猪瘟病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立和初步应用

根据GenBank已发表的HCV 5'NTR核苷酸序列设计一对特异性引物,扩增位置在整个基因的221～377位,片段长度为167 bo.提取由厦门出入境检验检疫局技术中心动物实验室保存的HCV细胞毒的RNA,并反转录成cDNA,以此cDNA为模板建立了SYBR Green Ⅰ实时定量PCR检测猪瘟病毒的方法,并用该方法检测送检的临床疑似病料.结果表明:本研究建立的HCV-SYBR Green Ⅰ PCR特异性强,与FMDV、PCV2、PRRSV、PPV、PRV等常见猪病毒病病原没有交叉反应;灵敏度高,可以检测到5.3X 102的病毒拷贝数;操作简单,耗时短,只需3 h即可完成整个试验过程,可初步用于临床检测.     

羊口疮病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR法的建立

为建立快速、灵敏、特异的检测羊口疮病毒(ORFV)的方法,基于羊口疮病毒保守序列B2L基因合成一对用于建立SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR的特异性引物,将ORFV B2L全长基因和pMD19-T质粒载体连接,构建重组阳性质粒,以构建的重组质粒DNA作为模板,建立ORFV SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法。结果显示:所建立的ORFV SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法线性关系良好,重复性好,扩增效率高,无引物二聚体和非特异性扩增,最低检测限为2.13×101copies/μL,比普通PCR高出1 000倍,该方法对绵羊羊痘病毒和山羊痘病毒的核酸cDNA不检出,特异性好;对180份山羊全血样本进行ORFV检测,结果得出常规PCR阳性检出率为2.8%(5/180),荧光定量PCR阳性检出率为4.4%(8/180)。试验表明,本次建立的ORFV SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法特异性强、敏感度高、重复性好,适用于羊口疮病毒临床样本的检测。     

鸭腺病毒3型SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为建立鸭腺病毒3型(duck adenovirus 3,DAdV-3)一种基于SYBR Green I染料的荧光定量PCR诊断方法,本试验根据DAdV-3基因组序列中相对保守的Fiber-2基因,通过普通PCR扩增,构建pMD19-Fiber2重组质粒为阳性标准品,在此基础上设计合成特异性引物进行实时荧光定量PCR方法的建立,对其灵敏性、特异性和重复性进行评价,并初步应用于临床样本检测。结果显示,针对DAdV-3的Fiber-2基因建立的SYBR Green I荧光定量PCR检测方法线性关系良好,相关系数0.998 9;检测DAdV-3的灵敏度为3.6×10² copies/μL,敏感性比普通PCR检测方法高100倍;该方法对鸭腺病毒1型、鸭疫里默杆菌等其他常见病原均无交叉扩增反应,批内、批间变异系数均小于5%;临床样本检测与普通PCR符合率100%。以上结果表明,所建方法特异性强、敏感性高且重复性好,适用于临床检测,该方法可为DAdV-3的临床诊断、流行病学调查以及防控提供技术支持。     

PCV4 SYBR Green I实时荧光定量PCR方法的建立及应用

为建立一种灵敏、可快速检测猪圆环病毒4型（PCV4）的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法,根据PCV4 Rep基因的保守区域设计引物,建立针对PCV4的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法,并对该方法的特异性、灵敏性和重复性进行评价。结果显示,该检测方法的Ct值与标准品在5.64×102~5.64×109 copies/μL范围内呈良好的线性关系,R2为0.999,斜率为-3.638,检测下限为5.64×102 copies/μL,且无非特异性扩增。利用该方法对56份临床样品进行检测,发现PCV4核酸阳性率为3.57%,比普通PCR更灵敏可靠。结果表明,本试验建立的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法可用于PCV4的快速诊断。     

猪口蹄疫病毒MFIA xTAG检测方法的建立

为了提高猪口蹄疫病毒诊断准确性,针对口蹄疫病毒的3D基因建立了FMDV的xTAG检测方法。根据3D基因序列设计特异引物,上游引物5’端加TAG序列,下游引物5’端加生物素,进行PCR扩增,扩增产物与荧光编码微球和SA-PE杂交,在Luminex 200检测仪上读数。用所建立的MFIA xTAG检测方法进行特异性、灵敏度、重复性及病料样品的检测。结果表明,该方法的特异性强;检测的敏感性可达1×10~2 copies/μL;批内、批间的变异系数都在3%以下;检测结果与SYBR Green I荧光PCR方法100%相符。表明建立的液相基因芯片方法特异性好、灵敏度高、重复性好,可用于猪口蹄疫病毒的检测。     

