六种试剂盒提取血液基因组DNA效果比较

为筛选一种高效、快捷的血液基因组DNA提取试剂盒,采集24份新鲜西藏绵羊血液样本,选用6种市售商业化试剂盒（LifeFeng柱式试剂盒DK601和非柱式试剂盒DK602,康为世纪非柱式试剂盒CW0544和柱式试剂盒CW0546,上海生工非柱式试剂盒SK8224和柱式试剂盒SK8254）,比较所提DNA的浓度、纯度、得率以及对嗜吞噬细胞无形体16S rRNA进行巢式PCR扩增,综合评价不同试剂盒DNA提取效果.结果表明,应用LifeFeng柱式试剂盒DK601提取的DNA浓度和纯度均最高,得率较高,分别达到75.63 ng/μL、1.894（OD260/OD280）、18.91 ng/μL;且嗜吞噬细胞无形体16S rRNA基因的PCR扩增条带清晰度最优.因此,LifeFeng DK601可作为提取绵羊血液基因组DNA及嗜吞噬细胞无形体（Anaplasma phagocytophilum）病原鉴定的首选试剂盒.     

营养素对动物表观遗传的影响及其机制

表观遗传是环境因素和细胞内的遗传物质相互作用的结果.表观遗传学是在DNA碱基序列不变的前提下引起的基因表达或细胞表观型变化的一种遗传现象,具体表现在以下3个既相互独立又相互作用的方面:DNA甲基化、组蛋白修饰和microRNA (miRNA)调控.本文就表观遗传的研究进展及营养素对动物表观遗传的影响及其机制进行综述.     

海巴戟DNA提取方法及SRAP分子标记聚类分析

应用SRAP分子标记技术开展海巴戟(Morinda citrifolia Linn,又名Noni)种质资源遗传多样性研究。结果表明,采用改良DNA提取方法能获得质量好,纯度高的海巴戟DNA。应用12对引物对78份海巴戟种质的SRAP分子标记扩增,共获得11 154条带,其中多态性条带有3 792条,多态性为33.99%,种质间具有很好的多态性。聚类分析结果表明,遗传距离为0.66时,78份海巴戟种质可归为2类,即海南本地种和西沙群岛种聚为一类,其余种质则聚为另一类;以0.86为阈值,78份海巴戟种质材料可聚为6类,从上至下依次是:万维2号种、新加坡种、大溪地种、万维1号种、海南本地种、西沙群岛种。其中,大溪地种和万维1号种的相似度较高,可以推断这2个种质亲缘关系较近,新加坡种与万维2号种的亲缘关系次之。     

基于线粒体控制区部分序列的大青鲨种群遗传结构研究

基于线粒体DNA ( mtDNA)控制区部分序列对采集自太平洋、大西洋、印度洋的5个大青鲨Prion-ace glauca群体165尾成鱼样本进行遗传多样性与遗传结构分析。结果表明：165尾大青鲨的mtDNA控制区片段长为694 bp,共得到110个变异位点,定义了145个单倍型,碱基组成中A为33.46%, T为36.40%, C为18.61%, G为11.53%, G+C含量为30.14%;单倍型多样性指数( Hd )在各个采样点都较高,平均值为0.9973±0.0014,核苷酸多样性指数(π)为0.01510±0.00091,这表明大青鲨群体的遗传多样性水平很高,遗传资源丰富;分子方差分析表明,99.28%的遗传变异出现在种群内,0.72%的遗传变异来自于种群间;采用邻接法构建的系统发育树表明,5个群体间未形成显著的遗传结构,群体间的高基因交流值( Nm )和低遗传分化指数( Fst )揭示了三大洋的大青鲨群体间基因交流频繁,不存在显著的遗传分化。     

