鲤疱疹病毒2型微滴式数字PCR检测方法的建立及比较分析

本研究建立了定量检测鲤疱疹病毒2型(Cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2)的微滴式数字PCR(Droplet digital PCR,ddPCR)检测方法,并与实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qPCR)检测方法的灵敏性、重复性、特异性和临床样品检测做了比较分析.结果表明,与qPCR相比,ddPCR具有相同的特异性,其灵敏性比qPCR低20倍.在定量CyHV-2 DNA时,ddPCR (R2=0.994)和qPCR (R2=0.994)均表现出良好的线性关系,且2种检测方法间的定量值呈正相关(R2=0.989).在定量检测相同稀释度的CyHV-2 DNA时,qPCR的定量值始终比ddPCR高10倍.ddPCR的组内和组间重复变异系数(CV)分别为0.59％-11.26％和6.55％-23.21％,而qPCR为16.57％-27.56％和22.31％-56.73％,说明ddPCR具有更好的稳定性.在临床样品定量检测时,ddPCR的检出率稍高于qPCR.本研究建立的ddPCR能够准确定量检测CyHV-2,将为CyHV-2相关研究提供有益参考.     

泰国输华真柏中一种隐皮孢囊线虫的鉴定

深圳口岸从来自泰国真柏苗木中截获一种隐皮孢囊线虫。序列分析显示截获的孢囊线虫28S r DNA-D2/D3区基因序列与Gen Bank中布林克曼隐皮孢囊线虫(Cryphodera brinkmani)(登录号为JQ965677和DQ328705)的序列相似性为99%。系统进化树中截获的孢囊线虫和布林克曼隐皮孢囊线虫聚为一个分支。结合形态学特征比较和分子特征分析,将截获的孢囊线虫鉴定为布林克曼隐皮孢囊线虫。这是我国口岸首次报道截获该线虫。     

根结线虫多样性研究进展

根结线虫属(Meloidogyne spp.)是专性内寄生物,寄主范围广,全球分布,给世界农业生产造成严重为害。生殖方式主要有孤雌生殖和两性融合。系统发育学研究指出,种间杂交可能在根结线虫多样化的进程中起着重要作用。越来越多的证据表明,基因组范围内的序列重复和水平基因转移为根结线虫的多样性提供了遗传基础。南方根结线虫(Meloidogyne incognita)和北方根结线虫(Meloidogyne hapla)基因组测序的完成和注释也为研究根结线虫的多样性提供了重要线索。根结线虫的多样性给鉴定和防治工作带来了巨大挑战,需要寻找更加有效的方法。     

深港两地工程土壤真菌多样性分析

[目的]对深圳和香港工程土壤的真菌种类进行检测。[方法]以深圳和香港两地不同深度(0.5、10.0、20.0和30.0 m)的工程土壤为研究对象,结合形态学和ITS序列扩增并测序的方法,分析土壤真菌多样性。[结果]共分离得到934个菌株,分别属于79个属132种。深圳土壤有14个属19种;香港土壤有73个属122种。66个属113种只在香港有分布;7个属10种只在深圳有分布。深港两地均有分布的有7个属9种。[结论]深港两地工程土壤真菌种类有一定差异性;香港工程土壤真菌种类较多,其中还包括多种植物病原真菌,土壤入境前必须进行检疫处理。     

RNAi在植物寄生线虫功能基因组研究中的应用

最近,南方根结线虫（Meloidogyne incognita）和北方根结线虫（M. hapla）的基因组测序工作已经完成,而大豆孢囊线虫（Heterodera glycines）和马铃薯白线虫(Globodera pallida)的基因组测序工作也在进行之中。截至2008年,Nematode.net数据库中已经有近500 000个表达序列标签ESTs序列和1 200 000个来自30种线虫的基因组序列。如何从众多的序列中筛选出有实际应用价值的信息是线虫学研究面临的一大挑战。对于缺乏有效转化系统的植物寄生线虫来说,RNAi无疑是研究植物寄生线虫基因功能的有力工具。本文介绍了RNAi及其在植物寄生线虫基因功能研究中的应用。     

从日本进境罗汉松中截获移去剑线虫

2016年11月,深圳口岸从日本进境罗汉松中截获一种剑线虫。采用贝曼漏斗法分离线虫,结合形态学、28S rRNA基因序列测定以及构建系统发育树,对分离的线虫进行鉴定。该线虫的28SrRNA基因序列和GenBank数据库中的移去剑线虫Xiphinema elongatum(登录号分别为EF140790、KF430803、KF430802和KF430801)的序列同源性高达99%;其形态特征和测计值与X.elongatum最为吻合;系统发育树表明该线虫和X.elongatum聚为一组。通过以上结果判定截获的线虫为移去剑线虫。剑线虫是一种重要的植物外寄生线虫,我国口岸曾经多次截获剑线虫,剑线虫入侵我国的风险较高。本文首次对日本罗汉松中的移去剑线虫进行了详细的描述,提供了该线虫新的地理分布信息。