家蚕副肌球蛋白／小副肌球蛋白基因的克隆及进化分析

1材料与方法 1．1材料家蚕为该实验室保存的“大造”品系,25℃桑叶育,羽化后2h内收集家蚕蛾于-70℃保存备用。 1．2家蚕副肌球蛋白（PM）和小副肌球蛋白（mPM）cDNA的克隆     

杂种优势的进化意义探析——以适合度对随机交配群体遗传多样性的贡献为依据

学术界是从生产的角度出发理解杂种优势的,认为杂种优势就是指杂种F．代个体性状表现优于纯合基因型的情形。这实际上只是看到了杂种优势的现象,进一步分析会发现,杂种优势性状的共同点是有利于自然选择,即提高杂合子的适合度,这才是其本质。也即杂合子在穗长、穗粗、健壮等方面的优势只是适合度在性状上的表现,适合度才是基因型在自然选择中显示其生存优势的指标。该研究模型基于这一界定,使其可用数学表述,并以之为逻辑起点,     

牛亚科6个群体LYZ基因序列分析及系统进化研究

对牛亚科6个群体溶菌酶(LYZ)基因的编码区核苷酸序列进行PCR扩增和测序,结合GenBank上海福特牛该基因编码区核苷酸序列进行比对分析,并采用邻接法构建分子系统进化树.结果表明:在榆测的样本中(水牛除外),有5个核苷酸多态位点,定义了9种单倍型;群内核苷酸多样性(P1)在0.000 00～0.001 96之间.说明群体内遗传多样件程度较低.构建的分子系统发育树表明,瘤牛、蒙古牛、鲁西黄牛间关系密切,瘤牛和普通牛与牦牛关系相对较近,而与大额牛关系相对较远.     

灰斑古毒蛾核型多角体病毒EcoRⅠ-U片段的克隆与序列分析

【目的】分析灰斑古毒蛾核型多角体病毒(Orgyia ericaenucleopolyhedrovirus,OrerNPV)EcoRⅠ-U片段分子生物学特征,为研究其分子特性及其在OrerNPV感染周期中的功能提供科学依据。【方法】克隆、分析Or-erNPVEcoRⅠ-U片段所包含的若干基因,并应用生物软件对OrerNPV泛素基因(Ubi基因)进行了进化分析。【结果】OrerNPVEcoRⅠ-U片段包含Ubi基因、AcORF34同源基因和39K基因部分序列,在该区域中编码Ubi基因的开放阅读框(ORF)由246个核苷酸组成,可以编码81个氨基酸,预计蛋白质分子质量为8.9 ku。OrerNPVUbi基因与苜蓿丫纹夜蛾核型多角体病毒(AcMNPV)、家蚕核型多角体病毒(BmNPV)、薄荷灰夜蛾核型多角体病毒(RaouM-NPV)的同源性最高,均达92%,与小菜蛾颗粒体病毒(Plutella xylostellagranulovirus,PxGV)的同源性最低,为62%。OrerNPV与AcMNPV、BmNPV和RaouMNPV的亲源关系最近。EcoRⅠ-U片段+M13端含有编码39K基因(pp31)的部分序列,该多肽与10种NPV的39K序列有48%~52%的同源性。【结论】明确了OrerNPVEcoRⅠ-U片段的序列特征及OrerNPV Ubi在泛素蛋白家族中的进化关系。     

利用微卫星标记分析双峰驼进化和遗传多样性

实验首次利用双峰驼基因组DNA16个微卫星位点,对中国6个地区、蒙古国7个地区254峰双峰驼基因组DNA样品(含5峰野骆驼)进行了检测和分析.结果显示,家养双峰驼群体平均杂合度较高,平均观测杂合度、期望杂合度和内氏杂合度分别是0.610、0.6211和0.5919.微卫星位点含有较高的有效等位基因数、多态信息含量(3.5509和0.5415),可有效用于双峰驼遗传结构和进化分析.遗传距离计算结果及聚类分析显示,中国和蒙古国家养双峰驼群体间遗传分歧并不显著,但野双峰驼和家养双峰驼则表现明显分歧,暗示现存野双峰不是家养双峰驼直接祖先,更不是从家养双峰驼跑到野外的分支.     

