不同温度下TMV侵染枯斑三生烟的LncRNA差异表达

【目的】 筛选不同温度下烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus,TMV）侵染后枯斑三生烟（Nicotiana tabacum var. Samsun NN）差异表达的长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）,研究lncRNA在枯斑三生烟抗性反应中的作用。【方法】 N基因的温度敏感性使枯斑三生烟在25℃时具备对TMV的抗性、在31℃抗性丧失,在这两个温度条件下对枯斑三生烟接种TMV和磷酸盐缓冲盐水（phosphate buffered saline,PBS）,48 h后提取系统叶总RNA,构建链特异性文库后进行深度测序。对测序结果进行过滤后利用HTSeq将有效数据与近缘品种TN90（N. tabacum var. TN90）基因组比对,筛选得到lncRNA后利用FPKM法估计lncRNA的表达水平。通过edgeR筛选差异表达lncRNA（differentially expressed lncRNA,DElncRNA）,并利用qRT-PCR技术对这一结果进行验证。通过共定位及共表达分析预测DElncRNA的靶基因,通过参考基因组注释、GO和KEGG富集分析研究靶基因的功能。【结果】 4个处理共12个样本经lncRNA-seq各测得约8 000万条clean reads,共获得4 737条已知lncRNA、40 169条新lncRNA。其中64个lncRNA在不同温度条件下TMV侵染后存在差异表达,qRT-PCR测定结果显示这些lncRNA的测序正确率在80%左右,表明本研究所得测序数据具备较高的可信度。对DElncRNA进行靶基因预测,发现一些基因同时被25℃下调和31℃上调的DElncRNA靶向。靶基因注释功能丰富,主要参与植物抗病、激素和代谢等生理过程。部分可能与激素通路相关的lncRNA,在25℃下TMV侵染时呈现下调趋势,而在31℃下TMV侵染则呈现上调趋势。GO富集分析显示靶基因主要参与构成膜、囊泡等组分,具备钙、钾离子通道抑制剂活性等分子功能,使相应离子得以转运引发随后的反应,同时也参与发病、抗原加工和呈现、细胞分裂素代谢等生理过程。KEGG分析发现靶基因显著富集在植物激素信号转导通路,25℃下调和31℃上调的DElncRNA靶基因同时富集在激素信号传导、ABC运输蛋白、苯丙烷类生物合成等通路。【结论】 不同温度（25℃和31℃）条件下TMV侵染枯斑三生烟后,长链非编码RNA差异表达,DElncRNA通过作用于激素信号传导、物质转运等过程参与寄主系统获得性抗性反应。研究结果可为揭示植物系统获得性抗性中lncRNA的调控功能以及新型抗病毒技术开发提供依据。     

组学技术在山羊乳研究中的应用

山羊乳是一种含有丰富营养成分的生物学流体,也是全球乳源的重要组成部分。山羊乳生物分子结构和功能一直是研究的热点,组学技术可以对这些生物分子成分进行全面分析。对蛋白质组学、脂质组学和代谢组学在山羊乳研究中的应用进行了综述。     

猪ECH1基因部分序列的遗传变异分析

为了进一步研究烯脂酰辅酶A水解酶1(enoyl CoA hydratase,ECH1)基因的生物学功能,研究采用克隆测序结合PCR-RFLP的方法分析了民猪ECH1基因的部分DNA序列,并对其中的1个点突变进行了3个猪种内的基因型频率和基因频率计算。结果表明:研究所检测的ECH1基因序列与网上已有序列相比存在8个单核苷酸多态性(SNPs)位点,其中有2个造成酶切位点的改变;民猪和大白猪在PCR-RFLP-BamHⅠ位点的A、B基因频率均接近0.5,而长白猪B为优势等位基因。     

设施条件影响蚕豆冻害及鲜荚产量

为探讨不同栽培条件对设施蚕豆冻害以及产量的影响,以鲜食蚕豆品种通鲜2号为材料,进行了不同架膜时间、播期和种植密度3因素随机区组试验。结果表明,随着架膜时间的推迟,轻度冻害以及无头苗的数量相应增加,即冻害逐渐加重,但产量增加;随着播期的推迟,单株分枝数、     

