滩羊羔羊瘤胃和小肠菌群多样性的比较研究

目的 研究滩羊羔羊瘤胃和小肠菌群多样性的差异。方法 选取健康的断奶滩羊公羔,屠宰后采集瘤胃、十二指肠、空肠和回肠内容物,利用16S rDNA高通量测序技术分析瘤胃和小肠菌群结构及多样性。结果 十二指肠样品Chao1指数高于瘤胃、空肠和回肠,瘤胃样品Shannon指数和Simpson指数均高于其他部位,但差异不显著（P>0.05）。瘤胃液中拟杆菌门（Bacteroidetes）、螺旋菌门（Spirochaetae）、丝状杆菌门（Fibrobacteres）的相对丰度显著（P<0.05）高于十二指肠、空肠和回肠,十二指肠中广古菌门（Euryarchaeota）的相对丰度与瘤胃相比有升高的趋势（0.05<P<0.10）,空肠和回肠中厚壁菌门（Firmicutes）的相对丰度显著（P<0.05）高于十二指肠。瘤胃中的未鉴定菌属（Unidentified）、理研菌属_RC9（Rikenellaceae_RC9_gut_group）、密螺旋体属_2（Treponema_2）、瘤胃球菌属_NK4A214（Ruminococcaceae_NK4A214_group）、普雷沃菌属_UCG-001（Prevotellaceae_UCG-001）相对丰度显著（P<0.05）高于十二指肠、空肠和回肠,空肠中Family_ⅩⅢ_AD3011_group相对丰度显著（P<0.05）高于其他部位。结论 滩羊羔羊瘤胃中细菌的多样性更丰富,瘤胃微生物与十二指肠、空肠和回肠的细菌区系显著不同。     

鸭不同肠段内菌群结构分析与拟杆菌分布研究

旨在分析健康鸭十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物菌群组成、多样性特征以及拟杆菌分布。本研究选择健康高邮鸭20只,公母各半,70日龄时无菌采集十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物,提取肠道内容物细菌基因组,利用IonS5TMXL平台进行高通量测序,分析肠道内容物菌群结构与丰度特征以及拟杆菌的分布。结果表明,十二指肠、空肠内容物菌群丰度显著高于回肠和盲肠内容物（P<0.05）,回肠内容物菌群多样性最低;十二指肠和空肠内菌群群落结构较为相似,与回肠,特别是盲肠的相似度较小。健康鸭肠内优势菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和梭杆菌门（Fusobacteria）,上述菌门在各肠段内容物中相对丰度不同;不同肠段内容物中定植了不同差异微生物物种,十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物中差异菌门分别是变形菌门、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门和拟杆菌门。鸭肠道中共分析到28种拟杆菌种,其中B.acidifaciens、B.barnesiae、B.caccae、B.caecicola、B.coprocola、B.sp和B.luti在盲肠内容物中显著聚类,且B.caecigallinarum、B.plebeius和B.barnesiae在鸭盲肠中优势定植。结果显示,鸭肠段空间显著影响了其内容物中菌群丰度与多样性,不同肠段内定植了差异的优势微生物物种,这可能与肠段小环境以及功能一致,在盲肠内容物中优势定植拟杆菌,推测可能与鸭盲肠生理生化功能相关。     

断奶前马驹与母马粪便菌群多样性分析

试验旨在探究断奶前马驹和母马粪便菌群多样性,为丰富此阶段马驹肠道菌群多样性提供依据。选取5匹5岁（2胎）、平均体重（453.34±54.23）kg、健康的纯血马母马,以及母马所生的5匹马驹,出生日期相近（±5 d）,平均体重（185.65±9.54）kg,3公2母。母马和马驹在相同环境下饲养,母马日粮组成及营养水平相同,马驹除哺乳外采食的粗饲料和精料补充料相同。马驹6月龄断奶,在断奶前1周用灭菌收粪袋采集母马和马驹的粪便样品。结果显示,母马粪便中菌群α多样性Chao1和ACE指数显著高于马驹（P < 0.05）,分别比马驹高18.94%和15.62%;母马与马驹共有的菌种数为1 399个,母马与马驹特有的菌种数分别为150和68个;在门水平,母马与马驹粪便中排在前十的菌分别是厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门、广古菌门、疣微菌门、螺旋体菌门、Unidentified_Bacteria、纤维杆菌门和无壁菌门,母马粪便中厚壁菌门丰度显著高于马驹（P < 0.05）;拟杆菌门母马比马驹高33.93%,差异不显著（P > 0.05）。由此可见,母马粪便菌群多样性显著高于断奶前马驹;母马与断奶前马驹粪便主要菌是厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门,母马粪便中厚壁菌门和拟杆菌门丰度均高于断奶前马驹。     

