清远麻鸡miR-142-3p分析及其关键靶基因的筛选

为分析清远麻鸡不同组织中miR-142-3p的表达情况,并筛选其在脾脏中的关键靶基因,本研究利用在线数据库预测鸡miR-142-3p靶基因,并对靶基因进行GO和KEGG富集分析以及构建蛋白-蛋白互作网络。利用在线公共数据库,分析脾脏相对于其他组织的miR-142-3p表达量;再根据miRNA表达量与其靶基因表达量负相关机制,对miR-142-3p靶基因与脾脏中相对其他组织显著下调基因取交集,筛选潜在靶基因。结果表明：1）预测获得85个靶基因,GO富集分析显示,靶基因参与多种高分子化合物的合成与转运过程。2）KEGG结果显示富集到MAPK、Notch、Wnt等多条与抗肿瘤免疫相关的信号通路。3）PPI网络共筛选到4个Hub基因。4）miR-142-3p在脾脏中的表达量极显著高于肝脏、肺脏、胸肌、心脏和肾脏（P<0.01）。5）共筛选到TWF1、MYH10、NFIB、FNBP1L和FERMT2 5个靶基因。综上,鸡miR-142-3p在脾脏中很可能通过TWF1、MYH10、NFIB、FNBP1L和FERMT2 发挥生物学功能。本研究为解析鸡miR-142-3p的功能及其分子机制提供了参考和依据。     

鸡繁殖性状近交衰退相关lncRNA的筛选

【目的】 筛选与鸡繁殖性状近交衰退相关的长链非编码RNA （long non-coding RNA，lncRNA），为深入探究lncRNA对鸡繁殖性能近交衰退调控机制提供参考。【方法】 以狼山鸡高、低近交群体为试验素材，通过转录组测序技术分析狼山鸡下丘脑和卵巢中lncRNA表达情况，筛选高、低近交组间差异表达lncRNA，并对其进行顺式调控靶基因预测及功能分析。【结果】 狼山鸡下丘脑和卵巢中共鉴定出4 222个lncRNAs，高、低近交组间比较发现，下丘脑中差异表达lncRNAs 35个，卵巢中差异表达lncRNAs 215个。下丘脑中差异lncRNAs中预测到顺式调控靶基因98个，这些靶基因显著富集于出生或孵化时胚胎发育终止、胚胎心导管发育、视黄酸应答等繁殖相关生物过程（P<0.05），涉及lncRNA MSTRG.9196.4、MSTRG.9195.2、MSTRG.6254.2以及相应靶基因DNAAF2和FKBP1B等胚胎发育相关基因；卵巢中差异lncRNAs预测到顺式调控靶基因414个，这些靶基因富集到卵母细胞减数分裂、MAPK、叶酸合成等信号通路，包括MSTRG.7683.1、MSTRG.13604.4、MSTRG.16570.1、MSTRG.8330.5、MSTRG.8330.4等神经内分泌调节及配子生成相关的lncRNAs。【结论】 本研究在下丘脑和卵巢中筛选到了一系列鸡胚胎发育及配子生成调控相关差异lncRNAs，这些lncRNAs可作为鸡繁殖性能近交衰退候选lncRNAs，为进一步揭示鸡繁殖性能近交衰退调控机制提供线索。     

Shape differences of the Carina sterni in birds of various locomotion types

The anatomy of the sternum in birds varies according to their habitats and type of locomotion. In particular, the carina sterni manifest different shape variations. In this study, the shape of the carina sterni was investigated by means of geometric morphometrics. Birds of different types of locomotion were used in the study: flying, swimming, and terrestrial. Ducks and chickens show a wider variety of shapes. Pigeons are the species with the least differences. The margo cranialis carinae in a turkey is the flattest compared to other species. In chickens, the apex carinae is more caudally than the base of the carina sterni. The margo cranialis of the carina sterni in ducks is concave. The differences in centroid size and shape differences between species collectively are statistically significant (p < 0.0001). The most distinct shape contrast is between the duck and turkey (p: 0.0003). Form differences between the ducks and geese as well as between the chicken and turkey are statistically insignificant. There is less variation in the shape of the carina sterni among avian species representing the same type of locomotion. Although there are many comparative morphological and morphometric studies of birds, shape analysis studies revealing the interspecific differences and similarities of the sternum are very limited. Morphology of the carina sterni can be useful in taxonomic investigations.     

