果子狸源呼肠孤病毒MPC/04株全基因组序列测定与分析

为获得果子狸源呼肠孤病毒(MRV)Masked Palm Civet/China/Liu/2004(MPC/04)株的全基因序列,本研究根据GenBank中登录的哺乳动物MRV基因序列设计了22对引物,运用RT-PCR技术对该毒株的各个基因片段进行了扩增和同源性分析,并绘制系统发育进化树。结果显示该毒株L1、L2、M1和S3基因核苷酸序列与SARS病人体内分离到的SARS病毒T2/BYD1/human/Song/2006(T2S)株同源性较高,该病毒株L3、M2、M3、S1、S2和S4基因核苷酸序列与病猪体内分离到的MRV株SC-A/pig/Zeng/2006(SC-A)同源性较高,系统发育进化树同样表明各个病毒株的不同基因节段均具有不同的进化过程,推测MRV不同病毒株之间存在重配现象。通过MPC/04株S1基因同源性分析和核苷酸系统发育进化树分析,表明该病毒株S1基因与MRV血清3型的S1基因同源性较高,而与其它血清型的同源性较低,因此初步判断该病毒株血清型为血清3型。     

利用宏基因组学鉴定藏猪腹泻粪便病毒种群

为进一步了解藏猪腹泻粪便中病毒种群，从青藏高原地区16个藏猪场采集腹泻粪便样本146份，将样本混合成一个pool样，提取RNA反转录成cDNA，建库后利用TruSeq Illumina测序，对测序的序列进行整理分析及相关病毒的分子特征进行研究。数据分析结果表明：藏猪腹泻粪便样本病毒种群包括11个病毒科的19种病毒，主要以线性和环状的小DNA病毒为主，如猪粪相关环状病毒7型、猪腺病毒和猪博卡病毒（PBoV）等；与腹泻相关的病原有猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪圆环病毒2型（PCV-2）和牛病毒性腹泻病毒1型（BVDV-1）3种；与腹泻相关的新发病原有porcine bufavirus、rabovirus和pasivirus 3种。利用SOAP软件组装出猪细小病毒6型（PPV-6）、PCV-2、PBoV-2完整或接近全长的基因组和戊型肝炎病毒（HEV）完整的ORF2基因序列，系统发育结果显示PPV-6和PCV-2与参考毒株有较近的遗传进化关系，PBoV-2与参考毒株有较远的遗传进化关系，单独聚为一簇，可能是一个全新的基因型。为进一步调查PCV-2在藏猪腹泻粪便中的检出率，对采集146份样本进行检测，检出率为10.96%（16/146，95% CI：6.4%~17.2%），且与四川地区PCV-2流行株有较近的亲缘关系。本研究发现藏猪腹泻粪便中病毒种类复杂多样，且可能存在与其他动物和人交叉感染情况，具有重要的公共卫生学意义，也为藏猪腹泻病防控提供一定的理论依据。     

2株Ⅰ群禽腺病毒的分离鉴定及致病性分析

为了解山东省禽腺病毒（fowl adenovirus,FAdV）毒株的基因遗传演化情况及致病性,本试验对山东省两家疑似暴发鸡包涵体肝炎和心包积液综合征鸡场采集的病料（肝脏、脾脏）进行PCR鉴定,并将鉴定为FAdV的2份阳性病料提取病毒液,接种鸡肝癌细胞（LMH）进行毒株传代培养和细胞病变（CPE）观察、PCR检测、TCID₅₀测定、鸡胚致病性试验、SPF鸡回归试验、病毒hexon部分基因扩增及序列分析。结果显示,试验成功分离到2株FAdV,2株分离株细胞传第1代即可观察到CPE,PCR均可扩增出大小为500 bp的片段,且2株分离株细胞F5代TCID₅₀分别为10^-7.75/0.1 mL和10^-7.60/0.1 mL,均对7日龄SPF鸡胚有强致病性;第1分离株和第2分离株对21日龄SPF鸡攻毒死亡率分别为80%和15%。hexon基因核苷酸同源性分析结果显示,第1分离株与FAdV-4株同源性最高（99.57%）,第2分离株与FAdV-8b株同源性最高（99.18%）。这2株FAdV分离株均与Ⅰ群禽腺病毒同源,与火鸡出血性肠炎病毒（HEV）所在的血清Ⅱ群及减蛋综合征病毒（EDSV）所在的血清Ⅲ群禽腺病毒位于不同分支。第1分离株基因型为C型,血清型为4型,命名为FAdV-SDC4株;第2分离株基因型为E型,血清型为8b型,命名为FAdV-SDE8b株。综上所述,FAdV-SDC4和FAdV-SDE8b株属于近几年国内流行毒株。本研究结果可为鸡包涵体肝炎、心包积液综合征的防控工作和疫苗株的选择提供科学依据。     