日粮中添加茉莉花渣对山羊营养物质表观消化率、瘤胃发酵及瘤胃菌群的影响

试验旨在探究日粮中添加茉莉花渣对山羊营养物质表观消化率、瘤胃发酵及瘤胃菌群的影响。选择健康无病、体重相近、4月龄的去势努比亚公羊24只，随机分为2组，每组12个重复，每个重复1只羊，对照组羊饲喂基础日粮，试验组在基础日粮中添加100 g/kg茉莉花渣，制成全价颗粒饲料。预试期7 d，正式试验期45 d。结果显示，与对照组相比，试验组山羊的粗蛋白表观消化率极显著降低（P<0.01），酸性洗涤纤维的表观消化率极显著提高（P<0.01）。微生物测序结果表明，对照组和试验组在门水平上的优势菌门均为厚壁菌门和拟杆菌门；试验组解琥珀酸菌属、普雷沃氏菌属＿UCG＿001和克里斯藤森菌科＿R＿7群相对丰度显著高于对照组（P<0.05），而未分类的拟杆菌科相对丰度显著低于对照组（P<0.05）。研究表明，日粮中添加茉莉花渣提高了纤维降解菌的相对丰度，改善了山羊对纤维物质的消化。     

复方中草药添加剂对生茸期梅花鹿瘤胃发酵及菌群结构的影响

试验旨在研究复方中草药添加剂对生茸期梅花鹿瘤胃发酵及菌群结构的影响。选取12头梅花鹿，随机分为2组，对照组饲喂基础饲粮，试验组饲喂基础饲粮+10 g/（头·d）复方中草药添加剂，预试期7 d，正式饲喂49 d。结果表明：(1)试验组瘤胃pH显著高于对照组（P<0.05），而丙酸浓度显著低于对照组（P<0.05）。(2)试验组Chao1和Ace指数显著低于对照组（P<0.05）。(3)在门水平上，试验组厚壁菌门和广古菌门的相对丰度显著高于对照组（P<0.05），而未分类细菌和放线菌门的相对丰度显著低于对照组（P<0.05）；在属水平上，试验组克里斯滕森菌科＿R-7菌属、醋酸菌属、瘤胃球菌属和瘤胃球菌科＿NK4A214菌属的相对丰度显著高于对照组（P<0.05）。综上所述，添加10 g/（头·d）的复方中草药添加剂能够提高生茸期梅花鹿瘤胃p H，降低瘤胃菌群丰富度并改变菌群结构。     

断奶前马驹与母马粪便菌群多样性分析

试验旨在探究断奶前马驹和母马粪便菌群多样性,为丰富此阶段马驹肠道菌群多样性提供依据。选取5匹5岁(2胎)、平均体重(453.34±54.23)kg、健康的纯血马母马,以及母马所生的5匹马驹,出生日期相近(±5 d),平均体重(185.65±9.54)kg,3公2母。母马和马驹在相同环境下饲养,母马日粮组成及营养水平相同,马驹除哺乳外采食的粗饲料和精料补充料相同。马驹6月龄断奶,在断奶前1周用灭菌收粪袋采集母马和马驹的粪便样品。结果显示,母马粪便中菌群α多样性Chao1和ACE指数显著高于马驹(P0.05),分别比马驹高18.94%和15.62%;母马与马驹共有的菌种数为1 399个,母马与马驹特有的菌种数分别为150和68个;在门水平,母马与马驹粪便中排在前十的菌分别是厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门、广古菌门、疣微菌门、螺旋体菌门、Unidentified_Bacteria、纤维杆菌门和无壁菌门,母马粪便中厚壁菌门丰度显著高于马驹(P0.05);拟杆菌门母马比马驹高33.93%,差异不显著(P0.05)。由此可见,母马粪便菌群多样性显著高于断奶前马驹;母马与断奶前马驹粪便主要菌是厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门,母马粪便中厚壁菌门和拟杆菌门丰度均高于断奶前马驹。     

