山羊卵泡发育相关基因的筛选及分析

【背景】山羊第一卵泡波中的优势卵泡（dominant follicles, DF）和从属卵泡（subordinate follicles, SF）是整个卵泡发育过程中最为关键的两个阶段。随着卵泡的进一步发育,最终DF可能发育成为成熟卵泡,直到排卵;SF将走向闭锁,其中颗粒细胞的凋亡是导致卵泡发生闭锁的关键因素。然而目前对促进卵泡的优势化或导致其闭锁的分子机理尚不清楚。【目的】通过对山羊第一卵泡波中DF和SF颗粒细胞进行高通量测序,旨在筛选影响卵泡发育的关键基因,为深入探究卵泡发育的调控机制提供理论依据。【方法】选取10只1岁龄健康的贵州白山羊分别注射前列腺素F_2α,使其同期发情,此后每天用B超检测并记录卵泡的生长情况,发情3 d后,统一屠宰并采集第一卵泡波中DF (直径4.5—6 mm)与SF (直径3 —4.5 mm),分别分离其中的颗粒细胞,提取总RNA、构建文库后通过Illumina Hiseq 2500平台进行测序。利用FastQC对测序产出raw reads进行质量评估并经过过滤后,获得品质较高的clean reads;使用Trinity对得到的clean reads进行重新组装,从而获得unigenes;使用CLC Genomics Workbench将unigenes与山羊RefSeq数据库进行比对获得mRNA;使用DESeq2 软件对获得的mRNA进行差异表达分析;分别采用goseq和kobas软件对得到的差异表达基因进行GO分析及KEGG信号通路分析;最终通过qRT-PCR对筛选出的可能影响卵泡发育的关键基因进行验证。【结果】分别对测序得到的raw reads进行过滤后,在DF颗粒细胞中获得43 217 934条clean reads,占raw reads的比例为95.19%;SF颗粒细胞中获得40 766 348条clean reads,占raw reads的比例为95.35%。将得到的unigenes与山羊的RefSeq 数据库进行比对后,共得到33 896条带有注释的转录本,再通过设定FPKM>1, q value<0.05,共在两种卵泡颗粒细胞中获得13 644个基因。设定参数：FPKM≥1,SF-FPKM/DF-FPKM>1,P<0.05,获得695个差异表达mRNA,其中233个在SF颗粒细胞中表达显著上调,462个表达显著下调;对所获得695个差异表达mRNA进行GO功能富集分析,共分为三大类42组：其中生物学过程占47.6%,细胞组分占47.6%,分子功能占4.8%;KEGG信号通路分析,发现20条通路,其中与核糖体通路相关的基因富集最为显著。通过在Genecard中进行功能分析后,筛选6个可能与山羊卵泡发育密切相关的基因,其中PRLR、PTX3、RGN在SF颗粒细胞中表现为上调;DKK3、ALDH1A2、RARRES1则表现为下调。qRT-PCR显示PRLR、RGN、DKK3、ALDH1A2、RARRES1的表达趋势与高通量测序结果一致,且RGN在从属卵泡颗粒细胞中的表达量极显著地高于优势卵泡（P<0.01）;DKK3、ALDH1A2、RARRES1在优势卵泡颗粒细胞中的表达量极显著地高于从属卵泡（P<0.01）。【结论】DKK3、ALDH1A2、RARRES1和RGN在优势卵泡和从属卵泡中表达量存在极显著差异,推测在山羊卵泡发育过程中可能促进卵泡的优势化或导致闭锁,对深入探究卵泡发育的调控机制具有重要意义。     

不同包装对鲜切青椒保鲜效果的研究

研究了3种不同的包装对鲜切青椒贮藏过程中感官指标、质量损失率、呼吸强度、相对电导率、可溶性固形物含量、叶绿素含量和菌落总数的影响。结果表明,厚0.02 mm的塑料薄膜袋是3种包装方式中保鲜效果较为突出的,能有效降低鲜切青椒的质量损失率,抑制呼吸作用,减缓青椒内可溶性固形物和叶绿素含量的下降,延缓相对电导率的下降,并且在第12天开始出现腐烂现象,与贮藏效果较差的塑料包装盒相比较,能有效延长贮藏时间3 d。     