实时荧光定量RT-PCR检测牛库布病毒

牛库布病毒（bovine kobuvirus，BKoV）可能是一个腹泻相关病原，目前还没有检测该病毒的实时荧光定量RT-PCR方法的报道。依据BKoV 3D核苷酸序列，采用Primer 6.0设计了一对引物，通过优化反应条件和反应体系，成功建立了检测BKoV的TB Green染料法实时荧光定量RT-PCR方法。结果显示此方法在4.86×10⁸~4.86×10² copies·μL^-1病毒浓度之间具有良好的线性关系，相关系数为0.999 5，扩增效率为92.75%；此方法只特异性检测BKoV，而与其他常见的腹泻病原没有交叉反应；组内及组间的变异系数均小于2%；最低检测下限为4.86×10² copies·μL^-1。本研究所建的实时荧光定量RT-PCR方法对奶牛和牦牛腹泻粪便样本中BKoV的检出率明显高于已报道的3篇有关RT-PCR方法。对2018年5月-2019年5月采集自青藏高原地区（青海、西藏和四川藏区）的131份牦牛腹泻粪便样本进行检测，结果显示BKoV检出率为31.30%。首次成功建立了检测BKoV的实时荧光定量RT-PCR方法，具有良好的特异性和稳定性，且灵敏度高，为BKoV的检测及流行病学调查提供了一种新的技术手段；并且首次证实BKoV在牦牛中的流行，为牦牛腹泻的防控问题提供了参考。     

北京地区仔猪大肠杆菌血清型鉴定及其毒力因子检测

本试验旨在调查北京地区仔猪腹泻的原因及猪源大肠杆菌血清型、毒力因子的分布情况。收集北京京郊地区仔猪腹泻样本400份,应用含2%血清的TSA培养基分离大肠杆菌,通过血清型鉴定试验和毒力因子检测验证O抗原。结果显示,400份样本中分离到64株大肠杆菌,定型42株。其主要为O101型（18.7%）、O64型（12.5%）、O8型（10.9%）、O20型（10.9%）、O45型（4.7%）、O149型（4.7%）、O2型（1.6%）、O89型（1.6%）8种血清型,其携带的毒力因子为STa、Stx2e、astA和eaeA等。结果表明,引起京郊仔猪腹泻的大肠杆菌主要有8个血清型,其中O101型发病比例最高。其携带的毒力因子主要为astA和eaeA,占全部菌株的50%以上,STa和Stx2e因子占全部菌株的30%以上。本试验结果将为今后京郊地区仔猪腹泻病的防控提供有效的数据支持。     

牦牛源牛冠状病毒部分基因的扩增、序列分析及病毒分离鉴定

本试验的目的是对青藏高原地区牦牛进行牛冠状病毒(bovine coronavirus,BCoV)的分子流行病学调查,并分离牦牛源BCoV。采用RT-PCR方法检测西藏、青海、四川、云南的犊牦牛腹泻粪便中BCoV,并扩增其S、HE及N基因片段;选取阳性样本进行BCoV分离。结果显示:从336份犊牦牛腹泻粪便中检出232份BCoV阳性,检出率为69.05%。序列分析和系统发育分析显示,本试验克隆的32个BCoV阳性样本中的S1亚基序列、HE基因片段和N基因片段均有独特的遗传进化趋势;首次成功分离到1株牦牛源BCoV,蚀斑纯化后病毒TCID50为10-7.17·0.1mL-1,鉴定结果显示该毒株S基因发生了重组事件。本试验结果表明青藏高原牦牛源BCoV感染率很高,且有独特的遗传进化趋势。     

广西地区水牛E2型牛肠道病毒的分离和鉴定

为了解广西地区水牛感染中肠道病毒(BEV)的情况，本研究在广西南宁某水牛规模养殖场腹泻粪便样品中成功分离出2株BEV,分别命名为GXNN2106和GXNN2102。将2株病毒空斑纯化后测定GXNN2106毒株TCID₅₀为10^7.99/0.1 mL,GXNN2102毒株TCID₅₀为10^7.37/0.1 mL。多步生长曲线结果显示，GXNN2106毒株在MDBK细胞中复制增殖良好。经BEV VP1、5′UTR特异性引物逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)鉴定，2株病毒均属于E2型，与其他E2型BEV 5′UTR核苷酸同源性为75.7%～78.6%,VP1核苷酸同源性为87.1%～91.1%。本研究首次在广西地区水牛粪便中分离得到E2型BEV毒株，为广西水牛源牛肠道病毒的流行分布情况和疫苗的研发提供数据支持。     