添加菊粉和单宁对湖羊瘤胃挥发性脂肪酸和微生物区系的影响

研究旨在日粮中添加菊粉和单宁对湖羊瘤胃挥发性脂肪酸和瘤胃微生物区系的影响。试验采用单因素试验设计，选用体重相近、健康无病的断奶湖羊公羔24只，随机分为4组，每组6只。对照组饲喂基础饲粮，试验组Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组分别在基础饲粮中添加0.1%菊粉、0.1%菊粉+2%单宁、0.1%菊粉+2%单宁+4%聚乙二醇（polyethylene glycol,PEG）。饲养75 d后屠宰，采集瘤胃内容物用于测定瘤胃挥发性脂肪酸和微生物多样性。结果表明：试验Ⅱ组中乙酸/丙酸值显著提高（P<0.05）；试验Ⅲ组中异丁酸比例显著降低（P<0.05）。试验Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组中OTU数量、Chao1指数显著降低（P<0.05）。在门水平上，拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门的相对丰度占总菌门的95%以上。与对照组相比，试验Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组显著提高了拟杆菌门、变形菌门的相对丰度（P<0.05），显著降低了厚壁菌门、螺旋体门和纤维杆菌门的相对丰度（P<0.05）。在属水平上，与对照组相比，试验Ⅱ、Ⅲ组中理研菌科RC9菌属的相对丰度显著增加（P<0.05），而瘤胃球菌科NK4A214菌属的相对丰度显著降...     

四川白鹅不同肠段菌群多样性比较研究

试验利用Illimina MiSeq高通量测序对70日龄四川白鹅十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物进行微生物多样性分析。结果显示:①4个肠段微生物群落的α多样性(菌群丰度上)存在显著差异(P0.05);②4个肠段的菌群结构在6个菌门和13个菌属的相对丰度存在显著差异(P0.05);③盲肠微生物在7个菌属(脱硫弧菌属、拟杆菌属、拟杆菌属、相炭疽杆菌属、瘤胃球菌属、韦荣球菌属和Butycricimonas菌属)的相对丰度都显著高于其他3个肠段(P0.05),但是空肠的链球菌属和回肠的SMB53菌属的相对丰度均显著高于其他3个肠段(P0.05)。结果提示:鹅不同肠段的菌群组成存在显著差异,回肠和空肠微生物都参与粗纤维的消化,盲肠消化粗纤维的能力要强于其他3个肠段。     

葡萄籽原花青素对育肥猪生长性能、养分消化及粪便菌群的影响

试验旨在研究葡萄籽原花青素（Grape Seed Procyanidins,GSPs）对育肥猪生长性能、养分消化以及粪便菌群的影响。选取96头平均体重为70.16 kg的杜×长×大三元杂交猪按照单因素完全随机设计分为4个组,每组6个重复栏,每栏4头猪。对照组饲喂基础日粮,GSPs组在基础日粮中分别添加100、150、200 mg/kg GSPs。预试期5 d,试验期28 d。结果表明：日粮中添加不同浓度的GSPs对育肥猪生长性能无显著影响,但降低了粗蛋白质的表观消化率（P<0.001）;150、200 mg/kg GSPs组有机物的表观消化率低于对照组（P<0.001）;随着GSPs添加量的增加,猪粪便中厚壁菌门的相对丰度降低（P<0.05）,拟杆菌门升高（P<0.05）,变形菌门降低（P<0.05）;添加GSPs后乳杆菌科、梭菌科、瘤胃菌科的UCG-005、UCG-002、UCG-014菌属的相对丰度降低,而普雷沃氏菌科＿NK3B31＿group、普雷沃氏菌科＿UCG-001、拟普雷沃氏菌属、产粪甾醇真细菌的相对丰度增加。由此可见,育肥猪日粮中添加GSP...     

