MDV Meq基因簇miRNAs基因缺失株的致病性

为了探讨Meq基因簇microRNAs(Meq-clustered miRNAs)对马立克氏病病毒(Mareks disease virus,MDV)致病性的影响,本研究将MDV Meq-clustered miRNAs基因缺失株GX0101ΔMeq-miRNAs感染1日龄SPF鸡,并于感染后90d内进行毒株致死率、致肿瘤率、鸡体质量、免疫器官指数和鸡血液中病毒含量等方面的检测。结果显示:1日龄SPF鸡在接种GX0101ΔMeq-miRNAs后90d内累计死亡率和眼观肿瘤发生率分别为4%和8%,与亲本株GX0101BAC相比分别下降了23.5倍和2.5倍;与鸡胚成纤维细胞(chicken fibroblast cells,CEF)阴性对照相比,GX0101△Meq-miRNAs感染鸡在整个试验期间体质量差异均不显著(P0.05);在感染后14~21d,GX0101△Meq-miRNAs组的法氏囊指数和胸腺指数均显著降低(P0.05);与亲本株相比,GX0101△Meq-miRNAs在血液中的含量及导致的显微肿瘤发生率均下降。结果表明:MDV Meq-clustered miRNAs基因的缺失降低了MDV的致病性,Meq-clustered miRNAs具有调控MDV致病性的功能。     

牛场中BVDV的基因簇：直接从牛血清中进行病毒的基因鉴定和分析

牛病毒性腹泻病毒(BVDV)在大多数养牛的国家呈地方性流行,在全世界造成巨大的经济损失。BVDV感染可造成不同的结果,有亚临床疾病、腹泻、呼吸道疾病和生殖障碍,易感牛在妊娠头3个月感染可产出对BVDV免疫耐受的永久感染(PI)牛,PI牛可能为先天性免疫缺陷或表现正常但生长迟缓并对再次感染的敏感性增加。分离的BVDV株间有一明显的遗传的和抗原性的异质性。病毒中和试验可以证实株间的差异,但试图用这种方式将病毒划分为血清型还未被普遍接受。BVDV基因组5-UIR序列测定揭示出毒株间高度的可变性。抗原性上明显不同的毒株,称为基因型(…     

玉米大斑病菌HST生物合成基因簇的结构和表达分析

【目的】分析玉米大斑病菌寄主选择性毒素（host selective toxin,HST）生物合成基因簇Cluster 397.3的结构,以及该基因簇组成基因在玉米大斑病菌侵染过程中的表达情况,为玉米大斑病菌HST的结构和功能研究奠定基础。【方法】以玉米大斑病菌23号生理小种et28a和01-23菌株,1号生理小种ny001和01-11菌株,玉米感病自交系B37为材料,利用antiSMASH技术预测玉米大斑病菌次生代谢产物合成基因簇,通过Synteny共线性分析获得玉米大斑病菌HST生物合成基因簇Cluster 397.3,并对其基因组成和结构进行分析,再利用RNA-Seq技术分析该基因簇的组成基因在玉米大斑病菌侵染玉米叶片3,5,7,10 d的表达情况。【结果】玉米大斑病菌次生代谢产物合成基因簇Cluster 397.3与交链链格孢（Alternaria alternata）ACT-毒素合成基因簇有保守的共线性,含有1个聚酮合酶（PKS）、1个氨基甲酰磷酸合成酶（CPS）、1个短链脱氢酶/还原酶（SDR）、1个锌结合氧化还原酶（ZOR）、1个保守假定蛋白（CHP）、2个细胞色素P450（P450）及2个耐药转运蛋白（DRT）等9个基因。其中PKS与ACT-毒素合成酶基因ACTTS3同源,编码的聚酮合酶包括PksD、PS-DH、Methyltransf_12、PKS_KR、PKS_NbtC superfamily和NADB_Rossmann superfamily 6个典型结构域。RNA-Seq分析结果表明,将玉米大斑病菌接种玉米叶片3,5,7,10 d后,Cluster 397.3组成基因均能表达,且以3 d时表达量整体较高;除CHP基因外,01-11菌株中基因表达量均显著高于01-23菌株。【结论】Cluster 397.3基因表达差异与玉米大斑病菌生理小种的分化和致病特异性有关,该基因簇可能参与了玉米大斑病菌寄主选择性毒素的生物合成。     

抗生素FR-008基因簇上游区域的DNA序列分析

链霉菌FR-008产生一种七烯大环内酯类抗生素FR-008，对真菌具有很高的抗菌活性，并对蚊子幼虫有高毒性（袁德军和周启，1990）。负责合成FR-008的基因簇被定位（Hu et al．，1994），有21个基因（共138kb，GenBank accession number AY310323）被确认参与了抗生素FR-008的生物合成以及调节和外运（Chen et al．，2003）。然而，在FR-008基因簇最左端fscO基因上游的基因是否与FR-008抗生素生物合成相关？为此，本研究对FR-008基因簇上游区域进行了序列测定和分析。     

杆菌肽合成分子机制及高产策略

杆菌肽是一种非核糖体肽类的广谱抗菌素,目前广泛应用于农业和医药。过去,杆菌肽的生产水平增长缓慢。近年来国内外对杆菌肽的生物合成及调控的分子机制研究取得较大突破,为其育种和生产工艺优化、提高产量和质量、满足市场需求奠定基础。综述了国内外相关文献,重点关注杆菌肽生物合成基因簇及调节分子机制,兼顾其产量提高策略的报道,为今后开展相关育种研究、发酵工艺优化和提高杆菌肽的产量提供依据。     