泥鳅MSAP技术反应体系的建立及优化

为获得不同倍性泥鳅基因组DNA甲基化水平及模式,以泥鳅Misgurnus anguillicaudatus为研究对象,利用正交试验建立了甲基化敏感扩增多态性( MSAP)方法的反应体系,并利用该方法对二倍体泥鳅鳍基因组DNA进行了MSAP分析。结果表明：最佳双酶切反应体系为800 ng的泥鳅基因组DNA,用EcoR I、 Hpa II和Msp I各10 U,在37℃下反应8 h后即可酶切;最佳预扩增反应体系为模板4μL、预扩增引物0·8μL、0·2 mmol/L dNTPs、1·5 mmol/L Mg2+和 Taq 1 U;最佳选择性扩增反应体系为预扩增产物稀释20倍的模板2μL、引物1·5μL、0·375 mmol/L dNTPs、1·5 mmol/L Mg2+和 Taq 1 U;二倍体泥鳅全甲基化率分别为24·1%、20·8%、22·3%,半甲基化率分别41·4%、20·8%、33·3%,总甲基化率分别为65·5%、41·6%、55·6%。研究表明,该反应体系稳定、可靠、重复性好,为MSAP技术在多倍体泥鳅相关研究中的应用奠定了基础。     

基于ISSR分子标记技术的山核桃幼胚DNA甲基化初步研究

用简单序列重复区间扩增(inter-simple sequence repeat,ISSR)DNA分子标记技术对山核桃Carya cathayensis不同发育阶段幼胚(第9周至13周)的DNA进行甲基化状态检测。结果表明:17个引物在各个发育时期山核桃幼胚样品中共扩增检测到的128个甲基化位点。甲基化比例随着幼胚的发育逐渐升高,5个时期幼胚甲基化比例依次为23.44%,25.78%,28.90%,40.62%和42.19%。进一步研究表明:5个时期均存在全甲基化位点和半甲基化位点,其中,全甲基化位点所占比例分别为7.81%,8.59%,16.40%,24.22%和25.00%;半甲基化位点所占分别为15.62%,17.19%,12.50%,16.41%,17.19%。因此,山核桃幼胚5个发育时期在基因组DNA甲基化水平上存在着较大差异(P<0.01)。     

Analysis of the Genetic Diversity and Origin of Some Chinese Domestic Duck Breeds

Twelve fluorescence-labeled microsatellite markers were used to analyze the genetic diversity of 12 domestic duck breeds and 2 wild duck breeds to determine the relationship and origin of Chinese domestic duck breeds. Gene frequency, effective number of alleles （Ne）, expected heterozygosity （He）, polymorphism information contents （PIC）, inbreeding coefficient in population （Fis）, standard genetic distance （Ds）, and genetic distance （DA） were calculated by FSTAT and distance and phylogenetic analysis after the dates which were output from the Microsatellite-Toolkit software. Genetic distances between 12 domestic duck breeds and 2 wild duck breeds were analyzed by variance analysis. Unweighted pair group method with arithmetic mean （UPGMA） and phylogenetic trees used for cluster analysis were structured. The results indicated that 11 loci had medium- or high-level genetic diversity among the 12 loci, which could be efficiently used in the detection of the genetic parameters of each population. The values of He were 0.5414 to 0.7343, those of PIC proved similar, and those of Fis were 0.1101 to 0.3381 among all populations. All breeds were clustered into three groups by UPGMA phylogenetic trees. Banzui duck was clustered into a separate group. Differences of the DA were analysed by t-test. The results showed that difference in DA between the 12 domestic duck breeds and Lvtou duck and the Banzui duck were very significant （P〈0.01）, indicating that these 12 domestic duck breeds originated from Lvtou wild duck, but not Banzui duck.     

用生物素标记寡核苷酸DNA探针快速检测鱼传染性胰脏坏死病病毒IPNV

研究了用生物素标记的寡核苷酸ＤＮＡ探针快速检测鱼传染性胰脏坏死病病毒ＩＰＮＶ，取得了较好的结果。对探针的灵敏度，特异性进行了灵敏度、特异性进行了测定，并与其它快速检测技术作了比较。