饲粮中添加谷氨酰胺对安哥拉兔肠道微生物结构的影响

为探究谷氨酰胺对安哥拉兔肠道菌群结构和多样性的影响，本试验选取8月龄体重、产毛量相近的安哥拉兔12只，随机分为2组，每组6个重复，每个重复1只兔。对照组饲喂基础饲粮，谷氨酰胺组在基础饲粮中添加0.9%谷氨酰胺，饲喂1个剪毛周期后，采集各试验兔新鲜粪便样品，采用Illumina MiSeq测序平台进行肠道菌群16S RNA高通量测序分析。结果表明：与对照组相比，饲粮中添加0.9%谷氨酰胺后，安哥拉兔肠道菌的Chao指数、Shannon指数显著提高（P<0.05）。在门水平上，家兔肠道中优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、髌骨细菌门（Patescibacteria）和放线菌门（Actinobacteria）；与对照组相比，饲粮中添加谷氨酰胺能显著降低厚壁菌门的相对丰度（P<0.05）。在属水平上，家兔肠道内优势菌属为g＿norank＿f＿Muribaculaceae、瘤胃球菌属（Ruminococcus）和瘤胃球菌科NK4A214群（Ruminococcaceae＿NK4A214＿group）；与对照组相比，饲粮中添加谷氨酰胺显著...     

不同淀粉源饲粮对肉仔鸡小肠消化酶活性、盲肠挥发性脂肪酸含量和微生物菌群的影响

本试验旨在研究不同淀粉源饲粮对肉仔鸡小肠消化酶活性、盲肠挥发性脂肪酸含量和微生物菌群的影响。选取1日龄健康爱拔益加(AA)肉仔鸡480只,随机分为5组,每组8个重复,每个重复12只鸡。5组分别饲喂玉米淀粉、豌豆淀粉、木薯淀粉、高粱淀粉和小麦淀粉配制的半纯合等氮等能饲粮,5组饲粮总淀粉水平一致。试验期21 d。结果表明:1)与玉米淀粉组、木薯淀粉组和小麦淀粉组相比,豌豆淀粉组肉仔鸡盲肠食糜中乙酸、丙酸和总挥发性脂肪酸含量显著提高(P<0.05),高粱淀粉组盲肠食糜中总挥发性脂肪酸含量显著提高(P<0.05)。2)高粱淀粉组肉仔鸡空肠食糜淀粉酶活性显著高于其他各组(P<0.05),木薯淀粉组肉仔鸡空肠和回肠食糜脂肪酶活性以及空肠黏膜脂肪酶、淀粉酶活性显著高于其他各组(P<0.05)。3)拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门和柔膜菌门是肉仔鸡盲肠的优势菌门。与小麦淀粉组、豌豆淀粉组和高粱淀粉组相比,木薯淀粉组和玉米淀粉组厚壁菌门相对丰度显著提高(P<0.05)。与玉米淀粉组、高粱淀粉组和小麦淀粉组相比,豌豆淀粉组的拟杆菌门、柔膜菌门、拟杆菌属和Odoribacter相对丰度显著提高(P<0.05),变形菌门、Melainabacteria、肠杆菌科未定义属、肠球菌属和副拟杆菌属(Parabacteroides)相对丰度显著降低(P<0.05)。综上所述,淀粉来源影响肉仔鸡的小肠消化酶活性,改变盲肠的发酵模式及微生物菌群,豌豆淀粉、木薯淀粉、玉米淀粉饲粮可增加肉仔鸡盲肠中的产酸菌群,促进微生物发酵,改善肠道菌群结构,促进有益菌生长。     

发酵饲料对仔鸡肠道微生物群落多样性影响

试验旨在研究发酵饲料对仔鸡十二指肠、空肠、回肠和盲肠中微生物菌群结构和多样性的影响,分析发酵饲料对仔鸡生长和健康的作用机理。选取1日龄海兰褐蛋仔鸡360只,随机分为3个处理组,每组6个重复,三组分别饲喂基础日粮、基础日粮+抗生素、基础日粮+发酵饲料,饲养56d,采用Illumina MiSeq测序技术测定各组蛋仔鸡肠道微生物群落结构和分布。结果显示:Chao1指数和Shannon指数表明,非发酵饲料组中微生物丰度和多样性均显著高于发酵饲料组,各组十二指肠、空肠、回肠的菌群丰度和多样性均显著高于盲肠;饲喂发酵饲料能显著增加乳杆菌丰度,同时降低肠道中脱硫弧菌属、螺杆菌等致病菌的数目,也间接证明乳杆菌可以抑制脱硫弧菌增殖,预防肠道疾病;饲喂发酵饲料能增加厚壁菌门丰度,显著降低拟杆菌门/厚壁菌门的比例,促进仔鸡的生长。     