土壤含水率对豫中植烟土壤微生物群落多样性及氮循环功能基因丰度的影响

为揭示豫中典型浓香型烤烟产区植烟土壤氮素矿化动态变化、土壤微生物多样性以及氮素循环功能基因对水分条件的响应特征，通过室内培养法研究50%(H-50%)、65%(H-65%)和80%(H-80%)）持水量条件下，河南许昌植烟土壤细菌和真菌群落功能多样性的差异。结果表明，H-65%处理土壤的无机氮矿化量及矿化速率均高于其他处理。在土壤细菌中，变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、厚壁菌门（Firmicutes）、酸杆菌门（Acidobacteria）、浮霉菌门（Planctomycetes）、芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）为优势菌门（相对丰度>3%），其中，H-80%处理中变形菌门的相对丰度显著高于其他处理，而厚壁菌门的相对丰度显著低于其他处理；H-50%处理中放线菌门、绿弯菌门的相对丰度显著高于其他处理。在土壤真菌中，子囊菌门（Ascomycota）占土壤真菌总OTU(operational taxonmic units)数的90%以上，其相对丰度随土壤含水率增加呈倒“V”的变化趋势。...     

黔西南州烟区烤烟高可用性上部叶适宜采收期研究

为探明黔西南州烟区烤烟上部叶的适宜采收期,确定最适于当地产质量提升的成熟采收标准,以云烟87为试验材料,研究上6片烟叶采收期（提前4d,正常和延迟4、8、12d采收）对烤后烟叶外观品质、化学成分、经济性状和感官品质的影响。结果表明,随着采收时间的延迟,烟叶的成熟度增加,烟碱含量升高,相对叶绿素含量（SPAD值）和糖碱比降低。适当延迟采收能改善上6片烟叶的品质,叶片厚度减小、疏松度提高、油分增多、香气量增加、刺激性降低,感官品质好,经济效益高。通过对经济性状和感官评吸模拟回归方程得出,上部烟叶延迟3.03d采收产值最高,延迟6.95d采收评吸总分最高。综合经济效益和感官质量,黔西南州烟区上部烟叶应适当延迟5~7d,在上3片烟叶SPAD值10.36~12.79、下3片SPAD值11.82~13.82的区间进行采收,且按照先下3片、后上3片分类采收后编杆装炕较适宜,可获得产量和质量均较好且可用性高的优质上部烟叶。     

转录因子 Lbx 的研究进展

 Lbx 基因在动物生长发育过程中发挥重要作用,尤其在神经系统和骨骼肌发育过程中。论文主要综述Lbx 1和Lbx 2基因的结构、功能及其作用机理,并对其在优化动物生长性状方面的应用前景进行展望。     

留叶数与调制方式互作对四川茄芯烟叶烟草特有亚硝胺含量和香气质量的影响

【目的】探究不同留叶数与调制方式及其互作对茄芯烟叶安全性及烟叶香气质量的影响。【方法】以传统茄芯品种什烟1号为材料,设置留叶数14和18片/株以及晾制、晒制2种调制方式,对调制前后样品的烟草特有亚硝胺(TSNAs)及其前体物含量、感官质量、中性香气成分含量进行测定。【结果】(1)当留叶数为14片/株时,茄芯烟叶的叶片厚度、叶质重及单叶重显著高于留叶数18片/株的处理,且相应单位面积的可承受拉力也较高,较留叶数18片/株均提高10%以上,留叶数处理对茄芯烟叶的物理特性指标变化贡献较显著。(2)留叶数14片/株的茄芯烟叶中TSNAs前体物含量较高,其中生物碱含量以留叶数14片/株晒制后最高。茄芯烟叶亚硝酸盐含量的变化主要受调制方式处理的影响,表现为晾制烟叶高于晒制烟叶。留叶数对茄芯烟叶TSNAs含量变化贡献较大,留叶数14片/株烟叶显著高于留叶数18片/株的烟叶,以留叶数14片/株晾制后烟叶中含量最高,为1722.62 ng/g。(3)留叶数18片/株的类胡萝卜素降解产物总量、芳香族氨基酸降解产物总量、棕色化反应产物总量含量均为晾制后烟叶高于晒制后烟叶。(4)感官评吸结果表明,茄芯烟叶在留...     