琅琊鸡胚MSX2基因克隆及发育性表达变化

【目的】 克隆鸡Msh同源框2(Msh-homeobox 2，MSX2)基因，并对其进行生物信息学和胚胎期表达模式分析，为进一步研究MSX2基因的结构和功能提供支持。【方法】 对80枚琅琊鸡种蛋进行孵化，分别于孵化期第1、2、3、4、5、6、9、12、15、18天采集样品(1~6胚龄采集整胚，9、12、15、18胚龄分别采集心脏和肝脏)，提取总RNA，利用RT-PCR方法扩增并克隆MSX2基因，对其进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR技术分析MSX2基因在琅琊鸡鸡胚和组织中的表达水平。【结果】 成功克隆了琅琊鸡胚MSX2基因，序列长度为818 bp，开放阅读框为780 bp，编码259个氨基酸。琅琊鸡MSX2氨基酸序列与日本鹌鹑、秃鹰和仓鸮的相似性最高，均为99.23%，与山羊的相似性最低，为74.54%;系统进化树分析结果显示，琅琊鸡与日本鹌鹑聚为一类。生物信息学分析表明，MSX2蛋白分子质量为28 235.18 u，等电点(pI)为9.71，没有信号肽和跨膜域，为不稳定的亲水性蛋白，主要分布在细胞核(60.9%);存在37个磷酸化位点、8个O-糖基化位点和1个N-糖基化位点;二级结构主要由无规则卷曲(63.32%)和α-螺旋(28.19%)组成。实时荧光定量PCR分析表明，MSX2基因在整胚(1~6胚龄)中的表达水平呈现先上升后下降趋势，且在4胚龄时表达水平最高，极显著高于1、2、3胚龄(P<0.01);MSX2基因在12胚龄鸡心脏中的表达水平极显著低于9胚龄(P<0.01);在9~18胚龄鸡肝脏中的表达量呈逐渐下降趋势，且在9胚龄鸡肝脏中表达水平最高(P<0.05)。【结论】 试验成功克隆了琅琊鸡MSX2基因序列，其表达模式在不同胚龄和同一胚龄不同组织间存在差异，为进一步探索琅琊鸡MSX2基因的结构和功能奠定了基础。     

鸡胸腺组织中免疫相关circRNA鉴定

【目的】 筛选鸡胸腺中免疫相关的环状RNA （circular RNA，circRNA），研究circRNA在鸡免疫调节中的作用。【方法】 采用高通量测序平台Illumina PE150对黄羽肉鸡和山地乌骨鸡的胸腺组织进行转录组测序，用生物信息学分析软件find_circ和CIRI识别circRNA分子，鉴别其基本结构特征。通过差异显著性分析筛选差异表达circRNA，再经过GO功能和KEGG通路富集分析筛选出免疫相关circRNA，用IRESfinder和PFAM软件进行circRNA编码潜能预测，并用实时荧光定量PCR进行验证。【结果】 circRNA在鸡胸腺中有丰富的表达，共识别到8 015个circRNAs，其中115个circRNAs在胸腺组织中的表达量呈显著差异（log₂|FoldChange|>1，P<0.05），在黄羽肉鸡中上调表达基因54个，下调表达基因61个（以山地乌骨鸡为对照）。GO功能富集结果显示有104个GO条目与免疫相关，涉及23个差异表达cricRNAs，占比高达20%（23/115）。KEGG通路分析结果显示，差异表达circRNA来源基因集中在细胞因子-细胞因子受体相互作用、RIG-Ⅰ样受体信号通路、Toll样受体信号通路等7个免疫相关通路中，共涉及7个差异表达circRNAs。有5个circRNAs在GO功能和KEGG通路富集分析中重复出现：circ_0002478（IL-1R1）、circ_0003208（MAPK11）、circ_0001674（STX8）、circ_0005105（RIPK2）和circ_0003590（BRAF），推测它们可能在免疫系统调节中扮演着重要角色。实时荧光定量PCR结果显示，5个circRNAs在2个鸡品种胸腺组织中的表达差异与测序结果一致，circ_0002478（IL-1R1）不仅在两品种间差异极显著（P<0.01），而且具有编码多肽潜能，它可能以多种方式参与免疫调节。【结论】 鸡胸腺组织中有丰富的circRNA，在与免疫相关的circRNA中circ_0002478（IL-1R1）可能通过多种方式参与免疫调节，可作为鸡免疫力研究的重点关注靶点。     