丁酸梭菌后期干预对番鸭回肠和盲肠菌群结构的影响

本试验旨在通过16S r RNA基因测序技术研究饲料中添加丁酸梭菌对番鸭后期回肠和盲肠菌群结构的影响。试验选取49日龄番鸭360羽，随机分为两个组，每组9个重复，每个重复20羽。对照组饲喂基础饲粮（C组），试验组饲喂基础饲粮添加2×109CFU/kg丁酸梭菌（CB组），试验期为21 d。试验结束后，每个重复随机取1羽番鸭进行屠宰并测定腹脂、胸肌、腿肌重量，采集回肠和盲肠内容物，采用16S rRNA基因测序技术分析其菌群结构。结果表明：与C组相比，CB组番鸭的体重无显著变化（P> 0.05），腹脂率与C组相比显著上升19.5%(P <0.05)。16S rRNA基因测序结果表明，α多样性中各组差异并不显著。在门水平上，厚壁菌门（Firmicutes）、梭杆菌门（Fusobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）为番鸭回肠和盲肠的优势菌门；与C组相比，CB组回肠中厚壁菌门、梭杆菌门相对丰度增加，而拟杆菌门相对丰度减少；此外，在盲肠中变形菌门丰度有减少的趋势。在属水平上，回肠优势属...     

发酵豆粕对断奶仔猪生长性能、消化酶及肠道菌群结构的影响

【目的】本试验旨在探讨发酵豆粕(FSBM)对断奶仔猪生长性能、消化酶活性及肠道菌群结构的影响。【方法】试验选取48头21日龄断奶仔猪(杜×长×大,6.88 kg±0.13 kg),随机分为对照组和试验组,每组4个重复,每个重复6头猪。对照组饲粮为基础饲粮,试验饲粮用6%FSBM等量替代基础饲粮中的豆粕。试验期为20 d。试验期间记录采食量和体重。试验第21天,每个重复选取2头猪屠宰,收集回肠食糜测定消化酶活性和肠道菌群结构,并对两者进行相关性分析。【结果】(1)饲喂FSBM可显著提高断奶仔猪的终末体重和平均日增重(average daily gain, ADG),并显著降低了料重比(feed/gain, F/G)(P<0.05);(2)FSBM组断奶仔猪回肠中的胰蛋白酶和淀粉酶活性显著提高(P<0.05);(3)饲喂FSBM显著提高了断奶仔猪回肠食糜中拟杆菌门、普雷沃氏菌科NK3B31类群、厌氧弧菌属、瘤胃菌科UCG-005、普氏菌属2、巨型球菌属、副杆菌属、Solobacterium及毛螺菌科UCG-004的相对丰度,显著降低了链球菌属的相对丰度(P<0.05);(...     

核桃青皮及其提取物对黄羽肉仔鸡肠道形态、黏膜抗氧化性能及微生物多样性的影响

试验旨在探究添喂核桃青皮及其25%乙醇溶液提取物对黄羽肉仔鸡肠道形态、黏膜抗氧化性能及微生物多样性的影响。选取144只1日龄雄性黄羽肉鸡,随机分为3组,每组12个重复,每个重复4只鸡。对照组饲喂基础饲粮,试验Ⅰ和Ⅱ组分别在基础饲粮中添加1%的核桃青皮原粉和核桃青皮提取物,饲养至70日龄。试验结束后从每个重复中随机挑选1只,屠宰后取小肠,分别测定十二指肠、空肠和回肠绒毛高度和隐窝深度;刮取十二指肠黏膜,测定总超氧化物歧化酶（T-SOD）、铜锌型超氧化物歧化酶（CuZn-SOD）、锰型超氧化物歧化酶（Mn-SOD）、总抗氧化能力（T-AOC）、过氧化氢酶（CAT）及谷胱甘肽还原酶（GR）活性;取回肠内容物,采用16S rDNA高通量测序技术分析肠道微生物多样性及相对丰度的差异。结果显示,与对照组相比,添加核桃青皮及其提取物对黄羽肉鸡十二指肠、空肠和回肠绒毛高度、隐窝深度以及绒毛高度/隐窝深度比值均无显著影响（P>0.05）;对十二指肠黏膜T-SOD、CuZn-SOD、Mn-SOD、CAT的活性及T-AOC均无显著影响（P>0.05）;添加核桃青皮及其提取物后,回肠微生物物种数显著提高（P=0.05）,微生物多样性指数和物种丰富度指数明显增加,但差异不显著（P>0.05）。对照组黄羽肉仔鸡回肠菌群在门水平上主要是厚壁菌门,超过总细菌的99%。添加核桃青皮粉及其提取物使厚壁菌门丰度明显下降,而拟杆菌门的丰度明显增加,但均差异不显著（P>0.05）。乳杆菌属是对照组黄羽肉仔鸡回肠菌群最主要的属,平均占71%。添加核桃青皮及其提取物后,肠道中的乳杆菌属的相对丰度有所下降（P>0.05）,对照组黄羽肉仔鸡回肠中以鸟乳杆菌、唾液乳杆菌、敏捷乳杆菌、果囊乳杆菌和罗伊氏乳杆菌为主要的已知菌种,添加核桃青皮原粉及其提取物后鸟乳杆菌的丰度显著增加（P<0.05）,添加核桃青皮提取物后敏捷乳杆菌的丰度显著增加（P<0.05）。由此可见,在黄羽肉仔鸡饲粮中添加1%核桃青皮或其提取物不影响肠道形态结构和黏膜抗氧化能力,但肠道微生物多样性和物种丰富度提高,有益菌鸟乳杆菌和敏捷乳杆菌丰度增加。     

