应用高通量测序技术分析拟穴青蟹肠道及其养殖环境菌群结构

采用基于Illumina Hi Seq测序平台的高通量测序技术,对拟穴青蟹(Scylla paramamosain)肠道及其养殖池塘水体、底泥中细菌种类及丰度进行了研究。测序结果显示,3个样品共获得有效序列234575条,可聚类于2812个分类操作单元(OTUs),归属于拟穴青蟹肠道、养殖水体、池塘底泥样品的操作分类单元(OTU)个数分别为453、706和2547,其中有184个OTU均能在3个样品中检测到,在青蟹肠道和养殖水体、青蟹肠道和池塘底泥中分别检测到197和309个共有OTU。物种注释结果显示,拟穴青蟹肠道中优势细菌种类为变形菌门(Proteobacteria)(39.96%)、柔膜菌门(Tenericutes)(23.09%)和厚壁菌门(Firmicutes)(16.58%);养殖水体中优势细菌种类为变形菌门(63.02%)、放线菌门(Actinobacteria)(24.96%)和拟杆菌门(Bacteroidetes)(8.41%);池塘底泥中优势细菌种类为变形菌门(75.23%)、拟杆菌门(5.72%)和放线菌门(3.83%)。此外,对各样品中丰度最高的前10位OTU分析显示,不同样品中占优势地位的10种细菌在数据库(SILVA)缺乏相关已知序列,并且各样品中的优势细菌种类完全不同。实验结果表明拟穴青蟹肠道与其池塘养殖环境中菌群结构存在着密切的相关性,但肠道菌群同时具有一定的独立性,其优势细菌种类与养殖环境中优势细菌种类无关。本研究旨在为拟穴青蟹健康养殖和微生态调控提供实验依据。     

黄鹂无齿鲹(Gnathanodon speciosus)胚胎发育及胚后发育

黄鹂无齿鲹(Gnathanodon speciosus)是一种兼具观赏与食用价值的名贵海水鱼类。本文报道了黄鹂无齿鲹的胚胎及胚后发育特征。受精卵孵化条件为：盐度(30.26±0.67)‰、 温度 (24.72 ± 0.32)°C 、 pH值(7.46±0.12)、溶解氧(5.13±0.33) mg/L、光照强度约3 000 LUX。结果显示黄鹂无齿鲹受精卵为透明浮性圆球形,平均卵径764.29 ± 14.74 μm;含单油球,油球平均直径166.32 ± 18.28 μm。胚胎发育历经受精卵期、胚盘期、卵裂期、囊胚期、原肠胚期、神经胚期、器官形成期与孵化出膜期８个阶段,再进一步细分成24个时期。受精后18 h 30 min孵化出膜,进入仔鱼阶段（含前仔鱼期和后仔鱼期）。前仔鱼期位于孵化后0-3天,卵黄囊没有完全吸收;后仔鱼期位于孵化后4-20天,卵黄囊完全吸收。初孵仔鱼全长1 520 ± 19 μm,出膜后第6天油球储备耗尽并形成鳔。孵化后第20天,鱼体后脊索完全弯曲,各鳍和消化系统发育完善,体表大量色素沉淀且具有独立生活的能力,仔鱼进入稚鱼阶段。本研究为黄鹂无齿鲹苗种培育提供了重要参考。     

利用微卫星标记分析3个暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)养殖群体的遗传多样性

针对3个暗纹东方鲀养殖群体,采用21对微卫星引物对其遗传多样性进行分析,成功扩增出具有一定多态性片段的微卫星位点共19个。共得到125个等位基因,每位点等位基因数为3-11,平均值为6.58,有效等位基因数为1.7-7.8,平均值为4.5,平均观测杂合度为0.156-1.000,平均期望杂合度为0.399-0.876,平均多态信息含量(PIC)为0.353-0.858。广州、上海、江苏3个群体的PIC由小到大依次为0.588、0.633、0.655,三群体间遗传分化指数分别为0.048、0.062、0.076,平均值为0.081,表明三群体间发生了小程度的遗传分化。三群体间的遗传距离和UPGAM分析显示,广州和上海群体的遗传距离最远(0.351),广州和江苏群体的遗传距离最近(0.204),聚类分析显示,广州群体和江苏群体聚为一类,上海群体为一类。研究结果基本符合养殖群体的养殖环境,也表明3个养殖群体发生了一定程度的遗传分化,特别是江苏群体的遗传多样性较高,作为选育群体具有一定的遗传潜力。     

