高通量测序解析冰鲜刀鲚细菌群落变化特征

为了研究养殖刀鲚冰鲜保存过程中细菌群落组成及变化情况,采用Illumina Miseq高通量测序方法对冰鲜条件不同贮藏时间（0、3、6、9、12、15、18 d）刀鲚肌肉样本细菌的16S rRNA基因的2个高变区（V3—V4）进行测序,比较其细菌多样性及门、属水平的细菌相对丰度,并进行主成分分析、Heatmap分析以及特定腐败菌分析。结果显示,7组样品细菌分布于40门787属,冰鲜条件下刀鲚肌肉的优势致腐败菌属为假单胞菌、微杆菌属和气单胞菌属。主成分分析显示,刀鲚腐败前后的微生物结构存在差异。Heatmap图分析显示新鲜样本的细菌丰度最大。3组冰鲜贮藏6 d前的样品群落结构较相似。贮藏12 d时常见致腐菌（微杆菌属、假单胞菌属、气单胞菌属）占比显著提高,其细菌的多样性及丰富度最低。随着冰鲜保存时间的延长,刀鲚肌肉的细菌菌落结构产生了动态变化。冰鲜保存6～9 d后刀鲚肌肉的细菌菌落结构变化较大,研究结果可以为预测冰鲜刀鲚货架期提供参考。     

太湖新银鱼种群摄食对小江浮游动物群落结构的影响

为探究三峡水库典型支流小江太湖新银鱼（Neosalanx taihuensis）种群摄食对浮游动物群落结构的影响,于2019年1~12月逐月对太湖新银鱼与浮游动物样品进行采集并分析太湖新银鱼胃含物组成与浮游动物群落结构特征。分析结果表明：（1）太湖新银鱼的饵料生物主要为桡足类（相对重要指数百分比（IRI%）=79.97%）,其次为枝角类（IRI%=18.86%）,轮虫占比较少（IRI%=0.001%）。（2）3至6月（太湖新银鱼春群繁殖期）太湖新银鱼生物量迅速上升,并在5、6月维持较高水平的生物量,而浮游动物群落结构呈现小型化趋势,生物量由28.93 mg/L下降至1.13 mg/L;密度由21173.39 ind./L增加至26808.23 ind./L。7月小江禁捕结束,太湖新银鱼生物量开始急剧下降,小江浮游动物中桡足类和枝角类的密度与生物量迅速升高,于8月（密度为151.98 ind./L;生物量为3.39 mg/L）达到全年最高。（3）在太湖新银鱼生物量较高的时期,由于太湖新银鱼对于枝角类和桡足类具有较强的选择性,导致水体中枝角类和桡足类生物量占比（17%~58%）显著低于其它时期（P<0.05）。由此认为,太湖新银鱼生物量与浮游动物群落结构变化存在较强的关联性,太湖新银鱼种群摄食的下行效应可能是小江浮游动物生物量下降及群落结构小型化的关键原因。明晰太湖新银鱼种群生长与浮游动物群落结构的动态变化关系可为小江水华暴发的控制与水生态健康管理提供理论依据。     

养殖刀鲚与生长环境菌群PCR-DGGE指纹图谱及多样性分析

为了分析养殖刀鲚体内与生长环境菌群结构,利用PCR-DGGE技术,对养殖刀鲚鳃、胃、肠壁及肠内容物和养殖水体菌群结构进行了初步分析。PCR-DGGE指纹图谱分离显示,42条清晰条带,其中养殖水体(27)、鳃(9)、胃(13)、肠道壁(19)、肠道内容物(18)的香农指数分别为3.037、1.883、2.193、2.825、2.683;养殖水体与刀鲚鳃、胃、肠道壁及肠道内容物分别具有6、9、11、8共有带。UPGMA聚类分析显示,样品3个重复相似度都在95%以上,差异不明显;不同样品之间,养殖刀鲚鳃和胃聚为一支,具有较高的相似度(76%),同时与养殖水体相似度达29%;养殖刀鲚肠道壁和肠道内容物聚为一支,相似度为38%。回收测定所有显示条带,主要包含变形菌、放线菌、拟杆菌、柔膜菌、蓝藻细菌、厚壁菌、梭杆菌及少量未定义菌种。研究表明,PCR-DGGE技术能区分养殖刀鲚主要部位及水体微生物的结构差异和多样性,澄清养殖刀鲚及生长水体微生物区系,可为定植益生菌的开发提供参考。     