应用高通量测序技术分析青海牦牛引进山东后瘤胃菌群的变化

试验旨在探讨不同的饲养环境及日粮结构对牦牛瘤胃菌群结构的影响，应用高通量测序技术分析了青海牦牛引进山东后的瘤胃菌群变化情况。结果表明，青海牦牛瘤胃液可见物种（Observed species）及Chao1指数（Chao1 index）与引进牦牛瘤胃液相比差异极显著（P<0.01），ACE指数差异显著（P<0.05）；青海牦牛菌群丰度显著高于引进牦牛，说明青海牦牛引进山东后瘤胃菌群丰度发生了显著变化，而引进前后牦牛瘤胃液香浓指数（Shannon index）以及辛普森指数（Simpson index）差异不显著（P>0.05），说明青海牦牛引进山东后瘤胃菌群多样性未显著改变。测序数据表明，牦牛瘤胃液中丰度较高的菌群依次是拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、疣微菌门、互养菌门、软壁菌门、纤维杆菌门；青海牦牛引进山东后菌群结构比例变化显著的门是浮霉菌门和装甲菌门（P<0.05），变化显著的属是颤杆菌克属和帕匹杆菌属（P<0.05）。数据分析得出，拟杆菌和理研菌科在青海牦牛瘤胃液中起重要作用，而普雷沃氏菌科、琥珀酸弧菌科和产气单胞菌在引进山东牦牛瘤胃液中起主要的作用，推测饲养环境及日粮结构的改变导致了瘤胃菌群及其相关功能的改变。本研究为地域和日粮结构的变化对牦牛瘤胃菌群结构的影响提供了理论依据。     

发酵沙柳对西门塔尔后备母牛瘤胃发酵参数及微生物多样性的影响

为探讨发酵沙柳对西门塔尔后备母牛瘤胃发酵参数及微生物多样性的影响，试验选择18头12月龄、健康的西门塔尔后备母牛，随机分为2组，对照组（CK组）和试验组（SP组）分别饲喂以玉米秸秆黄贮和发酵沙柳为主的全混合日粮65 d，经口采集瘤胃液，测定发酵参数和微生物多样性。结果表明：CK组瘤胃液pH、氨态氮含量低于试验组，但均无显著差异（P>0.05）;CK组微生物蛋白（MCP）含量显著高于SP组（P<0.05）；两组瘤胃液中总挥发性脂肪酸、乙酸、丙酸、丁酸含量以及乙酸/丙酸值均无显著差异（P>0.05）。CK组和SP组Chao指数分别为1 410和2 015,CK组显著低于SP组（P<0.05）。门水平上，CK组厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度极显著低于SP组（P<0.01）；属水平上，SP组克里斯滕森菌属（Christensenellaceae＿R-7＿group）相对丰度显著高于CK组（P<0.05）,CK组普雷沃氏菌属（Prevotella＿1）相对丰度显著高于SP组（P<0.05）。说明发酵沙柳饲喂西门塔尔后备母牛可降低瘤胃液MCP含量...     