红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)雌、雄个体的形态特征比较

为了比较红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)雌、雄个体的形态差异,基于主成分分析、逐步判别分析和T检验的方法,以红鳍东方鲀雌、雄群体的17个比例性状为分析对象进行研究.主成分分析构建了3个反映形态特征信息的综合性指标-主成分1、主成分2和主成分3,贡献率分别为46.776％、27.668％和7.122％,3个主成分累积的贡献率为81.566％,两个群体之间存在明显的偏离;判别分析结果显示,根据各变量对判别函数的贡献大小,筛选出两个比例性状,即体宽/体长、体周长2/体长,利用这两个性状建立起红鳍东方鲍的雌、雄判别模型,对雌、雄共72个个体的判别准确率为81.9％;T检验结果显示,体宽/体长在红鳍东方鲍两性群体间差异极显著(P＜0.01),体周长2/体长在红鳍东方鲍两性群体间差异显著(P＜0.05).综合分析实验结果表明,红鳍东方鲀雄性与雌性相比,体形较宽,体周长2较长.红鳍东方鲀雌、雄的形态差异为繁育和选育过程中的性别鉴定提供了新的方法和理论依据.     

江苏省粮食生产现状、问题及对策建议

江苏省是我国粮食主产区,以占全国3.8%的耕地生产了占全国5.5%的粮食,粮食生产布局和品种结构持续优化。在总结江苏省粮食生产主要经验做法的基础上,分析了粮食生产存在的问题,主要为种粮比较效益偏低、农业生产人员老龄化严重、耕地“非农化”现象普遍、粮食生产的扶持政策有待进一步优化、种子问题亟待解决。从可持续的综合生产能力、必要的储备能力、有序流通和资源掌控能力、完善法律政策4个层面提出了发展对策。     

拟穴青蟹、斑节对虾和缢蛏不同混养系统氮、磷收支的研究

以海水池塘陆基围隔试验法比较研究拟穴青蟹、斑节对虾、缢蛏三元混养模式,以拟穴青蟹、斑节对虾为基础,作为对照组(CS),混以5个不同搭配比例的缢蛏,即5个处理组(CSR1、CSR2、CSR3、CSR4和CSR5),对各混养模式的养殖效果、氮磷收支及利用率等方面进行单因素方差分析和多重比较.试验结果显示,各混养模式下饲料是...     

种质资源保护和育种创新现状及发展对策——以湖南和海南两省为例

自实施第3次全国农作物种质资源普查行动以来,湖南和海南两省积极开展种质资源普查工作,相继出台了促进现代种业发展的相关政策法规,农业种质资源保护和育种创新工作取得了一定成绩。在总结两省基本做法的基础上,分析了目前两省种业发展面临的挑战,从强化顶层设计、加强种质资源保护、建立健全现代种业创新体系、提高商业化育种能力、完善落实种业知识产权保护和提升种业发展支撑保障水平6个方面提出了发展对策,为我国种质资源保护及育种创新发展提供参考。     

