茶树CsRAV2转录因子基因的克隆与表达特性分析

RAV转录因子是AP2/ERF家族的成员之一,在植物生长发育和逆境调控中起着重要作用。本研究以安吉白茶和迎霜这两个茶树（Camellia sinensis）品种为试验材料,通过PCR和RT-PCR方法分别从两种茶树的DNA和cDNA中克隆得到CsRAV2基因。分析显示,来源于两种茶树中的CsRAV2基因全长均为1 089 bp,没有内含子,分别编码362个氨基酸,含有相对保守的AP2结合域和B3结构域,具有典型的植物RAV类转录因子特征。从氨基酸组成成分、理化性质、亲水性/疏水性、三级结构上分析显示,茶树中CsRAV2转录因子是亲水性蛋白。茶树中CsRAV2转录因子与拟南芥AtRAV具有相似的三级结构。实时定量PCR分析表明,茶树中CsRAV2基因在茶树根中表达量最高,高温、低温、NaCl处理均能诱导该基因表达,不同品种间存在差异。     

苹果全基因组SBP-box基因家族分析及代表成员的分子克隆

从金冠苹果基因组中鉴定出33个SBP-box家族基因,其中20个为miR156的靶基因。通过进化分析,对该家族成员进行了系统分类和功能预测。大部分预测的基因在富士苹果基因组中存在并表达,并且发现可变剪切在该家族基因中高频出现。在富士苹果中克隆了4个代表性成员基因,即MdSPL2、 MdSPL11、MdSPL13和MdSPL33;与金冠相比,MdSPL33是一个缺失第2和3外显子的剪切本,并具有2个单碱基变异;MdSPL11和MdSPL13分别存在4个和2个单碱基变异,造成3个和1个氨基酸改变。     

毛竹全长LTR逆转座子的鉴定和进化分析

转座子和逆转座子的大量插入,是高等植物基因组进化的重要动力。作为植物基因组研究热点的禾本科植物之一,毛竹基因组大小约为2 Gb,60%为重复序列,长末端重复序列型逆转座子(LTR逆转座子)则占全部重复序列的一半以上,然而目前对毛竹基因组中LTR逆转座子及进化情况知之甚少。本研究利用已发表的毛竹基因组序列,首次通过大数据筛查预测获得9436个平均长度10.3 kb的全长LTR逆转座子。通过分析,我们估算出毛竹LTR逆转座子插入基因组的时间主要分布于200~500万年前,晚于毛竹基因组四倍化的时间。研究还发现了29个位于全长LTR逆转座子内部、有转录组序列支持的蛋白编码基因,这些毛竹基因均不符合所在基因组区段的毛竹-水稻基因共线性关系,且位于LTR逆转座子内部的基因与存在于染色体其他位置的同源基因在表达模式上有着较大差异。本研究首次尝试从LTR逆转座子的角度探索毛竹基因的进化历程,也为今后的植物基因组研究提供了重要的基础数据。     

中国科学院在蛾子视觉研究中获新进展

<正>中国科学院成都生物研究所系统进化与保育学科组吕彬博士和中国农科院北京植保所昆虫生物学重点实验室紧密合作,近期在研究夜行性蛾子的视觉上取得新进展,研究表明,光线强弱能在很大程度上影响其视觉基因的表达模     

10株绿僵菌菌株分类地位的多基因系统进化分析

为确定10株高效杀虫绿僵菌菌株的分类地位, 通过克隆、测序10株绿僵菌菌株的ef1-α、rpb1、rpb2、 β-tubulin部分序列进行多基因系统进化分析, 并结合形态特征确定10株绿僵菌菌株的分类地位。结果表明多基因分子鉴定在绿僵菌菌种的划分上较单基因更为准确, 结合多基因系统进化分析结果和形态学特征, 将CQMa114、CQMa117、CQMa125、CQMa126、CQMa128归为大孢绿僵菌, CQMa102归为蝗绿僵菌, CQMa132、CQMa135归为贵州绿僵菌, 菌株CQMa138、CQMa140与其他绿僵菌亲缘关系较远, 有可能为绿僵菌属的新种或新的分类单位。     

水稻条纹病毒楚雄分离物一个重组RNA序列分析

测序鉴定水稻条纹病毒（Rice stripe virus, RSV）云南楚雄分离物（YCX07）的重组片段YCX07R。该片段由RSV RNA2的3'端序列与RNA3的3'端序列重组而成,具有RSV基因组结构特征,采取双义编码策略,即在正、负链的5'端分别存在一个阅读框,编码两个重组蛋白YCX07R-5P、YCX07R-3P。推测重组系由RNA流产性复制引起或重组的两个片段通过重组点直接联结形成。     

伪装的世界

在生命危机四伏、生存竞争异常的动物世界里,为了更好地保护自身,躲避捕食者的追捕,或者更有效地麻痹猎物,提高捕猎效率,动物们进化出了各种各样的招式,其中最具有代表性的伪装术之一就是拟态。     

陕西省31株木本植物炭疽菌的rDNA-ITS区序列分析

炭疽菌属(Colletotrichum)是一类重要的植物病原真菌,广泛分布于热带、亚热带和温带地区,可引起许多植物病害,尤其对用材林、特种经济林、苗木和果树危害较大.我国是炭疽病的重发区,每年该类病害都会造成严重的损失.     

犬免疫球蛋白IgM重链恒定区基因序列研究

为了探讨犬免疫球蛋白IgM所包含的生物学信息及其与其他物种的亲缘和进化关系,对犬IgM重链恒定区进行了研究。采用3′RACE及RT-PCR方法,获得了犬IgM重链恒定区全长基因(包括分泌型和跨膜型),犬具有哺乳动物IgM的典型特征,其恒定区包括CH1~CH4 4个区,其中CH3与CH4区序列相对保守,分泌尾的同源性更高,靠近分子的羧基端同源性有增加的趋势。种系发生树分析发现,犬与大熊猫及猫等食肉目动物位于一个进化树分支上。DNAMAN软件分析显示,犬与大熊猫和猫的核酸序列同源性分别为87.88%和81.58%。     

大额牛瘤胃细菌16S rRNA基因序列分析

【目的】研究大额牛(Bos frontalis）瘤胃细菌16S rRNA基因序列,为揭示大额牛瘤胃细菌组成的多样性以及开发这一珍稀生物资源提供分子生物学依据。【方法】采用细菌通用引物F27和R1492对目标基因进行PCR扩增,克隆、测序后利用Neighbor-joining方法构建系统进化树。【结果】共获得147个16S rRNA基因序列,在GenBank登录号为DQ673466～DQ673612。按照97%的相似性标准,这些序列被分为86个操作分类单元。有16个序列与已培养菌的序列相似性≥97%,占总序列的10.9%;另有22个序列与已培养菌的序列相似性为90%～97%,占总序列的15%;剩余109个序列为未培养、鉴定菌,所占比例高达74.1%。系统进化分析显示,大额牛瘤胃细菌主要分布于低G+C含量细菌门（57.1%）和噬纤维菌/屈扰杆菌/拟杆菌门（42.2%）,仅有一个序列位于螺旋体门。【结论】本试验获得了大额牛瘤胃细菌16S rRNA基因序列,为进一步研究大额牛瘤胃微生态系统组成及其与饲料消化之间的关系奠定了基础。