一株牦牛源G6P[11]型牛轮状病毒的分离鉴定及部分基因的序列分析

本研究的目的是分离、鉴定牦牛源牛轮状病毒(bovine rotavirus, BRV)。将经RT-PCR检测BRV阳性的牦牛腹泻粪便样本接种MA-104细胞,进行病毒分离和鉴定,并对其VP4、VP6和VP7完整基因进行测序,分析其分子特征。结果显示:病毒盲传3代后出现细胞病变,至第7代后出现细胞病变的时间稳定,经蚀斑纯化后测得病毒滴度为10^8.39TCID₅₀·mL^-1。分离株经RT-PCR、间接免疫荧光和电镜观察证实为BRV,命名为HY-1株;扩增HY-1株VP4、VP6和VP7完整基因序列,分析表明HY-1株为G6P[11]I2型;系统发育树显示,HY-1株VP4、VP6和VP7节段分别与中国牛源DQ-75株和印度牛源M-1和RUBV319株遗传演化关系最近,可能为重配毒株。与国内的G6型和P[11]型BRV毒株相比,HY-1株的VP4和VP7蛋白重要氨基酸位点变化较大。成功分离得到一株牦牛源BRV,基因型为G6P[11]型,为我国首次报道。     

猪链球菌种及其主要致病血清型多重PCR检测方法的建立

根据猪链球菌谷氨酸脱氢酶基因和血清型1型、2型、1/2型、7型、9型和14型的荚膜多糖编码基因核酸序列,分别设计猪链球菌种和血清型特异性引物,建立并优化多重PCR检测方法,检测分析种属背景明确的73株菌株（其中猪链球菌49株、其他对照菌株24株）及临床分离样本94株（包括四川资阳临床分离样本45株）。其中73株种属背景明确菌株多重PCR种检测结果符合率为87.5%,6种主要致病血清型检出率可达100%。24株对照菌株在种和血清型检测均为阴性。对45株四川猪链球菌病暴发现场分离菌株进行检测,其中41株为猪链球菌2型。上述结果提示建立的多重PCR方法对猪链球菌种及主要致病血清型的检测具有较好的特异性和敏感性,可用于猪链球菌病的快速诊断和流行病学调查。     

腹泻牦牛产毒素大肠杆菌感染情况调查及耐药性检测

为了解腹泻牦牛产毒素大肠杆菌(ETEC)的感染情况及分离菌株的耐药情况,试验采用麦康凯平板对2015年10月份采自川西北甘孜州和阿坝州腹泻牦牛的新鲜粪便样品,进行ETEC的分离培养和ETEC K99基因PCR扩增鉴定,并对ETEC K99阳性菌株进行耐热肠毒素(ST)和热敏性肠毒素(LT)基因PCR扩增,K-B纸片扩散法做耐药性检测。结果表明:48份腹泻粪便中检出41份ETEC,ETEC K99检出率85.4%(41/48),而ST检出率9.76%(4/41),LT未检出;所有ETEC菌株对美罗培南和头孢唑啉100%敏感,对其他头孢类、喹诺酮类和氨基糖苷类敏感性高于90%,对阿莫西林/克拉维酸不敏感。可见分离鉴定的腹泻牦牛ETEC对大部分药物的敏感性较高,头孢唑啉可治疗由ETEC引起的牦牛腹泻。     

川西北牦牛3种病毒性腹泻病血清学调查

The objective of this study was to investigate the epidemic of three viral diarrhea diseases of yaks in northwest Sichuan province and provide certain scientific basis for controlling this kind of disease. 1070 yak serum samples from 8 counties of Aba state in northwest Sichuan province were detected by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) to investigate prevalence of BVDV, BCV and BRV. The results showed that the average positive rates of BVDV, BCV and BRV antibody were 44.3%, 84.1% and 94.4%, respectively. The BVDV, BCV and BRV of yaks were widespread in northwest Sichuan province, further comprehensive prevention and control measures of viral diarrhea diseases should be strengthened in this region.     