儋州鸡体尺性状全基因组关联分析

【目的】 挖掘影响地方鸡体尺性状的有效SNP位点及功能基因, 给儋州鸡育种工作提供有效的数据基础和理论支撑。【方法】 共采集200只儋州鸡血样并提取基因组DNA, 利用10×全基因组重测序技术获得全基因组SNP标记并对试验个体基因型进行分型。使用EMMAX软件基于混合线性模型对70日龄的儋州鸡体尺性状(胫长、胫围、体斜长、胸宽、髋骨宽、胸深、龙骨长)进行全基因组关联分析。【结果】 共发现与胫长性状和胫围性状基因组水平显著相关的SNPs位点有12和8个, 与胫长性状相关SNPs分别定位于1、2、4和8号染色体上; 与胫围性状相关的SNPs定位于2、4、8和13号染色体上。预测与胫长相关的候选基因为KCNA1、TPK1、EZH2、FSTL5和AMY2A基因, 与胫围相关的候选基因为TPK1、FSTL5、AMY2A、TGFBI、LECT2和IL-9。通过KEGG通路分析和GO注释发现, 8个基因参与钾离子跨膜转运、硫胺素新陈代谢、细胞增殖、钙离子结合、骨骼肌卫星细胞维持与骨骼肌再生、细胞受体相互作用、生长因子活性等生物学进程。【结论】 本研究发现了20个与儋州鸡体尺性状关联的SNPs位点, 并筛选到8个目标性状候选基因, 为儋州鸡育种提供候选的分子标记, 为地方鸡标记辅助选择提供新的思路。     

中药提取物对IBDV感染SPF鸡的防治效果

为了确定中药提取物对IBDV感染的防治效果,将150羽SPF雏鸡随机分为对照组、模型组和中药提取物高、中、低剂量组,中药提取物高、中、低剂量组分别在饮水中添加10.0、5.0、2.5 g/L的中药提取物,连续添加7 d,对照组和模型组不添加任何药物.给药后,除对照组外,其余组雏鸡分别通过滴鼻接种IBDV,攻毒后连续观察...     

长顺绿壳蛋鸡SLC8A1基因多态性及其对蛋壳品质的影响

【目的】探究溶质载体家族8成员A1（solute carrier family 8 member A1，SLC8A1）基因多态性对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响，为今后改善蛋壳品质提供参考。【方法】根据GenBank数据库中鸡SLC8A1基因序列（登录号：NC_052534.1），使用Primer Premier 3.0软件设计引物进行PCR扩增，采用直接测序法筛选SLC8A1基因SNP位点，并利用SPSS 22.0软件检测SNP位点不同基因型蛋壳指标的差异。【结果】在SLC8A1基因外显子11上共发现3个新的SNPs：g.16085681 T>C、g.16085766 C>T和g.16085781 T>C，共存在3种单倍型：H1（TCT）、H2（CTC）、H3（TTC），以及6种双倍型：H1H1（TTCCTT）、H1H2（TCTCTC）、H1H3（TTTCTC）、H2H2（CCTTCC）、H2H3（CTTTCC）、H3H3（TTTTCC）。χ²检验结果显示，3个SNPs位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05），均表现为中度多态。关联性分析结果显示，g.16085681 T>C位点TC基因型个体蛋壳强度显著高于TT基因型（P<0.05），g.16085681 T>C位点和单倍型H2（C_16085681T_16085766C_16085781）对SLC8A1基因mRNA二级结构产生明显的影响；g.16085766 C>T位点CC基因型个体蛋形指数显著高于TT基因型（P<0.05）；双倍型H1H1、H1H3个体蛋形指数显著高于H2H3，H2H3个体蛋壳强度和蛋壳厚度均显著高于H1H3，H1H2、H2H2个体蛋重均显著高于H3H3（P<0.05）。【结论】g.16085681 T>C位点可作为影响蛋壳强度的标记位点，g.16085766 C>T位点可作为影响蛋形指数的标记位点，双倍型H2H3可能是蛋壳强度和蛋壳厚度的有利双倍型。     

铁死亡参与镉暴露鸡肝损伤的研究

旨在研究铁死亡在镉致鸡肝组织损伤中的作用。选取30只1日龄海兰白蛋公鸡，预饲7 d后，随机平均分为对照组(C组)和镉暴露试验组(Cd组),C组鸡饲喂基础日粮，Cd组鸡饲喂混有140 mg·kg^-1 CdCl₂的基础日粮。镉暴露后20、40和60 d取样，观察肝组织病理及超微病理学变化，检测肝功能酶活性，肝组织氧化应激水平，肝中炎症因子、铁死亡相关因子及线粒体融合相关因子表达水平；建立肝癌细胞系(LMH)染镉细胞模型，同时设立铁死亡激活剂和铁死亡抑制剂染镉细胞组，镉暴露24 h,检测细胞活性、炎症因子表达、铁死亡相关因子和线粒体融合相关因子表达。结果发现，Cd组鸡血清中肝功能酶活性明显升高；肝细胞排列紊乱、空泡变性甚至坏死，肝组织淤血，浆液-纤维素性渗出，炎性细胞浸润；肝细胞线粒体体积缩小、嵴断裂。肝中炎症因子LOX、NF-κB、TNF-α、IL-6和IL-1β mRNA相对表达上调，TNF-α、IL-6和IL-1β含量显著上升；过氧化物MDA含量明显升高、抗氧化酶GSH-Px与SOD活性显著降低；铁死亡代谢相关因子铁蛋白重链1(FTH1)和转...