川西坳陷雷四上亚段晶粒白云岩成岩作用和孔隙演化

晶粒白云岩是川西坳陷雷口坡组四段上亚段最好的储集岩,其厚度大、分布广且孔隙度、渗透率高。区内晶粒白云岩成岩作用类型多样,主要有白云石化作用、压实作用、溶蚀作用、压溶作用、破裂及充填作用、胶结(充填)作用等。其中,胶结(充填)作用、特别是压实作用是导致区内晶粒白云岩储层孔隙度降低、物性变差的主要因素,而白云石化作用、溶蚀作用,特别是浅埋藏白云石化和古表生大气淡水溶蚀作用是产生次生孔隙,使储层物性变好的主要因素。有效孔隙均为次生型的,主要有晶间溶孔、不规则溶孔、晶间孔、溶缝等。     

东北大豆种质群体在克山的表现及其潜在的育种意义

东北是我国大豆的主要生态区,克山是东北北部重要产区。本研究于2012-2014年,以搜集到的东北地区各单位现存的361份大豆地方品种和育成品种作为东北现存的本地种质,观察该群体在克山地区的表现,研究其在克山的潜在育种意义。获得以下主要结果:(1)东北大豆种质群体平均表现为全生育期133 d(103.8~157.0 d)、蛋白质含量39.69%(35.6%~44.38%)、油脂含量20.58%(17.47%~22.84%)、蛋脂总量60.27%(54.00%~63.97%)、百粒重17.61 g(6.13~28.17 g)、株高约96 cm(54.92~146.8 cm)、主茎19节(11.23~25.83)、分枝2.75个(0.22~7.63)、倒伏2级左右(1.00~4.00);(2)当地适合熟期组为MG 0和MG I,各性状的平均值与群体平均相近,其它熟期组在当地的表现与之不同。MG 000和MG 00的生育天数集中在110~120 d,比当地无霜期早约10~20 d,不能充分利用当地的自然条件;而品质性状表现则略优于MG 0和MG I,特别是油脂含量和蛋脂总量分别高约1%、1.5%;株高、节数均低于MG 0和MG I,分别低约10~40 cm、2~8节。MG II的生育天数在当地高达150 d,不能稳定正常成熟,不适合当地种植;品质性状表现低于当地品种水平,特别是蛋白质、蛋脂总量均低约2%,油脂低约0.5%;而株高、节数高于当地品种,分别高约10 cm、2节,倒伏程度则高达3级。MG III在克山不能正常成熟,导致其它性状表达不正常,生长量和倒伏度增加;(3)根据各农艺品质性状在克山表现的遗传进度估计,虽然油脂和蛋白质含量相对小些,但均有一定的改良潜力。克山地区利用东北大豆资源育成了许多适于东北北部的优异品种,体现了东北种质的重要作用。根据当地品种的表现,从供试的东北资源中提出了各农艺、品质性状改良可用的亲本品种名单,供育种工作者参考。     

四川盆地北部须家河组裂缝发育特征与控制因素——以广元和旺苍地区地表露头为例

对四川盆地北部广元和旺苍地区典型露头区须家河组(T3x)裂缝进行了系统观察和测量,该地区普遍发育构造剪切缝,包括高角度剪切缝、斜交缝和低角度剪切缝共3种类型。裂缝多与层面呈高角度相交,工农镇地区裂缝优势走向为近EW向、NW向和近SN向,离妻岩地区裂缝优势走向为近EW向。控制广元和旺苍地区T3x露头区裂缝发育程度主要因素有岩性、层厚及岩性组合。细砂岩和粉砂岩中裂缝密度最高,粗砂岩和砾岩中裂缝密度较低;裂缝密度与力学层厚度之间呈幂函数关系,随着岩层层厚增加,裂缝密度逐渐降低,厚层中裂缝发育程度较差;不同岩性组合中,砂泥岩互层、泥岩层中的薄-中层砾岩段裂缝较发育。     

拟南芥响应3-羰基己酰基高丝氨酸内酯的膜蛋白质组分析

为了探索植物响应细菌信号N-酰基高丝氨酸内酯(AHLs)的分子机制。本文利用二维差异凝胶电泳技术分析了3-羰基己酰基高丝氨酸内酯(3OC6-HSL)处理引起拟南芥膜蛋白质组的变化情况,结果表明3OC6-HSL共诱导53个蛋白点发生显著变化,涉及天然免疫、逆境胁迫响应、碳代谢、能量代谢、光合作用等多种生物学功能,暗示了3OC6-HSL在调控植物生长发育和抗逆性方面发挥着重要作用,可为阐明植物-细菌跨界通讯的分子机制提供更多的功能蛋白质信息。