Virological and molecular characterization of a mammalian orthoreovirus type 3 strain isolated from a dog in Italy

A mammalian orthoreovirus (MRV) strain was isolated from a pup with fatal diarrhea, which had a concurrent infection by canine parvovirus type 2. The reovirus isolate showed an atypical hemagglutination pattern and a retarded electrophoretic mobility of the S1 segment, which is characteristic of MRV type 3 (MRV-3). Assignment of the isolated virus to MRV-3 was confirmed by type-specific RT-PCR assays, targeting the S1 gene, and by subsequent sequence analysis of the PCR product. By phylogeny based on the S1 gene of several MRVs, the isolate fell into lineage E, along with the murine strain T3C9/61 and the bovine strains T3C18/61 and T3C31/59. Conversely, L1 sequences were found to segregate regardless of the viral type. A total of 110 fecal samples, 56 nasal and 31 ocular swabs from dogs with diarrhea or nasal/ocular discharge were tested by a nested-PCR assay specific for reoviruses, and no sample was found to contain MRV RNA, a finding that is apparently in contrast with the seroprevalence (25.77%) observed in dogs.     

牦牛病毒性腹泻/黏膜病和传染性鼻气管炎血清学调查

为掌握青海省大通种牛场和海晏县牦牛病毒性腹泻/黏膜病、传染性鼻气管炎的感染和流行情况,2010年3月至5月在大通种牛场和海晏地区采集252份牦牛血清样品,应用定量酶联免疫吸附试验（ELISA）对牦牛病毒性腹泻/黏膜病和传染性鼻气管炎的进行了血清抗体检测。结果显示,大通种牛场牦牛群中牛病毒性腹泻/黏膜病阳性率为23.42%,传染性鼻气管炎阳性率为65.45%;海晏县牦牛群中牛病毒性腹泻/黏膜病阳性率为19.86%,传染性鼻气管炎阳性率为4.96%。     

青藏高原牦牛感染BVDV和BEV的分子流行病学调查

为了解青藏高原地区牦牛牛病毒性腹泻病毒(BVDV)和牛肠道病毒(BEV)的感染情况,应用RT-PCR对青藏高原地区(西藏、青海、四川和云南)共计222份出现腹泻症状的牦牛粪便样品开展了分子流行病学调查。从222份样品中,检出44份BVDV阳性,BVDV阳性检出率为20%(95%CI:15.5%~25.6%);检出65份BEV阳性,BEV阳性检出率为29.4%(95%CI:24.1%~35.0%);BVDV/BEV混合感染阳性率为4.8%(95%CI:2.5%~8.0%)。结果表明,所有被检地区牦牛均存在BVDV和BEV感染,且部分地区感染较为严重,有混合感染的情况。研究结果旨在为青藏地区牦牛腹泻的综合防控措施提供基本数据,丰富BVDV和BEV的分子流行病学调查资料。     

检测牛5种腹泻病毒的多重RT-PCR方法的建立及应用

牛A群轮状病毒（BRVA）、牛冠状病毒（BCoV）、牛病毒性腹泻病毒（BVDV）、牛诺瓦病毒（BNoV）和牛纽布病毒（BNeV）是引起犊牛腹泻的常见病毒,且临床上多存在混合感染的情况。本试验的目的是建立可以同时检测上述5种病毒的多重PCR方法。通过设计引物,优化反应体系和条件,成功建立了可同时检测BRVA、BCoV、BVDV、BNoV和BNeV的多重PCR方法。该方法只特异性检出目标病毒,而对牛星状病毒、牛嵴病毒、牛细小病毒、产肠毒素大肠杆菌、沙门菌和空肠弯曲杆菌等腹泻病原均无扩增,具有良好的特异性和稳定性。对BRVA、BCoV、BVDV、BNoV、BNeV的最低检测下限分别为1.63×10⁵、2.0×10⁶、1.9×10⁵、1.96×10⁵和2.0×10⁵copies·μL^-1。比较试验表明,该多重RT-PCR方法与检测单一病毒的RT-PCR方法的符合率为100%。利用该方法对2019—2020年采集自川西北草原的220份牦牛腹泻样本的检测结果表明,BRV的检出率为40.5%、BNoV的检出率为5.9%、BNeV的检出率为4.5%,而BVDV和BCoV无检出。本研究建立的多重RT-PCR方法可同时检测犊牛腹泻粪便样品中的5种常见腹泻病毒,为牛腹泻的快速诊断提供了技术支持。     