DNA分子进化研究进展

分子进化和重组技术在蛋白质体外进化工程中占据着越来越重要的地位,它可以对单一基因、质粒、代谢途径、部分甚至整个基因组进行改造,从而在较短时间内获得漫长自然进化过程无法得到的具有特定性质的基因、蛋白质甚至物种。文章通过综合概括各种DNA分子进化技术的原理、特点,并介绍这些技术的应用研究进展以及最新研究方向,促进其在提高酶活性、蛋白质产量和改善蛋白质（酶）的性能等方面广泛应用。     

鲈形目线粒体DNA蛋白编码基因的适用性分析

[目的]对线粒体DNA 13种蛋白质编码基因的系统进化分析能力进行了评估。[方法]单个基因和基因拼接序列比较,综合考虑序列的信息量和邻位连接法构建系统进化树的置信度。[结果]按分类阶元不同将基因都分成不同的4等。在鲈形目的科间阶元,最好的为ND6和cox2 好的序列为ND5和ND4 ND4L、ND3和ATP8差 包括Cyt b、cox1在内的其余6种基因为中等 在属内种间阶元,最好的为ATP6和cox2 好的序列为ND2和cox1 ND6、ND3和ATP8差 包括Cyt b在内的其余6种基因为中等。另外,分析揭示序列长度的增加可以提高系统进化树的置信度,且属内物种间比较时序列长度的影响小于高级阶元。[结论]线粒体DNA蛋白质编码基因的信息分布具不均一性,需分类阶元选择最佳基因和组合。     

牛生长激素基因外显子5序列变异及其分子进化特征

通过双向直接测序法测定中国5个牛种生长激素(GH)基因外显子5序列,并且在分析序列变异的基础上探讨GH基因外显子5序列的分子进化特征.序列分析表明,5个牛种GH基因外显子5的遗传变异水平较低,平均核苷酸变异率约为3.48%,而且绝大多数位点的核苷酸替换是同义突变,仅发现1个错义突变位点;从GH基因外显子5序列单倍型构建的分子进化树来看,水牛与普通牛、瘤牛、牦牛及大额牛的分化相对比较明显,其他4个牛种之间并无明显分化,还享有共同的祖先序列.研究结果也说明牛GH基因外显子5在进化过程中由于功能的约束表现相当保守,进化速率缓慢.     

四株H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因的克隆与分子特征分析

对分离自北方地区发病鸡群中的四株H9N2亚型禽流感病毒(AIV)进行了血凝素(HA)基因的全长扩增和序列测定.将其核苷酸序列及推定的氨基酸序列与GenBank中已有的参考序列进行比较并绘制了系统进化树.结果表明基于HA基因多个不同的核苷酸区段所做的系统发育分析结果基本一致.尽管分离时间不同,但这四株AIV的HA基因同源性很高,均属于A/DK/HK/Y280/97-like病毒.四株病毒在HA裂解位点、受体结合位点以及推测的糖基化位点的氨基酸序列均与上述亚系相似,但是其中的两株病毒由于一个核苷酸的变异,缺失了HA上298～300位的一个潜在的糖基化位点.     

稻瘟病菌Rab族蛋白的结构及演化分析

运用生物信息学方法,进行稻瘟病菌基因组中假定的Rab蛋白结构分析、建立系统进化树、预测Rab蛋白可能的组织和时空表达特点.结果表明,稻瘟病菌基因组共有11个假定的Rab蛋白成员.这些蛋白均含Ras超家族典型的结构域,但具有可以区别于Cde42等Rho家族小GTP酶的特征,部分Rab成员表现出组织与时空表达的特异性;进一步系统进化分析表明,23种真菌Rab蛋白在进化树上聚成8个分枝,并显示出Rab蛋白的分化可能早于真菌种类的分化.