延迟排卵对红鳍东方鲀卵子质量的影响

为探究红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)延迟排卵对卵子生理生化变化及卵质的影响,人为对性成熟亲鱼推迟1~2周挤卵,并将未推迟挤卵组记为A组,推迟1周挤卵组记为B组,推迟2周挤卵组记为C组,研究推迟排卵后卵子内磷酸酶、苹果酸脱氢酶、唾液酸、总氨基酸以及脂肪酸含量等生化参数变化规律及延迟排卵与受精率的相关性。结果显示,推迟1周排卵后,B组受精率显著下降(P0.05),受精率由A组的86.66%降至57.14%;推迟2周后,C组受精率降至31.89%;卵内酸性磷酸酶活力随产卵期推迟而显著下降(P0.05),并与受精率存在显著正相关(P0.05,R~2=0.705);A组苹果酸脱氢酶活力显著高于B、C两组(P0.05,R~2=0.630),总氨基酸含量亦存在相似变化趋势,A、B组显著高于C组(P0.05,R~2=0.706);此外十四烷酸(C_(14:0))、十五烷酸(C_(15:0))、棕榈酸(C_(16:0))、棕榈油酸(C_(16:1n-7))、a-亚麻酸(C_(18:3n-3))、二十碳五烯酸(EPA)在总脂中比例均在正常组中最高,并与受精率存在显著正相关(P0.05),二十二碳五烯酸(C_(22:5n-3))、二十二碳六烯酸(DHA):二十碳五烯酸(EPA)均与受精率呈显著负相关(P0.05)。结果表明,卵子中磷酸酶、苹果酸脱氢酶、总氨基酸、脂肪酸含量与卵子活力存在相关性,在红鳍东方鲀人工授精时,在亲鱼卵子成熟后1周内进行人工挤卵最为适宜。     

基于径向基函数(RBF)神经网络的红鳍东方鲀体质量预测

基于表型性状预测红鳍东方鲀体重时,由于不同表型性状间的自相关、部分性状和体重之间的非线性关系以及线性回归方法自变量间的共线性,结果导致预测误差过大。为了解决这一问题,根据人工神经网络(Artificial Neural Networks, ANN)建模原理,采用径向基函数(Radial Basis Function, RBF) 模型,利用72个红鳍东方鲀样品的生长数据, 通过最近邻聚类算法, 构建了基于RBF神经网络的红鳍东方鲀体重预测模型,并采用线性回归检验法对所构建模型的可信度进行检验。结果发现,基于RBF神经网络预测模型的拟合优度为0.992,接近于1,而线性回归模型的拟合度为0.949。这表明: 基于RBF神经网络方法构建的预测模型消除了线性分析中自变量的共线性问题, 比线性回归预测模型的拟合度提高4.53%,预测精度高于线性回归方法。基于RBF神经网络体重预测模型的构建,为利用表型性状精确评估红鳍东方鲀的体重提供了一种新的方法。     

斑点叉尾肠道及其养殖环境菌群结构分析

为探究健康斑点叉尾(鱼回)肠道及其与养殖池塘水体中菌群结构的关系,采用16S rDNA高通量测序方法和生物信息学分析手段考察其肠道和养殖水体中微生物群落组成和多样性。多样性指数分析结果表明,斑点叉尾(鱼回)肠道菌群丰度和菌群多样性均较养殖水体低。斑点叉尾(鱼回)肠道中有69.57%的运算分类单元与水体中一致,水体中优势菌群主要为变形菌门、放线菌门和蓝藻门,而肠道中的优势菌群为拟杆菌门、梭杆菌门和厚壁菌门,说明肠道和养殖水体中的优势微生物种群的组成和丰度无明显的相关性,肠道中菌群组成有一定的独立性,其优势菌群结构几乎不受养殖环境菌群的影响。PICRUSt预测细菌表型发现,斑点叉尾(鱼回)肠道中以厌氧菌和革兰氏阳性菌为主;从生物膜形成和致病潜力表型可知,肠道和水环境中均存在大量条件致病菌。试验结果表明,池塘养殖健康斑点叉尾(鱼回)肠道微生物中的优势益生菌主要为鲸杆菌属和拟杆菌属,平均相对丰度高达36.60%和15.82%。本试验将为斑点叉尾(鱼回)的健康养殖和益生菌的筛选提供理论依据。