牦牛源牛链球菌的分离鉴定及部分生物学特性研究

本研究旨在从腹泻牦牛粪便中分离鉴定牛链球菌,并分析其溶血性、对小鼠的致病性及对抗菌药物的敏感性。将川西北阿坝州45份腹泻牦牛粪便于血平板上划线,37℃、5% CO₂培养24 h分离细菌,经16S rRNA序列扩增测序和系统发育分析鉴定出14株牛链球菌,其中8株巴黎链球菌,6株解没食子酸链球菌巴氏亚种;9株呈α溶血,5株呈β溶血。分离鉴定的牦牛源巴黎链球菌和解没食子酸链球菌巴氏亚种能引起试验小鼠的轻度腹泻;药敏试验结果显示分离菌株对青霉素、头孢噻肟、万古霉素、乙酰螺旋霉素、环丙沙星、利福平、替考拉宁、氨苄西林和庆大霉素共9种抗生素高度敏感,对链霉素、卡那霉素、林可霉素、红霉素、四环素和克林霉素耐药率较高。本研究阐明了牦牛源链球菌的部分生物学特性,为该病的防控奠定了基础。     

Isolation,Identification and Biological Characteristics Research of Streptococcus bovis from Yak

The objective of this study was to isolate and identify Streptococcus bovis from yak, and detect their hemolytic, pathogenicity and antimicrobial susceptibility. 45 fecal samples collected from the diarrheal yaks in Aba state in Northwest Sichuan province were used to isolate Streptococcus bovis with sheep blood culture media under 37℃ and 5% CO₂ condition cultured for 24 h. The isolated bacteria were identified by 16S rRNA amplification and sequencing. Total 14 Streptococcus bovis were identified, among which, 8 Streptococcus lutetiensis strains and 6 Streptococcus gallolyticus strains. 9 Streptococcus bovis strains showed α hemolytic, and 5 Streptococcus bovis showed β hemolytic. Both Streptococcus lutetiensis and Streptococcus gallolyticus caused the experimental mice mild diarrhea. The isolated 14 Streptococcus bovis were sensitive to penicillin, cefotaxime, vacomycin, acetylspiramycin, ciprofloxacin, rifampicin, teicoplanin, ampicillin and gentamicin, and highly tolerant to streptomycin, kanamycin, lincomycin, erythrocin, tetracycline and clindamycin.This study illustrated the biological characteristics of the isolated Streptococcus bovis from yak, which made the basis for the prevention and control of diseases caused by Streptococcus bovis.     

Seroprevalence of bovine viral diarrhea infection in Yaks (Bos grunniens) on the Qinghai-Tibetan Plateau of China

The seroprevalence of bovine viral diarrhea virus (BVDV) infection in yaks was investigated in Qinghai and Tibet of China during the year 2011. A total of 549 (Tibet 287, Qinghai 262) serum samples was collected from Tibet and Qinghai and were examined for BVDV p80 antibody by ELISA. The results of the experiment showed that 145 (53.65 %) of Tibetan samples and 189 (72.14 %) of Qinghai’s samples were positive for BVDV. The observations of the present study suggest that bovine viral diarrhea is common in yaks in Tibet and Qinghai, China.     

河北省唐山市奶犊牛病毒性腹泻流行病学调查

试验旨在掌握河北省唐山市13个县（市、区）奶牛场奶犊牛病毒性腹泻病原的流行状况,有效防控奶犊牛腹泻。采集唐山市不同地区38个奶牛场腹泻犊牛粪便样品788份,提取腹泻粪便样品中的基因组RNA。根据GenBank公布的牛病毒性腹泻病毒（Bovine viral diarrhea virus,BVDV）E2基因、牛轮状病毒（Bovine rotavirus,BRV）VP6基因、牛冠状病毒（Bovine coronavirus,BCV）N基因序列,利用Primer Premier 5.0软件分别设计特异性引物,采用PCR方法检测粪便样品中这3种基因,利用Excel 2007对不同地区、不同季节和混合感染病原检测结果进行汇总分析。在采样范围内的788份犊牛腹泻粪便样品中,BVDV、BRV和BCV阳性检出率分别为29.82%（235/788）、29.44%（232/788）和18.02%（142/788）;在所有被检地区,滦南县BVDV感染率最高,阳性检出率为45.38%（59/130）,汉沽区BRV和BCV感染率最高,阳性检出率分别为55.00%（22/40）和37.50%（15/40）;从采样季节来看,春季、夏季和秋季BRV感染率最高,阳性检出率分别为27.71%（46/166）、39.58%（114/288）和19.89%（39/196）,冬季则以BVDV感染为主,阳性检出率为52.17%（72/138）;从混合感染情况来看,以BRV＋BCV二重混合感染为主,感染率为8.37%（66/788）。河北省唐山市各地区腹泻犊牛群中均存在BVDV、BRV和BCV感染,以BVDV、BRV单一感染为主。