基于牛呼吸道合胞体病毒F基因TB Green Ⅱ荧光定量PCR检测方法的建立

为了对牛呼吸道合胞体病毒(bovine respiratory syncytial virus, BRSV)进行准确定量检测，针对BRSV F基因设计特异性引物，构建pMD19T-BRSV-gF重组质粒，以其为模板优化反应条件及反应体系，建立TB GreenⅡ荧光定量PCR方法并应用于临床BRSV检测。结果显示，针对BRSV F基因建立的TB GreenⅡ荧光定量PCR方法标准曲线线性关系良好，相关系数为0.995 2;灵敏度高，BRSV最低检测限达3.9×10¹ copies/μL;特异性良好，可特异性检测出BRSV,对牛传染性鼻气管炎病毒和牛病毒性腹泻病毒的扩增呈阴性；重复性好，批内和批间重复性试验变异系数均小于2%。对50份临床样品进行检测，荧光定量PCR对BRSV的阳性检出率(26%)明显优于常规PCR方法(14%)。结果表明针对BRSV F基因建立的TB GreenⅡ荧光定量PCR检测方法适合BRSV的临床检测。     

猪星状病毒4型SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立一种快速检测猪星状病毒4型(PAstV4)的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR检测方法,根据已知的猪星状病毒4型序列的ORF1a基因设计了特异性引物,并将扩增片段克隆到pMD19-T载体上;将构建的重组质粒作为标准品建立SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR检测方法,并对建立方法的灵敏性、特异性及重复性进行验证。结果显示,建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法最低检测量为50.3拷贝·μL-1,其灵敏度是普通PCR的100倍;与CSFV、PRRSV、PRV、PEDV、PDCoV无交叉反应,特异性较好;建立的标准曲线呈良好的线性关系,相关系数R2=1.00。应用该方法检测了2018-2019年收集的43份临床样品,阳性率为18.6%。本研究为猪星状病毒4型的临床检测建立了一种快速、灵敏、特异性强的方法。     

猪星状病毒4型SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立一种快速检测猪星状病毒4型(PAstV4)的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR检测方法,根据已知的猪星状病毒4型序列的ORF1a基因设计了特异性引物,并将扩增片段克隆到pMD19-T载体上;将构建的重组质粒作为标准品建立SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR检测方法,并对建立方法的灵敏性、特异性及重复性进行验证。结果显示,建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法最低检测量为50.3拷贝·μL~(-1),其灵敏度是普通PCR的100倍;与CSFV、PRRSV、PRV、PEDV、PDCoV无交叉反应,特异性较好;建立的标准曲线呈良好的线性关系,相关系数R~2=1.00。应用该方法检测了2018—2019年收集的43份临床样品,阳性率为18.6%。本研究为猪星状病毒4型的临床检测建立了一种快速、灵敏、特异性强的方法。     

猪圆环病毒2型纳米PCR检测方法的建立及初步应用

建立一种高效、快捷、灵敏的猪圆环病毒2型(PCV-2)的检测方法,本研究根据PCV-2 ORF2基因的保守核苷酸区域设计一对特异性引物,建立了一种用于检测PCV-2的纳米PCR方法,对其反应条件进行优化,并用重组质粒PET28a-ORF2,以及PCV-2(DNA)、猪流行性腹泻病毒(cDNA)、猪瘟病毒(cDNA)和猪细小病毒(cDNA)分别作为模板,检测了该方法的灵敏性及特异性,同时对采集的临床样品进行检测。结果表明,该纳米PCR方法可以扩增出大小为636 bp的特异性片段;最佳的退火温度为54℃,胶体金浓度为0.5 nmol/L,最低可以检出1.0×10~2拷贝/μL,其灵敏度比普通PCR检测方法高10倍以上;对采集的新疆某大型种猪场的78临床份病料进行检测,其阳性检出数量比常规PCR的检出数量高4份样品,表明PCV-2纳米PCR方法具有较高的特异性和灵敏性。本研究建立的纳米PCR方法可用于PCV-2病原学的早期检测和分子流行病学调查;同时对于低病毒的临床样品的检测也提供了一种有效的技术手段。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

为建立猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的一种特异、灵敏、量化且耗时短的检测方法,通过设计1对PRRSV ORF7基因的引物,建立Eva Green染料的实时荧光定量PCR(real-time PCR)的检测方法,对该方法的特异性、灵敏性和重复性进行检验,并检测PRRSV疑似感染的临床病料。结果显示,所建立的real-time PCR检测方法标准曲线的线性相关系数R2=0.999,具有良好的线性关系;与传染性胃肠炎病毒(PEDV)、猪瘟病毒(CSFV)、伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV2)无交叉反应,特异性强;与常规RT-PCR检测方法相比,灵敏度提高100倍;重复试验表明变异系数系数在1%以下,重复性良好。对27份临床样品进行检测,结果比常规PCR多检出3份阳性。说明建立的real-time PCR检测方法在特异性、灵敏度、重复性方面均相比良好,可用于临床PRRSV的检测。     