中华鳖群体间编码MHCⅠ类分子α2结构域基因的克隆及序列分析

2004年1月至2005年4月在江苏靖江市的长江沿岸用定置张网采集刀鲚261尾。清洗后的矢耳石在60℃烤箱中烘烤24h，干燥冷却后用电子天平称重，精确到0．01mg。成对t检验显示，左右矢耳石间的重量无显著差异（P〉0．05），选用左矢耳石为研究对象。用直线、幂函数和多项式等确定各类参数间的最佳拟合公式。结果表明，长江口刀鲚的耳石重量在不同年龄组间的重叠相对较少，大小相近的个体，年龄大即生长慢的比年龄小即生长快的耳石重量大，不同龄组间耳石重量有显著的差异（P〈0．05）。按年龄组以耳石重量与相应的体长作图，可初步判断所观测年龄的可靠性。分析耳石重量的频率分布，能分离出体长相近但年龄不同的个体，其结果与依据耳石年轮观测的基本一致，耳石重量与年龄呈显著的线性相关性（P〈0．05）。用该相关性估算年龄，与从耳石上直接读取的年龄并无显著差异（P〉0．05）。因此，矢耳石重量可以作为直接确定长江口刀鲚年龄或作为验证依据钙化组织判断年龄准确性的有效手段。     

长江口刀鲚遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对长江口刀鲚(Coilia ectenes)30个个体的遗传多样性进行了检测,从40个随机引物中筛选出17个对每个刀鲚的DNA进行扩增,结果表明,17个引物共检测到148条清晰且重复性好的条带,分子量在200～2000bp之间,其中多态位点为86个,占58．11％;群体的Shannon多样性指数为0．1905,Nei基因多样性指数为0．2280;个体间最大遗传距离为0.212,最小遗传距离为0．092。通过与其他鱼类的遗传多样性的研究结果比较可初步判断,刀鲚群体的遗传多样性比较丰富。     

长江口凤鲚幼鱼的耳石微结构、日龄与生长

2007年7月、8月和9月在长江口区域从小型拖网和张网渔获物中获取凤鲚幼鱼,摘取矢耳石进行耳石微结构分析,确定凤鲚幼鱼的日龄和孵化日期,分析个体早期生长过程.凤鲚幼鱼的体长范围为25.6～63.2 mm,矢耳石形状与成鱼耳石相似,为不规则扁椭球形,只有—个翼状突起.耳石横截面磨片上具有一个核和一个原基.耳石原基的直径为12.5 ～ 22.8μm,平均为(14.3±4.8) μm(n =111).耳石核中心到第一个生长轮的距离为(24.9±6.4)μm(n=44).生长轮在耳石长轴上排列较疏且不清晰,短轴上较密但清晰.凤鲚幼鱼的日龄为54～128 d,对应的孵化日期为2007年4月10日至7月23日,高峰期为2007年5月1 1日至6月26日.耳石半径(R)与标准体长(LS)间呈显著的线性相关关系,回归方程为LS=6.68 +0.065R.凤鲚幼鱼前20个生长轮宽度较窄,并有逐渐变窄的趋势,第20日轮之后,生长轮宽度逐渐变宽,至第50日轮后生长轮宽度趋于稳定.     