重庆园林树木生物量分配与相关生长关系

以重庆主城区14种木本植物为对象,研究了不同功能群、生境类型和发育阶段(新生期、花期和果熟期)对茎、叶、花和果实的生物量分配与相关生长关系的影响.结果表明:①在茎、叶、花和果实的生物量分配研究中,不同物种间生物量分配差异极具有统计学意义(p0.01);生活型对生物量分配影响较大(p0.05),而生长型仅对花枝的叶生物量分配和果枝的茎生物量分配的影响具有统计学意义;生境类型对生物量分配的影响不具有统计学意义;发育阶段对生物量分配的影响具有统计学意义(p0.05),总体上表现为叶和茎生物量分配随发育历程的进行有增大的趋势,而繁殖器官生物量分配下降;②在繁殖分配与营养分配的相关性研究中,不同功能群间差异具有统计学意义(花枝中营养投入与繁殖投入除外)(p0.05);不同生境类型和不同发育阶段间的差异均不具有统计学意义.研究结果表明生物量分配受功能群、生境类型和发育阶段等多种因素的影响,植物通过调节分配给各个器官的生物量比例以促进自身的生长和繁殖.     

山羊原癌基因c-fos电子克隆与生物信息学分析

为探明山羊原癌基因c-fos的结构与功能,以牛c-fos基因编码序列(GenBank登录号为AY322482)作为种子序列电子克隆了山羊c-fos基因cDNA序列,并利用生物信息学方法对其完整编码序列的蛋白理化特征、二级结构、亲/疏水性进行全面解析,进一步预测了该基因在山羊染色体上的定位.结果表明,山羊c-fos基因c...     

IGF—I基因第3外显子多态性对山西白猪生长性状的影响

胰岛素样生长因子I（IGF—I）是动物生长发育和代谢的主要调节因子，是生长激素启动生长活性的主要介导者。采用PCR—SSCP技术检测了山西白猪群体IGF-I基因第3外显子的多态性，共检测到3个等位基因A、B、C，形成了AA、AB、AC、BB、BC和CC6种基因型。A等位基因的频率较高，为0．549，等位基因B和C的频率较低，分别为0．173和0．278．就基因型频率的分布来看，纯合子AA型、杂合子AB和AC型频率较高，分别为0．230、0．204和0．434，其他类型频率较低，均低于10％。利用最小二乘法分析了突变位点对山西白猪初生重、断奶重、6月龄体重和体高、体长、胸围、背膘厚等性状的影响。结果表明，该突变位点对6月龄猪的体高有显著影响（P〈0．05），BC型个体的6月龄体高显著低于其他类型个体（P〈0．05），而对其他性状的影响不显著（P〉0．05）。     

重庆市园林树木生长特征及其对生境响应

以重庆主城区14种木本植物为对象,在15个采样地点中,采集并测量当年生枝条、花枝和果枝的茎、叶、花和果实性状,同时实地测量采样地点的环境因子,定量分析了功能性状的差异性、环境因子的影响及生境类型和功能群对功能性状的综合影响.结果表明:①除茎密度、比叶面积外,茎干质量、茎截面积、单叶面积和单叶干质量在不同物种间差异极具有统计学意义(p0.01);②开花习性对性状差异影响具有统计学意义(p0.05),而生活型和生长型类型因性状和枝条而异,如不同生活型间功能性状在当年生枝条上差异不具有统计学意义,而花枝和果枝的茎干质量和单叶面积差异具有统计学意义(p0.05);③除比叶面积、花枝的单叶面积和单叶干质量外,其余功能性状在不同生境差异具有统计学意义(p0.05),其中温度、硬质铺装占比及PM 2.5对于茎干质量、单叶面积、单叶干质量、花干质量和果实干质量呈负相关关系,而与茎密度、比叶面积正相关;④发育阶段对性状的影响具有统计学意义(p0.05),除比叶面积外,其他性状随新—花—果梯度变化逐渐增大.