Establishment of SYBR GreenⅠ Fluorescent Quantitative PCR Detection Method for Coxiella bumetii Q Fever

Primers were designed based on insert sequence IS1111 of Coxiella bumetii of Q fever, SYBR GreenⅠReal-time quantitative PCR assay was developed for indentification of Q fever. The recombinant plasmid containing the target sequence was constructed to detect the sensitivity and prepare the standard curve. The method could detect 10² of the plasmid copy numbers.Related coefficient was 0.991 of the standard curve,the amplification efficiency was 98%.The results of specific detection of nucleic acid sample for M.tuberculosis,Chlamydia,Brucella and bovine blood were negative. SYBR GreenⅠfluorescent quantitative PCR method developed in this study had high Brucella sensitivity and specificity,and could be used for clinical test.     

鸭呼肠孤病毒TaqMan与SYBR Green荧光定量检测方法的建立及比较

本研究旨在针对新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)建立两种快速、敏感、特异的荧光定量PCR诊断方法并对其临床实用性进行比较.试验根据呼肠孤病毒S1基因序列设计合成1对特异性引物和1条MGB探针,分别建立TaqMan和SYBR GreenI两种荧光定量PCR检测方法,并对两种方法的特异性、灵敏性、重复性进行比较.结果 显示,两种...     

猪传染性胃肠炎病毒SYBR Green I模式实时定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

登录GenBank下载猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的N基因序列,依据保守区设计一对特异性引物,采用SYBR GreenⅠ随机结合渗入法,建立检测猪传染性胃肠炎病毒的实时定量RT-PCR检测方法,成功构建了检测TGEV的标准DNA模板,循环阈值(Ct)与标准DNA模板在1.0×10-1.0×107拷贝/μl浓度范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.9985。该方法用于检测TGEV具有很高的特异性,其敏感性与常规PCR相比可以提高100倍,可以用于猪传染性胃肠炎病毒的快速检测。用建立的检测方法对82份临床样品进行了检测,和普通PCR检测结果100%相符。     

猪传染性胃肠炎病毒SYBR GreenⅠ模式实时定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

登录GenBank下载猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）的N基因序列,依据保守区设计一对特异性引物,采用SYBR GreenⅠ随机结合渗入法,建立检测猪传染性胃肠炎病毒的实时定量RT—PCR检测方法,成功构建了检测TGEV的标准DNA模板,循环阈值（Ct）与标准DNA模板在1．0×10-1．0×10^7拷贝／μl浓度范围内呈良好的线性关系,相关系数为0．9985。该方法用于检测TGEV具有很高的特异性,其敏感性与常规PCR相比可以提高100倍,可以用于猪传染性胃肠炎病毒的快速检测。用建立的检测方法对82份临床样品进行了检测,和普通PCR检测结果100％相符。     

基于toxR基因的SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测病原副溶血弧菌方法的建立

基于副溶血弧菌toxR基因保守序列设计1对特异性引物,建立了SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测副溶血弧菌的方法。常规PCR检测,副溶血弧菌扩增出大小为368bp的目的片段,其他4种病原细菌均为阴性;SYBRGreenⅠ实时定量PCR扩增曲线反映了PCR的指数增长阶段和平台阶段;在Tm为85℃,扩增产物的熔解曲线分析只出现1个单特异峰,无引物二聚体;所制作的标准曲线在2.7×108～2.7×102拷贝数之间有较好的线性关系,相关系数为0.998,能对副溶血弧菌进行准确的定量分析;该方法检测时间从核酸抽提到结果分析仅需4～5h,较传统方法敏感、操作简单,耗时短,是副溶血弧菌引起的水产动物疾病的快速诊断及食品中针对副溶血弧菌安全检测的有效手段。     

荧光定量RT-PCR检测犬瘟热方法的建立和应用

根据Gen Bank发表的犬瘟热病毒(CDV)的F基因序列,经过分析在F片段的保守区域内设计引物,建立了SYBR Green I荧光RT-PCR检测CDV的方法,并通过对厦门市宠物医院收集的临床发病和疑似发病的犬病料(包括眼分泌物、鼻拭子、唾液、血液、尿液等)的检测,结果表明:本研究建立的快速检测CDV的SYBRGreen I荧光RT-PCR方法具有特异性强、灵敏度高、操作简便等优点,值得推广应用。     

猪细小病毒SYBR Green Ⅰ模式实时定量PCR检测方法的建立

根据GenBank猪细小病毒(PPV)的NS1基因序列,设计一对特异性引物,采用SYBR Green Ⅰ随机结合渗入法,建立实时定量PCR检测方法,构建了检测PPV的标准DNA模版,循环阈值(Ct)与标准质粒DNA模板在7.8×101～7.8×108拷贝/μl浓度范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.997。该方法用于猪细小病毒的检测具有很高的特异性,其敏感性与常规PCR相比可以提高100倍,可以用于猪细小病毒的快速检测。     