配合饲料和活饵料对刀鲚幼鱼生长、存活和消化酶、非特异性免疫酶、代谢酶及抗氧化酶活性的影响

为了解配合饲料和活饵料对刀鲚幼鱼生长、存活和几种酶活性的影响,对用配合饲料和活饵料喂养178 d的刀鲚幼鱼的生长、存活和消化酶、非特异性免疫酶、代谢酶以及抗氧化酶活性进行分析与比较。结果显示,配合饲料组的最终体长、体质量、成活率、鱼体肥满度和肝指数(分别为125.17 mm、6.27 g、65.73%、0.31 g/cm3和1.4%)显著低于活饵料组(分别为150.66 mm、12.39 g、85.59%、0.36 g/cm3和1.9%),两组鱼的肠长和体长比无显著差异(分别为25.3%和23.6%);两组鱼的肝脏中均未检测出蛋白酶,配合饲料组的幽门盲囊中碱性蛋白酶的活性(43.49 U/mg prot)显著低于活饵料组(86.37 U/mg prot),但两处理组鱼胃中酸性蛋白酶和肠道中碱性蛋白酶的活性均没有显著差异;配合饲料组肠道和幽门盲囊中的淀粉酶活性(分别为196.63和575.93 U/g prot)显著低于活饵料组(分别为928.91和1 755.90U/g prot),但两处理组鱼肝脏和胃中的淀粉酶活性没有显著差异;两处理组鱼的肝脏和胃中均未检测出脂肪酶,配合饲料组的肠道脂肪酶活性(23.55 U/g prot)显著高于活饵料组(14.39 U/g prot),但两处理组幽门盲囊中脂肪酶活性(分别为17.90和13.23 U/g prot)没有显著差异;配合饲料组的肝脏碱性磷酸酶(AKP)活性(103.44 U/g prot)显著高于活饵料组(58.20 U/g prot),而配合饲料组的肝脏谷草转氨酶(AST/GOT)活性(20.38 U/g prot)显著低于活饵料组(32.51 U/g prot);肝脏中其余被检测的5种酶活性(ACP、ALT/GPT、SOD、GSH-PX和CAT)和血清中被检测的代谢酶(ALT/GPT和AST/GOT)及抗氧化酶(SOD和GSH-PX)活性在两处理组之间均没有显著差异。研究表明,刀鲚能摄食配合饲料,配合饲料组和活饵料组的大多数消化酶、非特异性免疫酶、代谢酶及抗氧化酶活性,没有显著性差异,但配合饲料组的刀鲚生长和成活率远低于活饵料组,建议今后研发和改进刀鲚配合饲料,逐步替代活饵料。     

太湖中大银鱼_太湖新银鱼和寡齿新银鱼群体的遗传结构

利用ＲＡＰＤ技术对太湖中的大银鱼,太湖新银鱼,寡齿新银鱼的遗传结构进行了研究,共在太湖中的６个采样片采到大银鱼和太湖新银鱼样品,在两个采样片得到了寡齿新银鱼的样品。结果表明,太湖中不同水域的三种银鱼没有明显的遗传差异,三种银鱼中,大银鱼的遗传相似性指数显示最大,太湖新银鱼的次之,寡齿新银鱼的最小,说明大银鱼的遗传变异性最小,寡齿新银鱼的最大,太湖新银鱼的遗传变异性界两者之间。     

基于渔捞日志的长江靖江段刀鲚渔获量的时空特征分析

江苏靖江段位于近长江口段,是长江刀鲚渔汛最集中的水域。为了弄清靖江段刀鲚的渔汛特征,本文于2008-2009年和2012-2013年对16艘持刀鲚捕捞许可证的渔船作了渔获量监测,分析了渔获量的时空变化及其环境影响。结果表明,靖江段单船日渔获数量NB和重量WB分别为(21±38)ind./d和(2.0±4.1)kg/d,单船全汛总渔获尾数Nt和重量Wt为(890±929)ind.和(92.3±91.1)kg。NB和Nt具有一致性的年变化趋势,以2013年的最大,其他年份比较接近。但WB和Wt的年变化趋势与渔获数量的年变化趋势有所不同,表现为2008-2012年间持续下滑,2013年显著增长。NB和WB在2-3月间均极低,但4月增至(23.0±31.3)ind./d和(2.4±3.5)kg/d,5月达(78.0±81.0)ind./d和(7.7±9.1)kg/d。ANOVA分析显示,西水域的年NB和WB分别为东水域的2.5和2.7倍。研究亦显示,靖江段刀鲚的WB与同日水温和最高潮位均呈极显著的正相关(P﹤0.05)。长江口外的水温提升,可能是刀鲚开始生殖洄游的重要环境诱导因子。而高潮期在靖江段出现最高渔汛,可能是因为所采用的固定刺网过滤了更多的江水所致。