重庆地区3个地方品种哺乳仔猪和断奶仔猪结肠菌群比较研究北大核心CSCD

本研究旨在通过监测重庆地区特色动物品种合川黑猪、盆周山地猪和荣昌猪断奶前后的结肠菌群结构,比较分析不同猪种断奶前后的结肠菌群组成特点,探讨断奶前后2个阶段以及不同品种对仔猪肠道菌群的影响。试验样品采集于2018年4月,每个猪种随机选取5头哺乳仔猪(21~25日龄,35日龄断奶)和5头断奶仔猪(30~40日龄),无菌采集每头猪的结肠内容物,提取总DNA,利用细菌通用引物对16S rRNA的V3~V4区进行扩增,通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序,对优化后的测序序列进行统计分析。结果表明:3个地方猪种哺乳仔猪和断奶仔猪的结肠内容物菌群主要由厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)组成。beta多样性分析发现,哺乳仔猪和断奶仔猪的结肠菌群明显分成了2簇,而3个猪种间的结肠菌群未出现明显组内聚类。在门水平上,梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)在哺乳仔猪结肠内容物中的相对丰度均显著高于断奶仔猪(P<0.05),而不同品种间各菌门相对丰度没有显著差异(P>0.05)。在属水平上,拟杆菌属(Bacteroides)、梭杆菌属(Fusobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、红螺菌属(Rhodospirillum)和Bradymonadales 5个主要细菌属在哺乳仔猪结肠内容物中的相对丰度显著高于断奶仔猪(P<0.05),而普氏菌属(Prevotella)、Intestinibacter和溶杆菌属(Solobacterium)等8个主要细菌属在断奶仔猪结肠内容物中的相对丰度显著高于哺乳仔猪(P<0.05);不同品种间仔猪结肠内容物中的真细菌属(Eubacterium)、红螺菌属(Rhodospirillum)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)的相对丰度存在显著差异(P<0.05)。以上结果表明,断奶前后2个生长阶段对仔猪结肠菌群的影响较不同品种更为明显。     

早期断奶对藏西北白绒山羊小肠微生物组成及屏障基因表达的影响

本试验旨在研究早期断奶对藏西北白绒山羊羔羊小肠屏障基因表达量及回肠微生物群的影响，为提高牧区山羊高效健康养殖提供理论依据。选用18只体况良好、生长健康，初生重为（2.25±0.18）kg的雌性藏西北白绒山羊羔羊，随机分为2组，羔羊分别于28日龄（D28）和60日龄（D60）实施早期断奶，所有羔羊在断奶后饲喂相同的固体颗粒料至75日龄。结果表明：D28组羔羊小肠黏膜损伤较小，回肠绒毛高度、隐窝深度、肌层厚度与D60组相比无显著差异，D28组十二指肠绒毛高度高于D60组（P<0.01）,D28组空肠绒毛宽度高于D60组（P<0.01）,2组羔羊十二指肠、空肠、回肠绒毛高度与隐窝深度比值均无显著差异。小肠上皮的促凋亡（Bax、Caspase-8）和紧密连接蛋白（ZO-1、Claudin-1）基因表达无显著差异，而D28组羔羊显著降低了回肠上皮INF-γ、TNF-α等促炎因子基因的表达量。16S rRNA基因测序发现，D28组回肠中Clostridium＿XlVa相对丰度上升、Bifidobacteriaceae丰度降低（P<0.05）。综上，在高海拔极端条件下，对藏西北白绒...     

应用Illumina NovaSeq测序技术对骨癌患犬肠道菌群的分析

通过分析骨癌患犬与健康犬肠道菌群组成与基因功能预测，筛选出作为犬骨癌评价依据的细菌，为下一步犬益生菌制剂的开发提供理论依据。本研究采集骨癌患犬与健康犬的新鲜粪便并提取其DNA进行Illumina NovaSeq高通量测序。结果显示：2组犬肠道菌群的Shannon、Simpson、Chao1指数无显著差异(P>0.05),骨癌组犬的ACE和Observed＿species指数显著低于健康组(P<0.05)。在门水平上，犬骨癌组肠道中梭杆菌门(Fusobacteriota)和拟杆菌门(Bateroidota)的平均相对丰度显著高于健康组(P<0.05),而变形菌门(Proteobacteria)显著低于健康组(P<0.05);在属水平上，犬骨癌组肠道中梭杆菌属(Fusobacterium)和拟杆菌属(Bacteroides)的平均相对丰度显著高于健康组(P<0.05),而布劳特氏菌属(Blautia)、乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)和Turicibacter属显著低于健康组(P<0.05)。PCoA分析表明...