HeLa细胞Ⅰ型干扰素效应因子实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

本试验旨在建立一种用SYBR GreenⅠ荧光染料检测HeLa细胞Ⅰ型干扰素效应因子ISG15、ISG56、Mx1、OAS和PKR mRNA表达水平的实时荧光定量RT-PCR检测方法,并在口蹄疫病毒(FMDV)L蛋白抑制Ⅰ型IFN发挥效应的信号通路中进行初步应用。利用TRIzol法提取总RNA,经Oligo d(T)15进行反转录,利用PCR扩增各段目的基因,并克隆至pMD18-T载体,转化大肠杆菌DH5α,经鉴定为阳性的重组质粒作为标准品模板建立SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR标准曲线和熔解曲线,并进行灵敏性、特异性和重复性试验。根据建立的实时荧光定量RT-PCR方法,检测FMDV L蛋白对Ⅰ型IFN效应因子的抑制效果。HeLa细胞在转染FMDV L蛋白真核表达质粒,并受到Ⅰ型IFN刺激后ISG15、ISG56、Mx1、OAS和PKR的相对表达量较转染空载体或表达GST的真核表达质粒明显降低。本试验建立了HeLa细胞Ⅰ型IFN效应因子的实时荧光定量RT-PCR检测方法,为在mRNA水平上对HeLa细胞Ⅰ型IFN效应因子的定量分析奠定了基础,并成功地初步应用于FMDV L蛋白抑制Ⅰ型IFN发挥效应的信号通路的研究中。     

绵羊BMP15基因B2突变可视化检测技术的建立

骨形态发生蛋白15（bone morphogenetic protein 15,BMP15）基因突变对绵羊排卵率、产仔数以及繁殖力有很大影响,本研究旨在建立快速可视化检测BMP15基因B2突变的技术。将改良的扩增阻滞突变系统（amplification refractory mutation system,ARMS）与核酸染料SYBR Green Ⅰ结合,针对BMP15基因B2突变设计ARMS特异性引物,使引物下游3'端的最后一个碱基为A,并在下游引物3'端的第3位碱基处设计额外的错配,以提高引物的特异性;经ARMS PCR扩增后,向产物中加入SYBR Green Ⅰ,通过肉眼观察PCR管内的颜色变化来检测BMP15基因的B2突变。经测序发现所采集的样本均为野生型,因此,利用重叠延伸PCR构建BMP15基因B2突变型模板,测序结果显示BMP15基因B2突变型模板构建成功。ARMS PCR结果显示,ARMS特异性引物能够只扩增突变型模板,而不会扩增野生型模板,且扩增效果良好。ARMS PCR扩增后加入SYBR Green Ⅰ发现已知野生型模板与阴性对照一致,呈SYBR Green Ⅰ原始颜色橙黄色,而已知突变型模板呈亮绿色,且色差明显,肉眼可辨。用建立的可视化检测BMP15基因B2突变的技术检测50个小尾寒羊基因组DNA （随机向其中20个样本中加入构建的BMP15基因B2突变型模板）,将可视化检测的突变型样本编号与混合样本时记录的编号对比,结果表明该技术能够准确检测绵羊BMP15基因的B2突变,且准确率高达100%。将构建的BMP15基因B2突变型的模板进行梯度稀释,对本试验可视化检测体系的灵敏度进行检测,发现ARMS可视化检测技术的灵敏度达到0.006 ng/μL。因此,本研究建立的技术能够可视化地检测绵羊BMP15基因B2突变,且准确率高,有望为高繁殖力绵羊的选育提供技术支持。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒PCR-DHPLC检测新技术的建立及应用

应用PCR结合变性高效液相色谱（DHPLC）技术检测猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）,根据PRRSV GP5基因的序列特点设计特异性引物,PCR扩增产物经DHPLC技术进行快速检测。以猪细小病毒、猪圆环病毒Ⅱ型、猪流感病毒、猪瘟病毒和猪伪狂犬病毒进行特异性试验,无交叉反应,具有较好的特异性和重复性;对阳性标准品的检测结果表明,所建立的PCR-DHPLC法灵敏度可达1.0×101拷贝/μL。对16份疑似病料分别应用本试验所建立的PCR-DHPLC法与SYBR GreenⅠ实时荧光PCR法、PCR-凝胶电泳法、病毒培养法进行检测,发现有15份荧光定量PCR阳性,15份PCR-DHPLC阳性,12份PCR-凝胶电泳阳性。结果表明,建立的PCR-DHPLC法具有特异、敏感、快速、重复性好等优点,可用于临床PRRSV感染的早期诊断以及分子流行病学调查。