鸡miR-17-92基因簇上游A/T富集区启动子活性鉴定与分析

文章采用基因定点突变和报告基因技术作A/T富集区启动子鉴定和转录调控分析,研究鸡miR-17-92基因簇上游A/T富集区是否具有启动子活性。PromPredict预测分析提示miR-17-92基因簇上游-388～-444 bp处可能是启动子区域。转录因子结合位点分析发现,A/T富集区存在3个E2F1潜在结合位点,分别位于miR-17-92基因簇上游-1 273 bp(结合位点1)、-1 186 bp(结合位点2)和-753 bp(结合位点3)处。报告基因活性分析发现,鸡miR-17-92基因簇上游A/T富集区具有启动子活性,其中miR-17-92基因簇上游-440/-1区域启动子活性最强。共转染分析显示,转录因子E2F1极显著抑制该A/T富集区启动子活性(P<0.01);进一步定点突变分析表明E2F1通过E2F1结合位点1和2抑制A/T富集区启动子活性。报告基因分析发现,与对A/T富集区启动子作用不同,E2F1促进miR-17-92基因簇宿主基因(MIR17HG)启动子活性。文章首次发现鸡miR-17-92基因簇上游存在一个新的转录调控区,对揭示鸡miR-17-92基因簇转录调控具有重要意义。     

生防菌株PF-1基于全基因组数据的分类鉴定及拮抗能力分析

基于全基因组数据,确定生防菌株PF-1的分类地位,验证其对植物病原菌的拮抗作用以及挖掘其潜在的生防功能。通过全基因组中16S rRNA基因序列的系统发育分析及基因组分析方法确定生防菌株PF-1的分类地位,通过平板对峙方法研究其对马铃薯枯萎病菌和棉花黄萎病菌的拮抗能力;利用antiSMASH软件分析和预测菌株PF-1的抗生素相关基因并挖掘其生防潜力。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析及基因组分析结果,PF-1被鉴定为防御假单胞菌(Pseudomonas protegens),同时发现PF-1基因组中存在15种次生代谢产物基因簇,具有良好的抑制病原菌生长和提高植物抗病性的能力,在农业中具有良好的应用前景。     

家蚕表皮蛋白基因的生物信息学分析

家蚕的表皮蛋白(cuticular protein)是家蚕重要的结构蛋白,与几丁质一同作为家蚕表皮的重要组成部分。运用生物信息学的方法对家蚕表皮蛋白进行了广泛分析。通过保守的基序检索家蚕基因组,得到163条候选的表皮蛋白序列,包括RR、Tweedle、CPF&CPFL等家族,并且发现具有确定的保守基序的表皮蛋白基因在染色体上都是以串联集群形式分布。氨基酸组成分析表明,这些表皮蛋白富含甘氨酸、丙氨酸、亮氨酸、组氨酸等。运用Sig-nalP server预测这部分蛋白质有85%都具有信号肽。进化分析显示,负选择是家蚕表皮蛋白基因进化的主要驱动力。采用TFSEARCH等在线服务软件分析发现,在70%含有RR基序的家蚕表皮蛋白基因的核心启动子区具有通用的TATAAA序列。     

胡椒瘟病生防菌 Bacillus subtilis VD18R19 全基因组测序及 比较基因组学分析

Bacillus subtilis VD18R19 具有促进胡椒生长和防治胡椒瘟病的效果,全基因组测序是其分子机理研究和开发 利用的重要基础。本研究采用第二代 Illumina 平台与第三代 PacBio 平台相结合的测序技术,对生防菌 VD18R19 进行 全基因组测序,并进行比较基因组学分析。结果发现,VD18R19 全基因组大小为 4 123 380 bp,GC 含量为 43.80%, 编码基因 4 245 个;含有 tRNA 85 个、rRNA 30 个、sRNA 33 个;含有串联重复序列 60 个,其中小卫星 DNA 43 个、 微卫星 DNA 1 个;共线性分析、core-pan 基因分析及基因家族分析结果均显示 VD18R19 与模式菌株 B. subtilis 168 具 有高度的同源性;antiSMASH 软件预测及同源序列比对结果显示,VD18R19 菌株中含有 6 个抑菌次生代谢产物合成基 因簇,编码 surfactin、plipastatin、bacillibactin、bacilysin、bacillaene、subtilosin A 等抑菌物质,其合成途径涵盖了核 糖体途径、非核糖体途径和聚酮合酶途径。本研究为深入研究生防菌 VD18R19 的分子机理奠定生物信息学基础,有利 于生防菌株及其抑菌次生代谢产物的开发和利用。     

后生动物线粒体基因组基因次序重组规律分析

后生动物线粒体基因组由于其大小和基因数目的相对稳定,被认为是研究后生动物系统发育关系的一种理想模型。后生动物线粒体基因组大多有37个基因,包括22个tRNA编码基因和13个蛋白编码基因,它们的排列顺序也被认为是研究后生动物线粒体基因组很好的材料。通过对来自NCBI数据库的2 511种后生动物线粒体基因组提取的基因次序,包括对基因的倒置、共有基因簇、基因的缺失和重复、相邻位置的基因交换等重组形式的概述,综述了近年来对动物线粒体基因组基因次序重组的研究状况。