大量的串联重复,与consensus序列的一致性分别达93%和87%以上,且两段区域均为非编码区。【结论】重复序列在牛亚科物种中具有相似的分布特征, non-LTR是牛亚科物种TRs-related TEs的重要来源,且SINE/Core-RTE（主要为BOV-A2）为牛亚科物种最年轻且最具活力的转座子;同时串联重复序列又可作为转座子内部结构的组成部分,表明串联重复序列与转座子在基因组的进化过程相互影响、相互作用。     

应用STR基因座及mtDNA D-Loop区遗传标记联合进行中国德昌水牛单亲亲权鉴定

为了研究短串联重复序列(STR)基因座在亲权鉴定中的亲子关系相对概率及mtDNA D-Loop区遗传标记在单亲亲权鉴定中的应用,试验采用PCR技术扩增3头水牛BM2934、BM1862、ETH225、BM1818、INRA035、BM2113、CSRM60、TGLA227共8个STR基因座DNA,STR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳检测并计算单亲亲权指数(PI)和亲子关系相对概率(RCP),同时扩增3头水牛mtDNA D-Loop区基因片段并进行测序分析。结果表明:2头嫌疑后代中c1与母水牛m亲子关系概率为99.960 6%,两者mtDNA D-Loop区基因序列一致率为100%;微卫星基因座与mtDNA D-Loop区遗传标记检测结果一致,嫌疑后代c1为母水牛m的后代。说明STR基因座与mtDNA D-Loop区遗传标记均可用于单亲亲权鉴定,两种方法相结合提高了亲权鉴定的稳定性、准确性、灵敏度,鉴定范围更广,样品要求更低。     

气相色谱串联质谱法测定土壤中除草剂残留含量

以气相色谱串联质谱法（GC-MS/MS）多反应监测（MRM）方式进行定量和定性分析建立了土壤中除草剂莠去津、塞克津、2,4-D丁酯残留含量的联合测定方法。结果表明,本方法有效地降低了样品复杂基质带来的干扰,简化了分析步骤。采用外标法定量测得回收率为73%～104%,标准偏差为5.9%～11.5%,方法的回收率和线性关系结果令人满意,实验证明,该方法快速、准确、灵敏度高,适用于土壤中除草剂莠去津、塞克津、2,4-D丁酯残留含量的联合检测。     

云南核桃丛枝病感病植株内源激素含量变化研究

为探讨云南核桃丛枝病感病植株内源激素含量的变化情况,采用LC-MS/MS法测定云南核桃主产区楚雄、大理、临沧三地的感病和健康植株叶片中的24种内源激素的含量。共检测到11种内源激素,含量变化最大的是细胞分裂素类激素,该类激素在感病植株中的含量相对于健康植株均成倍增加,其中增加最多的是cZ,3个核桃主产区的感病植株cZ含量均为健康植株的3倍左右,且C/A值在感病叶中均高于健康叶;其次是ABA,感病植株ABA含量为健康植株的2倍左右;赤霉素类的GA₇仅仅在感病植株中被检测到。结果表明,核桃感染丛枝病后植株内源激素含量发生明显变化,表现为细胞分裂素增加,从而导致丛枝、叶片卷曲变小、腋芽萌生等丛枝病症状。     

戊唑醇和吡唑醚菌酯在玉米植株和土壤中残留及其消解动态的检测

采用高效液相色谱–串联质谱(LC–MS/MS) 方法,分析戊唑醇和吡唑醚菌酯在玉米植株和土壤中的残留及消解动态。土壤样品采用乙腈提取,植株样品采用乙腈和丙酮提取,过膜后采用LC–MS/MS分析。结果表明：戊唑醇和吡唑醚菌酯在土壤和玉米植株中的定量限分别为0.01、0.02 mg/kg,检出限分别为0.001、0.005 mg/kg。当添加水平为0.01～2.00 mg/kg时,戊唑醇和吡唑醚菌酯在土壤和玉米植株中的平均回收率为83.9%～113.3%,相对标准偏差为 1.0%～8.0%。消解动态试验结果表明：30%戊唑醇?吡唑醚菌酯悬浮剂按1 050 g/hm2(有效成分315 g/hm2)于玉米苗期施药1次,戊唑醇和吡唑醚菌酯在土壤及玉米植株中的消解动态规律均符合一级动力学方程曲线,戊唑醇在玉米植株和土壤中的消解半衰期分别为5.22、14.10 d,吡唑醚菌酯在玉米植株和土壤中的消解半衰期分别为4.78、13.40 d,二者均属易消解型农药。     

Microsatellite Markers for Molecular Breeding

Summary

Microsatellites are tandem repeats of short sequence motifs that occur ubiquitously in eukaryotic genomes. A key feature of this class of repetitive DNA is an extraordinarily high level of variation among taxa, mainly expressed as a variable copy number of tandem repeats. A multitude of techniques were described that exploit microsatellite variability as molecular markers. Basically, these approaches can be classified into four different experimental strategies. (1) Oligonucleotides complementary to microsatellites are used as hybridization probes for multilocus RFLP fingerprinting. (2) Microsatellite-complementary oligonucleotides serve as PCR primers, either alone or in combination with arbitrary primers, to amplify certain regions of genomic DNA. (3) (Non)radioactively labelled microsatellite motifs are hybridized to electrophoretically resolved RAPD fragments, resulting in new and unexpected banding patterns on the autoradiograms. (4) Length variation of individual microsatellite loci is analyzed by PCR with a pair of locus-specific flanking primers. In the present review, we will summarize the principles, advantages and limitations of the different microsatellite-based marker techniques developed so far. Appropriate application areas are discussed for each type of marker, and typical results are exemplified by our own research on chickpea (Cicer arietinum), an important grain legume of the Eastern Mediterranean region and the Indian subcontinent. Locus-specific microsatellite analysis is currently the method of choice for creating almost optimal molecular markers, and is discussed in more detail.